Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -7 -5 -4 -6 -6 -5 -2 2 -5 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 89 0 0 0 0 0 0 0 2.53 1.62 2 S -2 -2 3 4 -6 2 1 -2 -1 -6 -5 0 -2 -6 -4 3 1 -3 -5 -5 2 2 13 21 0 9 8 3 2 0 1 6 1 0 1 23 9 0 0 0 0.62 1.79 3 L -2 -1 -3 4 -5 -3 -2 -5 -5 0 4 -1 3 -1 -5 -3 2 0 -4 0 3 3 1 19 0 1 2 0 0 4 34 4 6 2 0 1 13 1 0 5 0.52 1.80 4 L -4 -6 -4 -7 -4 -4 -6 -7 -3 2 6 -6 1 4 -4 -5 -3 -2 -2 -1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 10 62 0 3 13 1 1 1 1 1 4 1.12 1.88 5 Q -1 4 1 2 -5 3 4 -5 0 -5 -4 1 -2 -3 -4 -1 -2 -6 -4 -5 5 22 7 10 0 11 23 0 2 1 1 7 1 2 1 3 3 0 0 0 0.64 1.89 6 A 2 0 1 2 -6 3 4 -3 -1 -4 -5 1 -4 -4 -2 1 -1 3 -4 -4 14 4 5 11 0 12 23 1 1 1 1 7 0 1 2 8 4 3 0 1 0.47 1.88 7 T -1 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 2 3 -4 -1 1 -3 -3 5 4 -2 1 6 2 0 0 0 1 0 0 0 12 25 1 1 5 1 1 29 5 1 8 0.65 1.90 8 V -2 -4 -5 -6 2 -5 -6 -6 -6 5 4 -5 0 0 -5 -2 -1 -6 -3 1 3 1 1 0 4 0 0 0 0 30 37 1 1 4 1 3 4 0 0 8 0.84 1.89 9 A 3 1 1 1 -4 0 1 -1 -2 -4 -3 0 -3 -4 1 1 0 -4 -4 -4 26 6 6 9 0 5 10 4 1 1 2 6 0 1 6 11 4 0 0 1 0.34 1.89 10 K 2 1 2 1 -4 2 0 0 0 -5 -2 2 -3 -5 1 1 -1 -6 -5 -4 15 8 10 6 0 8 6 7 2 0 4 11 1 0 7 10 4 0 0 1 0.28 1.88 11 I -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -7 -7 7 2 -6 0 -3 -5 -5 -3 -6 -5 3 4 1 0 0 2 0 0 0 0 60 14 0 1 0 1 0 1 0 0 14 1.33 1.89 12 M -1 1 -2 -1 -4 1 2 -2 1 -4 -4 2 -3 -4 5 -2 1 -7 -3 -1 6 8 1 4 0 7 14 3 3 1 1 11 1 1 22 3 10 0 1 5 0.48 1.94 13 R 2 1 -3 -2 -4 -1 -1 0 -2 -3 -4 -1 -4 -5 6 0 -2 -3 -5 -1 14 6 1 2 0 2 5 7 1 1 1 4 0 1 39 7 2 0 0 4 0.76 1.91 14 P 1 -2 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -5 0 2 -4 -1 -4 6 -3 -2 -6 -5 1 10 2 0 0 0 1 0 1 0 5 21 1 1 1 40 2 2 0 0 10 0.94 1.91 15 D -3 -4 3 8 -4 -3 0 -4 0 -6 -6 -3 -6 -6 -3 1 -4 -7 -3 -6 2 0 10 66 1 1 3 1 2 0 1 1 0 0 1 9 0 0 1 0 1.52 1.92 16 T 2 1 -1 1 -4 2 3 -1 -1 -4 -2 1 -2 -4 1 0 1 0 -4 -3 14 7 3 7 0 8 18 4 2 1 5 7 1 1 6 6 8 1 0 1 0.25 1.89 17 V 2 -1 -1 2 -1 1 3 -1 -2 -2 -3 0 -2 -2 -2 0 1 -6 -3 -2 19 4 2 