Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -4 6 -4 -4 -7 3 2 -5 1 -6 -6 6 -5 -7 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 35 0 0 0 12 10 0 3 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 1.38 1.75 2 S 2 0 -2 0 -3 -2 -3 0 -3 -5 -5 -3 -4 -3 2 4 2 -6 -1 -3 15 4 2 5 0 1 1 7 0 0 0 1 0 1 9 36 11 0 3 2 0.59 1.90 3 T -1 -1 0 2 -5 2 -1 -5 -1 -1 -3 -2 -1 -4 0 2 4 -4 -4 1 4 3 4 11 0 10 3 0 1 3 2 2 1 0 5 13 28 0 0 9 0.45 1.98 4 Y -1 -4 -4 -6 -4 -3 -5 -6 2 -1 -1 -5 -3 7 -4 -3 -1 4 5 -1 6 1 1 0 0 1 0 0 5 3 5 1 0 41 1 2 3 6 19 3 1.17 2.03 5 A 4 -2 0 1 -3 0 -1 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 1 2 2 -1 -1 -2 29 2 5 7 0 5 3 1 1 1 2 4 1 1 7 13 14 1 2 2 0.40 2.06 6 P -2 -4 -4 0 -5 -3 -2 -4 -2 -6 -5 -2 -4 -5 8 -1 -1 6 -5 -3 4 1 1 6 0 1 2 1 1 0 1 2 0 0 60 4 3 10 0 2 1.65 2.09 7 L 0 -1 -4 0 -2 0 2 -3 -4 0 3 -2 4 0 -1 -1 -2 -2 -4 0 8 4 1 5 1 4 12 2 0 6 23 2 11 5 3 4 2 1 0 7 0.27 2.11 8 E -3 -3 -1 7 -6 2 2 -4 0 -6 -6 -4 -5 -6 -1 -1 -2 -7 -6 -6 2 1 2 59 0 9 12 1 2 0 1 0 0 0 3 4 3 0 0 0 1.38 2.14 9 L -2 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -1 1 3 -5 3 4 1 -3 -2 2 3 1 3 2 1 1 0 1 1 1 1 6 22 0 7 17 8 2 3 3 10 10 0.54 2.13 10 F -2 -3 -4 -2 -4 -3 -3 -4 -3 -1 2 -5 4 6 0 -1 -1 -1 4 -2 4 1 1 2 0 1 2 1 0 2 18 0 11 27 4 5 4 1 13 2 0.69 2.09 11 D -1 -2 1 5 -4 0 0 1 0 -4 -2 -3 -2 -3 2 0 -1 -4 -3 -3 4 2 7 30 0 3 5 12 2 1 5 1 1 1 10 6 4 0 1 2 0.49 2.03 12 T -2 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -5 -4 0 1 -4 8 2 -2 -3 1 6 1 0 3 1 1 1 0 1 2 1 0 5 12 1 36 7 3 2 9 9 4 6 1.00 2.14 13 D -2 -1 0 7 -5 0 1 -4 0 -5 -5 -3 -3 -3 2 -1 -3 -3 -4 -4 4 3 5 51 0 3 9 1 2 1 1 1 1 1 9 4 1 0 1 1 1.07 2.12 14 R -2 1 -3 0 -6 -1 0 -4 1 -2 0 -1 -2 7 -2 -1 -3 -2 -1 -3 3 7 1 6 0 3 7 2 3 2 8 3 1 43 2 5 2 0 1 1 0.81 2.13 15 L 0 -1 -1 2 -4 2 1 -1 -2 0 2 -2 0 0 -4 0 0 -2 -3 0 8 4 3 10 0 8 9 5 1 5 17 3 2 4 1 8 7 1 1 6 0.12 2.14 16 L -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -6 -1 0 5 -5 2 4 -2 -4 -2 -1 3 -2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 4 51 0 4 18 2 1 3 1 8 1 0.98 2.20 17 D -2 -3 2 2 -4 -3 -1 -2 -4 -5 -6 -3 -4 -6 1 4 5 -7 -5 -4 2 1 7 12 0 1 4 3 