Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 1 1 -4 10 -2 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 5 0 84 0 0 0 0 0 0 5 1.94 1.10 2 F -4 -4 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -3 -1 0 -4 9 5 -4 -3 -2 0 0 -2 0 1 1 0 0 0 1 0 0 1 6 0 60 22 1 2 1 1 2 0 1.66 1.54 3 L -3 4 2 4 -5 -2 -2 -4 -2 -2 2 -2 -2 -4 -5 -1 -1 0 -4 -4 2 27 11 24 0 1 2 0 1 3 18 1 1 0 0 3 5 2 0 0 0.66 1.55 4 A 4 -5 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -5 2 -2 -4 6 1 4 -2 -1 -2 -3 0 31 0 1 0 0 0 0 0 0 11 1 0 20 6 17 2 2 1 1 6 0.79 1.50 5 Q -1 3 -4 -5 -5 3 -3 -5 -4 1 -1 0 -1 -3 -1 -3 -1 -4 3 4 4 14 0 0 0 15 1 0 0 6 5 4 1 0 3 1 3 0 10 32 0.56 1.53 6 E -2 -3 -1 6 -6 1 4 -3 -2 -6 -5 -2 -5 -6 -3 0 -2 -3 -4 -5 4 1 1 45 0 4 31 2 1 0 1 1 0 0 1 5 3 0 0 0 1.15 1.57 7 I -1 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -1 6 3 -5 0 1 -5 -4 -3 -3 -1 2 6 1 0 0 1 0 0 1 2 40 26 0 1 5 0 1 1 0 2 14 0.90 1.58 8 I -3 -6 -4 -6 -4 -6 -6 -6 -6 7 1 -6 -1 -2 -6 -5 -4 -5 -4 2 1 0 1 0 0 0 0 0 0 79 8 0 1 1 0 0 0 0 0 8 1.68 1.59 9 R 1 5 -1 0 -3 1 2 -3 1 -3 -3 1 0 -5 -5 -1 -1 -3 -3 -3 12 33 3 4 1 5 15 2 3 1 3 7 2 0 0 3 4 0 1 1 0.56 1.64 10 K 1 2 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -4 -3 6 -3 -6 -4 -2 0 -3 -4 -3 13 11 2 1 1 1 2 2 1 1 2 54 1 0 0 2 5 0 0 1 0.95 1.62 11 K -3 -1 -3 -4 -6 -1 -3 -5 -4 -2 0 7 -2 -5 -4 -3 -2 -6 -5 0 2 1 1 0 0 1 0 0 0 3 8 76 1 0 0 0 2 0 0 6 1.42 1.64 12 R -2 7 -3 -5 -3 -1 -3 -5 -4 1 -1 2 1 -5 -5 -3 -3 -6 -3 0 3 58 1 0 1 2 0 1 0 7 6 10 4 0 0 1 1 0 1 6 1.14 1.67 13 D -2 1 3 6 -4 -1 0 -3 2 -5 -4 -2 -4 -3 -5 -1 -2 -6 1 -5 3 6 14 46 0 3 4 2 6 0 2 2 0 1 0 3 2 0 5 1 0.94 1.68 14 G -2 0 0 -3 -3 -2 -4 7 -1 -6 -5 0 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -6 2 5 5 1 1 1 0 73 1 0 1 6 1 1 0 1 0 0 0 0 1.45 1.63 15 H -1 0 0 -2 -3 3 3 2 3 -2 -1 2 -3 -2 -5 -2 -3 -5 -2 -3 5 4 5 2 1 14 18 17 6 2 6 13 1 2 0 2 1 0 1 1 0.40 1.67 16 A 1 2 -1 0 -1 0 4 -3 0 -2 -4 1 -3 -6 1 0 1 -6 -5 -1 11 11 2 5 1 3 24 2 2 2 1 8 0 0 7 6 9 0 0 6 0.37 1.65 17 L -4 -5 -4 -6 -5 -4 -6 -7 1 0 6 -5 0 -1 -2 -5 -3 -1 -2 0 1 0 1 0 0 1 0 0 4 3 80 0 1 2 3 0 1 1 1 4 1.33 1.64 18 S -1 -2 1 1 -2 -2 -1 -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -1 