Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -2 -3 5 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 5 3 -5 -4 -4 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 17 0 0 0 1.17 1.14 2 I -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 3 -5 0 1 -5 -5 -2 -5 -3 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 31 28 0 1 6 0 0 1 0 0 29 0.96 1.31 3 A 2 -1 -1 0 -3 3 0 1 -2 0 -3 -3 -4 -5 -2 2 0 -5 -3 0 18 2 3 6 0 16 7 10 1 6 2 0 0 0 2 15 6 0 1 6 0.30 1.37 4 Q 3 -2 -2 -1 -5 6 0 -4 2 -3 -4 -1 2 -5 -4 -1 1 -5 -4 -3 24 1 1 2 0 40 6 0 5 1 1 2 6 0 0 4 7 0 0 1 0.81 1.38 5 A 3 -4 -4 -5 -4 3 -4 -2 -4 -1 3 -2 6 -4 -5 -3 -1 -5 -4 -1 29 0 0 0 0 12 0 3 0 1 27 2 21 0 0 1 3 0 0 2 0.75 1.44 6 R -4 6 -3 -1 -3 4 -2 -5 -1 -4 -3 5 -2 -6 -4 -3 -4 -6 -3 -5 0 40 0 3 1 17 1 0 1 1 2 33 1 0 0 0 0 0 1 0 1.22 1.48 7 K -1 3 -2 -4 -1 0 -1 -3 -1 -2 -3 5 4 -4 -3 -2 -3 0 -4 -1 4 16 2 0 1 2 3 2 2 2 2 43 11 1 1 2 1 1 0 4 0.76 1.53 8 L 0 -2 -3 -4 -4 2 3 -4 -4 1 1 -2 3 -4 -3 -1 1 -5 -3 2 9 1 1 0 0 10 17 1 0 8 16 2 8 0 1 4 7 0 1 15 0.37 1.50 9 V -1 -5 -1 -3 -4 -5 -4 -4 -6 2 0 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -6 -4 6 5 0 4 1 0 0 1 1 0 9 8 0 1 0 0 0 4 0 0 66 1.11 1.50 10 E -3 -1 0 2 -3 3 6 -4 -1 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -5 -4 -3 1 2 4 10 1 13 49 0 1 1 2 2 1 2 3 3 1 0 0 2 0.87 1.45 11 Q -2 -2 0 -1 -5 7 0 -3 2 -5 -3 -2 -3 -5 2 0 -2 -5 -4 -3 3 1 3 2 0 59 4 2 5 0 2 0 0 0 9 6 1 0 0 2 1.16 1.45 12 L -4 -2 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 0 6 -2 1 -1 0 -5 -4 -4 -4 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 4 78 3 3 2 6 0 0 0 0 0 1.23 1.47 13 K -4 6 -3 -4 -2 1 -2 -5 -3 -5 -2 4 -2 -1 0 -3 -4 2 -4 -3 0 40 0 0 1 6 2 0 0 0 4 30 1 4 5 1 0 3 0 2 1.01 1.56 14 M -1 2 -2 -4 -1 0 -4 -3 -1 1 2 1 4 -1 -1 -1 -2 -4 1 -1 4 11 2 0 1 5 0 2 1 7 23 10 12 3 3 4 2 0 5 5 0.31 1.54 15 E -2 -3 -3 0 -5 2 6 -3 2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 1 -4 -3 3 0 0 3 0 9 63 1 5 0 1 1 0 0 0 6 2 2 0 2 1.19 1.54 16 A 4 -2 -4 -5 -1 -4 -3 -2 -4 -1 1 -1 -1 -4 -1 0 -2 -5 -1 3 41 2 0 0 1 0 2 3 0 2 12 3 1 0 3 7 2 0 2 19 0.56 1.64 17 N 0 2 2 -1 -1 1 -2 2 -1 -3 -4 1 -2 -5 -2 2 0 2 -2 -4 9 10 9 4 1 6 2 14 1 2 1 10 1 0 2 18 7 3 1 0 0.31 1.69 18 I -1 -3 0 -5 -1 -2 -5 -3 -1 4 3 -3 3 1 -1 -3 0 -5 -4 1 4 1 6 0 1 2 0 2 2 22 23 2 9 5 3 2 6 0 0 10 0.46 1.65 19 D -2 0 2 1 -1 1 3 -1 1 -5 -5 2 -4 -1 2 -2 -1 -6 -4 -3 2 5 11 7 2 5 22 5 4 0 0 14 0 3 11 2 4 0 0 2 0.46 1.67 20 R -4 