0 0 0 1 0 0 6 25 34 0 0 0 0.83 2.26 18 Q 0 -3 -3 4 -5 0 5 -4 -2 -5 -3 -1 -4 -5 3 -2 -2 -5 -3 -5 9 1 1 19 0 4 36 1 1 0 3 3 0 0 14 3 2 0 1 1 0.82 2.27 19 D -1 0 -2 4 -5 0 6 -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 -2 -1 -1 -5 -5 -4 4 5 1 18 0 3 47 1 1 1 1 4 0 0 2 4 4 0 0 1 0.95 2.26 20 E 0 -1 -3 0 -4 5 3 -4 6 -3 -1 -3 -3 -2 -4 -3 -1 -3 0 -2 7 3 1 4 0 28 16 1 17 2 6 1 1 2 1 1 4 0 3 4 0.75 2.26 21 R 0 4 -2 0 -4 3 3 -4 -1 -2 -1 2 -2 -5 -2 -2 -2 -4 -4 -2 8 19 2 4 0 14 19 1 2 3 6 12 1 0 2 2 3 0 0 3 0.48 2.26 22 D 3 -1 -3 1 -4 2 3 -4 -2 -3 0 -1 5 -3 -3 -2 -2 -4 -4 -3 23 4 1 8 0 7 17 1 1 1 7 4 16 1 1 2 3 0 0 1 0.53 2.26 23 I -4 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -4 4 4 -4 1 5 -5 -5 -3 1 0 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 19 36 1 3 22 0 0 1 2 3 8 0.97 2.27 24 A 0 6 -3 -4 -2 2 -3 -4 -2 -1 0 0 -2 -3 -5 -3 -3 -2 1 -1 8 45 1 1 1 9 1 1 1 4 10 4 1 1 0 2 2 1 4 5 0.84 2.27 25 A 2 1 -1 4 -4 1 3 -3 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -1 -2 -4 -5 -4 17 8 3 25 0 6 19 2 1 1 2 7 1 0 1 4 3 0 0 1 0.61 2.27 26 T 1 2 -2 -2 -4 1 3 -3 -1 -3 -2 0 2 -4 -3 1 3 1 -4 -2 14 10 1 2 0 5 16 2 1 1 5 4 5 1 2 10 16 2 1 2 0.33 2.28 27 V 3 -5 -5 -6 0 -5 -3 -5 -5 2 1 -5 0 0 -5 -4 0 -4 -3 5 20 0 0 0 2 0 2 0 0 8 14 0 2 3 0 0 5 0 1 39 0.78 2.29 28 R 1 7 -2 -1 -4 0 0 -3 1 -4 -3 0 -2 -4 -5 -2 -2 -3 -3 -4 11 51 2 3 0 4 6 2 3 1 2 5 1 1 0 3 3 0 1 1 0.99 2.29 29 Q 3 3 -2 3 -4 1 3 0 -2 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 -1 -4 -5 -4 20 13 2 14 0 6 16 7 1 0 1 8 0 0 0 5 4 0 0 1 0.49 2.29 30 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -3 -1 0 -6 -2 8 -6 -5 -4 6 3 -2 1 0 0 0 0 0 1 1 1 3 9 0 1 60 0 1 1 11 7 3 1.74 2.28 31 V 3 -5 -5 -5 4 -4 -5 -3 -4 1 2 -5 3 1 -5 -3 -2 -3 -3 3 22 0 1 0 8 0 0 2 1 8 21 0 6 5 0 2 2 0 1 19 0.61 2.30 32 D 2 2 -1 3 -4 2 3 -3 -1 -5 -5 0 -3 -5 -4 -1 -1 -3 -4 -3 17 12 2 17 0 9 19 2 1 1 1 5 1 0 1 4 4 0 0 1 0.51 2.29 33 T 0 2 1 2 -4 1 4 -2 -1 -5 -5 2 -4 -5 -4 -1 1 -3 -4 -4 9 10 6 11 0 5 25 4 1 0 1 12 0 0 1 4 7 0 1 1 0.48 2.28 34 R -2 1 1 -1 -3 1 4 -4 5 -3 -3 0 -3 0 -4 -3 -2 -2 0 0 4 8 7 3 1 5 30 1 11 1 2 5 1 4 1 2 2 1 3 8 0.52 2.27 