Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 W -4 -4 -5 -6 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -2 0 -5 -4 -4 13 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 2.81 0.20 2 Q -2 3 -1 -2 -4 6 1 -3 -1 -4 -4 4 -2 -5 -2 0 -2 -4 -3 -4 0 14 0 0 0 52 0 0 0 0 0 29 0 0 0 5 0 0 0 0 0.76 0.30 3 S 0 -2 0 -2 -3 -1 -1 2 5 -4 -4 -1 -3 -3 -2 5 0 -4 -2 -3 0 0 0 0 0 0 0 15 21 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0.64 0.30 4 D 0 -3 1 4 -3 -1 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -4 3 3 -1 -5 -3 0 6 0 4 23 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 14 32 0 0 0 10 0.39 0.33 5 A 3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 2 0 -3 3 2 -3 -1 1 -3 -2 3 30 0 0 0 0 0 0 0 0 9 5 0 10 9 0 0 8 0 0 29 0.33 0.33 6 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 5 -4 1 1 -5 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 61 0 0 4 0 0 0 0 0 7 0.74 0.41 7 K -2 2 -1 -2 -4 1 0 -3 -2 -4 -4 7 -2 -4 -2 -1 0 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 4 0 0 0 0.85 0.24 8 W -3 -1 -4 -4 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -2 0 -4 -2 -3 12 1 -3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 71 0 0 1.71 0.24 9 S 2 -2 -1 -2 2 -2 -2 2 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -2 3 -1 -3 -3 -1 23 0 0 0 4 0 0 13 0 0 5 0 0 0 0 30 0 0 0 3 0.14 0.24 10 V -1 -3 -3 -4 1 -3 -3 -3 -3 1 3 -3 0 -1 -3 -2 1 -3 -2 3 3 0 0 0 3 0 0 0 0 3 37 0 0 0 0 0 9 0 0 24 0.15 0.24 11 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 2 4 -3 1 -1 -3 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 62 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0.33 0.24 12 G 1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 5 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 1 0 -3 -3 -3 10 0 0 0 0 0 0 54 0 0 2 0 0 0 0 8 4 0 0 0 0.46 0.24 13 L 1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 1 3 -2 2 -1 -3 1 1 -3 -2 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 7 35 0 5 0 0 12 9 0 0 0 0.08 0.24 14 L -2 -3 -4 -4 3 -3 -3 -4 -4 3 2 -3 0 -1 -3 -3 -1 -3 -2 3 0 0 0 0 6 0 0 0 0 23 19 0 0 0 0 0 0 0 0 30 0.22 0.24 15 G 1 -3 -2 -2 0 -2 -3 5 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 0 -2 -3 -3 -1 11 0 0 0 3 0 0 50 0 0 3 0 0 0 0 5 0 0 0 7 0.36 0.24 16 L 0 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 3 3 -3 1 0 -3 -3 -2 -3 -2 1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 20 41 0 0 2 0 0 0 0 0 9 0.20 0.24 17 L -2 -3 -4 -4 1 -3 -3 -4 -3 3 3 -3 2 -1 -3 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 3 0 0 0 0 15 31 0 7 0 0 0 0 0 0 22 0.21 0.24 18 V -2 -2 6 0 -3 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -1 0 -4 -3 1 0 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 18 0.35 0.24 19 G -1 -3 -2 -2 0 -3 -3 6 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 3 0 0 68 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.65 0.24 20 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -2 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0.86 0.24 21 L 3 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 0 2 -2 0 -2 -2 -1 -1 -3 -2 1 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 0 0 2 0 0 7 0.14 0.24 22 V -1 -2 -2 0 3 -2 -2 -3 -3 0 -1 -2 -1 -2 -2 0 3 -3 -2 2 0 0 0 7 7 0 0 0 0 4 3 0 0 0 0 6 30 0 0 19 0.08 0.24 23 V -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 4 0 -3 0 -2 -3 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0.29 0.24 24 L -2 -3 -3 -4 3 -1 -3 -4 -3 0 4 -3 1 -1 -3 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 7 4 0 0 0 0 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.28 0.24 25 M -2 -2 -3 -3 -2 -1 -3 -3 -2 0 1 -2 8 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0.44 0.19 26 Y -3 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -2 -2 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0.87 0.22 27 A 3 -2 -1 -2 -2 1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -3 -2 3 0 -3 -2 -1 31 0 0 0 0 10 0 0 0 0 6 0 0 0 0 30 0 0 0 2 0.16 0.22 28 Q -2 4 1 -2 -4 5 0 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 1 -1 -3 -3 -3 0 33 4 0 0 40 0 0 0 0 0 2 0 0 0 14 0 0 0 0 0.55 0.26 29 G -1 -1 -1 -2 -3 -2 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 3 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.26 30 E -2 -1 -1 1 -4 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 4 0 6 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.65 0.26 31 Y -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 -2 -2 -3 -2 2 -3 -2 -1 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 4 7 52 6 0.50 0.26 32 L 1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 0 4 -3 0 -1 -3 -1 -2 -3 -2 1 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 2 0 0 0 7 0.12 0.26 33 F -3 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -4 -2 0 -1 -3 -1 7 -4 -3 -3 0 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0.55 0.26 34 A 5 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -3 -3 -1 