4 5 -6 -3 -3 3 2 6 9 1 1 4 2 0 1 1 1 0 1 3 32 34 0 1 1 0.77 1.67 19 D 1 2 -2 2 -3 1 2 -2 -1 -4 -4 2 -2 -3 2 -1 0 -2 1 -4 13 10 1 11 1 6 13 3 1 0 1 12 1 1 9 5 6 0 4 1 0.30 1.67 20 E 2 -1 -1 3 -6 1 5 -2 -1 -4 -4 -1 -5 -4 0 -1 -2 -6 -3 -3 17 3 2 16 0 5 35 3 1 1 1 3 0 1 4 4 2 0 1 1 0.64 1.60 21 E -1 -1 -2 1 -6 3 6 -3 -1 -6 -5 -2 -2 -6 -4 -2 -3 -1 -5 -4 6 2 1 7 0 13 61 2 1 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1.21 1.60 22 I 1 -6 -3 -6 0 -5 -6 -6 -5 6 1 -5 2 1 -6 -3 -1 0 -1 0 11 0 1 0 2 0 0 0 0 54 11 0 4 6 0 1 4 2 2 2 1.01 1.60 23 R 0 3 1 3 -2 2 1 -3 1 -3 -3 1 -2 -3 -5 0 -1 -2 -1 -4 8 18 6 15 1 9 10 2 3 1 2 9 1 1 0 6 3 1 2 1 0.38 1.60 24 F 0 0 -2 -1 -1 -1 0 -2 -1 -3 -3 -2 -1 5 -5 -1 -1 8 2 -3 8 6 2 3 1 3 7 4 2 1 2 2 2 21 0 4 3 19 7 1 0.69 1.58 25 F 0 -5 -6 -6 0 -5 -6 -2 -5 3 2 -5 3 5 -6 -4 -1 2 0 2 10 0 0 0 2 0 0 3 0 16 16 0 6 26 0 0 3 3 3 13 0.69 1.44 26 I -1 -5 -5 -6 1 -5 -5 -2 -5 5 0 -5 4 1 -5 -2 -1 -5 0 4 5 0 0 0 3 0 0 3 0 31 6 0 12 5 0 3 4 0 3 26 0.78 1.56 27 N -1 2 1 3 0 2 2 -1 0 -2 -3 1 1 -2 -2 0 -1 -6 -5 -3 5 11 8 16 2 8 12 5 2 2 3 9 3 2 2 6 3 0 0 2 0.28 1.56 28 G 2 -2 0 2 0 0 0 4 0 -2 -3 -2 0 -6 -5 -1 -2 -6 -5 -2 17 3 5 12 2 4 6 30 2 2 3 2 3 0 0 5 2 0 0 2 0.44 1.56 29 I -2 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 1 4 1 -5 1 2 -6 -5 -1 -3 6 2 4 0 0 0 2 0 0 0 3 26 11 0 3 7 0 0 4 0 30 11 0.96 1.71 30 R 1 -2 -2 -2 1 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -2 1 -1 -3 -1 4 -5 -1 2 12 2 2 2 3 2 1 2 2 2 6 2 4 3 1 4 30 0 2 16 0.42 1.86 31 D 0 2 2 4 0 0 1 -2 2 -2 -3 1 -1 -6 -5 1 -1 -6 -1 -2 7 11 11 20 2 4 8 3 4 2 2 7 2 0 0 9 4 0 2 2 0.36 1.81 32 N -2 -1 1 0 0 -1 -1 6 1 -6 -6 -1 -5 -5 -5 -2 -2 1 -1 -3 2 3 7 6 2 2 4 54 3 0 0 3 0 0 0 3 2 2 2 2 0.92 1.78 33 T -2 3 1 0 0 0 2 -3 0 -2 -3 0 0 -2 -5 2 1 1 -1 -2 3 16 7 5 2 3 13 2 2 2 2 5 2 2 0 17 9 2 2 3 0.29 1.81 34 I 0 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -5 4 2 -5 1 0 -4 -4 -2 0 3 4 7 0 0 0 1 0 0 0 0 25 17 0 3 3 1 1 2 1 11 28 0.76 1.49 35 S 1 -2 0 -2 -2 0 -2 -1 -1 -5 -3 -2 -2 -6 4 4 2 -6 -5 -4 9 2 4 2 1 4 2 4 1 0 2 2 1 0 22 30 15 0 0 1 0.65 1.49 36 E -2 -3 1 6 -6 -1 3 -2 -2 -4 -5 -1 -3 -6 0 -2 -3 -7 -6 -6 3 1 5 