Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -1 -2 5 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -3 -3 -1 -2 -4 -2 3 4 -4 -3 -2 0 0 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 31 0 0 0 0.68 0.36 2 D -2 -3 -1 4 -5 -2 1 5 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -5 -5 0 0 0 32 0 0 10 55 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.09 0.66 3 L -1 -3 -4 -3 3 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 8 -2 -2 -5 -4 -4 4 1 0 0 7 0 0 0 0 0 2 0 0 1 81 1 2 0 0 0 2.02 0.71 4 K -3 -1 -3 -3 -4 -1 0 -4 -3 1 1 5 5 -3 -2 -3 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 4 0 0 8 15 45 17 0 1 0 0 0 0 10 0.62 0.73 5 E 0 -1 -3 -2 -4 2 3 -4 -3 1 -1 1 -1 -4 -2 -2 4 -5 -4 0 7 3 0 0 0 8 25 0 0 10 4 9 1 0 1 0 27 0 0 6 0.42 0.79 6 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 1 0 -4 2 -3 -4 -4 -2 -5 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 6 0 0 0 0 0 0 89 1.26 0.80 7 M -3 -2 -4 -4 -4 -1 -2 -5 -4 -1 2 2 8 -2 -4 -3 -1 -4 -3 1 0 1 0 0 0 2 2 0 0 1 14 15 55 0 0 0 2 0 0 9 1.03 0.86 8 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 -1 -4 1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 95 1.41 0.86 9 L -3 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 2 6 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.30 0.86 10 N -3 1 2 0 -5 0 0 -3 -2 -5 -5 6 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 3 11 3 0 2 4 0 0 0 0 71 0 0 0 3 2 0 0 0 1.11 0.86 11 A 5 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -3 0 0 -5 -4 3 62 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 4 6 0 0 24 0.82 0.86 12 T -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 0 -1 -1 2 1 -3 1 6 -4 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 4 3 7 7 0 6 66 0 0 0 0.90 0.86 13 E -2 -1 1 0 -5 1 5 -1 -2 -4 -5 4 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 3 0 6 4 0 3 44 4 0 1 0 34 0 0 0 0 1 0 0 0 0.90 0.86 14 S -1 -4 -1 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -5 8 -1 -2 -6 -5 -3 3 0 4 0 0 0 0 0 0 4 6 3 0 0 73 5 2 0 0 0 1.72 0.86 15 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -1 0 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 92 0 0 0 0 1 0 1.91 0.86 16 V -2 -1 0 -2 -4 1 4 -3 -3 -1 -4 3 -2 -4 -3 0 3 -5 -3 -1 2 2 4 0 0 5 33 1 0 4 0 20 1 0 0 4 19 0 1 5 0.53 0.86 17 Y -3 -4 -4 -5 4 -4 -4 -5 -1 -3 -3 -4 -3 3 -5 -1 -3 0 8 -2 1 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 5 0 0 70 1 1.61 0.86 18 E -2 -2 0 3 -5 0 5 -4 -2 -4 -4 2 -1 -3 -3 0 -2 -5 -4 -3 2 0 2 17 0 2 53 0 0 0 0 11 2 1 0 6 1 0 0 2 0.88 0.84 19 P 0 -3 0 -2 -1 -3 -3 -2 -1 -1 -1 -3 -1 1 -1 4 3 -4 0 -1 4 0 5 2 1 0 0 1 1 4 7 0 1 7 2 35 20 0 4 4 0.39 0.84 20 K -1 2 -3 -2 -4 3 0 -1 -3 -1 -4 2 -1 -5 4 1 -1 -5 -4 -3 3 12 0 1 0 18 5 4 0 5 0 15 1 0 18 9 3 0 0 1 0.46 0.88 21 E -2 -1 0 2 -5 0 6 0 -1 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 1 2 4 11 0 1 64 8 1 0 0 6 0 0 0 1 2 0 0 0 1.02 0.87 22 Q -2 -2 1 2 -5 1 3 4 1 -4 -5 3 -4 -5 -2 -2 -1 -5 -4 -4 1 1 5 11 0 5 18 31 3 1 0 17 0 0 1 0 4 0 0 0 0.57 0.87 23 K -2 3 0 -2 -1 1 0 0 -1 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 2 14 5 2 2 5 3 6 1 0 1 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.86 24 K -2 4 0 -3 -4 2 0 -4 0 -3 -3 4 3 -4 -3 -1 0 0 -3 -3 2 25 4 0 0 9 4 0 2 1 0 29 9 0 0 4 7 2 0 0 0.61 0.86 25 M -3 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 0 -3 9 -2 -4 -3 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 2 0 69 0 0 0 0 0 0 18 1.40 0.84 26 F -4 -2 -5 -5 -1 -5 -5 -5 -3 -1 0 -5 -2 8 -3 -4 -4 -1 1 -3 0 2 