Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -4 -3 3 5 -6 2 5 -4 -3 -6 -6 1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 12 29 0 7 46 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 1.14 2 S -2 -3 5 -1 4 -2 -3 -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 5 1 -6 -5 -5 1 0 31 2 8 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 50 7 0 0 0 1.15 1.28 3 L -2 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -4 3 4 -3 3 0 -5 -3 -2 -5 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 19 49 2 8 3 0 1 2 0 0 13 0.87 1.32 4 I 2 -4 -4 -5 0 -4 -4 -2 -5 3 -1 -4 0 -2 -4 2 4 -5 -4 1 19 0 0 0 2 0 0 3 0 19 5 0 2 1 0 14 26 0 0 9 0.57 1.33 5 Y -4 0 -5 -6 3 -2 -4 -6 -1 -1 -2 -5 0 7 -6 -3 -1 7 3 -2 0 6 0 0 6 2 1 0 1 2 2 0 3 44 0 1 5 17 7 2 1.25 1.33 6 L -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 2 5 -3 0 1 -6 -4 -3 -4 -3 3 2 0 0 0 2 0 0 0 0 10 57 2 1 6 0 1 0 0 0 18 0.95 1.34 7 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 6 -5 1 -2 -5 -5 -4 -4 -4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 83 0 2 0 0 0 0 0 0 7 1.37 1.31 8 Q -2 3 0 2 -3 2 -1 -3 1 -5 -3 2 -4 -3 4 -1 -2 -3 -3 -3 2 19 4 10 0 9 2 1 4 0 2 13 0 1 24 4 2 0 1 1 0.61 1.36 9 P 1 -1 -3 -2 -3 1 2 -2 -3 -5 -5 3 -3 -6 5 0 0 -6 -5 -4 11 2 0 2 0 6 12 2 0 0 0 17 1 0 34 6 5 0 0 1 0.79 1.35 10 G -3 -3 0 -3 -5 -3 -3 7 2 -6 -6 -2 -4 -6 -5 -3 -3 -5 -5 -6 0 1 3 1 0 1 1 85 5 0 0 2 0 0 0 1 1 0 0 0 1.77 1.35 11 K -2 2 1 0 -3 0 3 -1 2 -2 -3 3 -1 -2 -4 0 1 -5 -2 -2 3 11 6 4 1 2 17 4 5 2 3 19 2 1 0 8 7 0 1 3 0.32 1.35 12 H -2 -3 4 -3 -1 -2 -3 -4 9 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 1 -5 2 -5 2 0 21 0 1 1 0 0 51 0 0 1 0 0 1 4 10 0 7 0 1.48 1.32 13 R -2 2 0 -2 0 -1 1 -3 1 0 -1 1 -3 -2 -5 0 2 -3 1 2 2 13 4 2 2 3 10 2 3 6 5 9 0 1 0 6 12 0 5 14 0.20 1.33 14 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -6 7 2 -4 0 -1 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 63 19 1 1 2 0 0 0 0 0 12 1.30 1.32 15 H 0 2 0 0 -3 2 0 -3 7 -3 -2 1 -4 0 -3 -1 -2 -3 0 -3 7 12 4 5 0 9 7 2 27 1 5 7 0 4 1 4 2 0 2 2 0.56 1.30 16 V -1 -1 -3 -3 2 -3 -4 -4 -3 3 0 -1 0 -1 -3 -1 2 -5 1 4 3 4 0 2 4 0 1 1 1 16 9 3 2 2 1 5 16 0 5 26 0.40 1.29 17 M -2 -1 0 3 -2 -1 -2 -4 -1 0 1 -2 0 2 3 -1 -1 -5 -3 1 3 4 5 15 1 2 2 1 1 5 12 3 3 10 13 4 4 0 0 12 0.24 1.27 18 E -3 2 -1 -1 -5 2 5 0 -1 -2 -1 -1 0 -1 -1 -1 0 -5 -4 -3 1 10 2 3 0 7 35 7 1 2 8 2 3 3 4 5 6 0 0 1 0.42 1.23 19 G -1 -1 -1 -2 -3 2 -2 6 -2 -5 -5 0 -4 -4 -2 -1 1 -5 -4 -4 4 3 3 1 0 9 1 54 1 0 1 6 0 1 2 3 10 0 1 1 0.85 1.23 20 D -2 0 -1 0 -3 0 1 1 -1 -1 -4 2 -3 -5 5 0 -2 -6 -5 -3 1 6 2 4 1 5 9 13 1 4 1 16 1 0 27 7 1 0 0 2 0.54 1.20 