Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -2 0 -1 0 -5 1 5 -3 -1 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0.89 0.30 2 S 3 0 0 -2 -2 1 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 2 4 -4 -3 -2 36 5 3 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 35 0 0 0 0.56 0.51 3 A 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -2 1 -1 2 3 -4 -2 -1 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 8 3 15 25 0 0 3 0.47 0.52 4 D -1 -3 -1 6 -5 -1 3 0 -3 -5 -5 -2 -4 -2 -3 -2 -1 -5 -4 -4 6 0 0 57 0 0 22 8 0 0 0 0 0 3 0 0 4 0 0 0 0.98 0.64 5 L 0 -1 -4 -4 1 0 -3 -2 -4 1 3 -3 -1 -2 -1 -1 -1 -4 -3 3 9 3 0 0 3 6 0 2 0 4 38 0 0 0 3 6 2 0 0 23 0.38 0.68 6 T 2 -2 2 3 -4 -1 5 -3 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -1 0 0 -5 -4 -4 22 0 9 13 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 2 7 5 0 0 0 0.69 0.73 7 E -3 5 0 -2 -5 0 3 0 1 -4 -1 1 -3 -4 -4 -1 -1 -5 -3 -2 0 43 5 0 0 3 18 7 4 0 6 5 0 0 0 3 3 0 0 2 0.62 0.73 8 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 3 -5 1 5 -5 -4 -3 -3 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 31 0 3 32 0 0 0 0 0 16 0.84 0.73 9 Y -3 3 -3 -4 4 -2 -3 -5 2 -3 1 0 -2 -1 -4 -2 -3 -1 6 -3 0 21 0 0 9 0 0 0 5 0 19 4 0 0 0 3 0 0 39 0 0.80 0.73 10 S 2 -1 0 2 -3 0 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -4 -3 4 2 -5 -4 -1 21 3 3 12 0 4 0 0 0 0 3 0 0 0 0 40 10 0 0 5 0.51 0.73 11 I 4 -3 -2 6 -3 -2 -1 -2 -3 -1 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -1 41 0 0 50 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0.94 0.73 12 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 2 -2 -5 -4 -2 -4 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 50 16 0 4 0 0 0 0 0 3 23 0.87 0.73 13 E -2 3 -2 1 -5 1 5 -4 -2 -1 -4 1 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -1 2 15 0 5 0 3 54 0 0 5 0 6 0 0 0 4 2 0 0 4 0.75 0.73 14 K 2 -2 2 0 -4 0 5 -2 -2 -2 -4 2 0 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -3 17 0 12 2 0 2 43 2 0 3 0 15 3 0 0 0 3 0 0 0 0.62 0.73 15 T 2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 0 -3 -2 -2 -3 2 4 -3 3 1 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 13 33 0 12 9 0.52 0.73 16 A 6 -3 -3 -4 3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 -1 -4 -4 -2 84 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 2 0 0 0 1.09 0.73 17 Q 1 4 -2 1 -4 1 -1 3 -3 -5 -4 2 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 15 28 0 8 0 6 3 21 0 0 0 15 0 0 0 0 4 0 0 0 0.56 0.73 18 V 2 -2 -4 -4 -3 -2 -4 -4 -4 0 4 -3 1 -2 -4 -1 1 -4 -3 1 20 2 0 0 0 1 0 0 0 3 46 0 4 0 0 4 10 0 0 9 0.49 0.73 19 V 2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 3 3 -4 2 2 -4 -1 -2 -4 -2 2 20 0 0 0 0 0 0 0 0 16 35 0 4 9 0 3 0 0 0 13 0.54 0.75 20 D -2 -3 2 4 -5 -2 3 5 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 10 29 0 0 18 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.75 21 V 4 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 0 -1 -3 -2 -3 -3 -2 -1 -5 -3 4 49 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 0 0 0 0 0 3 0 0 43 0.79 0.75 22 T 0 -3 -2 1 -4 -2 1 0 1 -4 -4 -2 -4 -5 6 0 2 -5 -4 -4 9 0 0 9 0 0 9 6 3 0 0 0 0 0 41 6 16 0 0 0 0.89 0.75 23 A -1 -4 -4 -5 8 -4 -5 -5 -2 -1 -2 -4 -3 4 -2 -3 -3 -1 6 -1 6 0 0 0 35 0 0 0 0 2 0 0 0 20 2 