Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 1 6 -5 0 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 6 49 0 0 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.55 2 T 1 -2 2 1 -3 -2 -2 -2 -3 -2 -4 0 -3 -4 -3 3 4 -5 -4 -2 14 0 10 7 0 0 0 1 0 2 0 5 0 0 0 29 30 0 0 2 0.53 0.66 3 V 1 -4 -3 -4 3 -2 -3 -1 -4 1 1 -1 -2 -3 6 -2 -2 -5 -4 0 12 0 1 0 6 1 0 4 0 8 16 5 0 1 38 2 1 0 0 6 0.72 0.81 4 D -2 -3 1 3 -5 -1 2 0 -3 -5 -5 -2 -4 -3 6 1 -3 -6 -5 -5 1 0 7 18 0 2 17 6 0 0 0 0 0 1 38 10 0 0 0 0 0.97 0.91 5 F -2 -4 -5 -5 0 -3 -5 -5 -3 -2 1 -4 2 7 -3 -2 -2 -1 5 -3 4 0 0 0 2 1 0 0 0 1 10 0 6 48 1 3 3 0 22 0 1.11 0.98 6 V -1 0 -1 0 -4 3 4 -4 -3 0 -1 0 -1 -3 0 -1 1 -5 -4 0 5 5 3 3 0 14 28 0 0 5 5 6 1 1 4 4 10 0 0 7 0.36 1.01 7 R 1 4 -3 -3 1 -2 0 -4 -1 -4 -4 4 -4 -3 -4 1 0 -4 3 -3 13 24 0 1 4 0 5 0 1 0 0 26 0 0 0 9 6 0 10 1 0.58 1.02 8 N -3 -1 1 -1 -5 3 4 -4 3 -2 0 -1 0 -3 -4 -1 -1 -5 -1 0 0 2 7 2 0 16 29 0 9 2 9 3 2 1 0 4 3 0 2 9 0.45 1.04 9 K 0 2 1 -2 0 -1 -1 -2 -2 1 -3 2 -1 -4 -4 0 2 -5 1 2 6 12 6 1 2 1 4 2 0 9 1 13 1 0 0 7 13 0 5 16 0.24 1.06 10 D -2 -3 0 5 -5 -1 1 -1 5 -5 -4 -1 -4 -5 -4 0 1 -6 -4 -2 3 0 3 41 0 2 8 5 15 0 2 2 0 0 0 8 8 0 0 3 0.79 1.08 11 I 0 -3 -2 -1 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -3 3 1 -5 6 1 -2 -6 -5 -2 6 0 1 3 0 0 1 2 0 2 1 23 4 0 41 12 1 0 0 2 0.94 1.12 12 S 1 -3 3 0 0 -3 -1 0 -3 -4 -5 -1 -4 -5 1 5 1 -6 -4 -4 8 0 15 4 2 0 4 6 0 1 0 3 0 0 7 44 6 0 0 0 0.67 1.15 13 G -2 -3 -3 -4 -5 -1 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -3 0 -4 -5 -5 -5 0 1 0 0 0 3 0 85 0 0 0 0 0 0 1 7 0 0 0 0 1.70 1.14 14 I -3 -4 -5 -5 -4 -4 -2 -6 -5 4 3 -2 1 0 -5 -4 -3 -4 -3 4 1 0 0 0 0 0 3 0 0 25 33 3 3 4 0 0 0 0 0 27 0.83 1.20 15 T -1 1 -3 -4 -5 0 -2 -1 -4 0 -1 5 1 -3 -4 -2 1 -5 -4 1 5 8 0 0 0 3 2 4 0 7 7 42 3 1 0 2 8 0 0 9 0.56 1.29 16 S 0 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -1 -1 3 2 -1 -1 -3 -1 2 -2 -5 -4 4 7 0 0 0 0 0 0 4 2 19 18 4 1 0 3 15 0 0 0 27 0.51 1.31 17 I -3 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -2 -5 5 0 -5 2 -1 -5 -3 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 4 0 37 4 0 4 2 0 1 0 0 0 46 1.11 1.28 18 K -2 4 -1 1 -6 -1 0 -3 0 -5 -5 5 -4 -6 1 -2 -3 -6 -4 -5 3 27 2 7 0 2 5 1 2 0 0 42 0 0 6 2 0 0 0 0 0.94 1.32 19 L 0 -5 -4 -5 -4 -3 -5 5 -5 -1 2 -4 3 -4 -5 -1 -1 -5 -5 0 8 0 0 0 0 1 0 41 0 3 22 0 9 0 0 4 4 0 0 8 0.72 1.35 20 P -1 2 2 0 -5 0 -1 1 -2 -5 -5 2 -4 -6 4 1 1 -6 -5 -4 5 9 9 4 0 3 3 10 1 0 0 11 0 0 22 13 7 0 0 1 0.52 1.39 21 T -1 -2 -2 -1 -4 1 1 -4 -2 -3 -4 0 -3 -4 0 3 5 -5 -4 -1 4 2 0 3 0 7 11 1 1 1 1 6 0 0 5 19 35 0 0 3 0.57 1.38 22 V -2 -5 -3 -5 -4 -4 -5 -2 -5 3 0 -4 3 0 -3 -4 -3 0 -1 6 2 0 1 0 0 0 0 3 0 13 6 0 7 4 1 1 0 1 2 56 0.94 1.40 23 K -3 2 0 0 -2 0 -1 -4 0 -3 -3 5 -2 -5 1 0 0 -5 -2 -2 1 11 4 5 1 3 2 0 2 2 2 41 1 0 7 8 5 0 1 3 0.62 1.41 24 V -2 -2 -3 -2 2 -1 -3 -1 -1 0 2 -2 4 2 -3 -2 -1 -4 -1 3 3 3 1 2 4 2 2 4 2 4 20 2 12 10 1 3 4 0 1 20 0.34 1.40 25 S 0 1 0 0 -1 0 1 0 1 -1 -3 0 -3 -2 1 2 1 -4 -1 -1 7 8 4 5 1 3 9 6 3 4 3 6 0 2 6 17 7 0 2 5 0.13 1.27 26 E -1 1 -1 2 -4 1 3 -2 0 -4 -4 0 -3 -2 4 -1 -1 -4 -3 -3 4 9 2 13 0 5 23 3 2 1 1 6 0 2 19 5 3 0 1 1 0.53 1.29 27 S -1 0 -2 0 -1 -1 1 -2 -1 1 1 -3 -2 4 1 -1 -1 0 1 -1 6 5 2 6 1 2 8 4 2 9 12 1 0 15 8 4 4 1 5 3 0.17 1.33 28 D -1 -2 1 4 -4 1 4 -3 3 -1 -4 0 -4 -4 0 0 -2 -1 -2 -3 4 2 6 23 0 5 26 1 6 4 1 5 0 1 5 5 2 1 1 1 0.56 1.38 29 R -1 4 -1 0 -4 -1 -1 0 0 -3 -1 1 -2 0 1 -1 -1 1 0 0 5 24 3 5 0 2 3 6 2 1 6 9 1 4 7 4 3 2 3 8 0.24 1.33 30 L -2 -1 -4 -2 1 -2 -4 -4 -1 1 3 -4 1 4 -3 -3 0 -3 1 1 3 3 1 2 3 2 1 1 1 8 33 1 4 18 1 1 5 0 4 9 0.48 1.32 31 D -2 -1 0 5 -4 -1 1 -2 3 -1 -2 -1 -3 -2 1 -1 0 -4 -2 0 2 3 3 32 0 2 9 3 6 3 5 3 0 1 6 5 5 0 1 8 0.43 1.29 32 T 1 1 -2 0 -3 -1 -2 0 -3 0 -1 -1 -2 -1 -2 0 4 -4 -3 -1 12 7 2 5 0 2 3 7 0 4 7 2 1 2 1 7 33 0 0 3 0.36 1.34 33 G -1 -4 -2 -2 -4 -3 0 6 -3 -5 -2 -4 -1 -4 -1 -2 -3 -4 -3 -3 4 0 2 1 0 1 7 67 1 0 4 0 2 1 3 2 1 0 1 2 1.17 1.44 34 N 0 0 5 1 -4 -1 2 1 -2 -2 -4 1 -2 -4 -2 -1 0 -5 -2 -3 8 5 25 8 0 1 12 11 1 3 1 8 1 0 2 4 7 0 2 1 0.42 1.45 35 P -2 -3 -1 -2 -5 -1 0 -1 -4 -4 -3 -2 -4 -5 7 -1 -3 -5 -2 -4 3 1 3 2 0 2 5 4 0 1 2 2 0 0 65 5 1 0 1 1 1.56 1.49 36 S 1 -1 2 2 -2 1 1 3 -1 -5 -4 -1 -4 -3 1 0 -2 -5 -4 -2 11 3 12 9 1 5 8 25 1 0 1 3 0 1 7 5 3 0 0 3 0.38 1.54 37 D 1 -2 0 2 -1 1 1 2 0 -3 -3 -1 -2 -4 1 -1 2 -5 -4 -1 12 2 4 13 1 8 9 14 2 1 3 3 1 1 6 2 13 0 0 5 0.26 1.57 38 V -1 2 3 0 0 2 1 0 0 -2 -4 2 -1 -3 -3 -1 0 -5 -4 0 4 9 16 5 2 9 9 7 2 3 1 13 1 1 1 3 5 0 0 9 0.29 1.55 39 V 3 -3 -3 -3 1 -4 -4 1 -5 1 -3 -3 -1 -3 -4 0 -2 -1 -4 5 22 1 1 1 3 0 1 9 0 8 1 1 1 1 0 8 2 1 0 38 0.62 1.58 40 Y 0 0 -3 -2 -3 0 -3 0 2 -2 -3 0 -2 4 -5 -1 -2 3 5 -2 9 6 1 3 1 4 1 7 4 2 2 5 1 20 0 5 2 4 19 3 0.50 1.60 41 T -2 -1 -4 -4 0 -2 -4 -3 0 3 2 -4 2 2 -5 -1 1 -4 2 1 3 3 0 1 2 2 0 2 2 19 21 0 4 7 0 6 8 0 8 10 0.40 1.55 42 K 1 1 -1 1 -2 2 0 2 1 -3 -3 3 -2 -5 -4 -1 0 -5 -2 -2 12 7 2 6 1 9 5 17 3 2 3 16 1 0 0 4 7 0 1 4 0.29 1.55 43 D -3 2 2 6 -5 -2 3 -4 -1 -3 -5 -2 0 -5 -1 -1 -2 -2 -2 -4 1 10 9 40 0 1 19 1 2 2 1 1 3 0 4 3 2 1 1 1 0.85 1.57 44 L 0 -2 -3 -5 -2 -4 -5 -4 -2 2 3 -4 0 2 -5 -3 -1 -4 -3 4 7 2 1 0 1 0 0 1 1 12 27 0 2 9 0 2 3 0 1 30 0.64 1.60 45 F -1 -2 -5 -4 -4 -3 -4 -4 -2 3 1 -5 -1 4 -2 -3 -1 -1 2 3 5 2 0 1 0 1 1 1 1 17 15 0 1 19 2 2 3 1 7 20 0.59 1.62 46 T 0 -2 2 0 -3 -2 -1 2 0 -4 -4 -2 -4 -4 -1 3 4 -3 -3 -3 6 2 10 6 0 1 3 16 3 0 1 1 0 1 2 20 23 0 1 2 0.49 1.62 47 L 1 -1 2 0 -1 0 0 -1 -1 -3 -1 1 -4 -1 1 2 0 -2 -4 -1 10 3 9 4 1 4 7 5 1 1 8 10 0 3 6 16 5 1 0 5 0.15 1.60 48 E 0 -1 -1 4 -3 1 3 -3 1 -5 -5 2 -4 -4 2 -1 -1 -5 -1 -3 8 4 3 23 1 6 18 2 3 0 1 10 0 1 