21 W -3 -3 2 -4 0 -1 -3 -3 5 -1 -3 -2 0 -2 -4 0 3 7 3 -2 1 1 9 0 2 3 1 1 15 4 1 2 3 1 0 7 24 15 9 2 0.71 1.18 22 C -2 -5 -5 -5 10 -5 -5 -5 -5 0 -2 -5 -3 -1 -5 -3 -3 -4 -4 2 2 0 0 0 72 0 0 0 0 6 1 0 0 3 0 1 0 0 0 14 2.11 1.11 23 G -1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 1 -3 -5 -5 -5 3 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 1.67 1.13 24 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 5 -3 2 0 -5 -3 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 53 1 3 4 0 2 0 0 0 11 0.95 1.17 25 I -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 5 4 -5 0 0 -5 -2 -3 -4 -3 3 2 0 0 0 0 0 0 2 0 33 35 0 2 4 0 2 0 0 0 19 0.85 1.16 26 P -2 -4 -2 -4 -5 -4 -3 -2 -4 -5 -5 -2 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -5 1 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 89 2 0 0 0 0 2.47 1.17 27 V -3 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -5 3 3 -5 3 3 -2 -5 -3 -4 -1 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 19 31 0 6 13 2 0 0 0 2 25 0.81 1.19 28 G 0 -3 -1 -3 2 -1 -3 5 -4 -2 -3 -1 -4 -3 -4 2 -2 -2 0 -2 7 1 2 1 5 2 1 48 0 2 2 3 0 1 0 16 2 0 4 2 0.72 1.15 29 Q 0 -1 2 -1 -2 3 0 4 -2 -2 -4 -1 -1 -2 -3 0 -1 -5 -2 -2 8 3 9 2 1 15 7 30 1 3 1 2 2 2 1 8 3 0 1 3 0.40 1.19 30 P -1 1 -2 1 -5 -1 -2 -2 -3 -4 -4 2 -1 -5 6 1 -1 -6 -5 -3 4 7 1 8 0 2 1 3 1 1 1 15 2 0 39 9 4 0 0 2 0.84 1.19 31 C 2 -2 -2 -3 6 2 0 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -4 0 2 0 -2 -4 0 16 1 1 1 20 11 7 1 0 1 2 3 1 1 4 18 4 0 0 8 0.49 1.13 32 M -1 1 0 -2 -3 -1 -1 -2 0 -1 -2 0 -1 -2 -1 1 4 -4 -2 2 4 7 5 2 0 3 3 3 2 2 2 5 1 1 3 8 32 0 1 16 0.35 1.08 33 Q -2 1 2 -3 1 0 0 -2 1 3 0 0 0 -3 -3 1 0 -1 -2 1 2 7 10 1 3 4 6 3 4 16 9 7 2 1 1 10 5 1 1 8 0.15 1.06 34 V -1 -3 -2 -5 2 -4 -4 -5 -5 4 1 -3 0 -3 -5 -3 0 -5 -4 4 4 1 3 0 5 1 1 0 0 27 14 1 1 0 0 1 6 0 0 35 0.74 1.20 35 T -2 1 0 -3 -4 -1 0 -4 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -4 3 6 2 -4 -3 1 7 3 0 0 1 6 0 1 1 1 2 0 0 0 23 50 3 0 1 0.88 1.20 36 T -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -3 0 -1 -3 5 -1 -3 2 6 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 18 2 0 14 57 0 0 0 0.84 0.72 37 T -1 2 0 0 -2 0 4 -3 1 -3 -4 2 -3 -2 -3 1 3 -4 -1 -3 2 11 3 4 1 3 28 0 3 2 0 11 0 2 0 9 19 0 2 1 0.43 0.71 38 G -1 -3 1 -2 -3 -3 -3 7 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -3 -4 -4 1 1 6 1 0 1 1 81 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1.32 0.61 39 L -3 -3 -4 -4 1 -3 -3 -4 -3 0 5 -3 1 3 -3 -3 -2 -2 0 -1 1 1 1 1 3 1 1 1 0 1 64 1 3 15 1 1 1 0 3 1 0.73 0.61 40 K -2 3 -2 -2 -4 2 3 -3 0 -3 -2 4 -1 -3 -2 -2 -1 -3 -1 -2 2 14 1 1 0 10 19 1 1 1 