Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -4 -1 1 -3 10 -2 -5 -3 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 98 0 0 0 0 0 0 0 1.92 0.79 2 V -3 -4 -5 0 -4 -4 1 -6 -2 4 3 -3 3 0 -5 -4 -3 -5 -3 2 1 0 0 5 0 0 12 0 1 29 29 1 7 3 0 0 0 0 0 10 0.64 1.13 3 S -1 -3 1 -3 -4 -1 -2 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -3 6 0 -5 -4 -4 1 0 4 0 0 2 1 2 1 1 0 2 0 0 1 83 2 0 0 0 1.31 1.20 4 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 3 3 -5 1 -3 -1 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 29 0 3 0 3 0 0 0 0 47 1.06 1.23 5 N -3 -3 8 -1 -5 -2 -3 -2 0 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -5 -6 2 0 93 0 0 1 0 2 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.07 1.24 6 L 2 4 -3 0 -1 2 3 -3 -2 -4 -1 1 -4 -5 -4 -2 0 -5 -3 -4 21 20 0 4 1 7 24 1 0 1 6 8 0 0 0 0 5 0 0 0 0.55 1.25 7 E -2 3 1 -4 -3 -1 -1 -2 0 -1 3 0 4 -3 -5 -2 -1 -5 -1 -3 3 17 8 0 0 3 3 3 3 2 33 6 11 0 0 3 4 0 2 0 0.44 1.25 8 A 6 -4 -4 -4 0 -3 -4 0 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 2 0 -5 -4 0 67 0 0 0 1 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 13 5 0 0 7 1.03 1.25 9 K 1 -2 -2 -4 0 2 -1 -2 1 0 2 -1 2 1 -5 -2 0 1 1 0 14 1 1 0 2 9 3 4 4 6 20 4 6 5 0 1 7 2 4 6 0.20 1.25 10 K -1 1 -3 0 -5 1 3 -3 -2 -4 -3 2 -1 -5 5 -1 -2 -6 -2 -2 5 7 0 5 0 5 22 1 1 0 2 11 1 0 30 4 1 0 1 3 0.70 1.25 11 T -2 -3 -6 -6 -2 -3 -4 -6 -3 4 5 -5 -1 -1 -5 -4 -2 -2 -1 1 3 2 0 0 1 1 1 0 1 24 54 0 0 1 0 1 2 1 2 8 0.90 1.25 12 V 0 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -5 2 -1 -5 -1 2 -5 -4 -2 -5 -3 6 8 0 0 0 0 0 0 0 0 9 3 0 1 9 0 0 2 0 0 66 1.10 1.25 13 D 0 0 0 5 -5 2 4 -3 -2 -5 -4 1 -4 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -5 7 4 4 35 0 7 26 1 1 0 2 7 0 0 0 1 3 0 0 0 0.78 1.25 14 V 1 2 0 1 -5 2 5 -1 0 -5 -3 0 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -4 11 10 4 7 0 8 36 4 2 0 3 5 0 0 0 3 2 0 1 1 0.54 1.25 15 M 1 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 2 4 -4 6 -2 -5 -2 -3 -4 -4 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 10 44 0 24 1 0 2 1 0 0 3 0.91 1.25 16 I -1 -3 -4 -6 -3 -4 -4 -6 -5 5 3 -4 1 -2 -5 -4 -3 1 -4 3 5 1 1 0 0 0 1 0 0 30 31 1 3 1 0 0 0 2 0 21 0.77 1.25 17 E 2 0 1 4 -5 0 3 -2 -2 -4 -4 -1 -4 -5 -2 -1 -2 -6 -5 -4 22 6 6 29 0 4 18 2 1 0 1 2 0 0 1 2 1 0 0 0 0.60 1.25 18 K -3 3 3 4 -3 1 0 -3 -1 -5 -3 0 -2 3 -5 -2 -4 2 2 -5 1 16 14 23 0 5 5 1 1 0 1 4 1 13 0 2 0 2 8 0 0.57 1.25 19 A 5 -2 -2 -3 -4 -2 0 -2 -2 -4 -4 0 -4 -5 1 0 -2 -5 -4 -2 63 2 1 1 0 1 7 1 1 0 0 6 0 0 7 6 1 0 0 2 0.84 1.25 20 D 1 -2 -1 4 -5 -1 5 -1 -2 -5 -5 -1 -5 -6 -1 -1 -2 -1 -5 -5 14 2 2 25 0 1 39 4 1 0 0 2 0 0 3 3 2 1 0 0 0.80 1.25 21 D 1 1 -3 2 -5 0 5 -3 -2 -1 -3 1 -2 -3 -1 -1 -2 -3 -2 -2 12 7 0 11 0 2 37 1 1 4 3 9 1 1 2 3 1 0 1 2 0.48 1.23 22 L -3 -3 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -2 -1 6 -5 0 2 -6 -5 -4 1 3 