Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P 2 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 -3 -5 -6 8 -3 -3 -6 -5 -4 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 2.27 1.07 2 Q -1 -1 -2 2 -6 6 3 -4 -2 -5 -4 1 -4 -6 -2 -2 -1 -5 -4 -2 4 2 1 13 0 42 21 0 0 0 1 6 0 0 2 2 2 0 0 3 0.94 1.26 3 V 0 -3 -3 0 -3 -4 -4 -3 -5 1 3 -3 5 -3 -1 -2 1 -5 -4 2 6 1 1 5 0 0 1 2 0 7 31 1 15 0 4 2 7 0 0 16 0.54 1.40 4 L -2 -3 -4 -3 -3 -1 0 -4 -3 1 3 -2 7 -1 -3 -3 -1 -3 -3 2 3 1 0 2 0 3 6 1 0 6 23 2 32 2 1 2 3 0 1 12 0.72 1.46 5 R -2 6 -3 -4 -6 1 0 -4 3 -4 -4 4 1 -5 -3 -2 -2 -6 -1 -4 4 41 0 0 0 6 4 0 8 1 1 23 3 0 1 3 2 0 2 1 0.96 1.59 6 G 2 2 -2 -3 -3 -1 -1 1 -1 1 -1 -1 1 -2 -4 -2 -2 -5 0 2 20 12 2 2 1 3 3 11 1 7 4 3 4 2 0 3 1 0 3 17 0.26 1.63 7 S 0 -1 1 -3 -3 2 -1 -4 -2 -2 -3 2 -3 -2 -4 2 5 -6 -4 -3 7 2 6 1 0 10 3 0 1 2 3 15 0 2 0 12 33 0 0 1 0.58 1.66 8 G -2 -4 -3 -4 -6 -5 -5 7 -5 -7 -4 -5 -6 -6 -5 -2 -5 -6 -6 -6 1 1 1 0 0 0 0 93 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.14 1.69 9 H -3 1 -1 -4 -3 -2 -2 -4 0 2 -3 3 0 -3 -4 -2 5 -3 -3 1 1 8 3 0 0 2 2 1 2 12 2 18 2 1 0 1 34 0 1 9 0.61 1.77 10 C -3 -6 -6 -6 4 -5 -6 -6 -6 3 -1 -6 -1 -2 -6 -4 -3 -6 -4 7 1 0 0 0 9 0 0 0 0 11 3 0 1 1 0 1 1 0 0 72 1.51 1.75 11 K -3 1 -2 -2 -6 -2 -1 -5 -2 -4 -4 7 -3 -5 -4 -2 -1 -6 -3 -3 1 5 1 1 0 1 2 0 1 1 2 76 0 0 0 3 3 0 1 2 1.49 1.80 12 W -4 -1 -4 -5 -1 -2 -4 -5 -2 -3 -4 -3 -2 3 -6 -2 -2 12 0 -3 1 4 1 1 1 2 1 1 1 1 0 2 1 11 0 4 3 63 1 1 2.47 1.80 13 F -5 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -1 -2 -2 -5 -1 9 -6 -4 -4 3 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 2 1 1 76 0 1 1 4 10 1 2.08 1.76 14 N -4 -3 7 4 -3 -2 -2 -4 0 -5 -5 -1 -3 -4 -5 2 -3 -7 -4 -5 1 1 51 22 1 2 1 1 2 1 1 3 0 1 0 13 1 0 0 1 1.30 1.81 15 V 1 -2 2 2 -1 -1 1 -2 -1 -1 -3 -1 -2 -4 1 0 -1 -6 -3 2 14 2 12 12 1 2 8 3 1 3 2 4 1 1 7 7 3 0 1 16 0.24 1.80 16 R 1 2 0 1 0 1 3 -2 -1 -2 -3 1 -3 -4 -2 0 0 -6 -3 -3 12 12 4 8 2 5 17 3 2 3 3 9 1 1 2 8 7 0 1 2 0.27 1.77 17 M -2 2 1 -3 -6 -1 -1 -3 -1 -3 -4 6 1 -4 -4 -1 -2 -6 -3 -4 2 11 8 1 0 1 2 2 1 1 1 56 4 1 0 5 2 0 1 1 1.03 1.72 18 G -2 -2 -2 -3 -2 -3 -4 7 -2 -6 -6 -3 -5 -4 -3 -1 -4 -5 -5 -4 1 2 1 1 1 1 1 82 1 0 0 1 0 1 1 3 0 0 0 1 1.71 1.68 19 F -4 -5 -3 -6 -2 -5 -5 -6 -1 -2 -1 -4 -1 7 -4 -4 -3 3 7 -3 1 0 1 0 1 0 0 