Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 7 -4 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 97 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.97 2 Y -2 4 -3 -2 -5 0 0 -3 1 -3 -2 3 1 1 -1 -2 1 -4 4 -2 2 23 0 2 0 4 4 1 4 1 3 19 3 5 4 2 8 0 14 2 0.45 1.10 3 F 1 -3 -4 -6 -4 -2 -5 -5 -4 -2 -1 -4 9 1 -4 -1 -2 0 1 -1 13 1 0 0 0 1 0 0 0 0 3 0 59 5 0 6 2 1 6 4 1.35 1.45 4 Q -1 0 0 -2 -5 4 2 -4 -2 -4 -5 3 -3 -6 -3 3 0 -6 -5 -4 3 4 3 2 0 19 14 0 1 1 1 19 1 0 1 27 5 0 0 0 0.69 1.47 5 G 2 -1 2 1 -5 0 0 3 -3 -4 -5 1 -3 -6 0 -1 0 -6 -5 -2 18 3 11 8 0 3 5 25 0 1 1 8 1 0 5 2 7 0 0 2 0.43 1.51 6 M -3 -3 -4 -4 -5 -2 -3 -5 -3 -1 -1 2 9 -3 2 -3 -1 -5 0 -1 1 1 0 1 0 1 1 0 0 2 3 11 56 1 12 2 3 0 3 2 1.30 1.51 7 V -3 -1 -3 -4 -5 -2 -3 -5 -3 2 -1 4 6 -1 -1 -3 1 -5 1 1 1 3 1 0 0 2 0 1 1 14 4 26 18 3 3 1 10 0 4 9 0.59 1.60 8 D -3 5 3 -3 -4 -2 -2 -4 2 -5 -5 5 -5 -6 -3 3 -2 -6 -4 -5 1 26 12 0 0 1 1 1 5 0 1 30 0 0 1 20 2 0 0 0 0.92 1.67 9 V -3 -6 -5 -6 -3 -6 -6 -7 -6 6 1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -6 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 39 9 0 1 1 0 1 1 0 0 46 1.33 1.68 10 A -2 -5 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -4 2 6 -5 2 -2 -6 -4 -3 -3 -1 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 8 73 0 4 0 0 1 1 0 2 4 1.22 1.67 11 F -4 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -1 0 -2 -6 1 8 -5 -5 -1 -3 0 1 1 0 0 0 1 0 0 1 1 4 2 0 4 71 0 0 3 0 2 9 1.72 1.67 12 V -2 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 3 2 -5 1 -4 -6 -4 -3 -6 -4 6 2 0 0 0 1 0 0 0 0 11 16 0 3 0 0 1 1 0 0 64 1.30 1.68 13 C -2 -5 -5 -3 11 -6 -6 -2 -6 -5 -4 -6 -5 -4 -6 0 -3 -6 -6 -4 2 0 0 2 84 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 7 1 0 0 1 2.85 1.73 14 L -2 -3 -1 -3 -4 -1 -1 -3 2 -2 2 -1 2 -4 -4 0 5 -3 -3 0 2 1 3 1 0 2 4 2 6 2 17 4 5 0 0 6 37 0 1 7 0.54 1.77 15 G 0 -1 -2 -2 -4 -2 -3 6 3 -6 -6 -2 -3 -5 -5 -1 -1 -3 -3 -5 6 3 1 2 0 2 2 64 7 0 0 2 1 0 0 3 4 0 1 1 1.21 1.75 16 N -3 -4 9 0 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -7 -3 -5 -6 -5 -2 -3 -7 -5 -6 1 0 88 3 1 0 0 4 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.16 1.73 17 I 0 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 6 -2 -3 -2 -3 -5 3 2 -6 -2 1 8 2 2 0 0 2 1 1 0 41 2 1 1 0 0 20 11 0 2 7 0.73 1.72 18 C 1 -4 -3 -5 11 -5 -6 0 -4 -3 -4 -6 -2 -3 -6 -2 -2 -1 -1 -2 10 1 1 0 67 0 0 7 0 1 1 0 1 1 0 2 2 1 2 2 2.11 1.79 19 R -5 8 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -2 -5 -4 -1 -5 -6 -6 -3 -3 -6 -5 -5 0 90 0 0 1 1 1 1 1 1 2 1 0 0 0 1 1 0 0 1 2.12 1.79 20 S -1 -4 -3 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -6 -4 -4 -5 -6 -2 7 -1 -6 -5 -5 2 0 0 0 0 0 1 2 0 0 1 0 