54 0 3 20 2 1 1 1 3 1 0 5 1 1 0 0 0 1.18 1.49 37 G 1 -4 -2 -2 0 -2 0 -1 -1 2 -2 -1 0 0 -2 0 -1 -3 5 1 13 0 1 1 2 1 7 6 1 14 3 5 2 2 2 8 2 0 19 9 0.28 1.25 38 Q -2 -1 0 -1 -5 7 3 -5 3 -5 -3 -2 -3 -2 -4 -3 -1 -5 -1 -2 2 2 3 3 0 57 15 0 6 0 3 0 0 2 0 0 3 0 2 3 1.10 1.25 39 I 0 -4 -1 -4 1 -1 -4 -2 -4 4 1 -1 4 0 -4 -1 0 3 -3 1 9 0 4 0 4 4 0 4 0 25 10 4 15 4 0 4 5 4 0 7 0.37 0.94 40 A 2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 2 3 -4 -3 2 20 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 20 20 0 0 20 0.41 0.44 41 A 5 -3 -3 -1 1 -3 -1 -1 -3 -3 -3 -1 0 -1 -1 0 -1 -4 0 0 60 0 0 3 3 0 3 3 0 0 0 3 3 3 3 7 3 0 3 6 0.63 0.89 42 L 1 -4 -4 -5 -4 2 -4 -5 -3 2 1 -4 4 3 -5 -3 -3 6 3 1 11 0 0 0 0 11 0 0 0 11 11 0 11 11 0 0 0 11 11 11 0.58 0.89 43 A 2 -4 -2 -5 1 -2 -4 -3 -5 1 4 -4 1 -3 -5 -2 -1 -4 -1 2 16 0 2 0 2 2 0 2 0 8 46 0 3 0 0 2 3 0 2 12 0.57 1.14 44 M 0 -4 -4 -1 2 -3 -4 -1 -4 0 -1 -1 7 0 -5 1 2 -4 0 0 7 0 0 4 4 0 0 4 0 4 4 4 33 4 0 11 13 0 4 5 0.60 1.22 45 T 4 -4 0 0 2 -3 -1 1 -4 0 -2 -3 -3 -5 -4 1 1 -5 -5 -1 34 0 5 5 5 0 5 12 0 5 5 0 0 0 0 12 10 0 0 5 0.43 1.22 46 I -2 -5 -1 -3 5 -1 -3 -3 -1 4 2 -5 1 0 -5 -1 0 0 -4 2 2 0 3 2 11 2 2 2 2 28 16 0 3 4 0 5 5 1 0 13 0.53 1.53 47 F 0 2 -2 -1 3 -1 -2 -2 1 -3 -2 0 0 3 -5 -1 -1 1 5 -2 10 11 1 4 7 2 2 2 4 1 4 5 2 12 0 5 4 2 20 2 0.41 1.56 48 F -1 -3 0 -3 0 -2 -3 0 0 2 2 -2 3 4 -5 -2 -1 1 2 0 5 1 4 2 2 2 1 8 3 12 16 2 6 16 0 2 4 2 6 5 0.29 1.64 49 H -3 3 4 0 -1 1 -2 -1 4 -4 -2 3 -2 -3 -5 -1 -2 -6 -1 -3 2 16 22 4 2 5 2 4 8 1 4 19 1 1 0 4 2 0 2 2 0.54 1.69 50 D -3 1 1 1 -6 -2 -1 6 -1 -6 -4 -2 -5 -2 -1 -2 -2 -6 -5 -4 1 7 6 8 0 1 3 56 1 0 1 2 0 2 3 3 2 0 0 2 0.97 1.68 51 M -2 -4 -5 -5 -5 -2 1 -6 -5 0 3 -4 8 -1 -3 -4 -2 -5 -2 -1 3 0 0 0 0 1 9 0 0 3 31 0 43 2 1 0 1 0 1 2 1.21 1.61 52 T -2 -2 3 3 -5 -2 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -5 -6 -3 3 4 -6 -5 -3 2 1 12 18 0 1 3 4 1 1 1 3 0 0 1 22 29 0 0 1 0.72 1.64 53 M 0 1 -1 2 -5 0 2 -4 0 -1 -1 -1 2 -1 2 0 0 -2 -1 0 9 9 3 10 0 3 12 1 2 4 6 3 5 3 9 6 7 0 2 8 0.15 1.59 54 P 1 1 -1 4 -6 2 4 -2 -1 -4 -5 0 -3 -6 -1 -1 -1 -3 -3 -3 11 8 3 22 0 9 26 2 2 1 1 4 1 0 2 3 3 0 1 1 0.59 1.59 55 E -2 -3 -2 -2 -7 0 7 -1 