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 73 0 1 8 0 0 0 1 10 1 1.16 1.23 23 N -2 5 4 -1 -3 1 -2 2 1 -6 -5 2 -4 -6 -4 -3 -2 -5 -4 -5 2 36 18 3 1 6 1 18 3 0 0 10 0 0 0 0 1 0 0 0 0.82 1.22 24 I -1 -5 -5 -6 3 -5 -5 -5 -5 5 2 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 4 6 0 0 0 5 0 0 0 0 38 17 0 0 0 0 0 2 0 0 29 0.92 1.20 25 A 2 -1 -1 1 -2 -1 2 2 -1 1 -3 1 -4 -5 -4 1 -2 -5 -4 -1 18 3 2 7 1 2 14 15 1 8 1 11 0 0 0 10 1 0 0 4 0.27 1.22 26 V 0 -4 -5 -5 0 -4 -4 -1 -5 2 -1 -4 -2 -2 -1 0 -3 -5 -1 6 7 1 0 0 2 0 0 5 0 10 3 0 0 1 4 7 0 0 2 56 0.76 1.22 27 S -1 -1 -3 -1 -4 0 1 -1 6 -1 -3 -1 -4 0 -4 3 0 -4 3 -3 5 2 0 2 0 3 9 4 20 4 2 3 0 3 0 25 6 0 10 2 0.48 1.22 28 K 0 3 -2 0 -5 1 3 -4 2 -2 -4 3 -4 -4 -3 -2 2 -5 -1 -3 6 14 1 5 0 6 20 1 5 2 0 16 0 0 1 1 15 0 2 1 0.45 1.22 29 L -2 -4 -2 -2 -4 -2 -4 1 2 1 4 -2 1 -3 -3 -2 0 -4 0 -1 2 0 2 2 0 2 0 11 5 6 49 3 3 0 1 2 5 0 3 3 0.49 1.19 30 E 1 -1 -1 4 -5 -1 4 0 -1 -3 -5 -1 -4 -5 2 1 -2 -5 -5 -4 12 2 1 23 0 1 25 6 1 1 0 2 0 0 11 12 1 0 0 0 0.58 1.18 31 N -1 -1 6 -1 4 -3 -3 2 -1 -5 -2 -3 -3 -2 -4 0 -1 -5 -4 -4 5 2 46 2 8 0 1 15 1 0 5 0 0 2 0 7 4 0 0 1 0.81 1.18 32 G -2 -4 -2 0 -5 -2 1 7 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 1 6 0 1 10 78 0 0 0 2 0 0 0 1 1 0 0 0 1.49 1.16 33 A 5 -4 -4 -4 2 -3 1 -1 -4 -2 -4 -3 -3 -5 -2 1 2 -5 -4 1 52 0 0 0 4 0 9 4 0 1 0 0 0 0 1 8 12 0 0 8 0.71 1.16 34 T -2 4 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -1 -1 -4 -4 -1 6 -5 -2 0 2 21 0 0 1 2 0 0 1 3 4 2 1 0 0 1 55 0 2 5 0.89 1.15 35 V -3 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 4 2 -5 0 -2 -5 -5 -3 -2 -4 5 0 1 0 0 1 0 0 0 0 26 21 0 1 1 0 0 1 1 0 47 1.05 1.17 36 I -3 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 6 3 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 44 24 0 0 1 0 0 0 0 0 30 1.13 1.17 37 D -4 -4 0 8 -6 -3 -1 -4 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 1 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.24 1.17 38 C 4 -5 -5 -5 8 -4 -5 -2 -5 -3 -2 -4 2 4 -5 -3 -3 -4 -3 -2 36 0 0 0 33 0 0 3 0 0 3 0 6 17 0 0 0 0 0 1 1.19 1.17 39 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.05 1.12 40 V 1 -4 -4 -5 -3 -1 -4 -4 1 4 -1 -4 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -3 5 12 0 0 0 0 3 0 1 3 25 3 1 0 0 0 3 0 0 0 48 0.84 1.12 41 N 1 0 4 3 -5 1 2 -2 0 -5 -5 1 -1 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 11 3 23 14 0 6 16 3 2 0 0 10 2 0 0 6 3 0 0 0 0.53 1.12 42 V 3 -3 -4 -4 2 -3 -2 -4 1 -2 -2 -4 1 0 -4 0 2 -5 -3 4 32 1 0 0 4 0 3 0 4 0 1 0 4 4 0 4 13 0 0 30 0.58 1.17 43 A 0 3 0 0 -5 0 1 -4 -3 -2 -2 1 -2 -5 5 -1 -1 -6 -5 -2 6 15 4 6 0 3 8 0 0 2 4 8 1 0 32 5 4 0 0 3 0.63 1.17 44 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 3 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.12 1.24 45 S -1 -4 -3 -3 2 -4 -4 5 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 