Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -4 -6 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 4 2 -6 5 -3 -6 -5 -4 -6 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 16 0 13 0 0 0 0 0 0 52 1.27 1.55 2 V 1 -1 -5 -6 -2 -4 -4 -6 -6 3 2 -4 1 -4 -4 -3 1 -6 -5 4 12 4 0 0 1 1 1 0 0 15 20 0 3 0 1 1 10 0 0 30 0.66 1.80 3 D -5 -5 -1 8 -7 -2 0 -5 -3 -7 -7 -3 -7 -7 -4 -3 -3 -8 -7 -7 0 0 1 90 0 1 2 0 1 0 0 1 0 0 0 1 2 0 0 0 2.27 1.89 4 T -2 -2 -2 -2 -1 -2 0 -5 -2 -2 -5 -2 -3 -6 7 -2 0 -4 1 1 2 2 2 2 1 2 5 1 1 2 1 2 0 0 53 3 6 0 5 9 1.19 1.94 5 C 1 -4 1 -4 4 -3 -3 -4 7 -4 -3 -3 -5 -3 -2 3 -1 1 4 -3 10 0 6 0 8 1 1 1 24 1 3 1 0 1 2 21 4 2 14 2 0.82 1.94 6 S -1 -4 -2 1 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -2 5 4 -6 0 -4 4 0 1 7 0 1 0 0 1 0 3 1 1 1 2 49 25 0 3 1 0.95 1.97 7 L -3 -3 -3 -5 -3 0 -3 -5 1 -3 1 -4 -3 4 1 -2 -2 -2 7 -3 2 2 1 1 1 4 1 1 3 1 15 1 0 17 6 3 2 0 37 1 0.99 1.99 8 A 5 2 -3 -3 -4 0 -2 -1 -2 -5 -3 -1 -5 -5 -4 3 -1 -6 -2 -3 41 11 1 1 0 5 2 5 1 0 2 4 0 0 0 21 4 0 1 1 0.69 2.01 9 S 1 2 5 -1 -4 1 -1 -4 -1 -4 -1 -1 -3 -4 -2 2 1 -6 -3 -4 11 10 27 3 0 7 4 0 1 1 6 2 1 0 2 15 7 0 1 1 0.51 2.02 10 P -3 -1 1 -3 -4 -2 -3 -1 -1 -3 -1 -4 -5 -4 7 -2 -3 -4 2 -3 2 4 6 1 0 1 1 6 1 2 7 1 0 1 54 3 1 0 6 1 1.24 1.98 11 A 1 -2 1 4 -4 -1 2 -3 0 -3 -2 -2 -4 0 -1 0 0 -3 3 -4 11 3 6 22 0 2 11 2 2 1 4 2 0 5 3 7 6 0 11 1 0.37 2.00 12 S -2 4 1 2 -4 1 2 -3 2 -5 -3 0 -3 0 -3 0 -1 -3 2 -4 4 21 6 11 0 7 12 2 4 1 2 6 0 3 1 8 4 0 6 1 0.40 1.97 13 V 2 -3 -3 -1 0 -2 -4 -2 -2 2 0 -2 -2 0 2 -1 0 1 0 2 17 1 1 3 2 1 1 4 1 10 10 2 1 5 11 4 7 2 3 15 0.23 2.01 14 C -1 -5 -3 -5 1 -4 -4 -3 -2 2 -1 -5 -2 4 -3 -3 -1 5 5 3 6 0 1 1 3 1 1 3 1 11 4 1 1 18 1 2 4 7 16 19 0.66 2.08 15 R -3 4 -1 3 -4 2 0 -5 0 -2 -1 2 -3 -4 -1 -1 0 -4 -3 0 2 19 2 17 0 8 4 1 2 2 7 13 1 1 3 3 6 0 1 8 0.40 2.04 16 T -3 -5 -5 -5 -3 -5 -4 -6 -4 2 -1 -4 -2 -3 5 -3 2 -6 -4 5 2 1 0 0 0 0 1 0 0 9 6 1 0 1 27 1 14 0 0 34 0.97 2.15 17 K -2 1 -1 0 -4 1 2 -4 0 -1 -1 1 -2 -4 -2 1 3 -4 -1 1 3 7 2 6 0 5 13 1 3 3 7 9 1 0 2 10 16 0 3 9 0.24 2.12 18 H -3 1 1 0 -5 -1 -1 -4 10 -6 -5 -1 -4 -3 -4 0 -2 -5 1 -5 2 7 6 5 0 2 4 1 53 0 1 3 0 1 1 7 2 0 3 1 1.49 2.11 19 L -4 -6 -5 -6 -4 -2 -6 -6 -2 1 1 -6 -1 -1 -5 -4 0 -2 8 2 1 0 0 0 0 2 0 0 1 9 14 0 1 1 0 1 7 0 48 13 1.30 2.18 20 H 0 0 1 5 -4 -1 2 -3 5 -4 -5 0 -4 -2 -5 -1 0 -3 -2 -4 8 5 6 32 0 2 10 2 12 1 1 6 0 2 0 5 5 0 1 1 0.68 2.20 21 L -3 -6 -6 -6 -3 -5 -7 -6 -5 3 6 -6 -1 1 -7 -5 -4 -1 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 13 61 0 1 5 0 0 0 1 4 11 1.17 2.20 22 R -2 1 1 5 -1 -1 2 -4 1 -4 -3 0 -3 -2 -5 0 2 0 -1 -2 4 7 5 28 1 2 12 1 4 1 3 5 1 2 0 7 10 2 2 3 0.49 2.22 23 C -4 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -5 3 5 -6 0 4 -5 -5 -4 2 -2 1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 14 51 0 1 14 0 1 1 3 1 9 1.06 2.22 24 S 0 1 0 4 -4 0 2 -3 2 -4 -4 1 -3 -2 -5 1 2 -2 -1 -2 6 7 4 20 0 4 10 1 5 1 2 9 0 2 0 8 13 1 2 3 0.38 2.19 25 V -2 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -4 3 3 -5 -2 2 3 -4 -2 -3 2 3 3 0 0 1 0 0 1 1 0 13 28 0 1 8 14 1 2 0 7 18 0.66 2.18 26 D -2 -1 3 6 -4 -2 -1 -3 2 -4 -4 -2 -4 -2 -4 -1 0 -6 -3 -4 3 3 13 47 0 2 4 2 4 1 2 3 0 2 1 5 5 0 1 1 0.93 2.14 27 F -2 -1 -4 -3 -4 -3 -1 -3 -2 1 2 -3 0 5 4 -3 -2 0 0 -1 4 3 1 2 0 1 4 2 1 7 18 1 3 19 22 1 2 1 3 4 0.55 2.18 28 T 1 -2 0 3 -3 0 3 0 -1 -4 -4 0 -4 -5 0 0 2 -4 -3 -3 12 2 5 16 1 4 18 7 2 1 1 6 0 0 4 7 11 0 1 2 0.38 2.22 29 R 1 1 2 1 -3 1 1 -1 -1 -4 -3 2 -4 -3 0 1 2 -6 -4 -3 11 7 9 8 0 7 8 4 2 1 2 12 0 1 4 8 12 0 0 2 0.26 2.22 30 R -1 2 0 0 -1 1 0 -2 1 -5 -2 3 -1 2 -2 -1 3 0 -2 -3 5 9 5 5 1 7 6 4 3 0 5 16 1 7 2 5 15 1 2 1 0.25 2.23 31 T -1 3 -1 -2 -3 0 -1 -3 0 0 -3 0 -2 -2 -3 1 4 -2 -1 0 4 15 3 2 1 4 4 2 2 5 2 6 1 1 1 9 27 1 2 7 0.38 2.25 32 L -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -4 3 2 -5 -1 6 -5 -4 -1 -3 2 3 2 1 1 0 1 0 1 0 0 14 18 0 1 29 0 1 4 0 7 19 0.90 2.22 33 T -1 2 0 1 -3 0 1 -3 2 -1 -3 1 -3 -3 -3 2 2 -2 -1 0 6 9 4 9 1 4 7 2 4 4 3 7 1 1 1 16 12 1 2 7 0.20 2.19 34 G 1 -3 -1 -4 -2 -4 -4 6 -3 -4 -5 -4 -4 -3 -4 1 -2 -5 -3 -1 9 1 2 1 1 1 1 60 0 1 1 1 1 1 1 10 2 0 1 5 1.14 2.13 35 T -3 2 0 -1 -2 -1 1 -4 1 -2 -3 2 -2 -1 -4 2 4 -1 -1 0 2 12 4 3 1 3 9 1 3 3 2 10 1 3 1 14 21 1 2 6 0.35 2.21 36 A 3 -4 0 -4 0 -3 -1 -4 -6 -1 -1 -4 0 -4 -4 0 2 -6 -4 4 21 1 4 1 2 1 4 1 0 3 7 1 2 1 1 7 13 0 0 30 0.54 2.24 37 A -1 1 -1 -1 -2 0 1 -4 -1 0 -3 1 -3 -4 -4 0 4 0 -3 1 6 8 3 4 1 4 8 1 1 4 3 7 1 1 0 8 27 1 1 10 0.36 2.27 38 L -3 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -6 -1 6 3 -5 1 0 -5 -2 -2 -2 0 2 2 1 1 0 1 1 1 1 2 41 21 1 3 3 1 3 2 1 4 13 0.89 2.26 39 T -2 3 0 2 -3 1 1 -4 2 -2 -2 0 -2 -3 -4 0 4 -2 -2 -2 3 14 4 10 1 7 8 1 4 2 3 5 1 1 1 8 23 1 2 4 0.39 2.28 40 V 0 -1 -4 -5 -1 -3 -5 -3 -3 3 3 -4 1 4 -3 -4 -3 -2 0 2 7 4 1 1 1 1 1 2 1 14 24 1 3 18 1 1 1 0 3 15 0.58 2.29 41 Q -1 3 2 1 -3 1 2 -4 0 -2 -3 2 -2 -4 -3 -1 2 -3 -2 -1 4 13 9 7 1 6 11 1 2 3 3 12 1 1 1 4 13 1 1 5 0.27 2.27 42 S 2 1 -1 -4 3 -2 -3 -4 -2 -1 -2 -2 -1 -2 3 0 -1 1 -2 3 18 8 3 1 6 2 1 1 1 4 3 2 2 2 13 6 4 2 1 17 0.29 2.24 43 Q 0 0 1 -1 -2 0 -2 -2 1 0 1 1 -1 -2 -2 -1 2 -2 -1 0 7 5 7 3 1 5 3 3 3 6 16 8 1 1 2 3 12 1 2 8 0.07 2.27 44 E 0 1 0 0 -2 3 2 0 0 -3 -4 1 -2 -1 0 0 1 -1 -3 -2 9 6 4 4 1 11 15 6 2 2 2 7 1 3 4 6 7 1 1 4 0.16 2.26 45 D 1 -2 1 4 -2 0 1 0 -1 -3 -4 -1 -2 -3 3 0 -2 -1 -2 -3 11 2 7 19 1 4 8 7 1 1 2 4 1 1 13 7 3 1 2 2 0.29 2.22 46 N 1 -1 1 0 -1 -1 -1 1 1 -3 -3 -1 -1 -3 0 1 3 -1 -1 -2 10 4 7 5 1 3 4 11 3 1 2 4 1 1 5 10 16 1 2 3 0.15 2.19 47 L 1 -1 -1 -1 0 0 -1 -1 0 1 0 -1 -1 -1 0 0 2 0 -2 0 13 3 3 4 2 5 4 5 2 8 11 4 2 3 4 6 10 2 2 6 0.03 2.08 48 R 0 1 2 1 0 0 -1 0 2 -3 -3 0 -1 -2 0 1 1 1 -1 -2 7 7 8 8 2 4 4 7 5 2 2 6 2 2 5 10 8 2 2 3 0.08 2.27 49 S -1 0 -1 -1 1 0 0 -1 0 -1 0 -1 1 0 0 1 0 2 -1 -1 6 5 3 4 3 5 7 4 3 4 8 4 4 4 4 11 6 3 3 5 -0.03 2.29 50 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 51 V -2 0 -1 -1 1 -1 -1 -4 1 1 -2 -1 -1 3 -2 -1 1 3 0 2 4 5 4 4 3 3 5 1 3 8 4 4 2 10 3 4 7 3 2 16 0.13 2.24 52 L -4 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -5 -1 2 5 -4 0 1 -4 -4 -3 0 -2 0 1 1 1 4 1 1 1 1 2 10 54 1 2 5 1 1 1 1 1 5 0.75 2.25 53 D -3 -2 3 6 -2 -2 -1 -3 6 -4 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -2 -3 2 2 11 39 1 2 