Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -5 -7 -8 -8 -6 -6 -7 -8 -7 4 4 -7 9 -4 -7 -6 -5 -6 -5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 30 0 34 0 0 0 0 0 0 17 1.44 2.00 2 I -5 -6 -7 -8 -6 -7 -7 -8 -7 4 5 -6 6 4 -6 -7 -5 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 40 0 15 14 1 0 0 0 1 6 1.15 2.15 3 K -3 6 -3 -5 -6 0 -3 -2 -2 -5 -5 7 -2 -6 -5 -1 -3 0 -5 -5 2 32 1 0 0 4 1 3 1 1 1 45 1 0 0 4 1 1 0 1 1.19 2.18 4 R -3 8 -3 -3 -6 0 -1 -5 -2 -4 -3 3 -3 -2 -5 -2 -1 5 -3 -5 2 51 1 1 0 3 3 1 1 1 3 14 1 2 1 3 4 6 1 1 1.08 2.18 5 Y -5 -7 -8 -8 -4 -6 -8 -7 -6 3 6 -7 3 5 -7 -6 -4 -4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 13 54 0 5 17 0 0 1 0 2 5 1.18 2.20 6 L -1 -4 -4 -7 -5 -6 -7 -4 -5 2 5 -4 2 4 -7 -3 -4 8 0 -1 5 1 1 0 0 0 0 2 0 8 38 2 4 15 0 2 1 12 3 4 0.86 2.21 7 Q 0 3 -1 -2 -5 1 -2 1 1 -5 -5 3 -4 -4 4 2 -1 0 -4 -4 8 12 2 2 0 5 2 8 3 1 1 16 0 1 15 15 3 1 1 2 0.43 2.20 8 F -4 -4 -3 -6 -3 -3 -3 -6 0 -2 1 -5 0 5 -6 -3 -4 0 9 -4 2 1 1 0 1 1 2 1 2 2 14 0 2 15 0 2 1 1 50 1 1.37 2.20 9 V 1 -6 -1 -6 0 -5 -6 -4 -4 3 4 -6 3 2 -6 -1 -2 -2 2 2 10 0 4 0 2 0 0 2 0 13 28 0 5 7 0 4 3 1 7 12 0.49 2.19 10 K -1 5 -3 -4 -5 -1 -3 0 -2 -4 -2 6 -3 -3 -5 -1 -3 6 -3 -4 5 22 1 1 0 2 1 7 1 1 4 34 1 1 1 4 1 9 1 1 0.79 2.19 11 P -3 1 -2 -2 -5 0 0 -1 -1 -5 -5 2 -4 -6 8 -3 -3 -5 -5 -5 2 7 3 2 0 3 6 5 2 1 1 11 1 0 50 2 1 0 0 1 1.17 2.18 12 Y -5 -2 -1 -1 -4 0 2 -6 6 -4 -4 -2 -3 2 -6 -3 -5 -1 9 -4 1 2 3 4 0 4 12 0 12 1 2 3 1 6 0 2 0 1 44 1 1.18 2.18 13 K -3 6 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -2 -2 -3 6 -2 -4 -4 -3 -3 8 -2 -5 3 28 1 1 0 2 1 2 1 3 4 33 1 1 1 2 2 13 2 1 1.01 2.18 14 Y -1 3 -2 -5 -4 -2 -5 1 0 -2 0 4 -2 1 0 -2 -2 6 -1 -2 5 13 2 0 0 1 0 11 2 2 9 20 1 5 5 3 2 8 2 3 0.34 2.18 15 R -1 4 -3 -2 -5 1 -2 -3 0 -1 2 1 0 -1 -2 -1 -1 2 2 -1 5 17 2 2 0 7 3 2 2 3 17 6 2 2 3 5 3 3 7 4 0.17 2.18 16 I -1 -5 -6 -6 -2 -4 -6 -6 -4 3 3 -6 3 5 -7 -3 -3 -2 2 2 5 1 0 0 1 1 0 1 0 12 25 0 6 16 0 3 2 1 6 12 0.53 2.18 17 F 2 -3 -5 -7 -2 -4 -6 -2 -4 4 2 -4 -1 3 -5 -2 0 1 0 2 13 2 1 0 1 1 0 4 0 16 18 1 2 9 1 3 5 2 3 11 0.29 2.19 18 A 1 -4 -5 -6 -1 -2 -3 -1 -5 2 4 -3 0 2 -4 -3 -1 1 -3 1 11 1 0 0 1 2 2 5 0 11 28 2 2 7 1 2 3 2 1 9 0.26 2.19 19 T 4 -5 -2 0 0 -4 -5 3 -5 -1 -2 -5 -1 -4 -5 1 -1 -4 -4 1 26 0 2 5 2 1 0 18 0 4 4 0 2 1 1 10 4 0 1 9 0.32 2.19 20 I -1 -6 -6 -7 1 -6 -6 -3 -5 3 3 -6 3 4 -1 -3 -1 -3 -3 2 5 0 0 0 3 0 0 3 0 14 21 0 5 13 4 3 4 0 1 13 0.38 2.18 21 I 0 -6 -7 -7 1 -4 -7 -1 -7 3 3 -6 -1 3 -5 -2 -1 -4 -4 3 9 0 0 0 2 1 0 6 0 13 24 0 1 10 0 4 3 0 0 15 0.40 2.19 22 V 1 -6 -5 -6 7 -5 -6 0 -7 -1 3 -6 0 4 -6 -1 -3 -2 -2 -2 10 0 0 0 16 0 0 8 0 3 21 0 2 16 0 5 2 0 1 3 0.53 2.21 23 G 2 -5 -1 -5 -2 -3 -5 -1 -4 0 2 -2 4 -2 -5 1 1 -4 -4 0 14 0 3 0 1 1 1 6 0 5 19 3 8 2 1 12 7 0 1 6 0.17 2.21 24 I 0 -7 -6 -7 0 -5 -6 -3 -5 4 3 -7 2 3 -6 -3 -1 -2 -4 3 8 0 0 0 2 0 0 2 0 16 23 0 3 10 0 2 3 1 0 16 0.45 2.20 25 I 0 -7 -7 -7 1 -5 -6 0 -5 3 3 -6 0 2 -5 -3 -2 -4 -5 2 8 0 0 0 3 0 0 8 0 14 26 0 2 6 1 2 3 0 0 14 0.39 2.21 26 K 2 -3 1 -3 0 0 1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -5 2 0 -4 1 0 13 1 7 1 2 4 9 6 1 3 4 3 1 2 0 14 5 0 4 6 0.04 2.24 27 F 2 -2 0 -3 -2 0 -3 1 -1 -2 -4 0 -3 -3 -5 2 1 -4 -4 1 17 3 5 2 1 4 1 9 1 3 2 6 1 2 0 13 9 0 1 9 0.09 2.22 28 G 2 -5 -5 -7 0 -5 -5 1 -6 2 2 -5 0 1 -5 0 -2 -1 -2 2 16 0 0 0 2 0 1 10 0 9 17 0 2 6 1 6 3 1 2 13 0.21 2.22 29 I 1 -6 -4 -6 3 -4 -6 -2 -5 2 2 -5 2 4 -4 -1 0 -3 -3 1 11 0 1 0 5 1 0 4 0 8 16 0 4 14 1 5 5 0 1 8 0.24 2.23 30 P -1 -2 3 3 -7 1 2 -1 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -4 1 1 -3 -3 -4 6 2 12 12 0 7 13 5 1 1 2 1 2 1 1 9 7 1 1 2 0.16 2.23 31 M -1 -5 -5 -6 -3 -4 -6 -3 -5 2 4 -4 3 -2 1 -2 -1 -2 -3 2 5 1 1 0 1 1 0 2 0 8 31 1 6 2 7 3 4 1 1 13 0.32 2.24 32 L 2 -4 -5 -6 -1 -2 -4 -2 -4 1 2 -3 1 1 -5 0 -1 -2 0 1 16 1 0 0 1 2 1 4 0 6 18 2 3 5 0 7 4 1 4 10 0.12 2.23 33 I -2 -3 -1 -5 -4 0 -3 -1 -3 2 0 -4 2 3 0 -1 -1 -2 1 1 4 1 3 1 0 5 2 5 1 10 10 1 4 11 5 4 4 1 4 10 0.04 2.22 34 P 0 -5 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -6 -3 -5 -4 -3 -4 8 -2 -3 -7 -3 -3 8 1 1 1 1 1 1 2 0 2 1 1 1 1 58 3 2 0 1 2 1.29 2.21 35 L -2 -1 -4 -4 -4 0 -4 -5 -2 1 2 0 1 4 -4 -3 -2 4 3 0 3 3 1 1 0 4 1 1 1 6 17 6 3 12 1 3 3 5 9 5 0.19 2.23 36 L -1 -5 -5 -6 -1 -3 -5 -4 -4 3 4 -5 2 3 -4 -4 -3 0 2 2 5 1 1 1 1 1 1 2 0 12 27 1 4 11 1 1 2 1 5 10 0.37 2.23 37 I -2 -6 -3 -5 -3 -4 -5 -4 -3 3 2 -5 5 3 -5 -2 2 -2 -1 2 4 0 1 1 1 1 1 2 1 13 19 1 10 9 1 4 10 1 2 10 0.33 2.22 38 K 1 2 -2 -3 -3 3 -3 3 -3 -4 -5 4 -2 -4 -4 1 -3 -2 -3 -4 10 10 2 1 1 11 2 20 1 1 2 18 1 1 1 9 2 1 1 1 0.40 2.23 39 Y -2 1 0 0 -3 1 -1 -4 1 0 0 2 -1 1 -1 -2 -2 3 4 -1 4 8 4 5 1 6 4 2 3 5 8 9 2 5 4 4 3 3 12 4 0.13 2.19 40 A 2 -4 -4 -7 -1 -3 -5 -3 -6 4 3 -4 2 1 -4 -2 -1 0 -2 2 15 1 1 0 1 1 1 2 0 18 19 1 5 6 1 3 4 1 1 13 0.40 2.19 41 I -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -2 6 1 -4 2 0 -4 -3 1 -7 -3 4 3 1 1 1 1 1 1 1 1 35 10 1 4 3 1 2 8 0 1 19 0.66 2.22 42 D -3 -3 2 8 -7 -2 -1 -3 -1 -4 -4 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -7 -2 -4 2 2 8 57 0 2 3 2 1 2 2 2 1 2 1 3 3 0 2 2 1.11 2.21 43 G 0 0 1 1 0 0 1 0 2 -1 -2 0 -1 -1 -2 0 0 1 0 0 7 4 6 8 2 5 8 7 4 3 4 5 2 3 2 6 6 2 3 8 0.03 2.25 44 V 0 -2 -2 -2 1 -2 -2 -1 0 3 1 -2 2 2 -2 -2 -2 2 1 1 7 3 3 3 2 2 3 6 3 13 14 3 4 6 3 3 3 2 4 9 0.10 2.24 45 I -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 -1 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 46 N -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 -1 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 47 N -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 -1 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 48 H -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 -1 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 49 A 1 -2 2 4 -4 0 -1 1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 2 0 -3 -2 -2 11 3 8 16 0 4 3 10 1 3 5 3 1 2 4 12 6 0 1 4 0.18 2.11 50 L 0 -2 -1 -2 -5 -1 -2 -1 -2 1 2 -2 3 0 0 0 0 1 -1 0 8 3 3 3 0 3 4 6 1 8 18 3 6 4 5 7 6 2 2 7 0.06 2.04 51 T 0 -1 0 2 -4 0 0 1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 1 2 2 -2 -2 -2 9 3 5 9 0 3 6 9 1 3 5 4 2 2 6 12 12 1 2 3 0.08 2.03 52 T 0 -1 -1 0 -4 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 2 -2 1 -1 8 3 4 6 0 4 4 11 2 3 6 4 2 4 4 8 12 1 5 5 0.03 1.99 53 D 0 -1 0 2 -3 0 0 0 -1 -1 1 -1 -1 -1 1 0 -1 -1 -2 -1 8 3 4 9 1 4 6 8 2 4 13 4 1 3 6 7 4 1 2 5 -0.01 1.90 54 E 0 -1 1 2 -3 0 2 0 0 -2 -2 0 -1 -1 -1 0 0 1 -1 -2 7 3 5 9 1 5 12 7 2 2 6 5 1 3 4 7 5 2 2 4 0.02 1.91 55 K 0 1 0 0 -3 0 0 0 -1 -1 0 2 -1 -1 0 -1 -1 0 -2 -1 7 6 4 6 1 5 6 6 1 4 9 11 2 3 4 5 5 1 2 5 -0.03 1.85 56 V 0 -2 0 0 -3 -1 -2 -1 -2 1 1 -2 2 0 -1 -1 0 1 -1 1 8 3 4 6 1 4 3 5 1 8 13 3 4 4 4 4 5 2 2 8 -0.02 1.84 57 H -1 0 -1 -1 -2 -1 -1 -1 1 -1 0 0 1 1 0 0 0 2 1 -1 6 6 3 3 1 3 5 5 4 4 10 5 3 6 5 6 5 2 4 5 -0.05 1.89 58 H 0 0 1 -1 -2 1 0 0 3 -2 -1 0 -1 0 -1 0 -1 3 1 -2 7 6 6 4 1 7 5 7 5 3 6 5 2 3 3 6 5 3 4 3 -0.02 1.92 59 L -1 -3 -3 -2 -3 0 -2 -2 -3 1 3 -2 2 2 -3 -2 -1 0 1 0 7 2 2 2 1 4 3 4 1 7 26 3 4 6 2 3 4 1 4 7 0.13 1.98 60 T 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 -3 3 3 -3 0 1 -1 -2 0 0 0 2 7 1 2 2 1 1 2 3 1 13 23 2 2 5 3 4 5 1 3 10 0.17 2.11 61 I -1 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -2 -2 3 2 -2 1 0 -2 -2 -1 4 0 2 5 3 3 2 1 2 1 3 1 13 17 3 3 4 2 3 5 5 3 11 0.13 2.12 62 A 1 -1 -2 -4 -2 -1 -3 -1 -2 1 1 0 1 0 -2 -1 0 3 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