Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -4 -3 -2 -4 -6 3 -2 -5 10 -6 -5 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 1 -6 0 0 0 0 0 12 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 2.47 1.24 2 Q -3 0 -3 1 -6 4 6 -5 0 -5 -5 2 -5 -5 -3 -2 -2 -6 -4 -5 2 4 0 8 0 20 47 0 2 0 1 10 0 1 1 2 2 0 0 1 1.04 1.57 3 P -3 -2 -5 -4 -6 -2 -4 -5 -5 -3 -6 -4 -6 -7 9 -3 -4 -7 -6 -5 1 2 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 91 1 0 0 0 0 2.68 1.67 4 A 3 1 -2 -1 -5 2 3 -1 -3 -4 -4 2 -3 -2 -3 -1 -2 -6 -2 -4 25 8 2 3 0 9 21 4 0 1 1 13 0 2 1 4 2 0 1 1 0.49 1.68 5 P -1 -3 -2 3 -5 -1 0 -4 -2 -5 -5 0 -4 -6 7 -1 -1 -6 -5 -4 6 1 1 14 0 3 5 1 1 0 1 5 0 0 53 5 3 0 0 1 1.30 1.66 6 V -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 3 3 -5 1 0 -4 -4 -2 2 -3 5 2 0 1 0 0 0 0 0 0 12 31 0 3 3 1 1 2 3 1 38 0.90 1.72 7 S 1 1 -1 -1 -3 1 2 -2 -2 -1 -2 2 -3 -2 -2 0 1 -2 0 0 13 8 3 3 0 6 15 3 1 3 3 12 0 2 1 6 8 0 4 8 0.20 1.74 8 S -2 0 -2 1 -4 -1 1 -5 3 2 -3 -2 -3 -3 -2 0 3 -3 1 1 3 5 1 9 0 2 11 0 7 12 1 2 0 1 2 8 19 0 5 10 0.32 1.74 9 V -3 -6 -5 -2 -4 -5 -4 -6 -6 5 0 -5 -1 0 -3 -5 -3 -6 -2 5 1 0 0 3 0 0 1 0 0 36 6 1 1 4 2 0 0 0 1 44 1.16 1.73 10 D -2 -3 0 6 -6 -2 2 -3 -3 -6 -6 -2 -6 -5 3 -2 -2 -7 -4 -5 4 1 4 50 0 1 15 1 0 0 0 2 0 0 16 2 2 0 1 0 1.19 1.75 11 L -4 -4 -3 0 -4 -5 -4 -1 -3 4 3 -5 -1 3 -5 -4 -1 -5 -3 2 1 1 1 6 0 0 1 6 1 27 22 0 1 11 0 1 5 0 0 15 0.61 1.69 12 L -2 0 -5 -4 -3 -2 -4 -3 -2 4 4 -3 3 3 -5 -2 -1 -3 -2 0 4 5 0 1 1 1 1 2 1 20 33 1 6 12 1 3 4 0 1 5 0.56 1.71 13 G 2 -2 3 0 -3 -1 2 2 -1 -4 -5 1 -4 -5 -3 2 0 -6 -5 -4 14 2 12 6 0 2 16 14 2 1 1 8 0 0 1 15 5 0 0 1 0.41 1.68 14 E 0 -1 -1 2 -3 0 2 2 -1 -1 -1 0 4 -2 -4 -1 -3 -3 -2 -2 9 3 3 9 1 5 12 17 1 4 7 6 11 1 0 5 1 0 1 3 0.25 1.68 15 G 1 -4 0 2 -4 -3 -2 5 -4 -5 -4 -3 -1 -1 0 2 -1 -5 -4 -4 9 1 5 11 0 1 2 37 0 0 2 1 2 2 4 16 4 0 1 1 0.62 1.63 16 R -1 4 0 4 -4 0 2 -3 -2 -2 -3 2 -2 -4 0 -2 -2 -3 -4 -3 5 24 3 20 0 3 11 1 1 3 2 13 1 1 5 2 2 0 0 2 0.55 1.62 17 Q 2 -2 -1 2 -4 1 5 -2 -3 -3 -4 0 -3 -3 -1 0 -1 -3 -4 -2 16 2 3 12 0 6 32 2 0 1 1 6 1 1 3 7 3 0 0 2 0.52 1.64 18 A 4 -2 -1 0 -4 1 3 0 -4 -3 -4 -1 