9 1 5 16 6 1 2 2 6 1 2 2 7 7 0 1 4 0.22 1.89 18 I 4 -2 -3 -2 -1 -2 -4 -4 -1 1 1 -2 0 0 -2 0 -2 2 -2 0 37 2 1 2 1 2 1 0 1 8 13 2 3 4 3 5 2 3 1 7 0.40 1.88 19 K 1 4 -4 -3 -2 -1 1 0 -3 0 -1 -1 5 -2 -4 -1 -2 -4 0 0 12 18 0 1 1 3 9 6 0 6 6 4 12 2 1 4 2 0 3 6 0.28 1.87 20 D 2 2 -1 1 -3 2 3 -3 -1 -3 -3 1 -3 -5 0 0 -1 -4 -4 -2 15 9 2 6 1 10 20 2 2 2 2 8 1 0 4 6 3 0 0 3 0.32 1.85 21 Q 3 2 -2 1 -4 3 1 -3 0 -3 -2 2 -1 -4 -4 -1 -1 -6 -4 -4 25 12 1 6 0 12 10 2 2 2 5 11 1 1 0 4 3 0 1 1 0.38 1.83 22 V 6 -4 -6 -6 2 -4 -5 -3 -6 1 0 -4 0 -4 -5 -2 -2 -3 -4 2 53 1 0 0 4 1 0 1 0 8 10 1 2 0 0 2 2 0 0 14 0.84 1.84 23 K 0 5 -2 -2 -4 4 1 -4 1 -3 -2 2 -3 -4 -5 -2 -2 1 -3 -2 7 24 1 2 0 20 10 1 3 2 4 12 1 1 0 2 3 2 1 3 0.56 1.84 24 T 3 1 -1 1 -4 2 3 -4 1 -3 -3 2 -4 -4 -2 -1 -1 -6 -4 -4 21 6 3 9 0 9 18 1 3 1 3 12 0 1 2 4 5 0 1 1 0.39 1.83 25 K -1 7 -1 -3 -4 -1 -2 -5 4 -3 -2 2 -3 -3 -5 -1 -3 -1 0 -3 5 51 2 1 0 2 2 1 8 2 3 9 0 1 0 4 1 1 3 2 0.95 1.80 26 L -3 -1 -2 -3 -2 3 -3 -5 0 3 4 -4 1 0 -6 -4 -1 7 -3 -1 2 4 2 1 1 15 1 1 2 13 32 0 3 4 0 1 3 11 0 3 0.66 1.77 27 A 2 -1 1 6 -4 0 0 -2 -2 -4 -2 -1 -2 -6 -4 0 -2 -6 -5 -2 19 4 7 35 0 4 5 2 1 1 4 3 1 0 1 6 3 0 0 3 0.60 1.72 28 G 0 3 3 0 -3 3 -1 0 0 -4 -3 -1 -2 -4 -3 2 1 -6 -3 -3 9 13 13 6 1 13 3 8 3 1 3 3 1 1 1 12 8 0 1 1 0.32 1.69 29 V -1 -1 -5 -5 -1 -1 -3 -6 -3 1 5 1 1 -3 -3 -3 -2 1 -4 0 5 4 0 0 1 3 2 0 1 6 50 11 3 1 2 2 2 2 0 7 0.62 1.66 30 L 3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -1 -5 0 0 -3 1 -5 -4 -1 5 -6 -2 -1 20 1 1 4 1 0 2 6 0 5 8 1 4 0 1 4 36 0 2 4 0.56 1.69 31 Q -2 1 -2 -2 -6 -1 -1 -3 1 -1 -1 6 2 -4 -2 -2 0 -6 -2 -2 3 5 2 2 0 1 3 2 3 3 5 52 5 1 2 2 6 0 2 3 0.77 1.69 32 S -1 -2 -3 -2 -6 -1 -3 -2 -3 -4 -5 -3 -3 -6 8 -3 -2 -7 -6 -3 5 2 1 2 0 2 2 3 1 1 1 1 1 0 72 1 2 0 0 2 1.84 1.67 33 A 1 0 -3 -3 -5 1 -2 0 0 0 2 -1 -1 -3 4 -1 0 -2 -3 -1 10 6 1 1 0 5 3 7 3 5 19 3 1 1 17 5 5 1 1 5 0.23 1.67 34 G -1 0 0 2 -6 -3 -2 6 1 -3 -5 -2 -3 -4 -4 -1 -3 1 -2 -4 5 5 4 9 0 1 3 54 3 2 1 3 1 1 1 3 1 2 2 1 0.90 1.63 35 S 4 -3 -2 -2 -2 -2 -3 1 -2 -5 -4 -4 -2 -3 -3 