0 1 2 4 1 1 43 1 1 1 4 35 1 1.58 1.74 20 G -2 -3 -2 -2 -5 -5 -3 7 -5 -6 -5 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -1 -6 -4 2 1 1 2 0 0 1 84 0 0 1 1 0 0 0 2 0 1 0 1 1.82 1.78 21 F -3 -3 -6 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -2 -2 -6 -1 9 -6 -3 -3 0 1 -3 2 1 0 0 0 0 0 2 0 1 2 0 1 82 0 3 1 1 2 1 2.11 1.88 22 I -1 -3 -6 -6 -1 -6 -6 -6 -6 7 1 -6 0 -2 -3 -3 -2 -6 -5 1 4 2 0 0 1 0 0 0 0 69 9 0 2 1 2 2 2 0 0 6 1.44 1.98 23 S -1 -1 2 -1 -1 0 2 -3 -1 0 -3 0 -1 -3 -5 2 3 -6 -2 0 5 3 9 4 2 4 15 1 1 5 3 5 1 1 0 13 16 0 1 6 0.22 2.11 24 M -1 1 -1 1 1 1 0 -2 -1 -1 -2 -2 3 -2 1 0 0 0 1 1 6 8 3 8 3 6 5 3 1 3 3 2 6 1 7 9 5 1 4 9 0.06 2.08 25 T -2 -2 1 5 -5 -1 2 -2 1 -2 -3 -1 -1 -1 1 -1 0 1 -1 -3 4 2 6 27 0 3 11 4 3 2 3 4 2 2 6 5 6 2 2 2 0.33 2.02 26 S 0 -1 1 2 -5 0 0 2 2 -1 -2 -1 -4 -1 -1 0 0 -5 0 -1 8 3 6 12 0 4 6 17 4 3 3 3 0 3 3 7 5 0 3 4 0.13 2.00 27 R -1 0 0 0 1 0 0 0 1 -1 -1 -1 1 0 0 1 0 -4 0 -1 5 6 5 6 3 4 6 7 3 3 6 4 3 4 4 12 7 0 3 4 -0.00 1.80 28 E 0 -1 0 2 -2 0 2 0 0 -1 -1 0 -1 -2 -1 0 0 -2 -1 -1 9 4 4 9 1 4 15 8 3 3 5 5 2 2 4 6 5 1 2 5 0.06 0.95 29 G 0 0 -1 0 -1 0 0 2 0 -1 -1 0 -1 0 0 0 -1 -1 -1 -1 6 5 3 6 1 4 7 17 2 4 7 6 2 3 4 6 4 1 3 5 0.04 0.81 30 S -1 0 0 0 -2 0 -1 0 0 1 -1 1 0 -2 0 0 0 -2 -1 2 6 5 5 6 1 4 4 6 2 7 6 10 2 2 4 6 5 1 2 12 0.02 0.94 31 P 0 -2 -1 1 -1 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 6 -1 -1 1 -2 -2 7 3 3 8 1 2 4 4 2 3 4 3 1 3 34 4 3 2 2 3 0.53 1.34 32 L -1 -2 -1 4 -1 -1 1 -2 0 -2 1 -1 0 0 -2 -1 -1 -3 -2 -1 5 2 3 23 1 3 10 4 2 3 14 4 2 4 3 5 4 0 2 4 0.22 1.40 33 E -2 -2 2 5 -4 -1 3 0 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -4 -2 -3 3 2 8 34 0 2 17 6 1 2 3 2 1 2 4 3 4 0 1 2 0.57 1.78 34 N -2 -2 1 2 -2 -2 -1 4 -1 -3 -4 -2 -2 -2 0 0 1 -5 -3 -2 3 3 7 10 1 2 4 34 2 2 2 3 1 2 4 5 9 0 1 4 0.41 1.84 35 P -1 -1 0 -2 -4 -1 -2 5 -1 -2 -2 1 -1 -3 0 1 -2 0 -2 -3 3 3 4 2 0 3 3 38 1 2 4 7 1 1 6 9 2 1 2 2 0.45 1.82 36 V 0 0 0 1 -1 0 3 -2 -1 -2 -1 2 -1 -1 2 -2 -2 0 -1 -2 7 4 4 8 1 4 19 4 2 2 6 12 1 2 9 3 3 2 2 3 0.19 1.83 37 D -3 -2 -1 6 0 -1 2 -4 0 -3 -3 -1 -5 -1 -2 -2 -2 -5 -1 -3 2 2 2 52 2 2 12 0 2 2 2 3 0 3 2 3 2 0 2 2 0.95 1.76 38 V -1 -1 -1 -5 1 -4 -5 -2 1 2 1 -1 1 0 -5 -2 -1 3 0 4 6 3 3 0 3 0 0 3 3 12 14 3 3 3 0 4 3 4 3 27 0.39 1.69 39 F 0 0 -4 -5 3 1 -4 -5 3 0 -1 0 2 1 1 