Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -5 -4 0 8 -7 -3 -1 -4 -4 -6 -7 -3 -6 -7 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 2 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.29 1.29 2 P -3 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -2 -5 -6 -5 -4 -5 -7 9 -4 -4 -7 -6 -3 1 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 94 0 0 0 0 2 2.72 1.35 3 F -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -4 -3 -3 -2 -6 -3 8 -7 -5 -5 2 6 -4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 70 0 0 0 2 26 0 2.08 1.40 4 F -5 -5 -4 -2 -5 -4 -4 -4 0 -1 1 -5 -3 6 -3 -4 -3 -2 7 -1 0 0 1 3 0 0 1 1 2 2 11 0 0 37 2 1 1 0 33 4 1.20 1.40 5 V -1 -3 -3 -1 0 3 1 -5 -2 2 0 -3 0 -3 -5 -2 -1 -6 -2 4 5 1 1 4 2 15 8 0 1 11 8 1 2 1 0 3 4 0 1 35 0.50 1.43 6 V 1 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -4 -6 1 -1 -5 -1 2 -5 -4 -2 -5 -3 6 14 0 0 0 1 0 0 1 0 4 3 0 1 7 0 0 1 0 1 68 1.17 1.42 7 R -1 4 -3 -4 -1 4 0 -5 -3 -6 -4 5 -4 -3 -4 -3 -4 -6 -5 -5 5 21 0 0 2 21 4 0 0 0 1 41 0 1 0 0 0 0 0 0 1.01 1.42 8 G 1 0 -1 4 -5 3 4 1 -2 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -4 -5 14 4 2 22 0 12 23 10 1 0 1 0 0 0 0 4 1 0 1 0 0.59 1.45 9 E -4 -3 -1 4 -6 1 6 -5 -3 -6 -5 -1 -5 -5 -4 -3 -4 -5 0 -5 0 0 1 21 0 5 60 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 3 0 1.26 1.42 10 V -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -6 4 0 -5 -1 -3 -2 -4 -2 -5 -4 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 8 0 1 0 2 0 1 0 0 58 1.11 1.42 11 Q -1 -1 -1 1 -1 6 2 -3 -1 -3 0 -1 -3 -1 -4 -1 -2 -4 -4 -1 4 2 3 6 1 35 13 1 1 1 10 2 0 3 0 4 2 0 0 5 0.49 1.37 12 K 1 1 0 1 -5 -1 2 -1 -1 -3 -3 3 -4 -2 -4 1 0 -5 -4 -3 10 8 4 8 0 2 14 4 1 2 2 20 0 2 0 12 5 0 0 1 0.28 1.37 13 A 3 -2 0 -3 -4 2 -3 -2 0 -4 -2 0 -3 -5 -4 4 2 -2 -4 -2 20 2 4 0 0 9 0 2 2 0 4 6 0 0 0 31 11 1 0 2 0.45 1.37 14 V -1 -2 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 3 4 -4 1 -2 -5 -4 -2 -4 -4 4 6 2 0 0 0 0 0 0 0 18 36 0 3 1 0 0 2 0 0 24 0.69 1.37 15 N 0 1 4 3 -5 2 0 0 0 -5 -4 -1 -4 -5 -4 2 -1 -5 -4 -2 6 7 19 16 0 8 5 6 2 0 2 4 0 0 0 13 3 0 0 3 0.37 1.37 16 T -1 0 1 -2 -5 2 0 -2 -2 -2 0 4 -1 -5 -4 2 2 -5 -3 -3 5 