Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 2 -1 -1 -5 5 4 -3 -1 -4 -4 4 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 10 0 0 0 34 26 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.49 2 K -2 0 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -4 1 -2 3 -2 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 2 5 0 0 0 0 0 0 0 2 0 21 0 0 0 0 0 0 0 71 0.93 0.80 3 N -3 3 0 1 -5 4 0 -4 0 -5 -5 5 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -5 1 17 5 9 0 18 3 0 2 0 0 36 0 0 0 6 4 0 0 0 0.78 1.01 4 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 -1 4 -6 -5 -4 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 66 0 0 21 0 0 0 0 0 2 1.19 1.10 5 L -4 -1 -1 -4 -2 -2 -4 -5 4 0 4 0 0 1 -5 -1 -2 -4 2 0 0 3 4 1 1 1 0 0 11 4 46 6 2 5 0 5 2 0 7 5 0.54 1.12 6 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -2 -2 -5 -5 -3 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 3.04 1.12 7 G -1 4 -1 -4 -5 -2 -3 1 -3 1 -2 4 -3 -1 -4 0 -2 -1 -1 -1 3 26 3 0 0 1 0 11 0 9 3 25 0 3 0 7 1 1 2 5 0.48 1.12 8 K -3 0 4 -3 -3 0 -2 0 3 -1 -2 5 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 4 24 0 1 3 0 6 6 4 3 44 0 0 1 4 1 0 0 0 0.80 1.12 9 C -3 -6 -5 -2 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 3 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.05 1.12 10 K -1 -1 3 2 -5 -1 -1 -1 2 -5 -4 3 1 1 -4 2 -1 -5 -2 -4 3 2 13 13 0 2 3 5 6 0 1 22 4 6 0 16 3 0 1 0 0.43 1.19 11 A 2 0 -2 -2 -4 2 1 -2 -2 0 -2 2 -1 -5 -4 -1 1 -5 -4 3 18 4 1 2 0 9 9 3 1 4 2 15 1 0 0 3 9 0 0 19 0.31 1.19 12 Y 0 -2 -2 -2 -4 0 0 -5 0 -2 2 -2 -1 5 0 -2 -1 -3 2 0 10 2 2 3 0 4 6 0 2 1 18 2 1 28 6 1 3 0 6 5 0.41 1.19 13 A 4 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -5 2 1 -2 0 -1 -4 -2 -1 -5 -4 3 40 0 0 0 0 0 0 1 0 13 11 2 1 3 0 1 2 0 0 26 0.68 1.19 14 C -1 -3 -5 -6 10 -5 -6 -1 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -5 -2 -2 -5 -4 -1 5 1 0 0 76 0 0 5 0 2 0 0 0 4 0 1 2 0 0 3 2.19 1.14 15 S -2 -1 2 1 0 -1 -2 -3 3 -4 -2 1 0 0 -3 2 2 -4 4 -3 1 2 11 8 2 2 2 1 6 0 3 7 3 3 1 18 14 0 14 1 0.37 1.16 16 T 1 -4 1 -3 -1 -3 -3 4 -4 -4 -3 -2 -4 -5 -4 4 2 -5 -5 -2 9 0 5 0 1 0 0 31 0 0 2 2 0 0 0 34 14 