Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -4 1 -3 -3 -6 3 2 -5 -3 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 4 0 0 0 14 10 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 1.45 2 G -1 -5 -2 -3 -5 -2 -2 7 -3 -3 -4 -3 -1 -6 -4 -1 -1 -6 -6 -4 3 0 1 1 0 2 3 76 0 2 1 2 2 0 0 4 3 0 0 1 1.47 1.62 3 T -2 -2 3 3 -5 -1 -1 -3 0 -3 -3 1 -2 -4 -3 2 3 -6 -4 -3 3 2 15 15 0 2 3 1 2 1 3 10 1 0 1 18 21 0 0 2 0.52 1.66 4 P 2 -3 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -2 -4 7 0 -2 -6 -5 -1 16 1 1 0 0 1 0 1 0 1 5 0 1 0 59 8 1 0 0 4 1.46 1.68 5 I 1 -2 1 3 -6 1 5 -1 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -4 0 -2 -2 -2 -2 10 1 6 17 0 5 34 4 0 1 4 3 1 1 0 5 2 1 1 3 0.55 1.74 6 Q 0 -2 1 4 -6 3 3 -3 -2 -4 -4 1 -2 -4 -4 -1 -1 -3 -4 -4 7 1 6 27 0 13 22 1 1 1 2 8 1 1 0 4 3 0 0 1 0.70 1.75 7 F 5 -3 -3 -4 -4 0 -1 -2 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -4 0 -1 -2 -2 1 57 1 1 1 0 4 3 2 1 3 3 1 2 2 0 5 3 0 2 10 0.77 1.73 8 A 3 -2 -3 -4 -2 -1 0 -2 -2 -1 -2 -3 0 -1 4 -1 -2 3 2 0 28 2 1 0 1 3 6 3 1 3 4 1 2 3 18 4 2 4 8 6 0.44 1.72 9 E 1 0 1 1 -2 2 3 0 -1 -5 -4 3 -2 -6 -3 0 -2 -1 -5 -4 10 4 6 8 1 8 19 8 1 0 1 21 1 0 1 7 2 1 0 1 0.45 1.70 10 N -1 1 2 -2 -6 4 0 -2 0 -5 -3 5 -1 -6 -4 0 -1 -6 -3 -4 5 6 8 2 0 22 4 3 2 0 2 35 2 0 0 6 3 0 1 0 0.74 1.70 11 L -3 -5 -6 -6 -4 -3 -6 -6 -6 2 5 -5 1 -2 -4 -4 -3 -5 -4 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 10 69 0 2 1 1 1 1 0 0 13 1.24 1.69 12 S -2 3 -1 -2 -3 3 -1 -4 -1 -1 -3 2 -3 -4 -5 1 4 -6 -3 0 3 15 2 1 0 14 4 1 2 3 1 14 0 0 0 8 24 0 1 7 0.52 1.74 13 W -3 -4 -4 -6 0 -5 -6 -4 -5 0 0 -5 -2 5 -5 -5 -4 10 1 0 2 1 1 0 2 0 0 1 0 4 10 1 1 26 1 0 1 42 4 5 1.80 1.70 14 K -2 2 -1 -2 -5 3 -1 -3 3 -2 -4 2 -2 -3 -4 3 2 -2 -2 -2 3 13 2 2 0 12 4 1 6 3 1 12 1 1 0 23 13 0 1 2 0.47 1.71 15 V -1 4 -1 -4 -3 2 -2 -3 1 0 1 2 -2 -2 -3 -1 -1 1 -1 0 6 23 3 1 1 8 2 2 3 6 14 12 1 1 1 4 3 2 2 6 0.31 1.65 16 D 0 0 1 0 -5 3 1 -2 1 -3 -3 1 -2 -3 -3 2 1 -5 -3 0 7 5 7 5 0 16 8 2 3 1 2 9 1 1 1 17 9 0 1 6 0.32 1.60 