0 0 1 0 0 0 0 2 7 0 0 85 2 0 0 0 0 0 1.65 0.84 27 H -4 -2 -2 -3 -5 -2 -2 -4 10 -5 -3 -3 -3 -1 -4 -3 -4 -3 3 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 2 0 0 1 0 0 0 0 8 0 2.11 0.84 28 A 6 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -3 -1 0 -5 -4 -2 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1.23 0.86 29 T -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 -3 -1 7 -5 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 83 0 0 4 1.26 0.86 30 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -5 1 0 -4 2 -3 -4 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 6 0 6 0 0 0 0 0 0 86 1.24 0.86 31 A 6 -4 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -3 -4 -3 0 1 -5 -4 1 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2 9 0 0 8 0.97 0.86 32 T -1 -3 2 0 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 1 -4 -3 0 6 -5 -4 -2 5 0 8 6 0 0 0 0 0 2 0 0 5 0 0 3 72 0 0 0 1.04 0.86 33 E 0 -2 -2 2 -3 1 5 -1 -3 -4 -3 0 -4 -5 -1 0 -1 -5 -4 -1 7 0 0 10 1 4 53 3 0 0 2 4 0 0 3 6 2 0 0 4 0.73 0.86 34 N -1 -2 4 0 -1 -1 -2 -3 1 -4 -4 1 -3 -5 0 4 3 -5 -4 -4 2 1 19 3 1 1 0 0 3 0 0 8 0 0 5 34 23 0 0 0 0.64 0.86 35 E 0 0 0 2 -4 4 5 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -1 7 3 4 8 0 23 40 0 0 0 0 7 0 0 0 0 2 0 0 5 0.73 0.82 36 V -4 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -3 -1 0 -1 -2 8 -5 -4 -4 -1 3 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 5 4 0 74 0 0 0 0 8 3 1.43 0.82 37 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 1 0 -4 -2 8 -4 -4 -1 -1 2 -1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 9 5 0 0 71 0 1 4 0 3 3 1.35 0.85 38 R -2 4 -1 -3 -4 4 -2 -4 5 -1 -2 -1 -3 4 -1 -3 -3 -3 0 -3 3 29 2 0 0 21 0 0 14 4 4 1 0 18 2 0 0 0 2 0 0.69 0.88 39 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -5 2 1 -4 1 -3 -4 -3 -2 -4 -3 6 7 0 0 0 0 0 0 1 0 9 9 0 3 0 0 0 0 0 0 69 0.98 0.88 40 K -3 1 -2 -3 -5 -1 -1 -3 -3 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.88 41 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 3 0 0 0 0 0 0 84 1.27 0.88 42 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 0 2 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 16 0 0 76 0 0 0 0 1 0 1.55 0.88 43 N -3 -3 6 5 -5 -1 0 -3 2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -5 0 0 49 35 0 1 3 0 5 0 0 1 0 0 0 4 0 0 1 0 1.21 0.88 44 I 0 1 -3 -4 -3 -3 -2 -4 -4 4 -1 0 3 -2 -1 -1 3 -4 -3 2 7 7 0 0 0 0 3 0 0 25 4 5 8 1 3 3 21 0 0 12 0.38 0.87 45 D 1 -2 4 2 -4 2 1 -2 0 -4 -3 1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -4 -2 11 1 25 9 0 11 9 1 2 0 2 10 0 0 1 7 2 0 0 3 0.38 0.88 46 L -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -1 5 0 0 2 -1 -4 -3 0 -2 0 0 0 0 2 0 0 0 4 0 0 69 7 0 7 4 0 0 1 0 4 0.79 0.88 47 K -3 1 -2 -3 -5 0 -1 -3 1 -4 -4 7 -2 -5 -3 -2 -2 1 -3 -4 0 2 0 0 0 2 1 0 4 1 0 83 1 0 0 0 2 2 0 0 1.29 0.88 48 E -2 0 1 4 -5 -1 5 -1 -1 -5 -5 2 -4 -5 0 -1 -2 -5 -4 -5 1 4 7 26 0 1 39 3 1 0 0 11 0 0 4 2 1 0 0 0 0.82 0.91 49 K -3 0 -2 0 -5 0 -1 -4 -3 -2 -1 7 1 -4 -3 -2 -3 -5 -1 -4 0 0 1 6 0 3 1 0 0 2 7 74 5 0 0 0 0 0 2 0 1.07 0.92 50 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 9 -6 -5 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 2.20 0.92 51 T -2 -1 -1 -4 -3 -3 -3 -4 -4 5 -2 1 -1 -3 -4 0 4 -5 -4 1 1 3 2 0 0 0 0 0 0 37 0 9 1 1 0 5 36 0 0 6 0.70 0.91 52 P -2 -1 -3 -3 -2 2 -1 -3 -3 -4 -3 4 -4 -5 7 -1 -2 -5 -4 -4 1 2 0 0 1 8 3 1 0 0 3 25 0 0 50 5 0 0 0 0 1.24 0.92 53 K -3 1 3 -1 -5 1 0 1 -3 -5 -5 5 -2 -5 -3 1 -2 -5 -4 -5 0 4 15 2 0 6 3 13 0 0 0 47 1 0 0 9 1 0 0 