35 L -2 -4 -4 -3 1 -4 -5 -3 -4 4 3 -4 1 0 -2 -4 -3 -1 0 4 3 1 1 2 3 1 1 2 1 20 26 1 3 3 2 1 1 1 3 25 0.62 2.25 36 K 2 1 -2 -1 0 -1 0 -3 -1 0 -1 0 0 -2 2 -1 0 -1 0 0 19 9 2 4 2 2 6 2 1 5 7 5 3 1 9 4 7 1 4 6 0.13 2.25 37 P -1 -2 -3 -1 -3 -1 0 -3 -2 -5 -5 -2 -3 -3 8 -2 -2 -3 -4 -3 6 2 1 4 0 3 5 2 1 1 1 2 1 1 60 2 2 1 1 2 1.44 2.24 38 N 0 2 1 1 -3 -1 0 -2 4 0 0 -1 0 0 -3 -2 -2 -2 2 0 8 11 6 7 1 2 7 4 9 5 9 3 3 4 1 2 2 1 7 6 0.14 2.26 39 V 3 -1 -3 -2 -1 -2 1 -3 0 1 -1 -3 0 -1 -2 -2 -2 2 -1 2 25 3 1 3 1 2 11 2 2 7 6 1 2 3 2 3 2 3 3 13 0.23 2.27 40 E 2 2 0 2 -3 1 2 -2 1 -2 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -2 -3 -2 18 12 4 11 1 5 11 3 3 2 6 5 2 1 3 4 3 1 1 2 0.18 2.28 41 G 0 2 -2 2 -2 1 4 -1 1 -3 -3 1 -1 -4 -3 -1 -1 -2 -3 -3 9 9 2 12 1 7 25 4 3 2 2 7 1 1 2 3 3 1 1 2 0.35 2.28 42 W 0 1 -2 -3 0 -2 -2 -2 2 1 0 -2 1 0 -2 -3 -2 8 2 0 9 7 2 2 2 2 2 3 5 8 8 3 4 4 2 2 3 19 6 6 0.48 2.28 43 F -1 0 -1 5 -2 -1 3 -3 1 -3 -2 -2 -1 0 -2 -2 -2 4 0 -3 4 5 3 30 1 2 16 3 3 2 4 2 2 3 2 2 2 5 3 2 0.47 2.26 44 E 0 3 -1 0 -1 1 3 -3 2 -3 -3 1 -1 -3 -2 -1 -1 0 -2 -3 9 15 3 5 1 6 20 2 4 2 3 8 1 1 2 5 4 1 1 2 0.28 2.26 45 S 1 1 1 2 -1 2 2 -1 1 -3 -3 0 -1 -2 -1 -1 0 1 -1 -2 10 6 6 9 2 7 11 4 4 2 3 5 2 2 3 5 7 2 2 2 0.11 2.26 46 A 0 0 0 1 1 0 1 2 3 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 2 -1 -2 7 6 5 7 3 4 9 15 6 3 3 5 3 3 4 4 3 2 2 3 0.10 2.25 47 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 48 L -1 -3 -4 -3 -1 -4 -4 -4 -1 2 1 -4 0 6 -2 -3 -1 3 3 2 5 2 1 2 1 1 1 1 1 10 11 1 3 26 2 2 4 3 11 12 0.58 2.26 49 P -2 -2 -2 2 -2 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -3 -2 -5 7 -1 -2 -4 -3 -3 4 3 2 13 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 53 5 2 0 1 2 1.23 2.25 50 S 0 4 -3 1 -4 0 2 -4 1 -3 -2 0 -1 -2 1 -2 -1 4 -1 -1 7 23 1 7 0 4 11 1 3 1 4 6 2 2 7 2 3 5 2 4 0.37 2.28 51 E 0 -1 -2 3 -4 0 5 -2 1 -5 -5 -1 -4 -5 0 -1 -2 -4 -4 -5 9 3 1 17 0 4 39 3 4 0 1 3 0 0 6 4 2 0 0 1 0.75 2.29 52 L -1 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 3 4 -4 0 2 -5 -4 -1 5 -2 2 6 1 2 1 0 2 2 2 1 13 32 1 2 7 0 1 3 6 1 14 0.54 2.29 53 A -2 0 -4 -4 -4 0 -3 -5 0 2 1 -1 1 2 -5 -4 -3 