Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 5 1 -4 4 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 11 0 13 0 0 0 0 0 0 33 0.76 0.47 2 K -2 3 -2 -2 -5 5 3 -4 -2 -5 -4 4 -3 -5 -1 -1 -1 -4 -3 -4 0 19 0 0 0 29 19 0 0 0 0 25 0 0 2 2 4 0 0 0 0.80 0.68 3 D -3 -2 1 6 -5 2 0 -3 0 -5 -5 3 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -5 0 0 6 55 0 9 1 1 2 0 0 24 0 0 0 0 3 0 0 0 1.05 0.78 4 K 1 3 -1 1 -3 0 0 -2 -3 -1 -4 2 -3 -5 2 0 1 -5 -4 -1 11 17 2 9 0 4 4 3 0 3 0 15 0 0 12 5 12 0 0 3 0.33 0.85 5 V 3 -4 -3 -5 -3 -2 -4 -4 -4 2 -1 -2 0 -3 -1 -3 -2 -4 0 5 25 0 1 0 0 1 0 0 0 10 1 1 1 0 2 0 0 0 4 52 0.73 0.86 6 R -1 4 -1 0 -4 3 1 -1 1 -4 -4 3 -3 -5 -3 2 0 -5 -4 -2 4 23 1 3 0 12 7 5 4 0 1 17 0 0 0 14 5 0 0 3 0.46 0.89 7 A 1 -2 -1 2 -4 1 1 2 -3 -2 -4 2 -2 -5 0 0 0 -5 -4 -1 14 1 2 15 0 5 7 16 0 2 0 16 1 0 5 5 7 0 0 4 0.32 0.93 8 M -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 2 -5 5 3 -5 -4 -3 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 15 0 15 12 0 0 0 0 0 36 0.89 0.94 9 R 0 4 1 -3 -5 0 2 -4 0 -4 -2 -1 -3 4 -4 0 -1 -4 -2 -2 6 27 7 0 0 4 15 0 2 0 3 2 0 20 0 7 4 0 0 3 0.49 0.97 10 S 1 -2 2 2 -4 1 3 -3 0 -4 -4 1 0 -2 -3 2 0 -5 -4 -3 15 1 10 14 0 7 18 0 2 0 0 7 3 2 0 14 5 0 0 1 0.41 0.96 11 L -2 0 -4 -5 -1 -1 -1 -5 -4 1 5 -3 0 1 -4 -2 -3 -4 -3 1 2 6 0 0 1 2 4 0 0 6 59 0 1 6 0 2 0 0 0 10 0.68 0.92 12 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 5 -4 1 2 -5 -4 -3 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 60 0 2 9 0 0 0 0 0 9 0.96 0.92 13 I -2 -2 4 2 -4 -1 2 -4 -1 1 0 0 -3 -4 -4 1 1 -5 -3 -2 2 2 23 13 0 2 12 0 1 8 12 5 0 0 0 9 10 0 1 1 0.38 0.97 14 S -1 -2 0 1 -4 1 1 -1 0 -5 -4 1 -4 -5 -2 5 0 -5 -4 -3 1 1 2 6 0 5 8 3 2 0 1 7 0 0 1 60 2 0 0 1 0.77 0.97 15 D 0 -3 -1 4 -5 2 3 -1 2 -1 -4 1 -4 -5 -2 -2 -2 -5 -4 -1 7 0 1 30 0 12 20 5 4 5 0 7 0 0 1 1 1 0 0 4 0.55 0.96 16 E 1 -2 -2 2 -4 1 5 -3 0 -3 -2 1 -1 -5 -3 -1 0 -5 -4 -1 14 1 0 11 0 5 39 1 2 1 4 7 1 0 0 2 5 0 0 6 0.53 0.94 17 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -3 1 3 -5 -1 6 -5 -4 -4 -2 4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 33 0 0 43 0 0 0 0 13 3 1.11 0.92 18 A 4 2 -1 -1 -4 3 0 -3 -3 -2 -3 1 -1 -5 -2 1 0 -5 -4 -2 36 10 3 2 0 17 5 0 0 3 1 8 1 0 1 8 4 0 0 2 0.45 0.92 19 G 1 -2 1 1 -4 3 3 -1 -1 -3 -3 0 0 -5 -3 1 1 -5 -4 -3 12 1 5 6 0 14 25 4 1 1 2 6 3 0 0 10 8 0 0 1 0.39 0.92 20 L -1 -2 -3 -2 2 5 4 -4 -2 -2 0 2 -3 0 0 -2 -2 -4 0 -3 3 0 0 0 4 27 26 0 0 3 9 14 0 4 4 0 2 0 4 0 0.55 0.92 21 K -2 1 1 -1 -4 -1 0 0 -2 -4 -4 4 -1 0 3 0 2 -5 -4 -4 2 7 8 3 0 2 4 7 1 0 0 26 2 4 14 7 13 0 0 0 0.41 0.92 22 N -2 1 1 -3 -4 -2 -2 1 -3 -2 -4 5 -3 -4 -4 2 0 -4 1 0 0 5 6 0 0 0 0 13 0 2 0 41 0 0 0 15 6 0 6 7 0.55 0.92 23 A 4 0 -1 1 -3 -2 0 -1 -2 0 -3 -1 1 -4 -3 1 -2 -5 -4 1 39 4 3 9 0 1 6 3 1 7 0 2 5 0 0 12 1 0 0 9 0.39 0.92 24 I -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -4 -1 2 -5 -3 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 4 13 0 0 63 0.96 0.92 25 D -1 -2 4 3 -5 -1 2 2 -3 -3 -4 0 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -4 0 4 1 25 18 0 1 13 19 0 1 0 6 1 0 0 1 2 0 0 8 0.55 0.92 26 R -3 7 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -3 3 -3 -5 -4 0 -3 -5 -4 -4 0 76 0 0 0 3 0 0 0 0 2 13 0 0 0 6 0 0 0 0 1.44 0.92 27 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 8 -6 -5 -4 5 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 8 9 0 1.95 0.92 28 M -3 0 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -4 1 5 -1 6 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 6 0 0 0 0 0 0 0 6 58 3 27 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.92 29 L 2 -2 -1 -4 -4 0 0 -3 -2 -2 2 -1 4 3 -4 -1 -2 0 2 -2 18 1 3 0 0 4 6 2 1 0 23 3 13 16 0 3 2 1 6 0 0.37 0.92 30 I -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 3 -2 -5 -4 -2 -4 -3 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 35 29 0 8 0 0 0 1 0 0 24 0.88 0.92 31 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 5 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 20 0 0 0 0 0 0 0 1.23 0.78 32 S 1 0 -2 0 -3 -2 1 1 -3 -4 -4 0 -3 -4 -3 4 3 -5 -4 -3 11 6 0 5 0 0 9 8 0 0 0 4 0 0 0 39 17 0 0 0 0.53 0.78 33 T 1 2 -3 -3 2 -1 -1 -2 -3 2 -1 -1 0 -3 -4 0 3 2 -3 1 15 11 0 0 4 3 3 3 0 13 3 3 3 0 0 5 21 3 0 11 0.27 0.78 34 L -2 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 2 0 -5 -4 -3 -4 -3 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 79 0 4 3 0 0 0 0 0 6 1.16 1.00 35 H -1 -3 -2 -4 -5 -3 -2 -5 6 -4 -4 -4 -3 0 -5 -2 -4 1 8 -4 7 0 1 0 0 0 3 0 21 0 0 0 0 0 0 2 0 1 65 0 1.64 1.00 36 R 0 5 0 -2 -5 1 -1 -3 0 -3 -3 2 -3 -2 -4 1 0 -4 0 -4 7 37 4 2 0 6 3 1 2 1 3 11 0 2 0 13 6 0 4 0 0.56 1.00 37 I 1 -2 -4 -2 0 0 0 -4 1 2 2 -2 0 -3 -4 0 2 -1 1 0 11 1 0 2 2 4 7 0 3 12 26 2 1 0 0 5 14 1 6 4 0.26 1.00 38 D -1 -3 4 5 -5 -1 -1 -3 6 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -2 -5 -2 -5 4 0 21 33 0 1 2 0 25 0 0 3 0 0 0 7 2 0 1 0 1.02 1.00 39 S 1 0 0 -2 -4 0 -2 0 -1 -3 -5 2 -4 -5 6 0 -2 -5 -4 -4 12 6 4 1 0 4 1 7 1 1 0 11 0 0 43 8 1 0 0 0 0.90 1.00 40 A 1 -2 0 2 -4 2 3 -1 0 -4 -4 2 -2 -5 -1 1 -1 -5 -4 -2 13 0 5 12 0 11 22 3 2 0 1 13 1 0 2 9 3 0 0 2 0.42 1.00 41 S 2 0 -1 2 -4 3 1 2 -1 -3 -4 0 -4 -5 -4 1 0 -5 -4 -3 19 5 2 12 0 15 7 15 1 1 1 5 0 0 0 11 4 0 0 1 0.38 1.00 42 F -5 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -5 -3 -2 -2 -5 -2 9 -6 -5 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 2.28 1.00 43 S 3 -2 0 1 -3 -1 0 1 -1 -1 -4 -2 -3 -4 -3 3 1 -5 -4 -1 31 1 3 6 0 1 5 10 2 4 0 1 0 0 0 24 8 0 0 3 0.42 0.85 44 E 1 0 0 1 -2 4 3 -3 1 -2 -2 2 -2 -4 -1 0 -2 -5 -4 -2 11 5 3 6 1 20 20 1 4 3 3 11 0 0 3 5 1 0 0 3 0.35 0.85 45 A 5 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 0 -2 -3 -2 -1 -3 -1 -1 -4 -3 3 64 0 0 0 0 0 0 1 0 4 0 0 0 3 0 2 1 0 0 26 0.86 0.85 46 T 1 -3 -3 -4 -1 -3 -2 -4 -4 0 3 -2 0 -3 -4 -1 5 -4 -3 -2 14 0 0 0 1 0 1 0 0 3 30 1 1 0 0 2 46 0 0 0 0.68 0.85 47 M -1 5 0 1 -5 2 2 -4 -2 -4 -3 1 -2 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 5 45 3 7 0 11 16 0 0 0 1 6 1 0 0 2 3 0 0 0 0.75 0.71 48 F -2 -3 -1 -3 -3 -3 -1 -4 -4 4 -2 0 0 -2 -3 1 4 -4 -3 1 0 0 2 0 0 0 4 0 0 31 0 7 1 1 0 9 35 0 0 11 0.54 0.71 49 R -3 8 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.79 0.71 50 V -1 0 -3 0 -3 -1 -2 -4 -4 2 1 -1 -1 -3 -4 -3 2 -4 -3 4 4 5 0 6 0 3 1 0 0 11 14 4 1 0 0 0 12 0 0 40 0.42 0.71 51 Y -4 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 1 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.12 0.71 52 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 1 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 85 0 0 0 0 2 0 1.64 0.71 53 A 5 -3 -3 -3 -2 -3 -3 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 -2 -4 -4 -2 67 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0.91 0.71 54 D -1 3 -1 1 -4 3 -1 2 -2 -2 -2 2 -3 -4 -3 -1 2 -4 -4 -3 3 15 2 10 0 13 2 15 1 3 4 13 0 0 0 2 17 0 0 0 0.34 0.71 55 N -2 -3 4 5 -4 -2 0 -2 1 -5 -5 -2 -4 -5 -3 3 -1 -5 -4 -4 0 0 25 34 0 0 3 0 4 0 0 0 0 0 0 33 2 0 0 0 0.89 0.71 56 E 0 1 -2 -1 -4 2 4 -4 -2 -4 -1 3 -3 -4 0 -1 -2 -5 -4 -2 8 6 0 0 0 7 39 0 0 0 8 24 0 0 4 1 0 0 0 2 0.61 0.71 57 Q 1 -1 1 1 -4 4 4 0 0 -5 -4 0 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 13 2 5 8 0 24 36 7 2 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0.66 0.71 58 T 2 -3 -2 0 -3 0 3 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -2 -3 1 4 -4 -3 -2 19 0 0 6 0 3 19 0 0 0 1 2 2 1 0 7 39 0 0 1 0.53 0.71 59 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -4 2 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 82 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.73 