3 35 2 1 1 1 2 0 2 2 0.55 0.61 41 W -3 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -2 0 -4 -3 -3 11 4 -3 1 1 1 1 0 1 1 1 0 4 1 1 0 1 1 1 1 70 13 1 2.32 0.61 42 N -3 -2 5 5 1 -1 1 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 1 1 37 42 3 1 6 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0.95 0.61 43 L -2 -3 -4 -4 5 -3 -4 -4 -3 2 1 -3 4 3 -4 -3 -2 6 -1 2 1 1 1 1 13 1 1 1 0 13 14 1 13 13 1 1 1 13 0 13 0.64 0.68 44 T -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 5 6 0.10 1.89 45 N 0 1 1 1 3 1 0 0 3 -5 -1 0 -4 -4 1 0 -3 4 2 -4 7 7 7 7 6 7 7 7 6 0 7 7 0 0 7 7 0 6 6 0 0.27 1.56 46 D -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 47 V -1 1 -1 -1 1 0 2 -2 1 0 -2 0 1 -1 1 0 0 -5 1 0 5 7 3 3 3 4 15 3 3 5 4 6 4 3 8 6 7 0 4 8 0.12 2.01 48 L -3 -4 -4 -5 2 -4 -4 -5 -5 0 3 -4 5 1 -1 2 3 2 -3 -1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 5 25 0 14 6 3 13 18 3 0 4 0.60 1.67 49 A 0 0 -1 0 -1 1 3 0 0 -3 -3 0 -1 -2 -2 3 -1 -5 -2 -3 9 6 3 6 2 6 16 7 2 2 2 5 2 2 2 24 2 0 2 2 0.30 1.75 50 F -3 -3 -4 -4 -4 -3 1 -4 -3 1 0 1 3 2 -4 -3 1 5 3 1 1 0 0 0 0 0 10 1 0 10 10 10 9 9 0 1 10 9 9 10 0.42 1.01 51 G -1 -4 0 0 1 -4 -1 5 -4 0 -2 -1 1 -4 0 -1 1 -5 0 -1 4 0 4 5 3 0 4 38 0 6 4 3 4 0 5 5 8 0 3 3 0.46 1.35 52 T -1 -2 1 -2 -5 -1 -1 5 0 -2 -3 -1 -4 -2 -5 1 0 -5 -1 -3 4 2 6 2 0 3 3 45 2 2 2 3 0 2 0 11 7 0 3 2 0.63 1.48 53 L -3 0 -1 -3 -1 1 -3 -5 0 1 3 -1 2 2 -2 -2 0 -4 -2 0 1 4 3 2 1 8 1 0 3 9 34 5 6 8 1 2 7 0 1 5 0.35 1.11 54 V -2 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -5 4 2 -4 1 -3 -4 0 -2 0 -3 4 2 0 0 0 0 2 0 0 0 27 16 0 3 0 0 7 2 2 0 37 0.72 1.04 55 S -1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 0 6 3 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 4 75 16 0 0 0 1.18 1.04 56 T 0 -2 -2 -3 0 -1 -3 -3 -3 0 -2 -3 -3 -4 -3 4 5 -4 -4 -1 8 2 0 0 2 2 0 0 0 5 3 0 0 0 0 32 40 0 0 3 0.74 1.04 57 S -1 -3 2 -3 4 -3 -3 -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 6 -1 -5 -4 -4 0 0 10 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 1.36 1.11 58 N -4 -3 8 -1 -5 -2 -3 -3 4 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -6 -4 -5 0 0 86 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 1.10 59 T -1 2 0 -3 -2 -1 2 -3 5 1 1 -2 -1 -3 -3 -1 2 0 -1 -2 5 11 4 1 1 2 16 2 13 8 12 1 1 1 1 5 13 1 2 2 0.27 1.11 60 Y -1 -2 -3 -5 2 -4 -5 -5 0 3 2 -4 0 3 -5 -3 -2 -3 3 3 6 2 1 0 4 0 0 0 2 17 17 0 2 11 0 1 2 0 11 24 0.55 1.13 61 D -1 0 -1 2 0 -2 -1 -3 -2 0 -1 1 -1 -3 2 -1 0 -4 0 3 4 5 2 12 2 1 3 1 1 6 4 9 1 1 12 4 6 0 4 22 0.24 1.14 62 G 0 -2 0 1 -1 0 3 4 -2 -3 -4 -2 -4 -3 0 -1 -2 -4 -4 -2 9 2 3 6 1 3 22 33 1 1 2 2 0 1 4 