0 0 0 32 2 1.25 0.75 24 S 1 -2 2 1 -3 -2 1 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 0 -5 -4 -2 12 1 12 9 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 52 5 0 0 2 0.68 0.75 25 H -2 5 -2 -2 -5 0 3 -2 1 -5 -4 1 -4 -5 3 -2 -3 -5 -4 -4 3 44 0 0 0 2 22 3 4 0 0 6 0 0 16 0 0 0 0 0 0.88 0.75 26 D 0 2 -1 4 -5 -1 3 1 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 9 15 0 30 0 0 21 9 0 0 0 5 0 0 0 8 3 0 0 0 0.61 0.75 27 K 1 2 -3 -1 -4 -2 -2 -4 -3 0 0 4 -2 -4 -3 -2 1 -5 -3 3 10 10 0 3 0 0 0 0 0 3 7 34 0 0 0 0 11 0 0 22 0.44 0.75 28 V -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 1 -3 -4 -3 3 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 5 0 3 0 0 0 18 0 0 63 0.89 0.75 29 W -2 2 1 3 -5 1 1 -4 0 -2 -1 -1 -3 -3 -4 -3 -3 8 1 -4 3 14 6 19 0 6 9 0 2 2 7 2 0 0 0 0 0 26 4 0 0.78 0.75 30 P -1 1 -1 -3 -4 2 1 -4 -3 -4 -4 1 -4 -5 7 -2 0 -5 -4 -4 6 6 3 0 0 10 7 0 0 0 0 7 0 0 54 0 6 0 0 0 1.22 0.75 31 I 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 2 -3 -4 -3 1 -5 -3 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 34 4 0 4 0 0 0 7 0 0 45 0.87 0.82 32 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 2 2 -5 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 3 9 0 0 0 0 0 5 1.17 0.85 33 N -1 0 3 2 -4 2 2 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -3 2 3 -5 -4 -4 3 5 12 14 0 10 13 0 0 0 0 3 0 0 0 17 24 0 0 0 0.55 0.85 34 A 4 -4 -3 -4 -3 -3 -2 1 -4 -2 -2 -3 -2 -4 -1 0 1 -5 -4 3 43 0 0 0 0 0 2 9 0 0 1 0 0 0 3 5 11 0 0 25 0.57 0.85 35 F -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 1 -2 0 -5 -2 7 -5 -4 -4 -1 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 6 0 0 56 0 0 0 0 35 0 1.57 0.85 36 Q 1 2 -2 0 -5 2 2 4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 0 -1 -3 -5 -4 -4 9 11 0 5 0 12 15 38 0 0 0 2 0 0 5 3 0 0 0 0 0.63 0.85 37 D -2 -1 0 6 -5 -1 4 0 0 -5 -5 1 -4 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -5 2 3 3 44 0 0 26 7 2 0 0 7 0 0 3 3 0 0 0 0 0.86 0.83 38 V 1 -3 1 -3 0 2 -1 2 -3 -3 -1 0 0 0 -4 1 0 2 -3 1 11 0 7 0 2 12 3 17 0 0 6 5 3 5 0 10 4 3 0 11 0.20 0.83 39 I -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 1 3 -4 -1 7 -5 -1 -3 3 0 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 6 28 0 0 49 0 5 0 3 0 3 0.97 0.82 40 A 3 -1 -1 1 -3 -2 0 -1 1 -4 -4 -2 -3 -4 4 1 2 -5 -4 -2 33 2 3 8 0 0 6 2 3 0 0 0 0 0 18 7 15 0 0 2 0.52 0.82 41 D -3 2 2 4 -5 3 2 -4 3 -5 -5 0 -4 -5 -4 0 0 -5 -3 -4 0 14 10 27 0 12 15 0 9 0 0 2 0 0 0 6 6 0 0 0 0.67 0.85 42 S 3 -4 0 -3 -3 -3 -3 4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 0 2 0 -5 -4 -1 29 0 4 0 0 0 0 37 0 0 0 0 0 0 4 15 6 0 0 5 0.70 0.85 43 V 2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 2 1 -1 -1 -3 2 -3 -4 -1 1 -5 -3 4 17 0 0 0 0 0 0 17 4 0 6 0 5 0 0 4 8 0 0 39 0.50 0.85 44 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 0 -4 1 2 -5 -3 1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 2 0 3 9 0 0 10 0 0 47 0.88 0.85 45 S 3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 2 1 -3 2 0 -3 1 0 -4 -3 2 27 0 0 0 0 0 0 0 0 12 15 0 5 4 0 13 5 0 0 16 0.39 0.81 46 F -3 -4 -1 -5 -4 -4 -4 -5 -3 1 0 -4 -2 7 -5 -4 -3 7 1 1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 9 5 0 0 50 0 0 0 15 2 11 1.13 0.81 47 R -1 6 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -4 