Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -4 2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 3 -2 -5 -5 -3 63 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 1.17 1.34 2 P 1 -4 -4 -4 -5 -1 -4 -2 -5 -5 -5 -4 -3 -6 8 0 0 -6 -6 -3 10 0 0 0 0 4 0 2 0 0 0 0 1 0 69 8 5 0 0 1 1.83 1.54 3 M -1 3 -3 2 -6 1 1 -2 3 -1 -1 -1 1 1 -4 -4 -4 -4 3 0 4 15 0 14 0 6 9 3 8 3 7 3 3 5 1 0 0 0 11 6 0.35 1.63 4 G 3 -4 -4 -4 -5 -4 -3 6 -3 -6 -6 -4 -5 -6 -3 1 -3 -2 -5 -5 23 1 0 0 0 0 2 58 1 0 0 0 0 0 1 12 1 1 0 0 1.26 1.66 5 S 2 -3 -2 -4 -4 -2 -4 -1 -2 0 -2 -4 -1 0 0 3 1 -5 -4 3 19 1 1 0 0 1 0 4 1 5 4 0 1 4 5 26 7 0 0 19 0.44 1.71 6 D -2 -2 6 4 -6 1 0 -1 2 -4 -5 -2 -3 -3 -3 0 -1 -6 -1 -3 3 2 33 23 0 6 5 4 4 1 1 1 1 1 1 7 3 0 3 2 0.79 1.72 7 P -1 -2 -1 0 -5 -1 -2 -1 0 2 -3 -1 -2 -2 2 2 2 -3 -4 3 3 2 2 5 0 2 2 5 3 10 2 4 1 1 9 14 12 0 0 20 0.28 1.77 8 A 1 -4 -2 -1 2 -3 -3 -1 -5 -4 -4 -4 -3 -4 6 1 -2 -6 -3 -2 13 1 1 4 5 1 1 5 0 0 2 1 1 1 47 13 2 0 1 3 1.08 1.77 9 T 0 1 -2 0 -5 0 2 -3 -3 -1 -2 0 0 -4 0 3 3 -3 -4 0 6 6 1 4 0 4 12 2 0 3 3 6 2 1 4 20 18 0 0 6 0.31 1.82 10 A 0 -2 0 4 -5 -2 1 -4 -3 0 -4 0 -3 -1 -1 2 2 -6 -2 -1 7 1 5 27 0 1 7 1 0 5 1 5 1 3 3 14 13 0 1 5 0.45 1.84 11 C -3 -7 -6 -7 11 -5 -6 -5 -6 -2 -5 -5 -3 -5 -6 -3 -3 -6 -6 -3 1 0 0 0 92 0 0 0 0 3 0 1 0 0 0 1 1 0 0 1 3.31 1.86 12 C -4 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -5 -4 -6 -5 -4 -6 -4 -4 -6 -3 -4 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 3.59 1.88 13 F -4 -1 -2 -4 -5 -3 -3 -5 -2 -1 3 -3 1 6 -4 -3 -2 -2 2 0 1 3 2 1 0 1 1 0 1 3 30 1 3 33 1 1 3 0 7 6 0.82 1.88 14 S 0 2 1 0 -5 1 0 -1 -1 -4 -5 3 -3 -4 -4 4 1 -6 -3 -4 6 11 7 4 0 5 4 5 2 1 0 15 1 1 0 27 9 0 1 1 0.48 1.94 15 Y -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 1 -2 0 -4 1 5 -5 -4 0 0 7 1 1 0 0 0 0 0 0 0 3 1 9 1 4 22 1 1 5 1 43 9 1.31 1.94 16 T 0 -2 -1 -4 -3 0 -4 -4 3 2 -2 -2 0 1 -4 2 4 -5 0 1 6 3 3 0 0 4 1 1 6 10 3 2 3 5 0 16 24 0 3 11 0.40 1.92 17 A -1 2 2 -1 -4 2 1 -3 1 -4 -4 2 -3 -5 1 3 2 -6 -4 -4 4 9 8 4 0 7 7 1 4 1 2 13 1 0 6 