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -3 39 2 3 5 0 6 20 8 0 1 1 3 1 0 1 2 5 0 1 2 0.59 1.62 19 L -3 -4 -3 -6 -4 -4 -5 -5 -5 1 6 -5 1 -1 -1 -4 -4 -4 -4 -2 1 1 1 0 0 1 0 1 0 6 78 0 3 2 3 1 0 0 0 1 1.29 1.64 20 I 0 -1 -1 0 -5 2 5 -3 -2 -1 -1 2 1 -4 -3 -1 -2 -5 -4 0 9 3 3 4 0 8 34 2 1 3 6 11 4 1 1 3 2 0 0 6 0.47 1.66 21 D 1 1 -1 2 -3 2 4 -3 -2 -4 -4 3 -3 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -3 13 6 3 10 1 9 23 2 1 1 1 17 0 0 2 5 4 0 0 1 0.48 1.66 22 A 3 -5 -5 -6 -3 -3 -5 -2 -2 2 2 -4 -1 3 -1 -3 -3 -2 3 -1 27 0 0 0 1 1 0 3 1 14 18 1 1 14 3 1 1 0 11 4 0.58 1.70 23 N -2 0 6 -1 -2 0 -3 -2 1 -1 -2 -2 -2 -2 -3 2 -2 -2 2 -3 2 4 40 3 1 3 1 2 3 4 4 2 1 2 1 16 2 1 6 1 0.69 1.69 24 L 0 4 0 1 -3 2 1 -2 0 -3 -4 3 -3 -4 -3 -1 0 -6 -4 -2 6 22 5 8 1 10 8 3 2 2 2 18 1 1 1 4 5 0 0 4 0.43 1.68 25 R -1 1 -1 2 -4 2 5 -4 -2 -4 -5 1 -3 -4 -4 1 -1 -3 -2 -4 6 9 2 9 0 7 37 1 1 1 1 9 0 1 1 11 3 0 1 1 0.64 1.65 26 L -3 1 0 -4 -5 -1 1 0 1 -2 3 -2 5 0 -2 -3 -3 0 0 -2 2 8 6 1 0 3 10 9 4 1 27 2 16 3 2 1 1 1 4 1 0.43 1.62 27 G -2 -3 0 -2 -3 -2 -3 6 -2 -4 -4 -2 -3 -6 0 -1 -1 -5 -5 -4 2 1 5 2 1 2 1 65 1 1 2 2 1 0 5 5 4 0 0 1 1.16 1.60 28 L -4 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 0 1 -4 -5 -3 -1 -2 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2 79 0 1 4 1 0 1 1 1 1 1.27 1.61 29 A 6 -4 -2 -4 -4 -4 -4 1 -4 -4 -5 -4 -4 -2 -4 0 0 0 -2 -3 65 0 2 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 1 0 6 5 1 1 1 0.97 1.60 30 L -4 -5 -6 -6 -5 -5 -5 -6 -5 -1 5 -5 7 2 -3 -5 -4 0 -1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 53 0 24 8 2 0 0 1 2 0 1.18 1.69 31 A 0 -3 2 5 -5 -2 -1 -3 -2 -4 -5 -1 -5 -6 -4 4 1 -6 -5 -5 7 1 9 28 0 1 2 1 1 1 1 3 0 0 0 30 10 0 0 0 0.71 1.79 32 E -1 -3 -3 3 -3 0 3 -4 -1 0 2 -2 -1 1 1 -2 -3 -5 -3 -1 6 1 1 14 1 3 16 1 1 5 19 2 2 6 6 3 1 0 1 3 0.21 1.80 33 D 1 -2 0 5 -6 0 3 -2 -2 -4 -5 -1 -3 -4 -2 -2 -3 4 -1 -4 10 2 3 30 0 4 19 2 1 1 1 4 1 1 2 3 1 5 3 1 0.57 1.77 34 E -2 -4 -1 6 -6 -1 6 -5 -4 -6 -6 -3 -5 -3 -4 -3 -4 -6 -2 -6 3 0 1 37 0 2 46 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1.30 1.78 35 I -3 -3 -6 -6 -5 -5 -4 -6 -5 4 3 -3 5 1 -3 -5 -3 1 1 1 