4 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 23 3 0 0 0 1.03 0.81 48 A 1 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 0 -3 4 -2 -3 -2 3 -3 -3 4 11 1 1 1 0 1 1 1 0 3 6 1 15 1 1 1 21 0 0 34 0.52 0.71 49 S 2 -2 -2 -2 -3 3 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -3 2 4 -4 -3 -2 22 0 0 0 0 15 1 3 0 0 1 0 0 0 0 19 35 0 0 1 0.62 0.77 50 T 1 -3 2 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -3 2 6 -4 -3 -2 12 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 12 58 0 0 0 0.85 0.81 51 G 0 -1 1 0 -4 -2 -1 4 3 -4 -4 2 -4 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 5 3 6 6 0 0 3 39 9 0 1 14 0 0 0 12 0 0 0 0 0.60 0.79 52 S 0 4 -1 -2 -4 2 3 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 2 0 0 -4 -3 -2 6 24 3 0 0 8 22 4 2 0 0 5 0 0 12 5 6 0 0 2 0.47 0.81 53 S -1 3 0 -3 -4 -2 -2 -1 6 -3 -4 -2 -3 -4 4 1 -2 -4 -2 0 3 21 5 0 0 0 0 4 20 0 1 0 0 0 21 12 0 0 0 10 0.63 0.79 54 A 2 2 -1 -1 -3 0 -2 2 2 -1 -3 1 -3 -4 1 1 -2 -4 -3 0 19 11 3 3 0 5 0 15 6 4 1 7 0 0 6 10 0 0 0 8 0.25 0.79 55 D 0 1 -2 3 -5 -2 1 4 -3 -5 -5 1 -4 -5 0 -2 0 -5 -5 -5 6 10 0 21 0 0 7 39 0 0 0 7 0 0 4 0 5 0 0 0 0.68 0.85 56 D 1 -2 -2 4 -5 1 4 0 -3 -5 -5 1 -4 -5 -1 0 -3 -5 -4 -4 10 0 0 27 0 5 36 7 0 0 0 7 0 0 2 5 0 0 0 0 0.75 0.85 57 L -3 -4 -5 -6 2 -4 -5 -6 -5 0 5 -5 2 2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 69 0 4 7 0 0 0 0 0 15 0.99 0.85 58 D 0 -3 5 6 -5 -2 0 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 1 -2 -6 -5 -5 6 0 33 44 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.05 0.85 59 C -2 -5 -5 -5 7 -4 -5 -5 -3 0 -1 -5 -2 5 -5 -4 -3 -2 6 1 2 0 0 0 26 0 0 0 0 5 5 0 0 23 0 0 0 0 28 12 1.09 0.85 60 R -3 7 0 1 -5 -1 -2 -2 -2 -5 -4 0 -3 -4 -4 1 0 -4 0 -4 0 66 3 8 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 6 0 4 0 1.07 0.85 61 F -2 -5 -5 -5 -4 -5 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-3 -4 -4 -3 -2 -3 -3 -5 7 -1 2 -5 -4 -1 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 62 3 18 0 0 4 1.47 0.79 71 Y -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 1 0 -2 -4 -2 0 -5 -4 -3 5 7 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 8 53 34 1.27 0.79 72 A 4 -1 -2 2 -3 -1 0 1 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -1 1 1 -5 -4 -3 47 3 0 12 0 1 5 11 0 0 0 0 0 0 2 10 9 0 0 0 0.56 0.79 73 R -2 2 -3 -4 1 -3 -4 -5 1 3 1 -3 1 -1 -1 -1 2 -4 -1 2 3 14 0 0 3 0 0 0 4 23 9 0 3 2 4 3 16 0 2 14 0.35 0.79 74 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -3 -1 -3 0 -2 -4 -3 -1 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0 4 0 0 0 4 1.07 0.79 75 L -2 3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 3 3 -3 -1 -2 -4 -2 -3 -4 -3 3 2 17 0 0 0 0 0 0 0 15 36 0 0 0 0 2 0 0 0 27 0.64 0.79 76 E 3 0 0 3 -4 -1 3 -3 -3 -4 -4 1 -4 -5 -3 3 -1 -5 -4 -4 24 5 4 16 0 0 18 0 0 0 0 9 0 0 0 22 2 0 0 0 0.53 0.79 77 H 3 -1 4 -2 -4 -2 1 -1 5 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 -2 -5 -3 -4 31 3 20 0 0 0 9 3 14 0 0 9 0 0 0 12 0 0 0 0 0.58 0.79 78 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -6 -5 -2 -4 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 4 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 3 0 0 0 5 0 0 0 0 1.61 0.79 79 L 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