17 G 0 -2 2 0 -5 -1 -1 6 -2 -4 -5 -1 -5 -6 0 -1 -3 -5 -5 -4 7 2 8 5 0 2 3 55 1 1 1 3 0 0 5 4 1 0 0 1 0.93 1.57 18 G -1 -1 4 2 -2 1 0 2 1 -4 -4 1 -3 -3 -3 0 0 -1 -1 -4 4 3 23 9 1 5 4 17 3 1 1 8 1 1 1 8 6 1 2 1 0.42 1.57 19 K 0 1 0 0 -5 3 0 2 1 -3 -3 2 0 -2 -2 0 1 -1 -2 -2 8 6 4 4 0 12 6 13 3 1 1 15 2 2 2 5 11 1 1 3 0.24 1.49 20 L -3 -5 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -5 2 5 -5 1 0 -3 -3 -2 1 1 2 2 0 0 0 0 1 0 1 0 12 54 0 2 3 1 1 2 2 6 11 0.83 1.39 21 I -2 1 -1 -2 2 2 1 -4 -1 1 -1 2 -1 -2 -4 -1 2 1 -1 1 2 7 3 2 4 11 7 1 1 7 5 15 2 1 0 4 12 2 2 12 0.25 1.38 22 A 2 -5 -5 -5 1 -4 -4 -2 -5 3 1 -4 0 0 -2 -2 -1 1 -3 4 19 0 0 0 3 0 0 3 0 13 11 0 2 3 2 2 2 2 0 37 0.59 1.20 23 E -2 1 2 1 -1 -1 1 -3 2 0 -3 2 -1 -1 -4 0 2 -5 -1 0 3 6 10 7 1 2 10 1 5 5 2 13 2 2 0 8 13 0 2 8 0.21 1.21 24 N -3 -2 8 0 -5 -2 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.90 0.78 25 P -1 -1 1 0 -4 0 -1 -1 1 -4 -2 -1 0 -5 6 -1 -1 -5 -4 -2 4 4 6 6 0 4 3 4 3 0 3 4 3 0 43 4 4 0 0 3 0.76 0.78 26 S -1 -4 -1 -3 -4 -2 -2 0 -2 -4 -3 -3 -2 -5 -4 4 6 -5 -4 -3 2 0 2 0 0 1 1 7 1 0 1 0 1 0 0 28 55 0 0 0 1.08 1.28 27 P 1 -2 -2 -3 -5 -2 -3 -1 -2 -5 -4 -2 -3 -6 8 -2 -3 -6 -5 -4 11 2 1 1 0 1 1 4 1 0 1 1 1 0 71 3 0 0 0 1 1.78 1.28 28 F -5 -3 -2 -6 -1 -4 -5 -6 0 -2 -1 -5 -1 5 -6 -3 -4 4 8 -3 0 1 2 0 1 0 0 0 1 2 5 0 2 21 0 1 0 4 58 1 1.67 1.44 29 Y -3 -4 -1 -5 -5 -4 -4 -4 5 -2 -4 -5 -4 4 -6 -3 -3 2 8 0 2 0 3 0 0 0 0 1 17 2 0 0 0 14 0 2 1 3 49 6 1.45 1.44 30 M -1 -5 -5 -5 -4 -1 -5 -5 -1 4 1 -4 4 1 -5 -2 -1 -4 0 4 4 0 0 0 0 3 0 0 2 23 10 0 10 5 0 3 4 0 3 32 0.72 1.51 31 N -1 -2 3 -2 -4 -1 -3 -4 -1 -2 -4 -3 -4 -5 -2 3 5 -5 -1 0 3 2 14 2 0 2 0 0 2 2 0 0 0 0 2 24 37 0 3 6 0.75 1.51 32 I -3 -5 -5 -6 -4 -2 -5 -6 -5 2 3 -5 1 6 -2 -3 -2 -3 1 1 2 0 0 0 0 2 0 0 0 12 29 0 3 33 2 2 2 0 3 9 0.88 1.53 33 G 1 -1 1 -1 -5 0 -1 1 1 0 -2 -1 2 1 -1 1 1 -5 0 0 10 4 6 4 0 5 3 11 3 5 4 3 4 5 3 10 8 0 3 7 0.09 1.90 34 E -1 0 1 1 -5 1 1 -1 1 -1 -2 0 1 0 -4 2 1 2 1 -2 5 5 7 8 0 6 10 5 3 3 3 6 3 3 0 14 7 3 4 3 0.16 1.90 