5 -2 -5 -1 -4 29 1 2 2 1 1 1 11 1 0 1 0 1 1 1 44 1 0 2 0 0.81 1.57 36 L -4 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 1 2 -6 -5 -4 -4 -1 -1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 77 0 3 8 0 0 0 0 2 3 1.34 1.56 37 G -2 -5 -2 -4 -6 -2 -3 7 -1 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -2 -1 -6 -2 -6 3 0 1 0 0 2 1 83 2 0 0 0 0 0 0 2 3 0 1 0 1.76 1.69 38 R 0 5 -3 -1 -3 1 0 -1 -1 -1 -1 2 1 -3 -4 -2 -2 -2 -2 -1 6 30 1 4 1 6 6 6 1 3 7 11 3 1 1 2 2 1 2 6 0.40 1.83 39 L -3 -6 -7 -7 0 -6 -7 -7 -6 0 6 -6 2 1 -7 -4 -5 3 -1 -1 2 0 0 0 2 0 0 0 0 4 73 0 4 6 0 2 0 4 2 3 1.30 1.78 40 E -2 -2 -2 1 -6 0 7 -3 -1 -3 -4 -2 -2 -6 -3 -2 -2 -6 -2 -3 3 1 2 6 0 2 67 2 1 1 2 2 1 0 1 2 2 0 1 2 1.23 1.84 41 D 0 0 0 3 -6 1 4 -2 0 -3 -4 1 -1 -3 -2 -1 1 0 -2 -3 8 4 3 16 0 5 21 4 2 2 2 9 2 2 2 4 9 1 2 2 0.33 1.86 42 M -1 -3 -2 -2 0 -2 -3 -3 -1 4 3 -5 3 -1 -2 -3 -1 1 0 1 4 2 2 3 2 2 2 2 2 21 27 0 7 2 2 2 4 2 3 8 0.42 1.81 43 V 4 -5 -1 -5 2 -4 -5 1 -5 1 -1 -5 1 0 -5 0 0 3 1 1 33 0 4 0 4 0 0 9 0 7 6 0 4 4 0 6 5 4 4 10 0.44 1.71 44 E -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.11 45 Q -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 5 0 6 0.14 1.89 46 Y -2 -5 -5 -6 0 0 -5 -6 0 2 4 -2 3 0 -5 -3 -2 2 4 0 3 0 0 0 2 5 0 0 2 10 34 2 7 3 0 2 2 3 12 6 0.52 1.76 47 A 5 -2 -4 -5 2 0 -2 1 0 -1 -3 -4 0 -1 -4 0 -2 1 0 -1 44 2 0 0 4 5 2 8 2 3 3 0 2 2 0 6 2 2 3 3 0.51 1.75 48 G 3 0 -2 -3 0 0 -2 4 -5 -3 0 -2 1 -5 -5 0 -2 0 -3 -3 23 6 2 2 2 5 2 26 0 1 9 2 3 0 0 6 3 1 1 2 0.37 1.88 49 I 0 -3 -3 -4 2 0 -5 -4 -2 5 0 -5 3 -2 -6 -3 -2 7 -2 2 8 2 1 1 4 4 0 1 1 28 7 0 7 2 0 2 2 13 1 11 0.64 1.86 50 T -2 1 0 -3 -1 6 -2 -3 0 -3 -2 -1 -2 0 -3 -1 2 2 -1 -2 2 7 4 1 1 37 1 2 2 1 3 3 1 4 1 4 12 2 3 3 0.59 1.90 51 G 0 1 0 -2 -2 2 -1 5 0 -2 -4 0 -5 -6 -3 -1 -3 -6 -3 -5 6 8 4 2 1 9 3 43 2 3 2 5 0 0 1 4 1 0 1 0 0.64 1.92 52 E -2 2 1 -1 0 1 1 -2 0 -2 -3 1 -1 -2 -2 1 3 -6 -1 -2 3 10 7 4 2 7 8 4 2 3 3 7 2 2 2 9 17 0 2 3 0.16 2.21 53 L 1 -2 -2 0 4 -1 1 -2 0 -1 0 -1 0 -2 2 -1 -1 -6 -1 1 10 3 2 5 7 3 9 4 2 3 