7 1 2 4 5 1 1 0 4 2 1 3 12 13 5 3 8 0 1 1 15 5 13 0.53 2.27 54 K 1 4 -1 1 -5 2 2 -3 -2 -5 -3 3 -2 -5 0 -2 -1 -4 -4 -4 11 20 2 7 0 9 12 2 1 0 3 16 1 0 4 2 3 0 1 1 0.43 2.29 55 E 2 2 -3 -1 -4 2 2 -2 -1 -3 -2 4 -2 -3 -3 -2 -1 -3 -3 -4 16 11 1 3 0 7 14 4 1 2 5 23 1 1 1 2 3 0 1 1 0.42 2.30 56 F 3 -4 -5 -6 -1 -4 -5 -4 -3 0 4 -5 5 1 -5 -3 -3 -1 -2 -1 23 1 0 0 1 1 0 1 1 4 36 0 15 5 0 1 1 1 1 3 0.76 2.31 57 G 3 1 -2 -3 -1 -1 -4 4 -1 -4 -4 1 -3 0 -5 -2 -3 0 -1 -3 26 8 2 1 1 3 1 28 2 1 1 9 1 4 0 2 1 2 2 2 0.53 2.31 58 N 2 1 -2 3 -5 1 5 -2 -2 -4 -5 2 -4 -6 -4 -1 -3 -4 -5 -5 14 7 2 13 0 6 32 3 1 1 1 11 0 0 1 4 2 0 0 0 0.65 2.31 59 L 3 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 0 -1 3 -2 3 -1 -5 -2 -2 -3 -3 -2 21 6 3 2 0 5 3 3 3 4 28 2 6 2 0 3 2 0 1 2 0.32 2.31 60 G -3 -3 -1 -1 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -5 -3 -5 -2 -5 -6 1 2 3 4 0 1 1 80 0 0 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1.77 2.30 61 V -3 -4 -5 -6 -3 -5 -6 -5 -3 1 4 -5 1 4 -5 -5 -4 6 2 0 2 1 0 0 1 0 0 1 1 7 43 1 3 13 0 0 0 11 6 6 0.97 2.31 62 L 0 -5 -3 -4 -2 -4 -5 -1 -1 0 4 -5 3 3 -4 -3 -1 6 2 -1 7 1 1 1 1 1 0 5 2 4 33 1 7 9 1 2 4 9 6 3 0.57 2.31 63 G 2 -1 2 -3 1 -3 -3 5 -2 -4 -4 -3 -2 -4 -3 0 -1 -1 -4 -3 15 4 8 2 3 1 2 44 1 1 2 1 1 1 1 5 3 1 1 2 0.74 2.30 64 M -1 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -2 2 3 -4 4 0 2 -3 -2 -1 -1 1 6 2 1 2 2 1 1 2 1 12 26 1 11 4 12 2 2 1 2 10 0.46 2.31 65 H 0 -2 0 0 0 -1 -1 0 4 -2 -2 -3 -1 2 1 0 2 0 1 -2 9 3 4 5 2 3 5 7 10 2 4 1 2 7 7 6 13 1 4 2 0.17 2.31 66 L -1 -4 -5 -4 -2 -4 -4 -5 -3 4 2 -4 1 2 -1 -3 -2 6 0 3 6 1 1 1 1 1 1 1 1 19 16 1 3 9 4 2 2 10 3 17 0.58 2.30 67 Q -2 -2 -3 0 -4 -1 4 -3 -2 -5 -3 -1 -3 -3 7 -2 -2 -3 -3 -5 3 3 1 5 0 2 23 2 1 1 2 4 1 1 44 2 2 0 1 1 1.12 2.29 68 G 1 -1 -3 0 -3 0 6 0 -2 -5 -5 0 -3 -5 -2 -2 -3 -2 -4 -4 11 3 1 5 1 3 49 8 1 1 1 6 1 1 2 3 1 1 1 1 0.84 2.29 69 Y -1 -2 -3 -1 -2 -2 0 -4 2 -3 -1 -3 -2 2 -1 -2 -2 3 7 -1 5 2 1 4 1 2 7 2 5 1 6 2 1 8 3 3 2 3 38 4 0.82 2.27 70 G -2 -3 -2 -1 -3 -2 -3 6 1 -5 -4 -3 -3 -2 -3 -2 -3 1 -1 -4 2 2 2 4 1 2 2 63 3 1 2 1 1 2 2 2 2 2 3 1 1.14 2.25 71 C -2 -4 -3 -2 1 -3 -4 7 