Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -1 -2 -2 -6 4 4 -4 1 -5 -5 6 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 18 25 0 3 0 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.97 2 A -3 -4 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -6 2 -1 -5 -2 -4 -5 -5 -3 -6 -4 7 1 1 0 0 0 1 0 0 0 6 3 0 0 0 0 0 1 0 0 89 1.70 1.52 3 E -4 -3 -2 3 -7 -1 7 -5 -2 -5 -6 -2 -5 -7 -4 -3 -3 -6 -5 -6 0 0 1 12 0 1 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.84 1.64 4 F 0 -1 -2 2 -6 0 4 0 -2 -2 -3 -1 0 -5 3 -1 -1 -4 -4 -1 9 3 2 11 0 4 25 8 1 2 2 4 2 0 15 3 4 0 0 5 0.41 1.72 5 G -3 -3 0 0 0 -3 -1 6 -3 -7 -6 -3 -4 -5 -2 -1 -2 -3 -4 -6 1 1 5 5 3 1 3 70 1 0 1 1 1 0 2 3 2 0 0 0 1.34 1.71 6 K -4 -3 -3 0 -7 -1 7 -4 -3 -5 -6 1 -5 -7 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 1 2 0 1 88 1 0 1 0 6 0 0 0 0 0 0 0 1 1.92 1.70 7 E -3 -3 -3 2 -1 5 6 -4 -1 -4 -5 -2 -3 -5 -2 -3 -3 -6 -5 -4 2 0 0 12 2 24 51 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1.24 1.76 8 C -4 -7 -6 -7 11 -6 -7 -4 -1 -2 -5 -6 -5 -5 -6 -2 -4 -6 -2 -4 0 0 0 0 91 0 0 1 2 2 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 3.24 1.77 9 D -4 -5 -1 8 -6 -3 -1 -4 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -5 -3 -4 -7 -3 -5 1 0 1 91 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 2.25 1.79 10 C -2 -5 -4 -6 11 -6 -4 -4 -6 -4 -4 -6 -5 -4 -1 -3 -3 -2 -5 -2 3 1 1 0 81 0 1 1 0 1 1 0 0 1 4 2 1 1 0 2 2.77 1.86 11 S -3 -5 -3 -3 -6 -4 -4 7 -3 -7 -5 -5 -6 -6 -4 -2 -5 -6 -4 -6 1 0 1 1 0 1 1 90 1 0 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0 2.08 1.88 12 S -2 -2 -1 -2 1 -2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -2 1 1 4 3 1 1 -3 2 2 3 2 3 1 3 5 0 1 6 1 1 6 7 33 17 2 4 1 0.47 1.94 13 P 0 -2 0 0 -1 -1 1 -3 -1 -1 1 -1 -2 1 4 0 -1 -1 -2 0 7 2 4 4 1 3 11 2 1 3 12 3 1 5 21 7 3 1 1 6 0.26 1.92 14 E -1 -1 -1 2 -1 3 4 -3 0 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 0 -3 -3 -3 5 3 3 10 1 13 29 2 2 1 1 16 1 1 2 3 5 0 1 2 0.57 1.91 15 N -3 -3 5 5 -3 1 2 -3 1 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -6 -3 -2 1 1 25 31 1 5 15 2 3 1 2 1 1 1 1 4 2 0 1 3 0.85 1.83 16 P -2 -3 -1 0 8 -2 0 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -5 5 -1 -2 -6 -3 -4 