5 6 1 0 7 5 3 1 2 10 22 1 0 0 13 13 0 1 1 0.29 1.46 17 A 2 -4 -2 -5 2 -4 -4 -2 -5 1 3 -4 3 -4 -4 -1 2 -5 -4 2 18 0 3 0 4 0 0 2 0 8 24 0 6 0 0 3 13 0 0 13 0.43 1.46 18 R -4 5 0 -4 0 4 2 -3 2 -2 -2 1 -2 -5 0 -3 -2 -6 -2 -5 1 26 4 0 2 21 12 2 5 3 4 8 1 0 4 1 2 0 1 0 0.60 1.52 19 G 0 -4 -1 0 -2 2 -1 2 1 -5 -3 -2 -4 -5 2 3 0 -5 -2 -1 6 0 3 4 1 8 3 18 3 0 2 2 0 0 11 23 5 0 1 5 0.35 1.48 20 L -3 1 -2 -2 -4 -1 -3 -4 -5 -1 5 -1 -1 1 -5 -1 2 -5 -4 -2 2 7 2 2 0 3 1 1 0 1 50 4 1 6 0 5 13 0 0 2 0.60 1.48 21 Y -3 -2 -5 -5 3 -2 -5 -4 4 -3 -1 -3 -3 6 -5 -4 0 -2 7 -1 1 2 0 0 5 2 0 1 10 0 6 1 0 29 0 0 6 0 31 4 1.08 1.48 22 Q 1 2 0 0 -5 4 1 -1 4 -4 -3 0 -4 -6 -3 2 0 -6 -2 -3 10 9 3 5 0 18 10 5 9 1 2 4 0 0 1 17 4 0 1 2 0.42 1.52 23 R -2 6 -1 -2 -2 3 0 -5 1 -3 -2 0 -4 -5 -4 2 1 -5 -4 -5 2 39 3 2 1 12 6 0 3 1 4 5 0 0 0 14 7 0 0 0 0.73 1.48 24 W -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -1 -4 -3 1 1 -6 -2 -3 12 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 2 4 5 0 3 2 62 13 1 2.49 1.47 25 C -1 2 1 -2 3 1 2 -4 -1 -1 1 1 -1 -1 -4 2 -1 -5 -4 -3 6 10 6 2 6 5 11 1 1 4 12 10 2 2 0 17 3 0 0 1 0.25 1.48 26 E -2 5 1 1 -6 3 3 -1 -1 -5 -5 1 -4 -6 -2 0 -2 -6 -5 -3 2 30 7 8 0 11 17 4 1 0 0 6 0 0 2 6 2 0 0 2 0.64 1.48 27 L -2 -5 -4 -1 -2 -1 -4 -3 -5 4 4 -4 0 0 -2 -1 2 -5 -2 -1 2 0 0 4 1 4 0 2 0 20 38 0 2 3 2 6 12 0 1 2 0.53 1.46 28 E 0 2 1 0 -5 2 1 -1 4 -5 -2 0 1 -5 2 1 -1 3 -4 -5 8 12 7 4 0 8 9 4 9 0 5 5 3 0 10 8 4 4 0 0 0.30 1.28 29 E -3 2 2 2 -5 2 1 1 -3 -5 -5 2 -4 -6 2 1 1 -5 -5 -5 0 10 10 10 0 10 10 10 0 0 0 10 0 0 10 10 10 0 0 0 0.43 1.00 30 L 0 1 -3 -5 -1 1 -4 -3 -2 1 4 0 -1 3 -4 -3 -2 -4 0 0 7 7 1 0 1 7 0 2 1 8 38 5 0 10 1 1 2 0 3 4 0.43 1.44 31 D 0 0 0 3 -5 1 0 -1 0 -3 -2 1 -3 -5 0 2 0 -2 -5 1 7 4 4 18 0 7 5 4 2 1 3 8 0 0 6 15 5 1 0 10 0.26 1.44 32 W 0 2 -2 0 -5 2 1 -3 3 -5 -4 -1 -4 -4 -2 1 -2 9 -2 -3 9 10 1 6 0 10 9 2 7 0 1 3 0 0 2 13 2 24 0 2 0.78 1.43 33 T 2 -5 -4 -5 0 -2 -3 -5 -5 0 3 -3 -2 -3 -5 0 4 -5 0 -1 15 0 0 0 2 1 1 0 0 5 29 1 0 1 0 7 31 0 3 4 0.61 1.44 34 T 1 3 0 -4 0 0 -2 -2 0 -3 -2 0 -2 -5 -2 1 4 -6 -5 -3 12 16 4 0 2 5 2 2 2 1 3 6 1 0 1 12 27 0 0 1 0.40 1.44 35 N 0 1 3 0 -5 0 -1 -2 1 -2 -5 3 -4 -6 0 1 1 -6 -5 -5 7 6 16 4 0 3 3 3 4 2 1 21 0 0 5 11 9 0 0 0 0.38 1.44 36 E -2 -2 -1 3 -6 1 6 -4 -3 -6 -3 0 -5 -6 -4 -2 -2 -6 -3 -5 3 1 3 15 0 5 55 1 0 0 4 3 0 0 0 2 2 0 1 0 0.96 1.44 37 L -3 -2 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 6 -5 1 -3 -6 -5 -4 -5 -4 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 14 70 0 3 0 0 0 0 0 0 3 1.15 1.44 38 R -2 4 -2 -2 -6 1 2 -2 1 -3 -1 3 -4 -5 -5 -1 -1 0 -4 -3 3 25 1 2 0 7 14 2 3 2 8 18 0 0 0 3 4 1 0 2 0.46 1.46 39 N 1 2 3 0 -5 2 0 -1 0 -5 -5 1 -4 -5 -4 2 2 -6 -1 -3 9 10 14 5 0 8 5 3 2 0 0 7 0 0 0 15 12 0 2 1 0.34 1.46 40 G 2 -4 1 0 0 -3 1 1 -1 0 -3 -1 -4 -5 -4 2 2 -6 -5 -1 19 0 7 5 2 0 9 11 2 5 2 3 0 0 0 16 10 0 0 4 0.26 1.46 41 L -2 -1 -5 -5 6 -4 -5 -5 -5 2 4 -5 -2 -3 -5 -3 -1 -5 -4 1 3 4 0 0 15 0 0 0 0 12 43 0 0 0 0 2 3 0 0 8 0.70 1.40 42 R 0 3 -1 0 -5 0 3 0 0 -5 -5 1 -2 -5 -4 1 1 -1 -4 -3 8 14 3 5 0 3 18 7 2 0 0 8 1 0 0 9 9 1 0 1 0.25 1.40 43 S 0 -1 -1 1 -1 -3 1 -1 0 -4 -3 -3 -2 -4 -2 4 2 -5 0 -2 8 3 3 7 1 0 7 4 2 0 2 0 1 0 2 31 12 0 3 3 0.28 1.40 44 I 1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 0 5 3 -4 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 0 13 0 0 0 0 0 0 0 2 31 32 0 2 0 0 0 2 0 0 5 0.63 1.38 45 E 0 -1 0 2 -5 0 5 -3 -3 -3 -2 0 -4 -3 -4 0 0 -5 -2 -3 8 2 3 9 0 4 35 2 0 1 4 5 0 1 0 8 5 0 1 2 0.38 1.38 46 W 0 -2 -3 0 -4 -2 1 -2 -1 -4 -3 0 -4 -3 -3 0 0 10 1 -3 9 2 0 5 0 1 11 2 1 0 2 5 0 0 1 7 7 32 3 1 0.87 1.25 47 D -3 -1 -1 6 -1 4 0 -2 -3 -3 -4 -3 -2 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 1 2 1 42 2 19 3 2 0 1 1 0 1 0 0 7 3 0 0 3 0.73 1.25 48 L -3 -1 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 2 5 -4 -1 0 -4 -1 -3 -4 -3 2 1 3 0 0 0 0 1 1 0 10 50 1 0 4 0 6 1 0 0 12 0.55 1.05 49 E 0 0 2 2 -4 0 3 -1 -3 -1 -4 2 -1 -4 -3 0 -2 -4 -4 -3 8 5 8 11 0 4 21 5 0 4 1 11 1 0 0 6 2 0 0 2 0.24 1.12 50 D -2 -3 -2 6 -5 1 3 -1 -3 -1 -4 -3 -4 0 -3 -3 -3 -4 -4 -4 3 0 0 45 0 6 19 4 0 5 1 1 0 5 0 1 1 0 0 1 0.76 1.12 51 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 2 1 -4 -4 -3 -3 -3 0 3 0 0 0 0 0 1 1 0 3 66 1 4 5 0 1 1 0 0 3 0.85 1.12 52 E -2 0 -2 3 -4 1 4 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -4 0 -2 -2 -4 -4 1 2 5 0 17 