7 0 -4 0 0 -1 -2 1 -5 -3 0 -4 -5 0 -2 -1 1 -4 -2 0 56 5 0 2 3 4 3 4 0 3 3 0 0 5 3 3 2 0 4 1.03 1.64 21 I -1 -1 -4 -1 1 0 -1 -2 0 4 -1 0 3 0 -1 -1 0 3 0 0 5 3 0 3 3 4 4 3 3 22 4 6 8 4 3 4 6 4 3 6 0.24 1.71 22 K 0 1 1 1 3 1 0 -4 -4 -3 -1 1 3 -4 1 0 1 -5 -4 0 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 7 7 7 0 7 7 7 0 0 7 0.21 1.45 23 V 0 -3 -3 0 -3 0 -3 -4 -4 2 0 -3 2 0 -3 -1 0 -4 -3 5 5 1 0 5 0 6 1 1 0 8 6 1 5 5 1 5 5 0 0 45 0.50 0.90 24 S 0 2 1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -3 1 1 5 1 -4 -3 -3 6 11 6 0 0 0 0 1 0 0 6 0 0 6 6 49 6 0 0 1 0.58 0.92 25 K 1 0 -3 -3 -4 5 1 -2 -1 -2 -3 4 -1 -4 -3 -1 -1 -4 -4 -1 12 4 0 0 0 26 8 3 2 2 2 28 2 0 0 2 2 0 0 4 0.56 1.02 26 A 4 -4 1 -3 3 -3 -3 0 -4 -3 -4 -3 0 -5 -1 2 3 -5 -4 -1 40 0 8 0 6 0 0 6 0 0 0 0 3 0 3 14 17 0 0 4 0.62 1.07 27 A 4 -4 -4 -4 6 -4 -4 0 -4 1 -1 -4 -3 -4 -1 0 -1 -5 -4 1 44 0 0 0 16 0 0 7 0 9 4 0 0 0 2 7 3 0 0 8 0.70 1.07 28 A 4 -1 -1 -1 -4 1 1 -2 -4 -4 -3 2 -2 -3 0 0 0 -1 -4 -2 46 3 2 2 0 5 8 1 0 0 1 12 1 1 4 6 5 1 0 1 0.53 1.16 29 D -1 -1 0 4 -4 0 4 0 -3 -1 -2 0 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 5 3 3 29 0 4 31 6 0 3 5 4 0 0 0 4 1 0 0 1 0.63 1.08 30 L -3 0 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 3 4 -3 4 1 -4 -3 0 4 -2 1 1 6 0 0 0 0 1 1 0 15 36 1 12 6 0 1 7 6 0 7 0.62 1.06 31 M -3 2 -3 -3 2 2 -1 -4 -3 1 -1 3 3 0 0 -3 -1 -4 -3 0 1 9 0 0 4 11 4 1 0 10 6 21 9 4 4 1 4 0 0 6 0.30 1.06 32 A 1 1 0 1 -5 5 1 -3 -2 -4 -3 2 -3 -5 -3 0 -1 -5 -2 -2 10 6 4 8 0 31 9 1 1 0 2 12 0 0 1 5 3 0 1 2 0.54 1.38 33 Y -4 -4 -3 -5 -1 -4 -4 -5 2 -2 -3 -4 -3 6 -5 -3 -4 4 7 -4 0 0 1 0 2 0 0 0 5 2 0 0 0 32 0 2 0 5 47 0 1.59 1.38 34 C -3 -3 -5 -6 9 -5 -5 -4 -5 3 -3 -5 2 -2 -4 -1 -1 3 -4 1 1 1 0 0 51 0 0 1 0 15 0 0 5 2 1 4 3 4 0 12 1.53 1.42 35 E -2 -2 -1 -1 -5 1 5 -4 -2 -1 2 -2 5 -3 -4 -1 -1 -5 -4 -2 2 1 2 3 0 6 36 1 1 2 17 2 14 1 0 5 4 0 0 2 0.61 1.42 36 A 1 -2 -1 1 -5 6 3 -2 -1 -5 -5 0 -4 -5 -4 -1 0 -5 -4 -3 11 1 2 7 0 36 23 3 1 0 0 4 0 0 0 4 5 0 0 2 0.79 1.41 37 H -4 0 6 -2 -2 2 -1 -1 7 -5 -3 -1 -1 -4 -4 -2 -3 -5 -1 -5 0 5 38 1 1 9 2 4 27 0 2 2 2 0 0 2 1 0 2 0 1.11 1.39 38 A 5 -1 -4 -3 -2 0 0 -2 -2 -2 -3 0 0 -3 -1 1 -2 -5 -3 -1 53 2 0 1 1 4 7 1 1 2 2 5 3 1 3 8 2 0 1 4 0.64 1.44 39 K -1 2 -1 -1 5 3 0 0 0 -4 -4 3 -2 -5 1 -1 -1 -5 -5 -4 5 10 2 3 13 16 5 8 2 1 1 17 1 0 8 4 3 0 0 1 0.50 1.44 40 E -3 0 2 2 -5 0 3 -3 4 -3 -5 2 1 -4 -4 1 -1 -5 1 -4 1 4 11 9 0 3 20 1 9 2 0 15 3 0 0 12 2 0 6 1 0.49 1.44 41 D -4 -4 