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.33 0.26 35 I -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 3 -1 -3 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 20 0 11 0 0 0 0 0 0 3 0.20 0.26 36 T -2 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 3 -2 3 -1 -3 -1 3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 10 0 0 0 28 0 0 2 0.12 0.26 37 T -1 -2 0 1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 1 -3 -2 0 5 -3 -2 -1 0 0 2 7 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 56 0 0 0 0.25 0.26 38 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 0 5 -3 1 -1 -3 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.34 0.26 39 I -2 -3 -3 -4 3 -3 -3 -4 -3 4 1 -3 0 -2 -3 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 6 0 0 0 0 32 5 0 1 0 0 0 0 0 0 27 0.19 0.26 40 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 1 4 -3 2 -1 -3 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 52 0 6 0 0 0 0 0 0 7 0.23 0.26 41 S 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 0 -2 -1 -2 -2 3 2 -3 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 37 12 0 0 9 0.06 0.26 42 S 0 -2 -1 -2 -2 -1 -2 2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 4 1 -3 -3 -3 2 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 49 4 0 0 0 0.22 0.26 43 A 3 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -1 1 -2 1 -2 -2 1 0 -3 -2 1 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 4 0 0 12 2 0 0 10 0.02 0.26 44 G 0 -3 -2 -2 -3 -3 -3 6 -3 -3 -3 -2 -3 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 4 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0.53 0.26 45 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 2 4 -3 1 -1 -3 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 46 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0.20 0.26 46 Y -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 1 -2 -2 -3 -2 2 -3 -2 -2 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 70 0 0.68 0.23 47 I -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -3 5 0 -3 0 -1 -3 -3 -1 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0.24 0.23 48 F -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -2 -1 -1 -3 -1 7 -4 -3 -3 0 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 9 0 0.55 0.23 49 A 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 0 -2 -2 -1 -2 1 -2 -2 0 1 -3 -2 -1 44 0 0 0 0 0 0 6 0 0 5 0 6 0 0 5 7 0 0 0 0.09 0.23 50 N -2 0 6 0 -3 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -3 -3 -3 1 -1 -4 -3 -3 0 5 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0.43 0.23 51 R -1 6 -1 -2 -4 1 0 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 4 57 1 0 0 3 0 0 0 0 0 33 0 0 0 2 0 0 0 0 0.77 0.23 52 K -2 4 1 -2 -4 1 0 -3 0 -4 -4 6 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 0 21 5 0 0 0 0 0 1 0 0 70 0 0 0 3 0 0 0 0 0.71 0.22 53 A 4 -2 -1 -2 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 1 -3 -2 1 4 -4 -3 -1 59 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 1 33 0 0 0 0.47 0.22 54 Y -3 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 2 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.34 0.22 55 A 5 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -1 -2 -3 -2 1 0 -4 -3 -1 86 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 2 0.58 0.22 56 W -3 -3 -3 -4 -4 0 -2 -3 6 -4 -3 -3 -2 0 -4 -3 -3 11 3 -4 0 0 0 0 0 4 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 62 7 0 1.70 0.22 57 R -2 7 -1 -2 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.22 58 Y -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 0 -2 -2 -2 -2 2 -3 -2 -2 1 7 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0.46 0.22 59 V -1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 1 -1 -2 -1 -2 -2 -2 0 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 41 -0.10 0.22 60 Y -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 0 -2 -2 -2 -2 1 -3 -2 -2 0 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0 0.11 0.22 61 P -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 5 -2 -2 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 -0.01 0.22 62 G -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.19 0.22 63 M -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 0 -2 5 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 -0.24 0.22 64 A 2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.27 0.22 65 G -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.19 0.22 66 M -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 0 -2 5 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 -0.24 0.22 67 G -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.19 0.22 68 L -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 2 -2 0 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.27 0.22 69 F -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 4 -2 -2 -2 -1 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 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