2 2 0 0 0 0 1 0 0 26 23 1 15 5 1 0 1 2 5 8 0.69 1.82 36 D 0 1 -1 3 -1 1 2 -3 1 -2 -2 2 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -2 -2 10 6 2 18 1 6 11 2 3 2 5 14 1 1 2 2 3 1 1 2 0.23 1.83 37 Y -1 -2 -3 -3 0 -2 -3 -5 3 -2 -2 -3 0 4 -5 -3 -1 2 7 -1 5 3 1 1 2 1 2 0 6 2 4 2 2 17 0 2 4 2 34 4 0.79 1.83 38 L -2 -5 -5 -5 4 -4 -5 -5 -4 2 4 -2 1 0 -5 -2 -1 -4 3 0 3 0 0 0 8 0 0 0 0 12 37 3 3 3 0 3 3 0 10 6 0.59 1.65 39 Q 0 1 -1 -2 0 5 0 -5 1 -1 -1 -1 0 -1 -4 -2 0 -5 -1 0 8 8 3 2 2 27 4 0 3 3 5 3 2 2 0 2 7 0 3 8 0.32 1.65 40 E 0 0 2 3 -5 2 3 -1 1 -2 -3 1 0 -5 -4 -1 -1 -5 -1 -2 7 4 10 14 0 8 16 4 3 2 2 7 2 0 0 4 4 0 2 2 0.24 1.63 41 A 1 -2 -1 -5 -3 -2 -3 -4 4 1 1 -4 -2 0 -4 -1 -2 -1 6 -1 13 2 4 0 1 1 1 1 8 7 12 1 1 3 1 5 2 1 28 4 0.55 1.77 42 F -2 -5 -5 -5 -1 -5 -2 -4 -3 -2 -2 -5 -3 8 -6 -2 -4 1 5 -2 3 0 0 0 1 0 4 1 0 1 2 0 0 54 0 4 0 1 20 3 1.40 1.71 43 T 0 2 -2 -3 -2 2 -1 -2 -1 -3 -3 3 -2 -3 -2 0 3 -5 -2 0 9 11 2 1 1 10 3 2 1 1 2 19 1 1 2 7 16 0 2 6 0.28 1.70 44 K 0 2 0 2 -5 2 2 -1 0 -4 -4 3 -3 -6 -1 0 -1 -6 -3 -4 7 11 4 11 0 8 11 5 2 1 1 18 1 0 3 8 4 0 1 1 0.31 1.71 45 L -2 -3 -1 -3 -5 -2 2 -4 -2 1 4 -2 1 -3 -1 -3 -2 -5 -4 -1 4 1 4 1 0 1 15 1 1 8 43 3 3 1 3 2 2 0 0 3 0.48 1.72 46 G -2 -2 1 -1 -2 0 0 5 0 -6 -6 2 -3 -2 -2 -2 -3 -6 -5 -6 2 2 5 4 1 5 7 46 2 0 0 14 1 2 2 2 1 0 0 0 0.75 1.73 47 R -3 8 -4 -3 -6 -1 -1 -4 0 -6 -3 -1 -2 -6 -4 -3 -3 -1 -3 -4 2 75 0 1 0 1 3 1 2 0 2 2 1 0 1 1 1 1 1 1 1.56 1.74 48 N -2 1 5 4 -3 0 0 -3 0 -4 -6 2 -3 -4 1 -2 -3 -6 -1 -4 2 6 27 20 1 4 6 1 2 1 0 11 1 1 7 2 1 0 2 1 0.61 1.76 49 P 1 -4 -4 -4 5 2 -3 -4 -4 2 1 -3 4 -3 2 1 -2 -5 -4 1 11 0 0 0 11 11 0 0 0 11 11 0 11 0 11 11 0 0 0 11 0.44 0.89 50 N -2 -2 2 -3 -4 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 -3 -3 -4 2 6 -1 -2 -2 1 1 9 0 0 1 0 0 2 1 0 1 0 1 0 13 66 1 1 1 1.09 1.10 51 D -3 -3 0 6 -5 0 1 -3 -1 1 -3 -2 1 -4 -3 0 -1 -6 -3 -2 1 1 3 53 0 3 9 1 1 9 1 1 4 1 1 6 4 0 1 2 0.85 1.10 52 I 2 -4 -4 -5 0 -4 -3 -3 -5 2 -2 -4 -1 -4 -4 0 3 -5 -4 5 16 0 0 0 2 0 1 1 0 9 1 0 1 0 0 6 22 0 0 40 0.69 1.10 53 E -3 -2 -3 -1 -6 0 8 -5 -2 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -3 -3 