0 0.77 0.92 54 K 0 4 4 -2 -5 -1 0 -2 -2 -5 -5 5 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 6 19 23 0 0 0 5 1 0 0 0 39 0 0 0 2 2 0 0 0 0.80 0.92 55 I 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 -1 -4 -1 1 -4 0 1 -4 -3 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 6 0 8 9 0 0 32 0.76 0.92 56 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -1 -5 7 1 -5 -1 -2 -2 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 81 11 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1.26 0.90 57 A 3 -3 -3 -3 -1 -1 0 -3 -3 3 -2 0 0 -3 -3 0 3 -4 -3 1 24 0 0 0 1 2 8 0 0 17 2 7 2 0 0 6 17 0 0 11 0.35 0.86 58 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 7 1 -3 1 2 -4 -4 -3 -4 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 74 6 2 2 9 0 0 0 0 0 3 1.13 0.86 59 A 0 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 1 -4 -3 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 1 0 1 0 77 5 0 0 0 0.99 0.86 60 N -3 0 5 5 -5 -1 -1 -1 2 -5 -5 2 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 1 5 32 32 0 2 2 5 6 0 1 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.86 61 Y -3 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -3 1 -3 -3 -4 -3 3 -4 -3 -3 0 9 -3 2 0 0 0 0 0 0 2 2 0 1 0 0 10 0 0 0 0 79 0 1.77 0.86 62 V -2 -3 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 2 0 0 0 4 -4 -1 -3 -2 5 2 1 1 0 0 2 0 0 2 3 13 9 6 1 19 0 6 0 0 22 13 0.54 0.97 63 C -3 1 -2 -2 2 -1 2 3 -1 -4 -4 2 -4 -3 -4 -2 -3 6 1 -4 1 7 1 2 5 2 17 28 2 0 1 13 0 0 0 2 0 14 4 0 0.67 0.97 64 R -2 4 0 -2 5 0 -2 -4 5 -4 -3 0 -3 0 -4 0 -2 3 2 -3 1 24 4 2 12 3 1 1 17 0 2 5 0 4 0 6 2 4 9 2 0.60 0.97 65 N -3 1 5 1 -4 -2 0 -2 -2 -4 -4 3 -4 -4 -3 2 -1 -4 -1 -4 1 9 33 6 0 0 6 2 0 0 1 17 0 0 0 19 2 0 3 0 0.66 0.97 66 G -2 -3 0 -1 1 -3 -1 6 0 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -1 -2 -4 -1 -4 0 1 5 3 3 0 4 69 2 0 1 0 0 0 0 5 2 0 2 0 1.15 0.99 67 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -3 3 0 -4 -2 7 -5 -2 -2 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 7 0 0 51 0 3 2 0 6 6 1.07 0.99 68 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 6 -4 2 -2 -4 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 83 0 3 0 0 0 0 0 0 3 1.22 0.99 69 E -3 -2 0 0 -5 1 7 -4 -2 -3 -4 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -1 0 0 3 3 0 4 79 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.33 0.99 70 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 3 0 6 0 0 0 0 0 0 47 1.10 0.99 71 Y -4 -2 5 -1 -5 -3 -3 -4 4 -4 -4 0 0 1 -4 -2 1 -3 5 -1 0 1 31 3 0 0 0 0 9 0 0 6 3 4 0 2 11 0 25 4 0.79 1.05 72 P -2 -1 1 -1 -5 -1 4 -1 -1 -5 -3 3 -4 -5 -1 3 -2 -5 -4 -4 1 2 7 2 0 1 27 4 1 0 3 18 0 0 3 30 1 0 0 0 0.61 1.05 73 F 4 -2 -1 0 0 -3 -2 -2 2 -1 -2 -3 -1 -2 -4 1 2 -4 2 0 39 1 2 7 2 0 1 1 5 3 2 0 1 1 0 8 13 0 7 7 0.43 1.05 74 T 0 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 0 -3 -3 -2 -3 6 2 -5 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 9 0 0 1 0 73 13 0 0 0 1.05 1.05 75 L -1 0 -2 -3 3 -3 -3 -3 -1 -1 2 0 -2 -2 -3 4 1 -4 0 0 2 4 1 0 6 0 0 0 1 2 19 5 0 1 1 38 9 0 3 6 0.43 1.00 76 V -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 2 0 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 89 1.47 1.05 77 A -1 -4 -3 -3 4 -2 0 -4 -3 -1 -2 -3 -3 2 -4 5 0 1 0 0 2 0 0 0 9 1 5 0 0 3 2 0 0 11 0 49 3 2 3 9 0.64 1.05 78 D -3 -3 1 5 -6 0 5 0 -1 -5 -6 1 -5 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -4 0 0 7 36 0 3 37 6 1 0 0 7 0 0 2 0 0 0 0 1 0.99 1.05 79 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