0 0 4 2 0 6 6 0 0 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0.26 1.67 40 V -1 -5 -5 -5 2 -4 -1 -5 -5 1 1 -4 2 3 0 -1 0 -4 1 4 6 0 0 0 4 0 4 0 0 8 10 0 4 11 4 5 5 0 4 33 0.52 1.59 41 H -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 -1 6 6 5 6 5 5 6 6 5 0 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.11 1.89 42 Q -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 43 S -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 -4 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 0.05 2.12 44 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 45 L -2 -5 -1 -1 2 -4 -5 -5 1 5 2 -1 1 0 -5 -2 -1 2 0 1 4 0 3 4 4 0 0 0 3 28 20 3 3 4 0 4 4 3 3 8 0.49 1.79 46 Y 0 1 1 0 1 3 1 -2 1 -1 -2 1 1 -1 1 -1 -1 -5 0 0 7 6 6 5 3 13 8 3 4 4 4 8 3 3 6 4 4 0 3 6 0.13 2.09 47 M -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 48 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 49 G -1 -1 0 0 1 -1 -1 5 1 -2 -2 -1 0 -5 -1 -1 -1 -5 0 -2 5 4 5 4 3 3 5 37 3 3 3 4 3 0 4 5 4 0 4 3 0.42 1.91 50 F -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 51 R -1 3 0 -1 -5 0 0 -1 1 -1 -2 2 0 -1 0 0 0 2 0 -2 5 17 4 4 0 5 6 4 4 3 3 12 3 3 6 7 6 3 3 4 0.20 2.03 52 S -1 0 0 0 0 -1 0 0 0 -2 -2 -2 0 -1 -1 2 3 1 0 -1 5 5 4 6 2 3 6 8 2 2 4 3 2 3 3 17 15 2 3 4 0.16 2.07 53 L -2 -3 -3 -6 0 -5 -5 -6 -1 2 5 -3 0 -1 0 -3 -2 0 -1 1 4 2 2 0 2 0 0 0 2 9 55 2 2 2 5 2 2 2 2 7 0.79 2.00 54 K 0 2 1 0 -1 1 1 -1 1 -1 -2 2 0 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 9 9 7 6 1 5 9 6 3 4 4 13 3 2 2 4 4 1 3 5 0.11 2.07 55 E -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 5 6 0.10 1.89 56 G -1 0 1 0 -5 -1 -1 5 1 -5 -2 -1 1 0 -5 -1 -1 -5 0 -5 4 4 6 6 0 3 4 44 3 0 3 4 3 5 0 4 3 0 3 0 0.64 1.77 57 E -1 -2 -1 3 0 5 2 -1 0 -2 -3 -1 0 -2 -5 -1 0 1 -1 -3 5 2 2 16 2 27 13 4 2 2 3 2 2 2 0 3 7 2 2 2 0.52 1.86 58 P -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 59 V -1 -1 -5 -5 2 -4 -2 -2 1 1 0 -5 2 0 -5 -4 -1 3 0 5 4 4 0 0 3 0 4 4 3 6 6 0 4 4 0 0 4 3 3 46 0.70 1.80 60 E -2 -1 0 -1 0 0 4 -2 0 -1 -3 -2 -1 -1 -2 1 2 1 -1 -2 3 3 5 3 2 3 29 3 2 4 3 2 2 3 2 12 13 2 2 3 0.36 1.93 61 F -2 -5 -5 -5 2 -5 -2 -2 0 -1 -2 -5 1 7 -5 -2 -2 -3 4 0 3 0 0 0 4 0 3 4 2 3 3 0 3 51 0 3 2 0 13 5 1.17 1.75 62 T -1 -1 0 4 -1 0 4 -2 -1 -2 -2 0 -1 -3 -4 -1 0 0 -2 0 4 4 