35 L 0 -3 1 -4 -4 1 0 0 -4 0 -1 0 2 1 1 0 0 -4 2 0 7 0 7 0 0 7 7 7 0 7 7 7 6 6 7 7 7 0 6 7 0.13 1.56 36 T 0 -1 0 -2 -5 0 0 -2 0 -1 -3 3 -1 -2 -1 3 2 -1 -1 -2 6 3 5 2 0 4 7 4 2 3 3 17 2 2 2 20 14 1 2 3 0.28 1.97 37 F 1 -3 -3 -3 -1 -1 -2 -4 -2 2 2 -1 0 0 -2 -1 -1 -5 -1 4 13 1 1 1 1 2 3 1 1 12 18 4 2 3 2 4 4 0 2 25 0.35 1.97 38 G 0 -2 4 1 0 -1 -1 4 0 -3 -3 -1 -1 -2 -2 0 -2 -6 -2 -3 7 2 17 9 2 3 3 28 2 2 2 3 2 2 2 8 2 0 2 2 0.43 2.01 39 G -1 -1 2 0 -5 0 -1 4 0 -3 -3 -1 -1 -2 -2 0 0 1 -5 -3 5 3 9 6 0 5 4 35 2 2 2 4 2 2 2 7 5 2 0 2 0.46 2.01 40 K -1 2 0 -1 -5 3 0 -2 3 -2 -3 4 -1 -2 -2 0 0 1 -1 -2 5 10 5 3 0 12 5 2 6 2 2 24 2 2 2 6 6 2 2 3 0.37 2.01 41 S 0 0 1 0 -5 0 1 -1 0 -2 -2 2 -1 -2 1 1 0 -5 -2 -1 9 4 7 6 0 4 9 5 2 2 4 14 2 2 8 10 6 0 1 4 0.17 1.98 42 I -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 43 P -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.10 1.78 44 S 0 -2 2 2 -5 -1 0 1 0 -2 -2 -1 0 -2 3 1 0 -5 -1 -2 9 3 9 10 0 2 5 10 3 3 5 3 2 2 12 11 5 0 2 3 0.19 1.89 45 H 0 -1 1 1 -5 0 0 1 1 -1 -1 -1 2 -1 -1 0 2 1 -1 0 9 3 6 9 0 4 5 9 4 4 5 4 5 3 3 7 11 2 2 6 0.09 1.95 46 Y -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 47 I 0 -4 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 4 1 -2 1 0 -1 -2 -1 2 -3 4 7 0 0 0 4 0 0 0 0 21 13 3 3 3 3 3 3 3 0 33 0.58 1.07 48 P 3 -1 -1 0 -4 -1 -1 -1 0 -2 -2 -1 0 -4 5 0 -1 -5 -1 -2 25 4 2 4 0 2 3 3 2 2 5 4 2 0 29 5 2 0 2 3 0.52 1.05 49 P 2 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -4 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 2.19 1.07 50 K -2 -1 -1 -2 -5 -1 -2 1 1 -3 0 3 1 5 -5 -2 -2 1 1 -2 2 3 3 2 0 2 2 10 3 0 8 23 4 27 0 2 2 2 4 2 0.50 1.26 51 S 0 -2 -1 1 -1 0 1 3 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 4 0 -5 -5 -3 7 2 2 6 1 5 8 25 0 0 0 2 0 0 0 34 6 0 0 2 0.62 1.37 52 T -1 0 0 0 -1 1 2 -3 0 -2 -4 0 -2 -3 -4 3 3 -5 -2 -2 3 5 4 4 1 7 12 2 2 2 1 5 1 1 0 26 20 0 1 3 0.41 1.39 53 W 1 0 -2 -2 -5 3 0 -2 0 0 1 2 1 -2 -4 -1 1 -1 -1 1 13 5 2 1 0 12 5 3 2 5 12 13 3 2 0 4 7 1 