0 0 2 0.74 1.16 17 D 1 -1 1 3 -1 -1 2 -3 0 -3 -5 0 -4 -2 -4 3 1 -1 -4 -3 11 3 6 15 1 2 15 1 2 2 0 5 0 2 0 26 7 1 0 1 0.43 1.16 18 D -3 -2 0 7 -3 -2 3 -4 1 -6 -6 -1 -5 -2 -4 -1 -3 -6 -1 -5 1 2 3 64 1 0 17 0 3 0 0 2 0 2 0 3 0 0 3 0 1.32 1.16 19 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 2 1 -5 -5 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 22 0 4 5 0 0 0 0 0 8 1.22 1.16 20 R -3 6 -2 -3 2 2 0 -4 2 -5 -4 3 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -1 -2 0 54 1 0 4 7 5 0 5 0 0 14 0 0 0 3 0 0 2 4 1.03 1.13 21 I -2 0 -4 -4 0 -1 -3 -5 -1 2 0 3 1 -4 -4 0 2 -5 -4 4 2 4 0 0 2 2 0 0 2 11 9 19 3 0 0 6 11 0 0 29 0.46 1.16 22 I -1 -2 -4 -3 -3 -4 -4 -5 0 5 0 -4 1 1 -4 -4 -1 -4 1 3 4 3 0 1 0 0 0 0 3 42 7 0 2 4 0 0 2 0 4 25 0.74 1.09 23 K -2 1 1 0 0 1 4 -1 -1 -5 -4 3 -4 -2 -1 -1 -2 -5 -1 -3 3 6 6 5 2 6 34 5 1 0 1 18 0 2 3 3 1 0 2 1 0.52 1.11 24 D -2 -1 4 3 -4 -1 2 2 0 -5 -5 2 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 2 2 21 15 0 2 14 17 2 0 1 11 0 0 0 8 3 0 0 0 0.54 1.04 25 S 0 -3 1 0 3 0 -3 0 0 -2 -2 -3 5 -4 -4 4 1 -5 -4 -2 7 0 7 4 7 5 0 7 2 2 3 0 16 0 0 32 6 0 0 1 0.50 1.10 26 H -2 -2 1 -3 -5 3 -2 -4 9 -5 -4 -3 -1 -4 -4 0 -1 -4 1 -4 3 0 7 0 0 14 0 0 57 0 0 0 2 0 0 7 4 0 3 0 1.44 1.09 27 H -4 1 -1 -4 -5 -3 -3 -5 8 -4 -4 -3 -4 2 -5 -3 0 -2 6 -2 0 8 3 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 7 0 0 7 0 33 3 1.38 1.12 28 I -1 -5 -5 -5 3 -4 -5 -3 -5 3 0 -4 2 -1 -5 -3 2 -5 -4 5 5 0 0 0 6 0 0 2 0 14 5 0 6 2 0 0 16 0 0 44 0.77 1.12 29 V 0 -4 4 -3 5 -3 -4 -4 3 2 -2 -4 2 -4 -4 0 0 -5 -3 3 8 0 21 0 12 0 0 0 7 10 0 0 7 0 0 6 6 0 0 24 0.57 1.00 30 L -1 0 -4 -5 3 -4 -4 -5 -4 3 1 0 3 1 2 -3 0 -4 -3 3 5 5 0 0 7 0 0 0 0 16 13 6 7 7 10 0 5 0 0 19 0.42 1.00 31 G -1 -1 3 5 1 -3 0 1 0 -5 -5 0 -4 -5 -4 1 2 -6 -5 -3 3 2 14 30 3 0 4 13 2 0 0 4 0 0 0 9 12 0 0 2 0.61 1.13 32 E -2 1 -1 3 -1 0 0 -3 0 -4 -5 2 0 -5 6 -2 -2 -6 -5 -1 2 7 3 15 1 4 6 2 3 0 0 11 3 0 35 2 2 0 0 4 0.74 1.13 33 A 1 -2 2 3 -4 1 3 -2 -3 -4 -2 -1 -4 -5 -4 2 1 -5 -2 -3 14 1 9 16 0 5 18 3 0 0 3 3 0 0 0 16 9 0 1 2 0.41 1.13 34 F -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 1 3 0 -5 1 8 -6 -5 -4 -2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3 15 5 0 4 65 0 0 0 0 0 5 1.41 1.13 35 K 0 0 1 -4 3 1 0 0 -4 0 -1 0 2 1 1 0 0 4 -4 -4 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 0.19 1.67 36 E -3 0 1 2 -6 0 4 -3 0 1 -3 2 -1 -2 -5 2 -1 -6 -5 -3 2 4 8 13 0 3 26 1 2 8 2 10 2 2 0 14 4 0 0 1 0.46 1.67 37 R -4 4 0 -5 3 -3 -4 -5 2 0 2 2 -1 0 -5 -3 -4 -4 4 -2 0 22 4 0 6 0 0 0 5 5 19 12 2 3 0 2 0 0 15 3 0.62 1.62 38 Y -3 -2 -5 -5 3 -4 -5 -2 -3 1 -2 -2 0 4 -5 -2 -2 -2 7 2 2 2 0 0 6 0 0 4 0 7 3 3 2 14 0 2 3 0 37 15 0.92 1.59 39 T -2 2 1 -1 -5 -1 0 -3 1 3 -2 2 -1 -2 -4 -2 1 -5 -1 1 2 10 6 4 0 2 6 2 3 17 3 15 1 1 0 2 10 0 2 12 0.30 1.59 40 T -1 -1 -2 -4 2 0 -1 -3 -1 2 0 -1 0 -1 -5 0 3 -5 -4 3 6 3 2 0 4 4 4 2 1 10 8 3 2 3 0 7 17 0 0 25 0.34 1.60 41 K -1 4 -1 0 -1 0 2 0 -3 -1 -3 3 -4 -3 -4 1 -2 0 -2 -1 4 24 3 4 1 3 12 6 0 5 2 18 0 1 0 9 1 1 2 4 0.41 1.59 42 P -2 -2 -2 0 -1 -1 3 -2 -4 -4 0 -1 -4 -4 6 1 -2 -5 -5 -2 2 2 2 4 2 2 18 3 0 0 9 3 0 1 35 12 2 0 0 3 0.73 1.49 43 H -2 -2 3 -2 2 -1 -1 0 6 -1 -1 -1 -2 -1 -3 -2 -1 -5 1 1 2 1 13 2 4 2 4 8 23 3 7 4 1 3 1 2 5 0 4 11 0.47 1.50 44 K -2 0 -2 0 -2 1 0 -3 -1 -4 -2 4 -4 -4 4 -1 1 -5 -4 1 2 4 2 4 1 6 5 1 1 0 3 23 0 1 22 5 9 0 0 10 0.50 1.47 45 K 0 0 0 -1 -4 -2 0 -2 -1 2 -1 4 0 -4 -2 0 0 -5 -3 -1 8 4 4 4 0 1 5 2 1 14 5 30 2 0 2 6 6 0 1 5 0.36 1.49 46 P -2 -2 -1 1 -5 1 -1 -1 -2 -3 0 0 -3 -4 6 -2 -2 -5 -2 -1 4 2 3 9 0 6 4 4 1 1 12 5 0 0 39 2 2 0 2 4 0.71 1.46 47 M -3 4 -1 -3 -5 2 0 -2 -2 -1 -3 4 0 -3 -1 0 -3 -5 -1 -1 2 21 2 0 0 10 7 3 1 4 2 29 3 1 3 6 0 0 2 5 0.55 1.48 48 Q -1 2 0 -1 0 1 0 -3 -1 -2 -3 3 -3 -3 -2 2 2 -5 -4 0 5 10 4 3 2 7 6 1 1 2 2 18 0 1 2 16 12 0 0 7 0.31 1.50 49 F -3 -3 -5 -2 2 -4 1 -5 1 0 -1 -4 -1 6 -4 -2 -3 3 4 -1 1 1 0 2 5 0 9 0 3 5 5 1 1 37 1 4 1 3 16 4 0.86 1.53 50 D 1 0 -2 3 -5 -2 1 2 -4 -3 -2 2 -2 -5 -1 1 -3 -5 -5 -1 12 5 1 18 0 1 11 15 0 1 3 12 1 0 4 8 1 0 0 5 0.33 1.51 51 G -4 -1 1 6 -2 -2 0 1 0 -1 -3 -1 -2 -5 -3 0 -1 -1 -3 -5 0 3 5 47 1 1 4 10 2 3 3 4 1 0 1 8 4 1 1 0 0.78 1.50 52 F -1 -5 -3 -4 -1 -3 -4 -2 -4 0 -1 -4 -3 5 -5 -4 -1 8 4 -1 5 0 1 1 1 1 1 3 0 6 6 1 0 29 0 1 3 20 14 5 1.04 1.52 53 E -4 1 -2 -1 -4 3 5 -1 2 -5 -3 1 -1 -1 -4 0 0 -5 1 -2 0 7 1 3 0 12 35 4 4 