9 4 3 0 2 2 0.49 1.59 49 E -1 -3 0 5 -5 0 4 -3 1 -3 -4 -1 -2 -4 0 -1 -1 -3 -4 -1 5 1 4 29 0 3 28 2 3 2 2 4 1 1 4 4 4 0 0 4 0.65 1.59 50 S -1 -1 1 0 0 -1 -2 4 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -1 4 0 -2 -5 -5 4 4 5 5 2 2 2 30 1 0 1 3 0 1 3 32 5 1 0 0 0.64 1.61 51 P 1 -2 -2 0 -1 0 -1 1 0 -2 -4 0 -3 -4 4 2 1 -5 -4 -3 13 2 2 5 1 3 4 10 2 2 2 6 0 1 21 16 8 0 0 1 0.41 1.55 52 R 0 2 3 -1 -5 2 -1 -2 3 -4 -4 1 -2 -4 3 1 1 -5 -2 -3 6 11 12 2 0 10 4 2 6 1 1 7 1 1 12 10 9 0 1 2 0.38 1.65 53 L -3 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -3 3 3 -4 6 3 -6 -5 -2 0 0 -1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 15 30 1 25 11 0 0 2 1 3 3 0.89 1.65 54 G 2 -2 0 -3 2 -2 -1 3 0 -4 -4 -2 -4 -3 -3 3 2 -1 -5 -3 17 2 4 1 4 2 3 18 3 1 1 2 0 1 1 24 13 1 0 2 0.48 1.65 55 C 4 -3 -4 -3 5 -4 -3 1 -1 1 -1 -4 1 0 -3 1 -2 -5 -4 1 30 1 0 1 12 0 1 9 1 7 5 0 4 5 1 11 2 0 0 9 0.50 1.61 56 G -1 -1 -2 -3 -3 -3 -4 7 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -1 -3 1 -1 -4 3 4 2 1 1 1 0 73 1 1 2 1 1 0 0 3 1 2 2 1 1.40 1.60 57 M -3 -4 -2 -5 -4 -3 -4 -5 -1 4 1 -5 0 5 -5 -4 0 1 3 1 2 1 2 0 0 1 1 0 1 22 14 0 2 28 0 0 5 2 8 10 0.76 1.57 58 M 1 -3 -2 -4 0 -3 -3 -1 -3 -1 1 -4 5 4 -4 -3 -1 5 3 0 10 2 2 1 2 1 1 5 1 3 12 1 16 15 1 2 3 7 9 8 0.52 1.50 59 E -1 4 -2 -1 0 0 2 -4 1 -2 -3 1 -3 -2 -2 0 2 1 0 -2 5 20 1 4 2 3 16 1 3 2 2 8 1 2 2 6 15 2 4 3 0.35 1.55 60 M -2 -5 -5 -6 2 -2 -4 -4 -5 3 2 -3 3 2 -2 -2 -4 8 0 0 2 0 0 0 4 2 1 1 0 16 22 2 9 8 3 3 0 19 3 6 0.80 1.59 61 K -2 1 1 4 -6 1 5 -2 0 -4 -5 0 -5 -6 -1 -1 -1 -6 -4 -4 3 8 6 19 0 5 36 3 2 1 1 4 0 0 2 4 4 0 1 1 0.70 1.60 62 E -1 0 1 1 -1 0 0 2 3 -4 -3 3 -3 -5 3 0 -2 -6 -5 -3 6 4 7 6 1 4 6 16 7 1 2 17 1 0 12 5 1 0 0 2 0.37 1.62 63 T 1 -3 -1 -2 1 -1 -2 3 -2 -3 -4 -3 -1 -5 -3 3 3 -5 -3 -1 10 1 2 2 3 2 3 23 1 2 1 1 1 0 1 21 21 0 1 4 0.51 1.62 64 T 0 -1 -2 2 0 -2 