3 21 1 4 26 3 1 2 4 4 2 1 0 4 5 1 1 6 0.40 1.78 63 F 0 -2 -5 -3 1 -3 -1 -3 -2 3 1 -3 0 -1 -3 -1 -1 -5 -1 4 6 2 0 1 3 1 4 2 1 15 14 1 2 2 1 4 4 0 2 33 0.49 1.81 64 K 0 -1 -3 -2 -1 1 2 -1 0 1 -3 0 -1 -3 -3 -2 1 -1 -2 3 8 4 1 1 1 6 15 6 2 8 2 5 1 1 1 3 8 1 1 23 0.25 1.89 65 K -2 1 0 2 -3 4 3 -4 -1 -3 -3 1 -1 -3 -1 -1 -1 -2 -3 -2 4 8 4 9 1 20 21 1 2 1 2 8 2 1 4 4 3 1 1 2 0.44 1.94 66 S -2 0 0 1 -3 -2 -2 5 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -3 1 0 -5 -4 -4 3 5 4 7 1 1 2 49 1 1 1 1 1 1 1 9 7 0 1 1 0.79 1.95 67 S 0 2 1 2 -6 2 2 -2 -2 -4 -4 1 -2 -4 3 -1 -2 -6 -3 -4 6 10 6 12 0 10 15 3 1 1 2 7 1 1 15 3 2 0 1 1 0.42 1.99 68 K -4 4 0 0 -3 -1 -2 -2 -1 -4 -5 6 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -5 1 24 3 6 1 2 2 4 2 1 0 47 1 1 1 2 1 1 1 1 1.04 2.00 69 G -2 -1 -2 -3 -3 -4 -4 7 -3 -6 -5 -1 -6 -5 -4 -2 -4 -2 -6 -5 2 4 2 1 1 1 1 80 1 0 1 3 0 1 1 2 1 1 0 1 1.72 1.99 70 F 0 1 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -2 2 1 1 -1 5 -3 -1 0 1 -1 9 7 2 2 0 1 1 1 1 2 19 8 3 2 27 1 4 1 5 3 0.51 2.03 71 E -2 0 0 -3 -2 6 3 -5 2 -3 -4 2 0 -4 -4 -1 -2 -6 -3 -3 3 5 4 1 1 37 17 0 4 1 1 10 2 1 0 5 3 0 1 2 0.82 2.04 72 S 7 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -5 -4 -4 -4 -3 -6 -3 0 -2 -6 -5 -2 83 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 5 1 0 0 3 1.55 2.01 73 L 3 -2 -3 -2 -3 -2 0 -3 -3 1 -1 -1 -2 0 -5 0 1 -3 -3 3 27 2 1 2 1 2 8 1 1 7 5 3 1 4 0 5 9 0 1 20 0.38 2.02 74 R -3 1 6 2 -4 1 1 -3 0 -5 -5 1 -3 -5 -4 0 -2 -2 -4 -4 2 9 41 10 0 5 10 2 2 1 1 7 0 0 1 5 1 1 1 1 0.88 2.03 75 V -3 -5 -6 -5 -2 -6 -4 -5 -4 4 -1 -4 0 -3 -6 -5 -3 -6 -5 7 1 0 0 1 1 0 1 1 0 17 2 1 2 0 0 0 1 0 0 72 1.54 1.99 76 T -2 0 -3 -4 -1 -1 -3 -5 -1 0 -3 -3 -3 -4 -3 1 6 -6 -3 3 2 6 1 0 2 2 1 0 1 4 1 1 0 0 1 11 46 0 1 19 0.85 1.92 77 G 3 -2 -3 -3 -5 -4 -3 5 -4 -2 -2 -3 -3 -3 0 -1 -3 -3 -3 0 26 2 1 1 0 0 2 40 0 3 5 2 0 1 6 3 1 0 1 6 0.71 1.88 78 P -1 -3 -4 -2 -3 -3 -1 -5 -5 1 1 -2 -3 -4 7 -2 -2 -6 -4 0 5 1 0 2 1 1 4 1 0 10 13 2 0 0 49 2 2 0 1 6 1.10 1.88 79 G 0 -3 1 4 -3 -2 1 5 0 -4 -6 -2 -2 -5 -3 -2 -3 -3 -4 -4 9 1 8 22 1 1 8 37 2 1 0 3 1 0 1 2 2 0 0 1 0.78 1.89 80 G 0 -3 -2 -2 -4 -3 -1 6 -3 -5 -4 -3 -2 -4 1 -2 -3 -1 -6 -3 7 1 1 2 0 1 5 63 1 0 2 1 1 1 8 2 1 1 0 2 1.16 1.87 81 N 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