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -4 -4 3 1 1 2 3 1 1 72 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1.43 2.25 72 A 2 0 -3 -3 -2 0 -2 2 0 -2 1 -2 1 -1 1 1 -1 -1 -2 -2 15 6 1 1 1 5 3 14 2 2 13 2 4 3 6 9 4 1 1 3 0.13 2.26 73 G -1 -2 0 0 -2 -2 0 6 -2 -4 -4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -4 4 2 4 6 1 2 7 54 1 1 2 2 1 1 2 2 2 1 1 1 0.88 2.27 74 T 1 -2 -3 -3 -1 -1 -2 2 -2 -1 3 -3 3 1 -2 -2 -2 3 -1 0 10 3 1 2 1 3 3 13 1 3 25 2 6 5 2 2 3 3 2 6 0.21 2.28 75 N -2 -2 0 4 -1 -2 -2 2 -1 -3 -4 -2 -2 -3 1 3 1 0 -2 -4 2 2 5 20 1 2 2 14 1 1 2 2 1 1 7 20 9 1 1 1 0.39 2.29 76 A 0 -1 1 -1 0 0 -2 -2 1 0 0 -1 2 2 0 -1 -1 2 3 -1 8 4 6 4 2 4 2 3 3 5 8 3 5 8 6 4 4 2 10 4 0.09 2.28 77 V -1 -1 -1 -2 1 -1 -1 -1 0 0 1 -2 1 1 -1 -1 0 2 1 1 5 4 3 3 2 3 5 4 3 5 15 3 4 7 4 5 7 3 4 10 0.05 2.26 78 S -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 79 Y 0 1 -1 -2 -2 2 0 -3 2 -3 0 -1 1 0 -4 0 0 1 5 -2 9 7 2 3 1 10 6 2 5 1 8 3 3 4 1 6 5 2 19 2 0.31 2.30 80 G 3 -2 -1 -3 3 -1 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227 S 1 -2 -2 4 -5 -2 5 -2 -2 -6 -6 -1 -5 -5 -4 2 -1 -5 -5 -5 12 2 1 23 0 1 31 4 1 0 0 3 0 0 0 15 4 0 0 0 0.81 2.18 228 A 2 0 7 1 -1 0 -3 -4 3 -6 -5 -3 -1 -3 -5 -1 -3 0 0 -5 17 4 42 8 1 5 1 1 6 0 1 1 2 1 0 3 1 2 3 0 0.95 2.15 229 Q -3 3 -5 -5 -3 -3 -4 -6 -4 2 4 -4 3 -3 -5 -5 -3 -4 -4 3 2 15 0 0 0 1 1 0 0 12 37 1 6 0 0 1 1 0 0 21 0.82 2.07 230 L -5 -6 -6 -7 -4 -6 -7 -6 -6 4 5 -6 0 -1 -6 -6 -4 -6 -5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 61 0 1 2 0 0 0 0 0 15 1.35 2.18 231 P -3 -5 -4 -5 -5 -4 -5 7 -5 0 -4 -5 -3 -6 1 -3 -4 -6 -6 -2 1 0 0 0 0 1 1 74 0 6 1 0 1 0 8 1 1 0 0 4 1.59 2.12 232 L -2 -3 -1 -1 -5 -1 5 4 -2 -5 -1 -2 -4 -5 -1 -3 -3 -4 -5 -3 3 1 3 3 0 2 39 29 1 1 6 2 0 0 4 1 1 0 0 2 0.83 2.08 233 A 2 -3 -1 -3 -4 -2 2 3 -3 -2 -3 -2 -3 -5 0 -2 -2 -5 -4 3 14 2 3 1 0 2 16 24 0 2 2 2 0 0 4 2 2 0 0 21 0.49 1.97 234 E -3 -1 0 3 -6 0 7 -1 -2 -6 -6 -1 -5 -7 -2 -2 -3 -7 -6 -6 1 2 4 13 0 3 61 5 1 0 0 3 0 0 2 2 1 0 0 0 1.29 2.12 235 G -3 -6 -4 -5 -6 -6 -6 8 -6 -8 -8 -5 -7 -7 -6 -4 -5 -6 -7 -7 0 0 0 0 0 0 0 100 0 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