1 -3 2 -5 -4 1 -4 -2 4 2 1 -6 -3 -3 7 3 1 10 2 1 8 2 5 0 1 10 0 2 19 18 8 0 1 2 0.44 1.60 65 F -3 -3 -3 -4 -1 -3 -1 -3 -4 0 1 -2 0 6 -3 -3 0 1 3 1 2 1 2 1 1 1 5 3 0 5 15 3 2 32 1 2 6 2 8 8 0.59 1.57 66 D -1 -1 -2 2 -3 -1 2 -2 4 -2 -4 -1 -2 -5 4 0 0 -6 -2 0 6 4 2 10 1 2 14 3 9 2 1 4 1 0 21 5 7 0 2 8 0.44 1.58 67 W -3 1 -3 -4 -3 1 -1 -3 3 -3 -2 -2 -1 1 -3 -3 -3 10 4 -3 2 7 1 1 1 6 5 2 7 1 3 3 2 4 1 1 1 38 13 1 1.37 1.56 68 T -2 -1 -1 -1 -2 -1 1 -3 4 -1 -3 0 -1 -2 -2 -1 5 -5 -1 -2 2 3 2 3 1 2 8 1 12 3 1 5 2 2 2 3 45 0 2 3 0.70 1.54 69 L -2 -3 -2 -2 -5 -3 -4 -5 4 0 2 -4 2 2 1 -3 -1 0 5 1 3 1 2 3 0 1 1 0 9 4 20 0 4 7 6 2 4 1 22 9 0.53 1.50 70 N 0 0 2 2 -2 -1 2 -2 1 -5 -3 0 -3 -4 1 0 3 3 -3 -4 7 4 9 12 1 2 11 3 4 0 3 6 0 1 8 6 17 4 1 1 0.32 1.47 71 Y -2 -3 -2 -3 2 0 -1 -2 3 -2 -3 -2 -2 3 -5 -1 -2 2 7 -1 3 1 2 2 5 5 4 3 6 1 2 2 1 11 0 4 2 2 39 5 0.83 1.43 72 D -3 -3 0 6 -5 -1 4 -4 2 -4 -4 -2 -4 -5 -2 -1 -1 -5 -3 -4 2 1 3 51 0 2 23 0 4 1 2 2 0 0 1 3 3 0 1 1 1.10 1.38 73 E -2 -3 -3 0 -6 1 7 -3 0 -5 -4 -2 -4 -6 -4 -2 -2 -5 -4 -4 2 0 0 2 0 3 82 1 2 0 1 0 0 0 0 1 3 0 0 1 1.57 1.40 74 I -2 -5 -3 -5 -1 -4 -3 -4 -2 3 0 -4 5 2 -5 -2 2 0 2 3 3 0 1 0 1 0 2 1 1 15 7 0 15 8 0 3 13 1 8 20 0.55 1.43 75 D -2 -3 -2 0 3 -2 -2 -2 -3 3 0 2 2 2 -5 -2 -1 2 0 1 3 1 2 6 7 2 2 3 1 17 6 12 6 10 0 2 3 3 3 11 0.29 1.44 76 Y -3 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -6 2 3 0 -4 1 2 -5 -3 -2 -2 7 1 1 1 1 1 1 1 1 0 4 19 6 0 4 7 0 1 3 0 38 10 0.91 1.36 77 V -2 -5 -3 -6 4 -5 -5 -2 -5 4 0 -5 0 -1 -5 -4 -2 -5 -4 5 1 0 1 0 10 0 0 4 0 20 7 0 2 2 0 0 1 0 0 50 0.98 1.32 78 I -3 -3 -5 -6 -4 -3 -2 -6 -2 4 4 -3 1 -2 -5 -4 -1 -5 -2 2 1 1 0 0 0 1 2 0 1 27 47 1 2 1 0 1 3 0 1 10 0.86 1.33 79 D 0 -1 -1 3 -5 0 5 -3 -1 -6 -5 0 -5 -6 -4 1 -1 -6 -2 -5 7 3 2 14 0 3 47 2 1 0 0 5 0 0 0 10 3 0 1 0 0.85 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