0 8 -6 -3 0 -2 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -1 -3 -7 -6 -3 0 0 2 87 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 2 1.96 1.45 42 P 1 -5 -5 -5 4 -4 -4 -1 1 -2 -3 -4 0 -3 7 -3 -2 -5 0 -2 10 0 0 0 8 0 0 4 3 2 2 0 3 1 59 1 1 0 4 2 1.44 1.35 43 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 6 -5 -1 2 -2 -5 -4 2 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 82 0 0 7 2 0 0 2 3 2 1.35 1.35 44 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 1 -1 -4 -2 -3 -1 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 59 0 2 1 1 3 0 1 1 20 1.05 1.35 45 T -1 -2 1 -3 -1 -2 -3 -4 0 0 -1 2 1 -4 -3 0 4 -5 -3 3 4 1 7 1 1 1 0 0 2 6 4 15 4 0 1 7 25 0 1 20 0.43 1.36 46 P -1 -3 -2 -3 1 -4 -3 6 -4 -6 -6 -2 -5 -5 3 0 -3 -5 -5 -5 3 1 1 1 3 0 1 67 0 0 0 2 0 0 13 5 1 0 0 0 1.32 1.33 47 V -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -4 -5 4 -1 -5 2 3 1 -2 -2 -4 -2 5 1 0 0 1 0 0 2 1 0 23 3 0 5 14 7 3 2 0 1 38 0.77 1.34 48 P 0 -4 -2 0 -5 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -2 -4 -5 7 2 -1 -6 -5 -4 8 0 1 6 0 1 0 1 1 1 4 2 0 0 51 20 3 0 0 0 1.23 1.36 49 A 3 -3 -1 1 -4 -1 1 -1 -4 -4 -5 0 0 -5 1 3 0 -5 -3 -3 22 1 2 8 0 2 11 4 0 0 0 6 3 0 7 24 6 0 1 2 0.44 1.36 50 S 1 0 -1 2 -1 2 -1 2 -3 -5 -4 2 -4 -5 -3 4 -2 -5 -5 -4 10 3 2 13 1 8 3 13 0 0 1 15 0 0 1 30 1 0 0 1 0.52 1.36 51 E -2 -2 1 2 -3 -1 3 -4 1 -3 -4 3 -3 -5 -1 2 2 -6 -4 -3 2 1 5 10 1 1 18 1 3 1 1 21 0 0 3 14 16 0 0 2 0.50 1.38 52 N -4 -2 8 -1 -5 -3 -3 -3 -2 -6 -6 -1 -5 -6 -5 0 0 -6 -5 -5 0 2 88 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 3 5 0 0 0 1.97 1.32 53 P -3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -2 -5 -4 -2 -5 -6 8 -3 -4 -6 -6 -5 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 95 1 0 0 0 0 2.77 1.32 54 F -5 -5 -6 -6 -2 -6 -6 -5 -4 -3 -2 -6 -3 8 -6 -4 -5 6 3 -3 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 81 0 1 0 10 6 1 2.12 1.28 55 R -1 5 -3 -4 2 1 -2 -4 -3 -2 -4 4 -4 -5 -4 -3 -3 3 -4 -1 6 39 0 0 5 5 0 0 0 2 1 33 0 0 0 0 0 5 0 5 1.00 1.25 56 E -3 -3 -2 3 -6 -1 6 -3 -3 -6 -6 -1 -5 -6 3 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 1 17 0 0 64 1 0 0 0 1 0 0 17 0 0 0 0 0 1.39 1.19 57 K -3 1 -2 -3 -5 3 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 5 0 0 0 15 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 1.08 K Lambda Standard Ungapped 0.1257 0.3131 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1889 0.3177 PSI Gapped 0.0578 0.2670