Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -4 -3 3 7 -6 -2 2 -3 -3 -5 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 11 81 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 0.83 2 V -1 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -5 5 2 -5 1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 5 0 0 0 1 0 0 0 0 32 16 0 4 0 0 0 0 0 0 42 0.96 0.99 3 K -1 -1 -3 -3 -5 2 1 -1 -3 -3 -4 5 -1 -5 5 -2 -3 -5 -4 -1 5 2 0 0 0 8 8 4 0 1 1 37 1 0 28 1 0 0 0 5 0.84 1.05 4 Y -3 -4 2 -1 -5 -1 1 -5 0 -2 -2 -3 -2 2 0 -3 -2 -2 7 0 1 0 11 3 0 2 10 0 1 1 3 0 1 8 6 1 2 0 43 6 0.82 1.05 5 G 3 -3 -3 -4 -4 -4 -4 6 1 0 -2 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -2 29 1 0 0 0 0 0 54 4 5 4 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1.00 1.05 6 K 1 2 0 1 -5 0 0 -4 -2 -3 -4 5 1 -5 -4 -1 1 -5 -4 -2 12 9 3 7 0 4 4 0 1 1 1 41 4 0 0 4 9 0 0 3 0.57 1.03 7 R 0 6 -1 -3 -5 1 0 -3 -1 -5 -3 2 -3 0 -4 -1 -3 0 -3 -3 8 50 2 0 0 5 7 1 1 0 3 12 0 5 0 5 0 1 0 1 0.82 1.01 8 I -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 0 -5 0 -3 -5 -4 -1 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 45 4 0 2 0 0 0 3 0 0 43 1.12 0.99 9 H -1 -1 -1 -1 -5 1 1 -4 8 -2 -2 -1 -3 -2 -2 0 -1 -4 0 -2 6 3 2 3 0 5 7 0 47 3 5 3 0 1 2 7 3 0 2 2 0.89 0.97 10 V -3 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 -5 5 1 -5 1 1 -5 -4 -3 -5 -3 5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 40 11 0 2 5 0 0 0 0 0 40 1.01 0.96 11 L -3 0 -4 -5 4 0 -4 -5 -4 0 4 -2 1 -1 -4 -2 -2 -4 -3 1 1 5 0 0 10 4 0 0 0 4 52 3 3 2 0 2 2 0 0 10 0.63 0.92 12 P 0 -4 -1 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 -3 -3 -5 -5 -4 6 0 3 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 83 0 0 0 0 0 2.13 0.92 13 I -3 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -3 4 1 -4 2 5 -5 -4 -3 -2 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 31 12 0 4 31 0 0 0 0 11 7 0.87 0.90 14 D 0 -3 -1 5 -4 0 2 0 -1 -3 -4 0 -1 -4 -3 2 0 -4 1 -4 8 0 2 31 0 5 10 6 1 1 0 4 2 0 0 19 5 0 5 0 0.50 0.92 15 D -3 -3 1 7 -6 -1 2 -2 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 1 0 5 75 0 2 13 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1.50 0.96 16 T 0 -3 -2 1 1 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 3 6 -5 -4 -1 5 0 0 8 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 56 0 0 3 0.95 0.96 17 V -2 -1 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 2 0 2 -1 -5 -3 0 -5 -3 4 3 3 0 0 0 0 0 0 0 25 20 7 4 1 0 2 5 0 0 30 0.61 0.96 18 E 0 -2 0 0 -5 1 6 -3 0 -5 -4 2 -4 -5 0 -1 -2 -5 -4 -2 6 0 4 4 0 5 53 1 2 0 1 14 0 0 5 2 1 0 0 2 0.81 0.96 19 G -1 -1 2 -2 -2 -3 -1 6 -1 -5 -5 -2 -2 -5 -4 -1 0 -5 -5 -5 2 4 11 2 1 0 3 63 1 0 0 2 1 0 0 4 6 0 0 0 1.04 0.96 20 I -1 0 0 0 -4 -4 -4 -5 -4 3 2 -4 3 1 -5 -4 1 -4 2 2 6 5 5 5 0 0 0 0 0 20 18 0 7 6 0 0 7 0 8 12 0.41 1.22 21 T -1 0 2 3 -5 0 0 1 -3 -4 -5 1 -4 -4 0 1 2 -5 2 -1 4 4 9 15 0 4 6 9 0 0 0 9 0 0 4 8 16 0 7 4 0.32 1.22 22 G -1 1 -2 -2 1 -3 1 5 -4 -2 -3 -1 -2 0 1 -2 -4 -4 2 -2 4 7 1 2 3 0 11 39 0 2 3 4 1 4 7 2 0 0 6 3 0.50 1.25 23 N -1 0 4 5 -5 -2 2 -1 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 1 -3 -6 -5 -5 6 4 22 33 0 0 16 5 0 0 0 3 0 0 0 11 0 0 0 0 0.84 1.17 24 L -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 2 1 -1 -1 -1 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 46 0 4 6 4 5 4 6 0 4 0.82 1.30 25 F -1 -2 -5 -5 1 -4 -2 -5 0 0 0 0 -3 7 -5 -4 -1 2 2 0 6 3 0 0 3 0 3 0 3 5 6 6 0 46 0 0 3 3 6 7 0.85 1.30 26 E -2 -1 2 4 -6 2 4 -2 1 -2 -5 0 -1 -5 -2 -1 -1 -5 -1 -3 3 3 8 22 0 7 29 2 3 2 0 5 2 0 2 3 3 0 3 2 0.58 1.30 27 V 2 -2 -1 2 -4 -1 0 -1 -1 1 -1 0 -1 -4 -2 -1 1 -5 -4 2 19 2 3 14 0 2 7 5 1 7 7 5 1 0 1 3 11 0 0 14 0.21 1.00 28 Y -2 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -5 2 -2 1 -4 -2 5 -5 -4 -3 -1 6 1 2 2 0 0 2 0 0 0 5 0 16 0 0 25 0 0 0 0 36 10 0.98 0.96 29 L -1 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 1 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 16 66 0 0 0 0 0 0 0 5 9 0.99 1.00 30 K 1 2 1 -3 -5 0 0 -4 -3 -2 -3 5 -3 -5 -4 -1 0 -5 -1 -2 13 10 8 0 0 4 5 0 0 3 1 42 0 0 0 3 7 0 2 3 0.60 1.00 31 P -3 -3 -4 -2 -5 1 0 -2 -4 -5 -2 0 -4 -6 7 0 -3 -6 -5 -4 0 0 0 2 0 6 5 2 0 0 4 5 0 0 67 9 0 0 0 0 1.60 1.00 32 Y -2 -4 0 -5 -5 -4 -4 -5 4 -2 -3 -4 -3 5 -5 -1 -4 -1 8 -3 2 0 5 0 0 0 0 0 10 2 0 0 0 20 0 4 0 0 57 0 1.44 1.00 33 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 0 1 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 15 0 0 69 0 0 0 0 9 0 1.50 0.96 34 L 0 0 0 1 -3 -1 2 -2 0 -1 2 1 -1 0 -1 -2 0 -5 -4 -1 10 4 3 8 0 2 12 2 2 2 24 11 1 4 2 2 5 0 0 4 0.17 1.14 35 E -1 1 0 3 -5 -1 4 1 1 -3 -5 0 -4 0 -4 0 -3 -5 -1 -4 3 9 3 19 0 2 29 12 3 2 0 6 0 5 0 5 0 0 2 1 0.52 1.16 36 A 3 0 1 -1 1 0 -2 -2 2 -4 -3 2 -1 -1 0 0 1 -5 -3 -1 29 4 7 2 3 4 1 2 5 0 1 13 1 3 5 4 10 0 1 4 0.30 1.13 37 Y -3 1 -4 -4 -2 -3 -2 0 -1 -3 -2 -3 -2 4 -5 -1 0 3 7 -2 0 8 0 0 1 0 2 7 1 1 3 0 1 16 0 6 5 4 43 2 0.95 1.11 38 R -4 7 -3 -4 -3 -2 -3 -5 3 0 -1 1 3 -4 -5 -1 -2 -5 -4 -2 0 59 0 0 1 0 0 0 7 6 5 7 7 0 0 6 2 0 0 2 1.06 1.16 39 P -1 -4 1 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -5 8 -2 -1 -5 -2 -4 5 0 7 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 76 2 3 0 2 0 1.93 1.13 40 I -3 -2 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 3 -5 0 