2 9 0.19 1.55 54 A -1 3 0 0 -2 1 1 -3 0 -2 -3 0 0 -3 -1 1 3 -2 -2 -1 5 14 5 5 1 7 9 1 3 2 2 5 2 1 3 11 18 1 1 5 0.25 1.56 55 F -3 -4 -4 -6 -5 -2 -4 -5 -1 3 2 -5 0 5 -4 -4 -3 3 4 2 1 1 1 0 0 2 1 1 1 16 17 0 2 25 1 1 1 4 12 12 0.77 1.59 56 D 1 -2 1 1 -3 -1 0 -2 -1 -2 -3 0 -3 -4 4 0 2 -2 -3 0 13 2 6 7 1 3 5 2 1 2 2 6 1 1 21 8 11 1 1 7 0.35 1.65 57 L -1 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -3 2 4 -3 0 -1 -3 -2 -1 1 -3 2 4 1 2 1 0 1 1 2 1 11 48 1 2 2 1 3 3 2 1 14 0.66 1.70 58 L -1 -2 0 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -3 -3 2 -3 -4 6 1 0 -6 -4 -2 4 1 5 1 1 2 3 3 1 2 2 13 1 1 42 9 6 0 1 3 0.87 1.73 59 A 3 -1 1 0 -3 0 -1 1 0 -3 -4 1 -2 -3 -1 2 0 -3 -3 -1 27 3 7 4 0 4 3 11 2 1 1 8 1 1 2 14 4 0 1 4 0.32 1.78 60 G 0 -2 3 -1 -2 0 -2 4 0 -4 -3 0 -2 -4 -1 1 0 -6 -4 -3 9 2 13 4 1 4 2 27 2 1 3 7 1 1 3 12 7 0 1 1 0.41 1.80 61 A 3 -3 -1 -3 -3 -2 -3 3 -2 -1 -3 -1 -2 -4 0 1 0 -3 -2 1 24 1 3 1 0 2 1 21 1 4 2 4 1 1 6 9 6 0 1 11 0.36 1.82 62 R 0 0 3 -1 1 -1 -2 2 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 2 0 -6 -3 -3 8 5 15 3 3 2 2 18 2 1 3 9 2 1 2 16 5 0 1 2 0.33 1.84 63 N -1 0 2 -1 -5 2 1 -1 1 -3 -4 3 -3 -5 -1 1 2 -2 -2 -2 5 4 8 4 0 10 8 5 3 1 1 16 1 0 3 12 15 1 2 2 0.34 1.84 64 V -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -4 3 2 -5 1 0 -1 -4 -2 -3 -1 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 18 17 0 3 4 4 1 2 0 2 43 0.90 1.88 65 S -2 1 0 -2 -5 1 1 -4 1 -2 -3 1 -3 -2 -2 3 3 -3 -1 1 2 6 4 2 0 5 9 1 3 2 2 8 0 2 1 23 18 0 2 9 0.36 1.86 66 W -3 -6 -6 -7 -5 -4 -6 -3 -3 0 1 -6 -1 5 -5 -5 -4 9 5 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 5 13 0 2 20 1 0 1 27 21 7 1.44 1.85 67 R -1 2 1 -2 -5 3 0 -1 -2 -2 -3 1 -1 -4 -4 2 3 -2 -2 -1 4 10 6 2 0 13 5 5 1 2 2 8 2 1 0 15 18 1 2 3 0.36 1.80 68 I 1 -5 -2 -5 -2 -4 -4 -4 -2 2 0 -4 -1 2 -3 0 2 1 5 2 14 0 2 0 1 0 1 1 1 10 7 1 1 7 1 7 13 2 21 12 0.51 1.81 69 I -3 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 1 -5 1 -2 -5 -5 -3 -6 -3 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 