0 0 1 91 1 0 0 0 1.77 1.83 21 P -2 -3 -4 -5 -2 3 -4 -5 -3 1 -4 -4 -2 -4 7 -3 -2 -6 -6 -2 3 1 1 0 1 16 0 0 1 8 1 0 1 1 61 1 2 0 0 3 1.63 1.81 22 M -1 -5 -5 -6 -2 -3 -5 -5 -5 2 2 -4 8 0 -6 -2 1 -5 -1 -1 5 0 0 0 1 1 0 1 0 10 16 1 44 4 0 2 10 0 3 2 1.18 1.93 23 A 7 -5 -3 -4 0 -4 -4 0 -5 -3 -3 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -6 -5 -2 79 0 1 1 1 0 0 6 0 1 2 0 1 1 0 3 2 0 0 2 1.43 1.98 24 E 0 -3 -3 -1 -3 1 7 -3 1 -6 -5 -2 -2 -4 -5 -3 -3 -6 -3 -4 8 1 1 2 1 5 71 1 3 0 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1.43 2.06 25 A 4 0 -3 -4 -2 -2 -2 4 -1 -2 -3 -2 -2 0 -5 -2 -3 -1 0 0 33 6 1 1 1 2 2 26 1 2 2 2 1 4 0 3 1 1 3 6 0.55 2.06 26 I -1 -4 -6 -4 -2 -4 -4 -5 -2 4 2 -5 2 2 -4 -4 -3 3 1 3 5 1 0 1 1 1 1 1 1 20 22 0 5 7 1 1 2 4 5 22 0.64 2.04 27 M 1 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -3 -2 -1 4 -5 4 5 -3 -3 -1 1 -1 -2 11 1 0 0 2 0 0 3 1 2 33 0 10 26 1 2 3 2 1 2 0.83 2.06 28 R -1 5 2 -2 -2 2 -1 -3 -1 -3 -4 3 -2 -3 -3 -2 -1 -1 -1 -3 4 34 10 2 1 7 4 2 2 1 2 18 1 1 1 2 3 1 2 1 0.70 2.15 29 Q 1 0 0 1 -1 2 0 -3 6 -3 -3 2 -1 -2 -5 0 -1 1 0 -3 13 6 4 8 1 9 5 2 16 2 2 10 1 2 0 8 3 2 3 2 0.40 2.13 30 R -1 1 -2 -2 0 0 0 -3 1 0 3 1 3 1 -6 -2 -2 1 2 -1 5 8 2 3 2 4 5 2 4 6 24 8 6 6 0 2 3 2 6 3 0.24 2.16 31 L 2 -2 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 1 1 -2 1 0 -1 -2 -1 2 0 2 15 3 3 3 3 3 3 4 3 9 14 3 3 4 3 3 4 3 3 14 0.15 2.17 32 K 0 0 0 0 0 0 0 1 1 -1 -3 1 0 -1 3 -1 -1 2 -1 -2 8 5 4 6 2 5 6 9 3 3 3 8 2 3 13 5 5 2 2 3 0.10 2.16 33 D -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 34 R 1 2 -1 -1 1 1 1 -1 3 -2 -1 0 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -2 13 11 3 3 3 5 8 6 6 3 5 6 3 3 3 4 4 3 4 3 0.09 2.09 35 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 36 I -1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 1 3 -1 0 -1 -1 -2 -2 1 -1 1 5 3 2 3 1 2 3 6 1 7 30 4 2 3 3 3 2 2 3 9 0.18 1.80 37 H 0 -1 0 3 -1 0 2 0 2 -2 -3 -1 -1 -2 1 1 -1 0 0 -2 6 3 4 15 1 4 11 7 5 2 3 4 2 2 6 9 4 1 3 2 0.13 1.83 38 D -1 1 0 2 -1 0 -1 0 1 -1 -2 0 -1 0 -1 0 -1 3 0 -1 5 8 5 10 2 5 5 7 3 3 4 6 2 4 3 8 4 4 4 4 0.04 1.85 39 I 0 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -3 -1 3 0 -1 1 4 -2 -2 -2 3 1 2 8 3 2 2 1 2 2 2 2 13 7 3 3 15 2 3 2 4 4 13 0.25 2.06 40 K -1 1 -1 -1 0 0 2 1 1 -1 -2 -1 0 -1 -1 -1 0 1 1 -1 5 7 3 4 2 4 15 12 3 3 5 4 2 3 4 4 6 2 4 4 0.05 2.11 41 V 1 -2 -1 -5 1 -1 -2 -2 -5 2 -1 -2 1 0 -1 -1 -1 2 0 4 11 3 3 0 3 3 3 3 0 12 5 3 3 4 3 4 3 3 3 25 0.25 2.12 42 H -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 43 S -1 0 1 0 3 1 0 -1 -4 0 -1 0 -4 1 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 0 0 6 0.03 1.78 44 R 3 0 -4 -1 1 -1 0 -1 -1 -2 0 0 1 -1 -2 1 -1 -5 -1 -1 23 6 0 3 3 3 5 4 2 2 9 6 4 3 2 10 3 0 3 4 0.13 1.95 45 G 1 -1 0 -1 1 -1 -1 4 -4 -5 -2 -1 -4 0 0 0 0 -5 -5 -2 11 4 4 3 3 3 4 27 0 0 4 4 0 4 5 8 6 0 0 3 0.25 1.85 46 T 0 0 0 -1 1 -3 -1 1 1 -1 -2 -1 1 0 -1 2 1 -4 1 -1 8 5 4 4 3 0 4 9 3 4 4 3 3 4 3 13 10 0 6 4 0.05 1.76 47 G 0 0 -2 -2 0 -1 -1 2 1 0 -2 -1 0 -1 -2 0 1 1 1 0 7 5 2 2 2 2 5 16 3 5 5 3 2 2 2 8 8 2 4 8 0.05 1.83 48 S 1 -1 0 0 -1 -1 -2 1 -1 -1 -2 -1 -1 0 2 1 0 0 0 -1 14 3 5 4 1 2 3 10 2 3 5 3 1 4 11 9 5 1 3 5 0.06 1.96 49 W -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 50 N -1 -1 1 0 0 0 2 0 4 -2 -2 -1 0 -1 2 -1 -1 2 0 -2 5 4 6 5 2 4 11 7 11 3 3 3 2 3 10 4 3 3 3 3 0.15 2.15 51 L -1 -2 -1 -1 -1 -1 0 -1 0 1 -1 -1 -1 -1 2 -1 0 0 -1 2 6 3 3 4 1 3 7 5 3 8 5 3 2 3 10 4 6 1 2 16 0.07 1.96 52 G 0 -1 0 0 -5 -1 -2 5 0 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -5 -1 -3 7 3 4 5 0 2 2 43 2 2 3 5 2 2 2 4 3 0 2 2 0.53 2.09 53 E -1 0 1 1 1 1 2 -1 2 -2 -2 0 0 -1 0 0 -1 2 0 -2 5 4 6 7 3 5 12 5 5 3 4 7 3 3 5 7 4 2 3 3 0.06 2.18 54 P -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 55 P 1 -2 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 1 -1 -2 4 -1 3 0 -1 -5 0 1 12 3 3 4 3 3 3 3 3 7 4 3 8 3 14 6 3 0 3 9 0.15 2.14 56 H -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 57 E -1 -1 1 -1 0 0 1 -1 1 -2 -2 -1 0 -1 4 -1 -1 2 0 -2 5 4 6 4 2 4 10 4 3 3 3 4 2 2 21 5 4 2 3 3 0.23 2.26 58 G 0 4 0 -1 0 0 -1 -1 1 -2 -1 -1 2 0 0 -1 -1 1 0 -2 9 22 5 3 2 3 4 4 3 2 5 4 4 4 5 4 5 2 3 2 0.18 2.19 59 T 3 -2 -1 -5 1 -1 -2 -1 0 -1 -2 -2 2 -1 -1 1 2 2 -1 0 24 3 3 0 3 3 3 4 2 3 3 3 6 3 3 8 11 2 3 7 0.20 2.18 60 Q -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 61 K 2 1 0 0 -1 1 2 -3 1 -2 -2 1 -1 -2 -2 0 0 0 -2 -2 16 9 5 5 2 6 11 2 3 3 4 8 2 2 2 6 5 2 2 3 0.11 2.20 62 I -1 0 0 -5 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.07 2.12 63 L 2 -1 -1 -2 1 -1 -2 -1 0 -1 2 -2 4 -1 -5 -2 -2 2 -1 -1 17 3 3 3 3 3 3 4 2 4 21 3 10 3 0 3 3 2 3 3 0.23 2.17 64 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 65 K -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 66 H -1 2 1 -1 1 -1 -1 -2 5 -1 -1 0 1 1 -2 -2 -2 2 2 -2 5 12 6 3 2 3 4 4 14 3 6 5 3 5 3 3 3 3 7 3 0.23 2.23 67 N -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 68 I -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 69 P -1 -1 0 4 0 -1 0 -2 1 -2 -2 -1 -1 -2 2 1 0 3 -1 -3 5 3 4 25 2 2 7 3 3 2 5 4 2 2 9 11 5 4 2 2 0.34 2.18 70 F -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 71 D -1 -1 0 2 1 0 1 -1 1 -2 -3 -1 0 -1 0 2 0 2 2 -2 6 4 5 11 3 4 9 4 3 3 3 4 2 3 5 13 7 2 6 3 0.14 2.15 72 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 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