1 -5 -5 -3 -5 -3 5 1 3 0 0 0 0 0 0 0 21 25 0 1 6 0 0 0 0 0 43 0.94 1.16 41 R -2 4 -1 -4 3 -1 -3 -2 6 -5 -5 1 -2 -2 -4 2 1 -5 -2 -4 2 28 1 0 7 1 0 2 22 0 0 9 1 2 0 14 10 0 0 0 0.79 1.16 42 K -1 1 -3 -3 -5 1 1 -4 -4 0 -1 5 1 -5 -4 -1 0 -5 -4 0 5 7 0 0 0 4 10 0 0 5 7 41 4 0 0 3 6 0 0 7 0.57 1.17 43 G -1 -3 1 1 -5 0 -3 6 1 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 -3 -5 0 -5 4 0 6 10 0 4 0 57 4 0 0 8 0 0 0 4 0 0 4 0 0.98 1.14 44 D -2 -4 1 7 -6 0 0 -1 2 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -1 -6 0 -5 3 0 5 65 0 4 4 3 5 0 0 0 0 0 0 3 4 0 4 0 1.25 1.19 45 I -2 2 1 -4 0 -1 -4 -5 1 3 1 -1 0 -1 -5 -1 3 -5 -1 0 3 11 7 0 2 2 0 0 4 21 12 3 2 2 0 4 18 0 2 6 0.33 1.19 46 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -3 2 0 -5 -2 7 -6 -5 -4 -1 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 5 0 0 59 0 0 0 0 18 8 1.41 1.00 47 L -2 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -2 -1 2 2 -2 1 1 1 0 1 -4 1 1 1 3 2 1 0 4 2 4 2 11 23 2 2 6 8 6 8 0 5 9 0.19 1.16 48 V -1 -5 -6 -6 2 -5 -5 -6 -5 3 -1 -5 -2 -1 -5 -4 -1 -5 2 6 5 0 0 0 5 0 0 0 0 18 2 0 0 1 0 0 3 0 8 59 1.10 1.33 49 R -4 5 1 -1 -6 0 -1 -3 4 -5 -5 1 -1 -2 1 -1 -1 -5 0 -5 0 39 7 4 0 4 3 2 11 0 0 8 2 2 6 3 4 0 4 0 0.75 1.33 50 G 0 -2 0 0 0 -3 -2 5 3 -5 -4 -2 -1 -3 -5 1 -2 -5 -4 -1 5 2 4 5 2 1 3 49 7 0 1 2 2 1 0 10 2 0 0 4 0.74 1.32 51 G 1 -1 0 0 -1 -1 -2 5 0 -4 -2 -1 -2 -4 1 -1 -1 -4 -4 -2 12 3 3 5 1 2 2 43 2 1 4 4 1 0 7 3 5 0 0 2 0.57 1.20 52 M 0 -4 1 -4 -4 0 0 0 -4 0 0 -1 6 1 -1 -1 1 -4 0 -1 9 0 6 0 0 4 6 6 0 4 6 4 23 6 4 5 8 0 4 4 0.36 1.45 53 R -3 3 0 -4 3 1 -3 2 3 -1 -2 1 2 -4 2 -3 -1 -5 -4 -1 1 18 4 0 5 5 0 15 8 5 5 10 5 0 9 0 4 0 0 4 0.39 1.45 54 A 0 -2 -1 0 -3 1 -1 -2 -3 -2 -2 0 -3 -4 1 3 3 -5 -4 0 8 2 1 6 0 7 3 2 0 1 3 6 0 0 6 24 23 0 0 8 0.36 0.96 55 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -2 -5 3 1 -5 1 0 -5 -4 -3 -5 -3 6 2 0 0 0 0 0 0 4 0 14 10 0 4 4 0 0 0 0 0 62 0.97 1.02 56 E -2 2 -2 1 -6 2 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -1 -5 3 10 0 7 0 7 66 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 2 0 1.16 1.02 57 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -3 -2 -2 -5 -2 8 -6 -5 -4 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 5 5 7 1.89 1.02 58 K -3 2 -3 -3 -4 3 2 -4 -3 -2 1 2 4 -3 -4 -3 -2 -4 -3 1 0 14 0 0 0 14 14 0 0 0 14 14 14 0 0 0 0 0 0 14 0.44 0.67 59 V 0 -4 -5 -5 4 -4 -4 -1 -5 2 0 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 9 0 0 0 8 0 0 6 0 7 6 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0.82 0.74 60 V -2 -3 -1 -3 -3 -3 -1 -4 -4 3 1 0 2 -3 -4 0 0 -4 -3 4 0 0 4 0 0 0 5 0 0 20 9 8 6 0 0 9 6 0 0 31 