10 3 2 2 9 5 5 0 3 8 0.07 2.18 54 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 55 P -2 -2 0 -2 1 -1 -2 -2 1 -1 -2 -2 0 0 6 -2 -2 -6 -1 -1 3 3 4 3 3 3 3 3 4 5 5 3 3 4 37 3 3 0 3 5 0.58 2.20 56 A -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 57 L -1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 1 4 3 -3 2 0 0 -3 -2 -6 -2 2 6 2 1 2 1 1 2 1 3 19 24 1 4 4 5 2 3 0 1 13 0.36 2.16 58 P -2 0 1 2 -1 0 2 -1 0 -1 -1 0 -1 -1 2 0 0 -6 -2 -2 4 5 5 12 1 3 12 5 3 4 6 5 2 3 9 7 7 0 1 2 0.09 2.14 59 K -2 4 1 0 0 2 -2 -2 2 -3 -4 3 -1 -6 0 -1 -2 -6 -2 -3 3 21 6 4 2 9 3 3 5 2 2 16 2 0 6 4 3 0 2 2 0.37 2.15 60 P -1 0 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 -1 -2 2 0 -1 4 -2 -1 -6 -1 0 6 6 3 3 3 3 3 3 3 4 4 13 3 3 21 3 4 0 3 7 0.25 2.17 61 C -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 62 M 1 -2 -1 -2 1 -4 -4 -5 1 4 1 -4 2 -1 -5 -2 -1 -5 -4 3 10 3 3 3 3 0 0 0 3 20 13 0 4 3 0 3 3 0 0 22 0.35 1.49 63 V 0 -2 -5 -2 2 -4 -5 -3 0 3 2 -4 1 0 -5 -2 -1 1 0 3 7 2 0 2 4 0 0 3 2 15 19 0 3 4 0 3 3 2 3 20 0.31 1.49 64 V 0 -4 -4 -4 4 1 0 -4 -4 1 0 -4 3 2 1 0 1 -4 -3 0 8 0 0 0 7 7 8 1 0 8 8 0 7 7 8 8 8 0 0 8 0.19 1.34 65 A -1 -5 -5 -5 1 -5 -5 -3 2 0 0 -5 3 6 -5 -2 -2 2 1 0 5 0 0 0 3 0 0 3 5 6 8 0 8 36 0 3 2 2 3 7 0.65 1.39 66 S 4 -4 -1 -2 5 -1 -2 1 0 -4 -3 -4 0 -2 -1 1 -1 -5 -4 -1 34 0 2 2 11 2 2 8 2 0 3 0 2 2 2 9 4 0 0 3 0.38 1.34 67 A 3 -1 -3 1 2 -3 -1 4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 1 -1 -5 -5 -4 25 4 0 7 3 0 4 33 0 0 1 0 0 0 0 9 4 0 0 0 0.56 1.33 68 D -1 0 2 7 -5 -3 0 -4 3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -2 5 5 8 58 0 0 3 1 6 0 1 0 0 0 0 4 3 0 0 4 1.09 1.22 69 H -2 -3 2 -3 -5 -1 -2 -4 11 -5 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -2 -5 0 -5 3 0 10 0 0 1 1 1 72 0 2 0 0 0 0 2 3 0 1 1 2.04 1.38 70 G 0 -3 -3 -3 -5 -4 -3 7 -2 -5 -4 -3 -5 -5 -2 -3 -3 -1 -5 -5 6 1 0 1 0 0 1 76 1 0 2 1 0 0 3 1 2 1 0 1 1.45 1.36 71 V -2 -5 -6 -6 1 -5 -5 -2 -1 4 0 -5 0 -1 -2 -3 -2 -6 -4 6 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