0 5 28 5 2 2 4 1 1 0 5 3 2 0 0 9 0.32 1.10 53 E 1 1 -1 1 -4 1 4 -2 0 -4 -3 3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 10 8 2 6 0 4 28 2 2 0 2 16 0 0 0 6 2 0 0 1 0.38 1.12 54 T 1 -3 -3 -4 4 -3 -3 -3 -4 2 1 -3 4 -3 -3 1 1 -4 -3 1 11 1 0 1 10 0 1 1 0 11 11 1 10 0 1 11 11 0 0 11 0.27 0.90 55 I -1 -4 0 -4 -3 -4 -4 -5 -5 5 -2 -4 1 -3 -4 -3 0 -5 -4 5 6 0 5 0 0 0 0 0 0 32 1 0 3 0 0 0 5 0 0 35 0.70 1.23 56 G 1 3 0 2 0 0 -1 -1 -1 -1 -3 -1 -3 -2 -2 1 0 -4 -1 -2 12 15 4 10 2 4 3 5 1 3 2 3 0 2 2 13 5 0 2 3 0.11 1.22 57 I 1 -1 -3 -3 -4 1 1 -1 -3 2 1 -3 2 -3 -4 -1 0 -4 0 1 11 4 0 0 0 7 10 4 0 12 13 0 5 0 0 4 5 0 4 10 0.10 1.08 58 V 2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 1 -4 2 0 -3 4 -3 -4 0 -2 -4 -3 3 15 1 0 1 0 0 1 10 0 10 7 1 11 0 1 7 1 0 0 26 0.32 1.05 59 E -1 -1 -3 -2 -5 0 5 -1 2 -4 -3 -1 -1 -1 -1 1 -3 -4 -4 -3 5 3 0 0 0 4 45 4 5 0 3 2 2 3 2 9 0 0 0 2 0.57 1.33 60 A 2 3 -1 -2 1 0 -1 -1 0 -4 -3 2 -1 -4 -4 1 0 -5 0 -3 17 16 3 2 3 4 4 4 2 0 3 14 2 0 0 10 4 0 3 2 0.22 1.35 61 N -4 -2 6 4 -5 -1 -1 -4 2 -5 -5 -1 1 -1 -1 -1 -2 -5 -1 -3 1 2 33 25 0 2 3 1 4 0 1 3 4 2 3 5 2 0 2 2 0.70 1.44 62 P -2 0 -1 -4 -5 -2 -3 -1 -4 -5 -2 -2 -2 -2 7 -1 -2 -5 -4 -4 2 6 3 0 0 2 1 6 0 0 4 2 1 2 60 5 2 0 0 1 1.36 1.44 63 G 1 1 -1 1 -4 1 -1 0 2 -3 -3 -1 -1 -2 -1 1 -1 -4 4 -3 13 8 2 7 0 7 4 8 5 1 2 4 2 2 3 12 3 0 14 1 0.23 1.45 64 K -2 5 -3 -4 -6 1 -3 -5 -1 -5 -3 5 -4 -5 -1 -2 -2 3 0 -5 3 30 0 0 0 6 0 0 1 0 2 39 0 0 3 3 2 4 3 0 0.96 1.50 65 F -4 -4 -2 -5 1 -4 -5 -5 -3 -3 -1 -3 -3 7 -3 -3 -4 2 6 -2 1 0 2 0 3 0 0 0 0 0 6 2 0 46 2 2 0 3 26 2 1.28 1.42 66 K -3 1 2 -3 -5 0 -3 5 4 -3 -4 2 -4 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -4 1 7 10 0 0 4 0 36 8 1 2 15 0 0 3 5 1 0 0 1 0.64 1.44 67 L -1 -5 -5 -2 -2 -5 -5 -2 -5 4 5 -5 0 -3 -5 -3 -3 -5 -4 0 6 0 0 3 1 0 0 4 0 24 48 0 1 0 0 2 1 0 0 5 0.77 1.44 68 P -1 -3 0 5 -2 -2 2 -2 -1 -5 -4 -3 -5 -5 0 3 2 -6 -2 -4 5 1 4 31 1 1 10 3 1 0 1 0 0 0 5 20 11 0 1 1 0.60 1.46 69 A 2 -1 2 1 -5 0 2 -1 -2 0 -2 -2 -2 -3 2 1 -2 -5 -5 -1 19 3 11 7 0 4 14 4 1 6 4 1 1 1 9 9 2 0 0 4 0.26 1.46 70 G 1 0 0 1 -3 -1 2 1 -1 -2 -4 1 -2 -4 1 1 0 -5 -4 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