0.40 0.72 61 E 2 0 1 2 -4 0 4 0 0 -5 -3 0 -4 -5 -3 0 -3 -5 -4 -4 17 3 8 11 0 3 37 7 2 0 3 3 0 0 0 5 0 0 0 0 0.54 0.82 62 T -1 -4 -3 -4 2 -3 -4 -4 -4 4 -1 -3 1 -3 -4 -1 5 -5 -4 2 3 0 0 0 4 0 0 0 0 24 3 0 3 0 0 3 45 0 0 15 0.73 0.82 63 D -2 -3 0 6 -5 -2 4 -3 -1 -4 -5 0 -4 -3 -4 -1 -1 -6 -4 -1 1 0 3 48 0 0 25 1 1 0 0 6 0 1 0 4 3 0 0 6 0.93 0.96 64 P -1 -4 -2 -1 -5 -3 -1 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 8 0 -2 -6 -5 -3 3 0 2 4 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 78 6 2 0 0 2 1.96 0.96 65 S 2 2 -2 0 -4 -1 1 2 -2 -2 -2 -1 -3 -4 0 1 -1 -5 -2 0 22 11 1 6 0 3 9 15 1 1 4 3 0 0 4 11 2 0 1 7 0.24 0.96 66 P -2 -1 -2 2 -5 0 5 -1 -3 -5 -4 0 2 -5 4 0 -1 -5 -5 -3 1 3 1 10 0 2 41 4 0 0 0 4 6 0 20 5 3 0 0 1 0.76 0.99 67 Y -1 -1 -4 -4 1 -2 -1 -5 2 -2 -3 -2 -1 3 -3 -1 -3 1 7 -1 5 4 0 0 3 1 5 0 5 1 0 2 1 12 1 6 1 1 46 5 0.92 1.06 68 C 0 -5 -2 -5 10 -4 -5 3 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -5 -1 -1 -5 -5 -1 8 0 2 0 57 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 4 1.58 1.01 69 I -2 0 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -2 6 1 -4 -1 -1 -5 0 -3 -5 -1 3 2 6 0 0 0 0 0 0 1 51 11 0 0 2 0 9 0 0 2 16 0.81 1.01 70 V -3 -5 -5 -5 -3 -1 -5 -6 -5 3 0 -4 0 -3 -5 -4 -1 -5 -4 6 0 0 0 0 0 3 0 0 0 15 5 0 1 0 0 0 2 0 0 74 1.20 1.02 71 A 4 -3 -1 0 0 -1 -3 2 -4 -3 -4 -3 -2 -3 0 1 2 -5 -4 -1 34 1 3 5 2 3 1 16 0 1 0 0 1 1 5 9 16 0 0 3 0.45 1.00 72 P 1 0 0 2 -2 2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 6 -1 -2 -5 -3 -3 12 6 4 10 1 11 5 1 0 0 0 0 0 0 42 4 1 0 1 2 0.91 1.04 73 D -2 -3 1 6 -6 1 3 -1 -1 -4 -5 1 -5 -6 -4 -1 -1 -6 -3 -5 2 0 7 45 0 4 22 5 1 1 0 7 0 0 0 4 2 0 1 0 0.91 1.06 74 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -2 -1 7 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 1 0 92 0 0 2 1.53 0.99 75 V -1 -2 -1 -2 -4 -1 4 -4 -4 2 -1 -1 0 -1 -4 0 1 -5 -4 3 4 2 3 1 0 2 28 0 0 11 3 4 2 2 0 7 9 0 0 22 0.39 1.00 76 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 7 1 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 8 0 2 0 0 0 0 0 0 17 1.33 0.95 77 H -4 -4 -1 -2 -5 -3 -1 -5 7 -2 -1 -4 -3 5 -5 -2 -4 -2 5 -2 0 0 2 2 0 0 3 0 31 2 7 0 0 31 0 2 0 0 18 3 1.08 0.96 78 C -2 -4 -4 -4 9 -4 -5 -4 -2 -2 -2 -4 -3 -1 -5 -1 2 2 4 -2 2 1 0 1 53 0 0 1 1 2 3 0 0 1 0 5 12 3 15 2 1.39 0.96 79 E -1 -2 0 3 -5 2 6 -3 -2 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 4 0 4 17 0 10 58 1 0 0 1 2 0 0 0 3 0 0 0 0 1.05 0.91 80 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.98 0.84 K Lambda Standard Ungapped 0.1479 0.3247 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1883 0.3181 PSI Gapped 0.0576 0.2670