3 1 18 1 3 1 1 1 1 2 1 1 1 2 0.93 2.25 54 T 1 -3 -1 -3 1 0 -3 1 -1 -1 1 -3 0 2 -3 1 0 0 0 -1 13 2 3 2 3 4 2 9 2 4 12 2 3 9 1 11 7 1 3 4 0.10 2.25 55 K 0 2 1 0 -1 0 0 -2 2 0 -2 2 -1 -2 -3 0 -1 0 -1 0 7 10 6 5 1 4 6 4 4 6 5 13 2 2 2 7 4 1 2 6 0.07 2.25 56 D 1 -1 0 1 1 2 0 1 2 -2 -3 -1 0 -1 0 -1 -1 -6 0 -2 10 4 5 7 3 9 7 12 4 3 3 3 3 3 5 5 4 0 3 4 0.07 2.20 57 L -1 -1 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 1 3 -2 2 0 -1 -2 -2 2 -1 0 4 3 3 4 3 3 3 4 3 6 27 3 6 4 4 3 3 2 3 5 0.15 2.20 58 T -2 0 2 1 -2 1 2 -3 0 -2 -3 1 -1 -3 -3 0 3 -1 -2 -1 4 5 8 9 1 5 14 2 2 2 3 9 1 1 1 7 15 1 1 4 0.22 2.25 59 I -2 -4 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -2 5 2 -4 -1 0 -3 -4 -3 -6 -1 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 34 15 1 1 3 2 1 2 0 2 21 0.69 2.25 60 E -1 0 0 1 -1 0 1 -2 3 -1 -1 1 -1 -2 -3 1 2 0 -1 -1 4 4 5 7 1 5 8 3 6 4 5 7 2 2 2 11 12 1 2 4 0.08 2.26 61 K -1 1 0 -1 0 0 1 -1 0 -2 -3 1 -1 -2 -2 3 -1 1 -1 -2 6 8 4 4 2 4 9 5 3 2 3 10 2 2 2 19 4 2 2 3 0.14 2.25 62 V 0 -2 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 2 -1 -2 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2.23 72 A 1 0 -1 0 -1 0 1 -2 0 -1 -2 0 -1 -2 0 1 1 0 -1 -1 12 4 3 5 2 4 10 3 3 4 4 5 2 2 4 10 10 2 2 5 0.04 2.12 73 L 0 0 -1 -2 0 0 -1 -2 0 1 1 -1 0 -1 -1 -1 0 1 0 2 7 5 3 3 2 4 4 3 2 8 15 3 2 3 4 5 6 2 3 11 0.02 2.13 74 G 0 0 0 1 1 0 0 0 1 -1 -2 0 0 -1 -1 0 0 2 0 0 7 4 4 8 2 4 6 8 3 3 5 6 2 3 3 8 7 3 3 6 -0.01 2.21 75 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 76 R -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 77 Q -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 78 S 0 0 0 2 0 0 3 -2 1 -2 -2 -1 -1 -2 0 1 0 1 0 -1 7 5 4 12 2 4 15 4 3 3 4 4 2 2 5 9 6 2 3 5 0.12 2.18 79 Y -1 -1 0 -1 1 0 -1 -2 2 0 -1 -1 0 0 1 -1 0 2 3 0 4 4 5 4 3 4 5 3 5 6 5 3 3 4 6 4 7 3 9 8 0.06 2.22 80 K -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 81 G -1 -1 1 0 -2 0 -1 4 0 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 1 0 -1 -1 5 4 7 5 1 4 5 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