64 9 0 3 1 1 0 1 0 0 19 1.50 1.84 70 N -4 -3 7 3 -6 -3 -3 -2 -1 -6 -7 -3 -5 -6 -5 -1 1 -7 -5 -6 0 0 66 18 0 0 0 3 1 0 0 1 0 0 0 4 7 0 0 0 1.67 1.81 71 D -5 -5 -1 8 -7 -3 0 -4 -4 -5 -5 -4 -6 -7 -5 -3 -4 -7 -6 -4 0 0 0 93 0 1 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 2.31 1.77 72 Q -3 -3 -2 -2 -5 -2 -3 -5 0 -3 -2 -4 -3 4 -6 -3 -4 3 8 -4 1 1 2 3 0 2 1 1 2 1 4 1 0 17 0 2 1 4 57 1 1.58 1.76 73 G -3 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -7 -7 -4 -6 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.30 1.69 74 G 3 -3 -2 -3 -5 -3 -3 6 -3 -4 -5 -4 -2 -2 -5 0 -3 -2 -5 -3 27 1 2 1 0 1 1 53 0 1 1 0 1 2 0 6 1 0 0 1 1.09 1.68 75 L 1 0 -1 -2 -4 -1 0 -4 1 3 1 -2 0 -2 -2 -2 1 -2 -2 2 12 6 4 2 0 3 7 1 3 14 14 2 2 1 2 3 9 1 1 14 0.22 1.64 76 D -2 -2 1 0 -4 -2 -1 1 -4 -4 -4 -2 -2 -5 1 3 4 -2 -4 -1 2 2 7 5 0 1 3 9 0 1 1 2 1 0 7 26 27 1 1 4 0.53 1.61 77 R 0 2 0 0 -5 3 3 -3 1 -4 -5 3 -3 -5 3 -2 -2 -5 -3 -3 7 10 4 5 0 11 17 1 3 1 1 19 0 0 14 3 2 0 1 2 0.53 1.59 78 L 1 -2 -2 -2 -4 -1 1 -4 -2 0 1 -1 2 -2 1 -1 1 -5 -1 1 12 2 1 2 0 3 11 1 1 5 16 4 4 2 8 5 10 0 2 11 0.19 1.57 79 Y -2 -1 -2 -5 -1 1 0 -5 6 0 0 -1 -1 3 -4 -3 -2 1 5 -1 3 4 2 0 1 7 7 0 17 6 7 4 1 14 0 1 2 2 18 4 0.60 1.62 80 S -2 0 0 -2 -3 2 2 -4 2 -3 -5 1 -4 -4 -4 3 4 -6 -3 -4 2 5 4 2 0 11 12 1 6 2 0 9 0 1 0 20 25 0 0 0 0.58 1.63 81 K 4 1 -3 -4 -3 3 -3 -1 -3 -2 -4 2 -2 -3 -4 1 -1 -6 -4 0 34 8 1 0 0 13 0 4 0 2 1 11 1 1 0 12 3 0 0 8 0.52 1.61 82 N 0 0 3 0 -2 1 0 -4 0 -5 -5 1 -3 -6 2 2 2 -6 -5 -3 7 5 16 5 1 7 5 1 3 0 0 10 0 0 12 16 12 0 0 1 0.46 1.60 83 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 4 5 -5 -1 -2 -6 -5 -3 -5 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 55 0 0 1 0 0 1 0 0 21 1.22 1.55 84 T 2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 5 4 -5 -4 -3 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 33 0 0 0 1.14 1.23 K Lambda Standard Ungapped 0.1375 0.3166 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1629 0.3176 PSI Gapped 0.0499 0.2670