Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.81 0.63 2 A 5 -3 -2 -3 3 0 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -3 4 0 -5 -4 0 48 0 0 0 6 5 0 1 0 0 0 0 1 0 0 31 2 0 0 6 0.68 0.69 3 G 0 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -5 6 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.60 0.69 4 H -3 -1 0 -2 -5 -1 -2 -4 10 -5 -5 0 -4 -3 -4 -1 -3 -4 2 -5 0 1 2 1 0 1 0 0 77 0 0 6 0 0 0 5 0 0 7 0 1.74 0.76 5 F -4 -4 0 -5 1 -4 -5 -5 -1 0 -1 -4 0 7 -5 -4 -4 -1 7 -3 0 0 5 0 3 0 0 0 1 7 1 0 2 44 0 0 0 0 35 0 1.21 0.77 6 V 2 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -4 -5 1 0 -4 1 -3 -4 -2 1 -5 -3 6 18 0 0 0 1 0 0 0 0 2 7 0 3 0 0 1 8 0 0 60 0.75 0.76 7 K -3 2 -1 -3 -5 -1 -1 1 -3 -5 -2 7 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 7 2 0 0 0 0 9 0 0 4 78 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.76 8 M -2 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 2 -4 9 -2 -5 -3 1 -4 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 11 0 65 0 0 0 8 0 0 7 1.22 0.80 9 V 1 -5 -5 -5 -1 -4 -4 -1 -5 3 0 -4 0 -3 -4 -3 0 -4 0 5 10 0 0 0 1 0 0 4 0 16 7 0 1 0 0 0 5 0 3 53 0.69 0.80 10 H -2 -2 -2 -3 -5 2 -2 -4 10 -1 -1 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -4 1 -4 4 0 0 0 0 10 0 0 73 4 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1.60 0.80 11 N -3 -1 7 0 -5 -2 -2 -3 2 -5 -2 0 -4 -5 -4 1 -2 -6 -4 -5 0 3 70 3 0 0 0 0 6 0 5 5 0 0 0 9 0 0 0 0 1.20 0.80 12 G 1 -1 -2 -2 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 0 -5 -5 -4 11 3 0 2 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 6 6 0 0 0 1.25 0.80 13 I -3 -5 -5 -5 0 -4 -1 -1 -5 7 0 -5 2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 2 0 6 5 0 68 6 0 4 0 0 0 0 0 0 7 1.00 0.94 14 E -3 1 -3 0 -6 -1 7 -1 -3 -5 -2 -2 0 -5 -4 -3 -3 -5 -5 -5 0 8 0 3 0 0 76 5 0 0 5 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1.24 1.02 15 Y -3 -1 0 -5 -5 -2 -4 -3 3 -4 -2 -1 -3 2 -5 -3 -2 -1 8 -2 2 3 4 0 0 2 0 2 6 0 3 5 0 6 0 2 2 0 63 2 1.31 1.02 16 G 3 -4 -3 -4 2 -4 -2 6 -4 -2 -5 -4 -4 -5 -4 0 -3 -5 -5 0 22 0 0 0 5 0 3 52 0 3 0 0 0 0 0 7 0 0 0 7 0.92 1.02 17 D 0 -4 1 3 -4 0 -1 -1 1 2 -1 -3 4 0 -4 -3 -1 -4 0 1 7 0 6 18 0 4 4 4 4 13 6 0 13 4 0 1 4 0 4 9 0.30 1.17 18 M -2 2 2 -3 -4 -2 1 1 -3 1 0 -2 4 -3 -3 1 1 -4 -3 -2 1 11 10 1 0 0 11 11 0 11 11 1 10 0 1 11 11 0 0 1 0.26 0.90 19 Q -1 -1 -3 -1 -1 7 2 0 0 -5 -5 -1 -1 0 -4 0 -2 1 -4 -5 6 2 0 2 2 52 11 6 2 0 0 2 2 5 0 5 2 2 0 0 0.89 1.17 20 L 2 -4 -4 -4 -4 -1 -2 0 -4 2 3 -4 1 0 -4 -1 -1 -4 -3 0 22 0 0 0 0 3 3 7 0 11 33 0 3 3 0 4 4 0 0 6 0.38 1.04 21 I -1 -5 -5 -6 2 -5 -5 -5 -4 5 1 -5 2 1 -5 -4 0 4 4 1 5 0 0 0 5 0 0 0 0 36 12 0 5 6 0 0 5 5 14 7 0.70 1.00 22 C 1 -3 2 2 