3 1 4 6 29 2 7 1 1 1 1 3 1 0 30 6 2 0 1 1 1.10 1.82 17 C -1 -4 -4 -6 11 -4 -4 -5 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -4 -2 -1 -5 -3 -3 4 1 1 0 73 1 1 0 1 1 2 1 1 3 1 3 3 0 1 1 2.37 1.82 18 C -3 -4 -3 -3 11 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -2 -1 -5 -3 -3 -5 -2 -3 1 1 1 2 77 1 1 1 1 1 1 3 1 3 0 1 1 0 1 1 2.54 1.82 19 D -4 -2 3 5 4 0 0 -3 -1 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -2 0 -2 -1 -1 1 2 14 34 9 5 6 2 1 1 4 4 1 2 1 2 5 1 2 5 0.66 1.71 20 A 3 -2 -3 -2 0 -1 -2 -1 -1 -3 -1 -2 -1 -3 4 0 0 -1 -2 -3 28 2 1 2 2 2 2 5 1 1 7 2 2 1 23 7 7 1 2 1 0.50 1.72 21 A 1 0 0 -2 -1 0 0 -2 2 -2 -2 2 -1 0 0 1 2 -1 -2 -1 10 4 5 2 1 5 7 3 4 2 3 11 2 5 4 11 14 1 1 4 0.15 1.62 22 T -2 -2 3 2 -4 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -3 -2 0 5 -5 -1 -3 2 2 15 10 0 3 5 3 1 2 6 4 1 1 2 6 32 0 2 2 0.47 1.66 23 C -3 -5 -5 -6 11 -1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -5 0 -1 0 0 0 0 82 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 0 0 3 4 2.76 1.71 24 K -2 1 -1 -2 -5 2 -1 -3 0 -2 -1 4 3 -2 -5 -1 3 -5 -1 -2 3 8 2 2 0 8 3 2 2 3 5 24 6 2 0 3 19 0 2 3 0.40 1.94 25 L -1 0 -1 -5 -5 -1 -5 -2 1 0 4 -1 1 2 -1 -2 -1 2 0 -1 5 5 3 0 0 3 0 3 3 4 39 4 3 8 3 3 3 3 3 3 0.42 1.95 26 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 27 P 0 0 1 -1 -5 0 0 -1 1 -3 -2 2 -1 -2 4 1 -1 0 -2 -2 8 6 6 3 0 3 5 6 3 1 4 11 1 2 21 10 3 1 2 3 0.31 1.87 28 G -1 -1 2 -1 -5 -1 0 4 0 -1 -3 -1 -1 0 -2 0 -1 2 -2 -3 4 3 10 4 0 3 5 35 2 4 2 4 1 4 2 8 3 2 2 2 0.44 1.83 29 A 3 -2 -2 -2 0 -1 -2 -2 -1 -1 -2 0 -1 -1 -1 2 0 1 -1 0 29 2 2 2 2 2 3 2 2 3 4 6 2 3 4 15 6 2 2 7 0.26 1.78 30 Q -1 -1 1 1 1 1 1 -2 0 0 -2 0 0 1 1 -1 1 -4 0 0 5 3 7 7 3 6 8 3 3 5 3 5 3 7 7 5 7 0 3 5 0.02 1.61 31 C 0 1 1 -3 4 -3 -3 -4 -3 1 0 1 -3 -3 2 0 -3 -4 2 1 9 9 9 0 8 0 1 1 0 9 9 9 0 0 9 9 0 0 9 9 0.26 1.12 32 G -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 5 5 6 0.13 1.89 33 E -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.08 1.89 34 G -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 35 L -1 -2 0 0 7 0 0 -2 0 -1 -1 0 0 -1 1 0 -1 -5 -1 -2 4 3 5 5 22 5 7 3 2 3 6 6 3 3 8 6 3 0 3 3 0.39 2.06 36 C 0 1 -3 1 9 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -3 -3 -4 0 -2 -3 2 -3 7 8 0 9 48 0 1 1 0 1 1 7 0 0 1 7 1 0 8 1 1.13 0.90 37 C 0 -3 2 1 4 2 -3 1 -3 -3 0 -3 3 -3 -4 1 1 -4 2 -3 9 0 9 9 8 9 1 9 0 0 9 0 9 0 0 9 9 0 9 1 0.30 1.12 38 E 0 0 0 1 1 0 -1 0 3 -2 -2 -1 -4 -1 -1 2 2 2 0 -2 6 5 4 9 3 4 4 7 8 3 3 4 0 3 3 15 12 3 3 3 0.17 1.56 39 Q -2 -1 3 1 1 2 0 0 0 -3 -3 1 -1 -2 -1 1 1 1 -1 -3 3 4 13 8 3 10 5 6 2 2 2 9 2 2 4 11 8 2 2 2 0.22 1.75 40 C 0 -3 2 1 4 -3 -3 1 -3 -3 -3 1 3 2 -4 1 1 -3 2 -3 9 0 9 9 8 0 1 9 0 0 1 9 9 9 0 9 9 0 9 1 0.32 1.12 41 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 42 F -1 0 0 0 3 1 -4 -5 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 0 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 43 S 1 0 -1 -2 2 -1 -1 -2 1 -1 0 3 2 0 -1 0 -1 -5 0 0 13 6 3 3 3 3 4 4 3 3 9 15 4 5 3 6 4 0 3 6 0.12 2.02 44 R 0 1 0 0 -5 0 -1 -2 0 -2 -2 1 0 -1 5 0 0 1 -1 -1 7 7 4 5 0 3 4 3 2 2 3 7 2 2 25 8 6 2 2 5 0.34 2.02 45 A -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 46 G -2 -1 2 -1 -6 -1 -1 5 1 -2 -3 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 3 3 8 4 0 3 3 39 3 3 3 3 3 3 3 4 4 3 3 3 0.51 2.10 47 K -1 -1 -1 -1 -5 1 1 -3 2 -1 -3 2 0 0 -2 0 3 1 1 -1 4 4 3 3 0 6 8 2 5 4 2 10 2 3 2 6 21 2 4 5 0.24 2.12 48 I -2 -2 -3 -2 2 0 1 -5 -5 2 2 0 2 -2 1 -2 -1 -5 -4 3 3 2 1 2 4 5 8 0 0 13 18 7 4 1 7 2 4 0 0 20 0.33 1.80 49 C -3 -3 -5 -6 11 -5 -6 -3 -5 -2 -3 -5 -4 -2 -5 -2 -1 -5 -1 -2 0 2 0 0 75 0 0 2 0 2 2 0 0 2 0 3 4 0 2 3 2.46 1.80 50 R -3 7 -2 -2 -2 0 -2 -2 1 -5 -4 0 -4 -2 -5 -3 0 -1 -2 -4 1 65 1 2 1 4 2 3 4 0 2 3 0 2 0 1 5 1 1 1 1.30 1.82 51 I 1 -1 -2 0 -2 -1 3 0 0 -2 -4 1 -2 -3 4 -1 -2 -2 -2 -3 13 4 2 6 1 3 17 7 2 3 2 10 1 1 18 5 2 1 2 2 0.35 1.88 52 A 3 -2 -1 -1 -5 0 2 -2 -2 -1 -4 0 -2 -2 0 3 -1 -6 -3 -1 24 2 3 3 0 3 13 2 1 4 1 6 1 2 5 21 3 0 1 5 0.37 1.90 53 R -2 2 2 0 0 1 0 -3 -1 0 -2 1 -1 -3 -4 2 2 -2 -3 0 3 10 11 4 2 6 5 2 1 5 4 8 2 1 1 13 11 1 1 8 0.20 1.94 54 L -2 -4 4 4 -6 -2 1 2 3 -4 -4 -3 -3 -6 -3 1 -2 -6 -5 -4 3 0 17 26 0 2 10 18 7 1 2 1 1 0 1 10 2 0 0 1 0.74 1.90 55 D -3 -6 -3 0 11 -5 -3 -5 -3 -4 -4 -3 -5 -6 -4 -3 -2 0 -5 -4 1 0 1 6 79 0 2 0 1 1 1 2 0 0 1 1 2 1 0 0 2.65 1.86 56 D -1 -2 1 7 -2 -2 -1 -3 0 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -1 -1 0 -3 -4 5 3 5 60 1 2 2 1 2 0 3 3 1 1 1 4 