60 L -2 1 -3 -4 2 -1 -1 -5 -4 0 5 -3 1 -2 -4 -3 -3 -4 -3 0 1 9 1 0 4 2 4 0 0 2 70 0 1 0 0 1 0 0 0 3 0.75 0.73 61 A 3 0 -1 -1 -3 2 2 -3 -1 -3 -2 1 0 -4 -3 0 2 -4 -3 -2 29 3 2 2 0 11 17 0 1 0 3 10 2 0 0 4 15 0 0 1 0.40 0.74 62 S 2 -2 2 -2 1 0 -2 -1 3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 4 1 -4 -3 -3 22 0 13 0 3 3 1 2 7 0 1 1 0 0 0 35 9 0 0 1 0.51 0.67 63 G -1 -3 -2 -1 2 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -3 0 -3 1 -2 -3 -3 -4 3 0 0 3 4 0 1 66 0 0 1 1 0 5 0 14 1 0 0 1 1.01 0.67 64 Q -1 2 4 -2 -3 2 -1 -2 0 -2 -3 3 -3 -4 -1 2 1 -4 -3 -3 4 9 25 0 0 8 1 1 1 2 1 18 0 0 2 17 10 0 0 1 0.46 0.67 65 T 0 -2 -1 -2 -3 3 -1 0 5 -3 -3 -2 -2 -3 -3 3 2 -3 0 -2 5 0 2 0 0 19 1 6 19 0 1 1 0 0 0 26 12 0 4 2 0.53 0.67 66 T 1 -3 1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 1 -3 1 2 5 -4 -3 1 9 0 8 0 0 0 1 1 0 0 2 1 5 0 6 12 43 0 0 10 0.52 0.67 67 K -2 0 4 -1 -4 2 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 1 0 26 0 0 9 1 1 0 0 1 57 0 0 0 1 1 0 0 1 0.93 0.67 68 P 2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -5 8 -2 -3 -5 -4 -3 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 77 0 0 0 0 0 1.92 0.74 69 K -3 5 -2 -3 -5 1 -1 -4 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 32 0 0 0 5 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 0 0 0 1.23 0.74 70 A 1 -1 2 0 -4 4 2 -3 5 -4 -4 1 -3 -4 0 -1 -1 -4 -3 -4 11 0 10 3 0 27 15 0 17 0 1 9 0 0 4 1 3 0 0 0 0.62 0.75 71 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 1.26 0.75 72 P -1 -3 -2 0 -4 -2 -1 1 -4 -3 -4 0 -2 -5 7 -2 -1 -5 -5 -3 2 0 1 5 0 1 3 11 0 2 1 7 1 0 63 1 3 0 0 1 1.38 0.75 73 N -2 -2 2 4 -5 0 0 4 1 -5 -5 -1 -4 -4 -4 0 -2 -5 -1 -5 2 1 12 23 0 4 6 37 4 0 0 2 0 0 0 5 2 0 3 0 0.68 0.75 74 T -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 4 6 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 63 0 0 0 1.11 0.75 75 P -2 -3 -2 -1 1 -2 0 1 -4 -5 -5 -1 -4 -5 7 -2 -1 -5 -5 -3 0 0 1 2 3 1 5 10 0 0 0 4 0 0 68 2 3 0 0 1 1.56 0.77 76 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -2 -2 -4 -2 6 -5 -4 -4 1 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 45 0 0 0 1 53 0 1.63 0.71 77 W -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 2 -6 -5 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 91 0 0 3.29 0.71 78 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 1 -1 -4 -1 1 -4 -3 -2 -4 -2 6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 86 1.09 0.71 79 I -2 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