4 1 0 0 3 0.51 1.16 63 S -1 -1 2 3 0 0 3 -3 -2 -2 -4 0 -4 -4 -4 2 2 -5 -4 -3 4 2 11 14 2 3 21 1 1 3 1 4 0 1 0 18 12 0 0 1 0.46 1.28 64 G -3 -1 3 4 -3 -1 2 0 -1 -5 -5 2 -5 -6 2 0 -1 -6 -5 -3 1 2 13 21 1 2 14 8 1 0 1 12 0 0 10 8 3 0 0 2 0.51 1.37 65 V -2 -1 -3 -3 0 -1 1 1 -1 1 -1 -1 -2 -1 -2 -1 0 0 -2 4 3 3 1 1 2 3 10 11 1 8 4 4 1 2 2 5 6 2 1 29 0.23 1.30 66 V -1 -3 -5 -6 3 -5 -4 -6 -5 3 0 -5 -1 1 -3 -3 -2 -5 -3 6 5 1 0 0 6 0 1 0 0 16 6 0 1 6 1 1 2 0 0 55 0.97 1.37 67 T -3 -1 -2 -2 -4 0 1 -4 0 0 -2 0 -1 0 -4 0 4 5 2 1 1 3 2 1 0 3 11 1 2 6 4 6 2 4 0 7 23 8 8 9 0.37 1.35 68 V -3 -5 -5 -6 -4 -5 -4 -6 -6 5 -1 -5 -1 -1 -5 -4 0 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 40 3 0 1 2 0 0 4 0 0 48 1.25 1.40 69 E -2 0 1 1 -3 2 4 -4 0 -3 -2 2 -3 -4 -3 -1 1 -3 -2 -1 2 5 6 7 1 7 30 0 3 1 4 12 0 1 1 3 10 0 1 5 0.43 1.43 70 T -1 -4 1 -3 4 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -1 -4 -3 -4 2 6 -6 -5 -1 4 0 6 1 8 0 1 2 0 1 1 4 0 1 0 15 53 0 0 4 0.93 1.40 71 D -1 -2 1 5 -5 -2 0 -2 -4 -5 -6 -1 -5 -6 -2 3 2 -6 -5 -3 4 1 5 36 0 1 4 2 0 0 0 4 0 0 2 26 13 0 0 1 0.81 1.40 72 H 0 2 -1 2 -2 1 1 1 3 -4 -4 2 -3 -4 -4 1 -1 -6 -3 -1 9 10 3 13 1 5 7 11 8 0 1 11 1 1 0 10 3 0 0 6 0.31 1.41 73 P -2 -3 -1 4 -5 -2 -2 -3 0 -3 -5 -2 -4 -4 7 -1 -2 -6 -4 -4 4 1 2 27 0 1 1 1 2 1 1 2 0 1 48 3 3 0 1 1 1.30 1.40 74 L -3 -4 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 4 4 -5 1 -1 -5 -5 -3 -5 -4 4 1 1 0 0 1 0 0 0 0 26 40 0 2 1 0 0 0 0 0 26 1.02 1.39 75 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 5 -5 0 0 -6 -4 -3 3 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 53 0 1 3 0 1 1 4 2 16 1.05 1.40 76 W -5 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -6 -5 -2 -1 -6 3 6 -6 -4 -5 11 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 7 33 0 1 0 50 1 2 2.29 1.37 77 T -3 -4 3 -3 0 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -3 -2 -4 -4 2 6 -2 -3 -2 0 0 14 0 2 0 0 0 0 2 0 0 1 1 0 13 64 0 1 1 1.22 1.36 78 M -1 -5 -5 -5 1 -3 -5 -4 -3 5 0 -5 6 -2 -5 -1 1 -5 -4 3 4 0 0 0 3 1 0 1 1 32 5 0 22 1 0 5 8 0 0 17 0.82 1.35 79 A 0 -2 -2 0 -5 1 6 1 -3 -6 -5 -2 -5 -6 -4 1 -2 -5 -2 -4 8 1 0 4 0 4 59 11 0 0 0 0 0 0 0 9 2 0 1 0 1.01 1.31 80 I -3 -3 -5 -6 -1 -5 -6 -6 -2 5 4 -5 1 0 -6 -5 -3 -5 -2 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 36 45 0 3 3 0 0 1 0 1 7 1.01 1.27 81 K -3 6 -3 -3 -6 2 2 -4 -3 -6 -5 5 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 41 0 0 0 7 10 0 0 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 1.14 K Lambda Standard Ungapped 0.1363 0.3195 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1829 0.3164 PSI Gapped 0.0560 0.2670