4 2 1 1 -3 -4 -4 -3 -4 -5 -4 1 1 -5 -4 1 10 0 10 10 10 10 10 10 0 0 0 0 0 0 0 10 10 0 0 10 0.37 1.00 23 E 1 -2 -3 2 -4 3 2 1 -3 -3 -3 2 -3 3 -4 -2 -3 -4 -3 1 12 0 0 12 0 12 13 12 0 0 0 12 0 12 0 0 0 0 0 12 0.33 0.78 24 A 0 -5 -4 -5 4 -4 -4 1 -5 1 0 -4 3 2 -5 1 1 -4 -3 1 9 0 0 0 9 0 0 9 0 9 9 0 9 9 0 9 9 0 0 9 0.27 1.11 25 Y -1 -1 -5 -6 2 -5 -5 -6 2 -1 -1 -1 1 3 -6 -2 -1 4 7 0 4 4 0 0 4 0 0 0 4 4 5 4 4 9 0 4 4 5 41 6 0.99 1.78 26 H -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 27 L -1 -5 -5 -5 -4 0 -5 -2 -4 3 3 -4 3 2 -5 -1 -1 -4 1 1 5 0 0 0 0 4 0 4 0 16 26 0 6 9 0 4 4 0 5 10 0.41 1.61 28 M -2 -4 0 -5 -4 -1 -2 -2 0 0 4 -4 7 0 -5 -2 -4 -4 -4 -1 3 0 5 0 0 3 3 3 3 3 39 0 24 3 0 3 0 0 0 3 0.74 1.52 29 K -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 30 D -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 31 V 1 -1 -1 -2 1 -1 -2 2 0 0 -1 0 0 -1 -2 0 -1 -6 0 1 13 4 3 3 3 3 3 15 3 4 6 7 3 3 3 6 3 0 3 10 0.06 2.16 32 L -1 -2 0 -1 0 -1 -1 0 0 -1 3 -2 0 0 -1 -2 -1 0 1 -1 5 2 4 4 2 3 4 7 2 3 30 3 3 4 4 4 3 2 4 4 0.14 2.20 33 G -2 -2 0 0 -2 0 -1 4 1 -2 -3 0 -5 1 -1 -1 -3 -1 3 -3 2 2 5 6 1 4 5 33 3 2 2 5 0 6 3 4 1 1 9 2 0.41 2.22 34 M -2 0 -1 0 1 0 -1 -2 0 0 2 -1 5 1 -1 -2 -2 2 0 -1 3 5 3 6 3 4 4 3 2 5 18 4 14 5 3 3 3 2 4 4 0.20 2.16 35 A -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 36 Q 0 -2 4 3 -1 1 0 -3 2 -3 0 -2 -2 -1 1 -2 -2 -6 1 -2 7 2 16 16 1 6 5 2 5 1 9 2 1 3 7 2 2 0 5 3 0.27 2.18 37 D -1 -3 0 4 -2 -1 2 -2 0 -1 -1 0 -1 -1 0 -2 -2 -6 1 1 6 2 5 21 1 3 12 3 2 4 6 5 2 3 5 3 3 0 4 8 0.20 2.19 38 E -2 -2 0 2 -1 1 5 -4 -1 -2 0 -1 -1 -2 0 -3 -3 0 0 -2 3 2 4 10 1 7 31 2 2 2 10 4 1 2 4 2 2 1 3 3 0.38 2.14 39 M -1 -2 -2 -1 0 -1 -1 -1 1 2 2 0 5 -1 -1 -2 -2 -5 -1 0 5 3 2 3 2 3 4 6 4 12 18 5 12 2 4 3 3 0 2 5 0.18 2.13 40 A 3 -1 -1 -2 1 1 -1 0 3 -2 -3 -1 0 -1 -1 1 -1 -5 1 -1 22 3 3 3 3 5 4 8 6 3 3 3 3 3 3 10 4 0 4 4 0.16 2.11 41 Q 0 -1 0 1 1 1 2 -2 0 0 -2 0 1 0 -2 -1 -1 -6 -1 1 8 4 4 8 3 6 13 3 3 5 4 5 3 4 3 4 3 0 3 9 0.04 2.16 42 A -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 43 F -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 44 E 1 1 0 1 1 0 2 -1 1 -2 -2 1 0 -1 -1 0 -1 -5 0 -1 10 8 5 7 3 3 15 4 3 3 4 7 3 3 3 7 4 0 3 5 0.09 2.08 45 D -1 0 0 0 1 1 2 -2 1 -1 -2 0 0 -1 -5 -1 -1 8 0 -1 5 4 4 6 3 6 14 4 3 4 5 6 3 3 0 5 4 17 3 4 0.43 2.09 46 W -3 0 0 -6 -1 0 -3 -3 -5 -1 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -1 11 0 -2 2 5 5 0 2 5 2 2 0 4 4 2 2 2 4 3 4 49 2 3 1.68 1.95 47 N -1 1 7 0 0 0 -1 -2 2 -3 -3 0 -1 -2 -2 -2 -2 -6 -1 -3 5 7 44 4 2 3 4 2 4 2 2 6 2 2 2 3 2 0 2 2 0.75 1.94 48 K -2 1 0 -1 1 1 1 1 1 -1 -2 3 1 -5 -5 0 0 -5 0 -2 3 8 4 3 3 5 10 12 3 3 3 15 4 0 0 8 7 0 3 3 0.19 1.93 49 T -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 -1 6 6 5 6 5 5 6 6 5 0 6 6 5 0 6 6 6 0 5 6 0.07 1.89 50 E -3 0 -1 0 -5 0 3 0 1 0 -1 -1 0 -1 -2 1 0 3 -3 2 1 5 3 5 0 5 17 6 3 5 5 4 2 2 3 9 5 4 1 15 0.18 1.61 51 L -3 0 -2 -5 1 -4 -2 -6 -1 3 3 -3 0 1 0 -1 -2 -5 0 3 1 6 2 0 2 0 3 0 1 16 27 2 1 5 4 4 1 0 3 19 0.42 1.51 52 D -2 3 3 3 -1 0 3 0 0 0 -4 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -2 -1 4 14 13 13 2 3 16 7 2 5 2 5 0 0 1 3 2 0 2 5 0.32 1.48 53 S -1 -2 0 -3 1 -3 -2 0 -4 -4 -3 -3 0 0 -4 6 1 0 -4 -2 4 2 4 0 3 0 2 8 0 0 2 0 3 5 0 55 8 1 0 3 0.77 1.49 54 F -3 -1 -2 -3 -1 -4 -4 -2 1 -4 -2 -3 -4 5 -2 1 -3 7 6 -4 1 4 2 2 1 0 0 3 3 0 3 1 0 22 2 10 1 13 30 0 1.03 1.48 55 L -2 -2 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 1 0 -5 -5 -4 4 -3 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 3 71 0 2 3 0 0 0 6 0 6 1.16 1.48 56 I -1 -4 0 -5 2 0 -4 -5 -4 4 2 -4 3 0 -1 -1 -1 -4 0 2 5 0 5 0 4 5 0 0 0 23 19 0 6 4 4 4 4 0 4 12 0.42 1.51 57 E -2 -1 0 1 1 1 5 -1 1 -5 -2 -1 0 -4 -4 0 -1 3 1 -4 3 3 3 8 3 6 36 4 3 0 5 4 3 0 0 5 4 4 4 0 0.50 1.51 58 I -2 -2 -1 0 -4 -4 -2 -3 0 6 2 -2 0 -3 -5 -2 -2 1 -1 0 3 2 3 6 0 0 2 2 2 40 19 2 2 0 0 4 3 2 2 3 0.59 1.57 59 T 1 0 -2 -4 0 -4 -4 0 -4 0 1 -2 1 -1 -2 0 4 3 -4 -1 9 4 2 0 2 0 0 7 0 5 15 3 4 2 2 7 27 4 0 5 0.35 1.55 60 A -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 61 N -1 1 1 3 -5 0 1 -2 1 -1 -2 1 1 -1 -1 -1 -1 -5 0 -2 6 8 7 18 0 4 10 3 3 3 5 9 3 3 3 5 3 0 3 3 0.22 1.94 62 I 3 -2 -2 -1 1 -2 -2 -2 -5 5 -2 -2 0 -1 -2 -1 -2 1 -5 1 21 2 2 4 3 2 2 3 0 31 3 2 2 2 2 4 2 2 0 8 0.47 1.98 63 L -1 -2 -1 -2 2 -2 -3 -3 -5 -2 5 -3 2 4 -6 -2 -2 0 -1 -2 5 3 3 2 4 2 2 2 0 2 44 2 4 15 0 3 2 1 2 2 0.63 1.97 64 K 1 4 0 -2 -1 0 -1 -2 1 -3 0 2 -1 -1 -3 -1 -1 -5 -1 -2 11 21 4 3 1 4 3 3 3 2 11 13 2 3 1 5 4 0 2 3 0.27 1.96 65 F 0 1 -1 0 0 2 1 -3 2 -1 -2 2 0 0 -2 -1 1 1 2 -1 6 6 2 4 2 7 9 2 5 4 3 12 2 5 3 3 8 2 7 6 0.16 2.02 66 Q -2 1 -1 3 1 1 0 -2 2 -2 -1 3 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -2 4 8 3 14 2 5 7 4 4 3 6 17 3 3 3 4 3 2 3 3 0.20 1.94 67 D -1 -1 0 6 -5 0 0 -1 1 -1 -2 -1 0 -5 -1 -1 -1 -6 0 -2 4 3 4 38 0 4 6 6 3 3 4 4 3 0 3 4 4 0 3 3 0.54 1.93 68 T 0 0 1 2 0 -1 2 -1 1 -2 -2 0 0 -1 3 -1 0 -5 -1 -2 6 4 6 9 2 3 13 5 3 2 5 5 2 3 12 5 7 0 2 3 0.14 1.96 69 D -1 -1 1 3 1 0 2 -1 1 -1 -2 0 1 -1 -1 -1 1 -5 -1 -1 5 3 7 15 2 3 11 4 3 4 4 6 3 3 3 4 10 0 3 4 0.14 2.01 70 G -1 -1 0 0 1 -1 -1 5 1 -1 -2 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -5 -5 -2 4 3 4 6 3 3 4 36 3 4 5 4 0 3 3 4 4 0 0 4 0.38 1.99 71 K -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 72 H -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 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