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.95 1.10 54 L -2 -2 -6 -6 2 -5 -5 -6 -5 4 5 -5 1 -1 -5 -5 -3 -1 -3 1 2 3 0 0 4 0 0 0 0 22 58 0 2 2 0 0 0 1 0 7 0.95 1.10 55 Y -1 2 -3 -2 -5 -1 2 -1 -1 -3 -3 1 4 4 -5 -2 -3 -3 2 -3 6 13 1 1 0 2 15 4 1 1 1 8 14 21 0 2 1 0 7 1 0.45 1.10 56 M -1 -4 -4 2 0 -2 -4 0 -4 0 -1 -4 7 -2 -1 -1 0 -5 -2 3 4 0 0 13 2 1 0 6 0 4 1 0 36 1 3 3 6 0 1 19 0.68 1.10 57 F -4 -5 -6 -6 2 -5 -6 -6 -4 3 3 -5 1 6 -6 -5 -4 0 2 -1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 16 31 0 2 37 0 0 0 1 5 2 1.03 1.10 58 A 5 -4 -1 4 -4 -3 -2 1 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 2 -2 -6 -5 -3 46 0 2 24 0 0 1 8 0 0 0 0 0 0 0 17 1 0 0 1 0.82 1.10 59 Q -2 0 0 -3 -2 7 -1 -4 -3 -3 -3 -2 -3 -5 -3 -2 3 -5 -4 0 1 3 3 0 1 58 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 20 0 0 8 1.07 1.10 60 A 2 -4 -2 -4 -2 -3 -3 -3 -3 0 -2 -4 3 -1 -4 2 2 -3 5 2 20 0 1 0 1 0 1 1 0 5 2 0 8 1 0 14 12 0 22 12 0.52 1.09 61 N -4 -2 6 -2 -5 -3 -4 -4 0 -5 -5 -4 -4 -3 -1 -2 -4 11 -1 -5 0 2 39 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 4 2 0 51 0 0 2.13 1.09 62 S -1 -3 0 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -5 -3 -4 -5 -3 7 -1 -5 -4 -4 0 0 3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 1.46 1.03 63 E -2 -3 -2 4 -6 -1 7 -4 -3 -6 -5 -2 -5 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -5 2 0 0 25 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.48 0.98 64 H -4 -2 -2 -3 -5 -2 -2 -4 10 -5 -5 -1 -4 -3 -4 -3 -4 -5 0 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 2 2.35 0.92 65 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 2 -2 -4 1 -3 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 6 0 2.17 0.88 66 R -2 7 -1 -3 2 -1 -2 -2 -2 -4 -4 1 -3 -4 -4 1 -3 -5 -3 -3 2 70 2 0 4 0 0 2 0 1 0 7 0 1 0 10 0 0 0 2 1.16 0.85 67 H -4 -2 -2 -4 -5 -2 -2 -4 10 -5 -5 -3 -4 -2 -4 -3 -4 -3 5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 2.11 0.85 68 K -2 2 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 1.32 0.59 K Lambda Standard Ungapped 0.1352 0.3175 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1904 0.3176 PSI Gapped 0.0583 0.2670