19 12 0 0 1 0.40 1.91 18 R -2 5 0 -4 -4 2 -2 0 2 -4 -5 5 -2 -3 -4 -2 -1 0 -2 -4 2 28 4 1 0 8 2 7 5 1 1 30 1 1 0 2 3 1 1 1 0.78 1.89 19 K -1 3 -2 -3 -5 1 -1 -4 -2 -1 -3 4 0 -3 3 -2 -1 -3 -5 0 6 16 2 1 0 7 3 1 1 4 2 27 2 1 17 2 3 0 0 6 0.58 1.85 20 L -4 -4 -4 -6 -3 -5 -6 -6 -4 6 3 -4 0 -2 -3 -4 -3 -3 -2 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 53 25 1 2 1 1 1 1 0 1 10 1.20 1.88 21 P -3 0 -1 -2 -6 -2 -3 -4 1 -5 -4 -1 -3 -5 8 1 -3 -6 -4 -4 1 5 3 2 0 2 1 1 3 1 2 3 0 0 64 9 1 0 0 1 1.64 1.87 22 R -2 3 -3 -4 3 0 -2 -3 -1 1 1 0 0 0 1 -2 -2 3 -1 1 3 17 1 1 5 4 2 2 2 7 15 6 2 4 7 3 2 4 2 10 0.26 1.87 23 N -1 3 2 -1 -4 3 -1 -2 2 -4 -4 4 -3 -3 -3 1 -1 -1 -4 -3 5 17 10 3 0 11 2 3 5 1 1 24 1 1 1 10 4 1 0 1 0.55 1.88 24 F -2 4 1 -4 -4 0 -3 -4 2 1 2 2 0 2 -4 -2 -3 2 -2 -1 4 19 8 1 0 3 1 1 4 8 17 11 2 9 0 2 1 3 1 5 0.37 1.83 25 V -3 -5 -4 -6 -4 -6 -6 -5 -6 5 3 -6 1 -2 -4 -4 -3 -6 -3 4 1 0 1 0 0 0 0 1 0 35 23 0 3 1 1 1 0 0 0 33 1.11 1.85 26 V 0 2 -3 -2 -3 2 0 -4 0 -1 -2 3 0 -2 -5 -2 0 -6 -2 3 7 11 1 2 0 9 6 1 2 4 4 19 2 1 0 3 5 0 1 22 0.39 1.85 27 D -1 0 1 2 3 -2 -2 2 1 -6 -5 -2 -2 -4 -5 4 0 -1 -1 -5 3 6 6 13 5 1 3 16 3 0 0 2 1 1 0 31 6 1 2 0 0.54 1.87 28 Y -4 -4 -5 -5 -2 -5 -6 -5 0 -2 -4 -5 -4 3 -6 -4 -4 4 9 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 2 3 1 0 0 8 0 0 0 5 74 2 2.16 1.87 29 Y -3 4 -3 -3 -4 3 1 -5 1 -2 -3 0 -2 2 -5 -2 1 -2 4 -1 1 20 1 1 0 13 9 1 3 2 3 6 1 9 0 3 9 0 15 5 0.52 1.81 30 E -3 2 -1 -3 -5 1 2 -3 1 2 0 2 0 -1 -1 -2 -1 2 0 -2 1 12 3 1 0 5 16 2 3 13 10 11 3 2 3 3 3 3 3 2 0.26 1.77 31 T 0 -3 -1 -3 -4 3 -1 -4 -2 -1 -3 -3 -1 -5 -1 0 6 -2 -4 -1 8 1 3 1 0 12 3 0 1 4 2 1 1 0 3 5 50 1 0 4 0.85 1.77 32 S -2 0 2 0 -2 0 -1 0 2 -2 -3 0 -3 -3 -2 4 1 -5 -3 -4 2 4 9 5 1 4 4 7 5 3 3 4 1 1 2 37 7 0 1 1 0.46 1.78 33 S -1 -1 0 0 -5 1 0 0 0 -3 -3 0 -2 -3 0 5 0 -6 -3 -4 4 3 4 6 0 7 7 8 2 1 2 4 1 1 5 39 4 0 1 1 0.49 1.77 34 L -2 1 -1 -1 0 2 0 2 0 -2 0 0 -1 -3 -3 2 0 -2 -2 -2 3 8 3 3 2 10 7 16 2 2 9 4 1 1 1 17 6 1 1 2 0.22 1.73 35 C -2 -3 -5 -5 11 -5 -5 -2 -5 -2 -3 -3 -4 -2 -2 -2 -2 0 -5 -2 2 1 0 0 76 0 0 4 0 2 2 2 0 2 2 2 2 1 0 2 2.41 1.61 36 S -1 1 0 0 -1 0 -1 -2 -1 -3 -2 -1 -1 -2 5 3 0 -5 -2 -3 4 7 4 4 1 4 3 3 1 1 3 2 2 2 27 23 5 0 1 1 0.52 1.63 37 Q -2 1 0 -3 -2 2 -2 -4 1 3 0 2 1 -2 -3 -2 -2 -1 -1 1 2 8 5 1 1 9 2 1 3 17 10 15 4 1 2 2 2 1 2 10 0.28 1.61 38 P -1 0 1 2 -5 0 2 -3 0 -5 -4 2 -2 -3 5 0 -2 -5 -2 -3 4 6 7 10 0 4 11 2 2 0 2 13 1 1 25 6 2 0 1 2 0.51 1.58 39 A 6 -2 -2 -2 -4 -4 -2 2 -1 -4 -3 -4 -4 -2 -4 -1 -1 -5 -4 -2 61 2 2 2 0 0 3 17 2 0 2 0 0 1 0 2 4 0 0 2 0.96 1.62 40 V 0 -3 1 -3 -4 -3 1 -4 -3 1 0 -3 3 2 -4 1 1 -3 2 1 9 0 9 0 0 0 9 1 0 9 9 0 9 9 0 9 9 0 9 9 0.26 1.12 41 V -3 0 0 -4 -4 0 -4 -1 -4 4 0 -1 2 0 0 -3 -3 -4 -3 4 1 5 5 0 0 5 1 5 0 27 6 5 5 5 5 1 0 0 0 27 0.47 1.12 42 F 0 1 -4 -4 -4 -3 -4 0 -3 1 0 -3 3 2 -4 0 1 5 2 1 8 8 0 0 0 0 0 8 0 8 8 0 8 8 0 8 8 8 8 8 0.31 1.23 43 Q -2 0 -1 1 -4 0 1 -2 1 0 -1 1 1 -1 -4 -1 2 2 0 2 3 5 3 7 0 3 9 4 4 5 6 9 3 3 0 3 11 3 3 15 0.14 1.56 44 T 0 1 1 -4 -4 -3 -4 0 -4 1 0 -3 3 2 1 0 1 5 -3 0 8 8 7 0 0 0 0 8 0 8 8 0 7 7 8 8 8 7 0 8 0.25 1.34 45 K -2 3 -1 -4 -1 0 -1 -3 0 -1 -2 5 0 -2 -1 -2 -2 1 -2 0 3 15 2 0 1 3 3 2 2 4 3 39 2 2 3 2 2 2 1 6 0.61 1.79 46 R -2 3 1 -1 -1 1 -1 -1 0 -3 -1 5 -1 -3 -1 -1 -2 0 -5 -3 3 16 7 3 1 5 3 4 2 2 7 32 2 1 3 4 2 1 0 2 0.50 1.84 47 S -2 1 2 0 -6 -1 -2 5 0 -6 -4 0 -1 -2 -1 -2 -2 -5 -1 -3 3 6 8 6 0 3 2 46 3 0 2 6 2 2 4 3 2 0 2 2 0.70 1.84 48 K -3 5 -1 -2 -6 0 -1 -3 0 -2 -1 4 -1 -2 -3 -1 -2 0 -2 -3 1 34 3 2 0 3 3 2 3 2 5 26 2 2 1 4 2 1 1 2 0.73 1.93 49 Q -2 1 -1 -1 -6 4 3 -4 1 -2 -2 2 0 0 -2 -1 0 0 -1 -2 3 6 3 3 0 17 20 1 3 2 4 13 3 4 2 4 5 1 3 2 0.38 1.97 50 V -2 -3 -4 -6 -2 -4 -6 -4 -2 5 1 -4 0 2 -4 -3 -2 -5 -2 4 4 1 1 0 1 1 0 1 1 32 14 1 2 8 1 2 1 0 1 30 0.84 1.96 51 C -4 -2 -6 -7 11 -6 -7 -2 -6 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -2 -4 -6 -6 -4 0 3 0 0 90 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3.19 1.78 52 A 5 -5 -2 -5 -2 -4 -4 0 -5 -2 -3 -4 0 -3 -4 0 -1 -6 -2 2 60 0 2 0 1 0 0 6 0 1 2 0 2 1 0 4 3 0 1 15 0.93 1.70 53 D -4 -1 5 6 -6 -1 -1 -3 0 -5 -1 -1 -2 -4 0 -1 -2 -2 -5 -4 1 3 26 38 0 2 2 1 2 0 6 4 1 1 5 3 2 1 0 1 0.90 1.72 54 P -2 -3 -3 -3 -6 0 -3 -4 -1 -4 -4 -1 -5 -3 8 -2 -3 -6 -5 -4 3 1 1 1 0 4 1 1 1 1 2 4 0 1 74 3 1 0 0 1 1.93 1.72 55 S -2 1 3 1 -3 1 1 -3 -1 -2 -4 4 -2 -4 -3 2 1 -2 -3 -4 3 6 12 6 1 5 7 2 1 3 1 26 1 1 1 15 9 1 1 1 0.46 1.75 56 E 1 -2 0 3 -5 3 3 -4 -1 -4 -2 1 -1 -3 -4 -2 -2 -2 -3 -1 12 1 4 18 0 15 22 1 1 1 4 8 1 1 1 2 2 1 1 4 0.51 1.79 57 S 0 1 -1 1 -6 1 0 -1 0 -3 -3 4 -3 -5 3 -1 0 -3 -4 -3 7 6 3 8 0 5 6 5 2 1 3 25 1 0 14 5 5 0 1 1 0.36 1.83 58 W -5 -1 -5 -4 -3 -3 -4 -4 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -7 -5 -5 12 -1 -5 1 3 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 83 0 1 3.43 1.83 59 V -1 -6 -4 -6 -4 -5 -3 -6 -6 0 -2 -5 -3 -2 -5 -4 -1 -6 -4 7 4 0 1 0 0 0 2 0 0 3 1 0 0 2 0 0 3 0 0 84 1.63 1.77 60 Q -4 1 -2 -2 -6 6 0 -4 -2 -3 -4 4 1 -5 -3 -3 -2 2 -5 -4 1 8 2 1 0 44 4 1 1 1 1 27 3 0 1 1 2 2 0 1 1.12 1.79 61 E -2 2 2 3 -6 1 2 -3 -1 -4 -4 4 -2 -5 -3 -2 -2 -6 -3 -5 3 12 11 16 0 5 14 2 2 1 1 23 1 0 1 2 2 0 1 1 0.60 1.80 62 Y 2 -3 -1 -6 3 -3 -4 -3 2 1 1 -3 -1 -1 -5 -1 -2 -2 6 0 18 1 3 0 7 1 1 2 4 9 15 1 1 1 0 4 3 0 24 5 0.57 1.80 63 V -4 -3 -6 -6 -5 -2 -6 -4 -5 5 2 -2 7 -1 -6 -5 -2 -5 -2 2 0 1 0 0 0 2 0 1 0 30 14 2 31 3 0 0 1 0 1 13 1.14 1.76 64 Y -1 3 2 -1 -3 1 1 -4 0 -4 -4 5 -1 -4 -5 -1 0 -2 -4 -4 4 17 9 3 1 7 7 1 2 1 1 34 1 0 0 4 6 1 0 1 0.65 1.77 65 D -2 3 0 1 -1 -1 -1 -4 4 -1 -2 3 -1 0 -5 0 -1 -1 3 -3 2 13 5 9 2 3 3 1 11 4 4 17 2 3 0 7 3 1 9 1 0.39 1.78 66 L -5 -5 -6 -7 -3 -5 -5 -7 -6 1 6 -4 2 -1 -4 -5 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 72 1 5 2 1 0 0 0 0 9 1.30 1.74 67 E -4 1 1 6 -7 2 3 -4 -4 -6 -6 3 -5 -7 -4 -2 -3 -7 -6 -6 0 6 6 42 0 8 17 0 0 0 0 18 0 0 0 1 0 0 0 0 1.14 1.69 68 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 5 -5 5 -2 -5 -5 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 68 0 15 0 0 0 0 0 0 13 1.19 1.10 K Lambda Standard Ungapped 0.1294 0.3186 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1725 0.3170 PSI Gapped 0.0528 0.2670