3 2 1 1 1.17 1.87 57 L -3 -3 -2 -2 4 -2 -2 -3 -1 1 4 -2 1 1 0 -3 -3 0 -2 -1 2 2 3 2 7 2 2 2 2 7 43 3 3 6 5 2 1 1 1 3 0.51 1.87 58 D 1 -2 -1 1 -3 0 1 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -5 6 0 0 -6 -5 -4 11 2 3 8 0 4 9 2 1 1 1 4 1 1 39 8 5 0 0 1 0.82 1.88 59 D -1 -4 -2 2 -6 -1 6 -1 0 -3 -6 -2 -3 -6 -3 2 -3 -3 -4 -4 5 0 1 9 0 1 56 5 2 2 0 1 1 0 1 13 1 0 1 1 1.04 1.88 60 R -3 -1 -2 -5 1 -2 -4 -6 1 -2 -1 -1 2 4 -6 -2 1 5 6 -1 1 4 2 0 3 1 1 0 3 2 5 4 4 15 0 3 8 7 31 5 0.83 1.83 61 C -4 -5 -4 -7 11 -6 -7 -6 -3 -4 -5 -6 -5 -3 -6 -3 -4 -6 -2 -2 0 1 1 0 91 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 2 3.28 1.86 62 T -3 -3 6 3 -5 -3 -3 -4 -2 -5 -4 -3 -3 -3 -3 2 4 -6 -4 -4 1 1 33 16 0 0 1 1 1 0 2 1 0 1 1 13 28 0 0 0 1.00 1.86 63 G -2 -5 -4 -2 -6 -5 -5 7 -5 -7 -5 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 3 0 0 2 0 0 0 92 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.12 1.77 64 Q 0 0 2 1 -5 1 -2 -2 3 -1 -2 1 -2 -3 -5 2 3 -3 -3 -1 7 4 8 7 0 7 2 2 6 4 4 9 1 1 0 14 19 0 1 4 0.29 1.80 65 S -1 -3 0 -1 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -2 -4 -4 6 1 -3 -3 -4 2 1 3 3 0 1 1 1 1 0 2 1 1 0 0 72 8 0 1 1 1.23 1.81 66 A 3 -4 -2 -3 0 -1 0 1 3 -4 -4 -3 -4 -4 3 2 -2 -4 -1 -3 27 1 2 1 2 2 5 10 7 1 2 1 0 1 16 17 1 0 2 1 0.53 1.80 67 D -2 -2 0 2 -6 3 3 -3 4 -2 -1 -1 -2 0 -4 -1 0 1 1 -1 3 2 4 13 0 11 17 2 8 3 8 4 1 4 0 5 5 2 4 5 0.30 1.81 68 C -4 -7 -6 -3 12 -6 -7 -6 -6 -5 -5 -6 -5 -3 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 2 97 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 3.49 1.74 69 P -4 -4 -5 -4 -6 -2 -4 -5 -3 -6 -6 -3 -6 -7 9 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 1 0 0 94 1 0 0 0 0 2.83 1.68 70 R -4 3 2 3 -6 0 4 -5 -1 -5 -6 2 -4 -6 -4 -3 1 -3 -5 -5 0 16 11 17 0 2 31 0 1 0 0 11 0 0 0 0 9 0 0 0 0.83 1.59 71 Y -5 -4 4 7 -6 -3 -2 -4 -4 -1 -4 -3 -5 -1 -3 -2 -3 -1 -4 -4 0 0 17 70 0 0 0 0 0 4 1 1 0 3 1 1 0 1 1 1 1.58 1.47 72 H -4 -2 1 -3 -5 -2 -2 -4 10 -5 -4 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 5 -5 0 0 6 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 1.89 0.77 K Lambda Standard Ungapped 0.1391 0.3236 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1544 0.3185 PSI Gapped 0.0473 0.2670