0 2 7 2 3 0 5 6 0 5 2 0.55 1.53 54 K -1 0 -1 -4 -1 -1 -1 -3 0 -1 -1 3 -1 -1 4 -1 2 -5 -1 -3 5 6 2 0 2 3 4 2 2 4 6 18 1 3 23 3 13 0 2 1 0.45 1.55 55 K -4 1 3 -2 -5 -2 -2 2 -4 1 -1 3 -1 -3 -2 -1 0 -5 -3 0 0 8 15 2 0 1 2 17 0 8 6 19 1 1 2 3 5 0 1 8 0.35 1.55 56 S 1 0 -3 -4 3 1 -1 5 -4 -5 -4 0 -2 -3 -4 1 -2 -5 -2 -4 14 4 0 0 7 5 3 42 0 0 2 7 1 1 0 10 2 0 2 1 0.70 1.55 57 K -2 0 -2 -1 -3 -1 2 -4 -4 1 -3 5 -1 -4 -4 0 0 -5 0 -1 3 3 2 2 0 1 15 0 0 9 2 41 2 1 0 7 5 0 3 4 0.61 1.51 58 M -4 -5 -6 -6 -4 -3 -5 -3 -2 6 0 -5 4 -1 -3 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 1 0 3 1 58 8 0 10 2 2 0 1 0 0 14 1.18 1.53 59 Y -1 1 -1 -4 0 -2 -4 -5 4 1 0 1 -1 4 -5 1 -3 -4 2 -2 6 8 2 0 2 1 0 0 12 7 11 9 1 16 0 13 1 0 8 2 0.42 1.50 60 C -3 -2 -5 -6 11 -5 -5 -5 -1 -2 -4 -5 -1 -5 -5 -4 -3 -5 -5 -2 0 3 0 0 84 0 0 0 2 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 3 2.76 1.49 61 R 2 3 -1 -3 0 0 -2 -2 -3 -2 -2 5 0 -4 -1 -2 -3 -4 -3 -1 20 14 3 1 2 4 2 2 0 3 4 32 2 1 3 2 1 0 0 5 0.51 1.34 62 N -1 2 2 0 3 -1 0 1 0 -1 -2 0 -1 -2 -1 0 0 -2 -2 -1 6 14 9 6 6 2 5 11 2 4 4 5 1 2 2 7 5 1 2 4 0.12 0.83 63 N 0 0 1 -1 0 2 2 1 -2 -2 -1 1 -2 -1 1 0 0 -2 -2 -1 7 4 6 2 2 9 12 10 1 2 8 7 1 3 7 7 7 1 1 6 0.09 0.89 64 N -3 -1 5 1 -4 -2 1 -1 1 -4 -4 3 -4 -4 -2 1 0 -4 -2 -4 1 3 32 8 0 1 7 4 4 1 1 20 0 0 2 10 4 0 1 1 0.68 1.38 65 C -3 -6 -5 -6 11 -6 -6 -5 0 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 0 0 0 0 96 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.34 1.54 66 Q -2 1 2 2 -1 1 -2 4 1 -6 -5 1 -2 -3 -3 0 -3 -1 -5 -5 2 7 9 14 1 6 2 38 3 0 1 7 1 1 1 6 1 1 0 0 0.63 1.35 67 H -1 0 2 -1 -4 4 2 -4 5 -4 -1 2 -1 -2 -3 -1 -1 0 0 -2 4 3 10 2 0 17 14 1 13 0 7 11 1 2 0 4 3 1 3 2 0.42 1.16 68 D 1 -1 0 4 -4 2 1 -2 0 -2 -3 1 -2 -1 0 0 -1 -4 0 -1 14 2 3 23 0 8 7 3 3 3 2 7 1 3 4 5 4 0 3 4 0.26 1.16 69 W -4 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -4 0 2 -4 -2 -1 -5 -4 -4 11 3 -1 1 0 0 1 0 0 1 1 0 6 19 1 0 0 0 1 1 52 8 5 1.86 1.16 70 G -2 -4 -3 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 0 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -5 1 0 0 1 0 0 1 85 0 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