5 -2 -5 -5 -5 2 0 0 0 4 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 1.28 1.24 46 F -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -1 4 2 -5 -1 1 -5 -4 -1 6 5 2 2 0 0 0 0 0 0 1 2 21 23 0 1 4 0 0 4 10 18 13 0.82 1.24 47 K 0 -1 -3 1 -6 1 6 0 -1 -4 -4 0 -4 -6 -4 -1 -3 -2 -5 -4 8 3 0 6 0 4 59 7 1 1 1 4 0 0 0 4 1 0 0 1 0.94 1.24 48 A 7 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 94 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1.55 1.24 49 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 4 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.08 1.24 50 E -3 4 -4 -4 -1 -2 -2 -6 -4 1 3 1 3 -3 -5 -4 -3 -5 -4 1 1 23 0 1 1 1 2 0 0 9 35 10 7 0 0 0 0 0 0 9 0.64 1.24 51 L 0 3 -4 -3 -4 -1 -4 -4 0 0 4 -2 2 0 -5 -3 -3 -4 2 -1 7 18 0 1 0 3 0 1 3 4 44 1 4 3 0 2 1 0 8 2 0.58 1.24 52 Y -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 4 4 -5 3 5 -6 -5 -4 -3 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 23 35 0 7 21 0 0 0 0 7 5 0.96 1.24 53 T 5 -4 -3 -4 -3 -3 -4 1 -4 -1 -3 -3 -3 -5 -4 1 4 -5 -4 -1 49 0 0 0 0 0 0 8 0 3 2 0 0 0 0 9 27 0 0 3 0.85 1.24 54 K -2 4 -2 -1 -6 1 6 -3 -3 -6 -3 2 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 2 23 1 2 0 3 54 1 0 0 2 9 0 0 0 2 1 0 0 0 1.09 1.24 55 V 0 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 -2 -1 -5 -5 -2 -5 -4 2 9 0 0 0 0 0 0 0 0 62 12 0 0 1 0 0 1 0 0 14 1.25 1.41 56 C -1 -5 -5 -5 10 2 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -5 -5 0 -1 -5 -5 -4 3 0 0 0 71 12 1 1 0 0 2 0 0 0 0 7 2 0 0 0 2.21 1.41 57 L -3 -4 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -5 -1 3 -4 8 -1 -5 -3 2 -4 -2 -2 1 1 0 0 1 0 0 0 0 2 30 0 42 2 0 1 13 0 1 1 1.15 1.46 58 G 3 -5 -4 -4 -5 -4 -5 6 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -5 28 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.48 1.46 59 G -2 -4 -1 2 -5 -4 -2 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 2 0 2 12 0 0 2 78 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.63 1.39 60 L -3 -3 -5 -5 0 -2 -5 -4 -5 0 6 -4 3 -1 -5 -4 -4 -4 -4 -2 2 1 0 0 2 2 0 1 0 2 76 0 6 2 0 0 0 0 0 0 1.18 1.39 61 A 4 -5 -2 -4 -1 -4 -4 5 -5 -3 -5 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -4 41 0 1 0 1 0 0 45 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.10 1.46 62 D -1 2 -2 2 -3 0 3 -4 3 -3 -5 0 -4 -5 -4 0 3 -6 -4 -4 4 11 1 10 1 4 19 1 6 2 0 5 0 0 0 6 22 0 0 1 0.45 1.46 63 V 0 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 3 0 -5 -2 -4 0 -4 -2 -5 -4 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 15 5 0 0 0 6 0 1 0 0 57 0.96 1.43 64 G 0 1 1 -1 -4 2 -1 0 -4 -5 -3 -1 -4 -5 -4 3 3 -5 -4 -4 8 9 6 3 0 11 4 7 0 0 2 3 0 0 0 19 20 0 0 0 0.35 1.43 65 I -3 -3 -4 -5 -4 -3 -5 -5 0 4 3 -4 -1 3 -5 -3 1 -3 2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 2 20 27 0 1 12 0 2 9 0 8 7 0.51 1.40 66 S 1 3 -3 -2 0 0 0 0 1 -4 -4 -2 -3 -2 -3 2 2 -4 -2 -1 13 14 0 2 2 4 7 8 4 1 1 1 0 1 1 15 11 0 1 6 0.20 1.32 67 I -1 -3 -2 -3 -3 0 -2 -3 2 1 0 -2 4 -2 1 0 1 2 -3 2 4 1 2 1 0 4 3 2 5 8 10 3 11 1 7 6 8 2 1 14 0.14 1.22 68 P 0 -1 0 1 -3 -1 -2 -1 1 -2 -2 -2 -1 0 3 2 -1 -3 0 -1 7 3 4 7 0 3 2 4 4 2 3 2 1 5 17 15 4 0 3 4 0.15 1.13 69 G 0 -3 0 0 2 -2 -2 4 -3 -3 -2 -1 -3 1 2 0 -1 -3 -1 -3 7 1 5 5 5 1 2 28 0 1 5 3 0 6 9 7 3 0 2 1 0.26 1.19 70 D -2 2 0 3 -1 1 2 1 -2 -3 -4 0 -1 -4 1 -1 -1 -4 -1 -4 2 9 4 18 1 5 12 11 1 1 1 4 2 1 7 4 4 0 3 1 0.21 1.24 71 L 1 -1 -3 -1 -4 -3 1 -3 -1 1 1 -2 0 3 -4 -2 0 -3 0 1 10 3 0 3 0 0 11 2 1 9 16 2 2 11 1 2 6 0 3 8 0.12 1.30 72 S 2 -1 1 -1 -1 -1 -3 1 -1 2 -1 -1 -3 -1 0 0 -1 -5 -4 1 15 3 7 3 1 2 1 11 1 13 6 3 0 2 4 6 3 0 0 9 0.07 1.40 73 E 1 -2 0 4 -4 -2 2 0 2 -4 -4 0 -4 -4 1 -1 -2 3 -4 -4 11 2 4 27 0 1 13 7 4 0 1 5 0 0 7 3 1 4 0 1 0.41 1.32 74 K -1 -1 1 0 -4 -1 0 4 -3 -2 -2 0 -1 -2 1 -1 -2 3 -3 -4 3 4 6 5 0 2 5 32 0 2 5 6 2 1 6 5 1 5 0 1 0.31 1.27 75 F 1 -4 -4 -2 -4 -1 -3 -2 1 1 1 -4 -1 1 0 -2 -1 7 2 1 11 1 0 2 0 3 1 2 3 9 11 0 1 6 4 2 3 15 6 11 0.35 1.37 76 A 0 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -2 -1 5 0 1 5 2 -2 7 2 2 3 1 1 1 2 1 2 3 1 1 2 33 6 8 8 7 3 0.59 1.37 77 L -4 -1 -2 -3 -2 -3 -4 -4 -4 2 3 -4 2 2 -1 -4 -2 7 1 1 1 3 3 1 1 1 0 1 0 10 24 0 5 9 4 1 3 13 4 8 0.46 1.35 78 P -1 -3 1 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 7 -1 1 -4 -3 -3 5 1 8 1 0 3 2 2 1 1 2 1 1 2 48 3 7 0 1 1 0.93 1.20 79 S 2 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88 A 3 -5 -4 -4 -2 -2 -5 -3 -5 1 0 -4 -2 -4 -3 -2 -1 2 -4 5 27 0 1 1 1 2 0 2 0 6 7 0 0 0 1 2 3 3 0 45 0.78 1.38 89 I -3 -1 -5 -5 -4 -3 -1 -6 -3 4 4 -2 1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 2 2 4 0 0 0 1 5 0 1 26 43 2 3 0 0 1 1 0 0 12 0.79 1.38 90 S 6 -4 -4 -4 -1 -1 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -2 2 -2 -5 -5 -3 77 0 0 0 1 3 0 1 0 0 0 0 0 0 1 16 1 0 0 0 1.32 1.38 91 T -2 -4 -4 -5 10 -1 -5 -5 -4 -2 2 -4 -1 -2 -5 -2 0 -4 -4 -2 0 0 0 0 62 4 0 0 0 0 23 0 1 1 0 2 5 0 0 1 1.55 0.76 92 L 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 4 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 2 77 0 14 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.76 93 G 2 -4 -3 -4 6 -4 -4 5 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -4 -1 -3 -4 -2 -4 20 0 0 0 18 0 0 53 0 0 3 0 0 1 0 2 0 0 1 0 1.05 0.79 94 A 3 -3 -2 -3 4 -2 -2 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 -1 -5 -4 -3 22 0 0 0 9 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0.98 0.79 95 Q -3 -1 0 -1 -5 8 0 -2 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 3 3 0 90 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.58 0.79 96 K -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -4 -1 0 -2 4 -1 2 -4 -3 -1 -1 7 -3 0 0 0 0 3 0 1 0 0 7 3 34 2 5 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