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -6 2 0 1 0 0 1 89 4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.87 1.59 56 R -2 3 -3 -5 -2 -2 -5 -5 -5 4 1 -3 0 -3 -5 -3 4 -5 -3 1 2 15 1 0 1 1 0 1 0 25 15 1 1 1 0 1 29 0 1 7 0.70 1.59 57 V 3 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -3 -2 1 0 -2 -1 0 -4 0 2 -3 0 3 21 4 0 1 1 1 4 1 1 8 9 2 1 4 0 8 11 0 4 18 0.27 1.63 58 S 3 -1 1 2 -2 -2 -1 1 2 -3 -4 -3 -3 -2 -4 0 -1 3 3 -3 29 4 5 12 1 2 3 8 5 1 1 1 0 1 0 8 3 4 9 2 0.41 1.66 59 L -2 -5 -6 -7 -2 -5 -6 -5 -6 -1 6 -6 2 2 -6 -4 -3 5 -2 -2 3 0 0 0 1 0 0 1 0 2 71 0 4 9 0 1 1 7 1 1 1.29 1.63 60 T 1 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -5 -2 -1 -4 -4 -2 -5 -4 -1 7 -6 -5 -1 10 1 0 1 1 0 0 0 1 3 0 0 1 0 0 1 79 0 0 3 1.53 1.62 61 M -1 4 -1 1 -2 1 1 -3 -1 -2 1 2 4 -3 -5 -1 -2 -3 -3 -3 4 20 3 8 1 6 10 2 1 2 14 11 10 1 0 4 2 0 1 1 0.37 1.62 62 A 6 -3 -4 -4 -1 -3 -1 -1 -3 -1 -4 -3 -3 -4 -4 0 -1 -6 -3 -1 70 1 0 0 1 1 4 3 0 3 1 1 0 0 0 5 3 0 1 4 1.05 1.59 63 M -4 -5 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -5 0 1 -5 10 -1 -6 -5 -2 -4 -1 -2 0 0 0 0 0 1 1 0 0 3 6 0 83 1 0 0 1 0 2 1 2.24 1.59 64 R 2 4 -5 -6 -3 -3 -4 -5 -5 3 0 -2 3 -3 -5 -3 -2 -6 -3 3 17 23 0 0 1 1 0 0 0 16 9 1 7 0 0 0 2 0 1 22 0.65 1.59 65 D 0 0 3 4 -4 0 3 -2 4 -6 -4 0 -3 -3 -5 -2 -3 -4 -1 -4 9 5 12 27 0 3 18 2 10 0 1 6 0 1 0 2 1 0 2 1 0.66 1.59 66 S 0 -4 -2 -4 -2 -3 -3 -3 -1 -3 -5 -3 -4 -5 -3 6 2 -6 -5 -1 5 0 1 0 1 0 0 1 2 1 0 1 0 0 1 70 14 0 0 5 1.21 1.56 67 G -1 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -7 -7 -4 -6 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -6 3 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.16 1.50 68 T -3 0 0 4 -4 2 4 -4 0 -4 -5 1 -2 -6 -4 -1 0 -6 -4 -4 1 4 3 27 0 7 31 0 2 1 1 10 1 0 0 4 6 0 0 1 0.79 1.50 69 V -3 4 -4 -5 -2 2 -3 -5 -2 1 -3 0 1 -4 -5 -2 3 -6 -4 4 1 24 0 0 1 10 1 0 1 6 1 5 4 0 0 2 18 0 0 27 0.67 1.49 70 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 4 5 -5 4 -3 -6 -5 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 56 0 11 0 0 0 0 0 0 8 1.24 1.43 K Lambda Standard Ungapped 0.1387 0.3268 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1846 0.3172 PSI Gapped 0.0565 0.2670