Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -7 -5 -4 -6 -6 -5 -2 -1 -5 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 3.03 1.86 2 Q -3 2 4 2 -6 4 2 -5 1 -3 -5 4 -4 -6 -4 -2 -1 -7 -5 -5 2 9 17 9 0 15 13 0 3 2 1 24 0 0 0 2 3 0 0 0 0.75 1.93 3 I -4 -6 -7 -7 -3 -4 -6 -7 -6 6 2 -5 0 1 -6 -5 -2 -2 2 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 43 18 1 1 6 0 0 2 1 6 20 1.09 1.94 4 N -3 1 4 -1 -6 3 1 -5 0 1 -3 1 -1 -3 -5 0 2 -6 -4 0 1 7 18 3 0 13 8 0 2 7 3 8 2 1 0 5 14 0 1 7 0.42 1.96 5 I -4 -6 -7 -7 -3 -6 -7 -7 -4 6 0 -6 1 2 -6 -5 -2 -3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 5 0 2 8 0 0 2 0 3 27 1.32 1.97 6 Q -2 2 -1 -4 -4 3 -1 -5 2 -1 -4 1 -3 -4 -5 2 4 -6 -2 0 2 9 3 0 0 12 3 0 5 4 1 9 0 1 0 15 27 0 1 6 0.56 2.00 7 G 1 -5 -3 -4 -3 -4 -4 6 -3 -5 -5 -4 -4 2 -4 2 -1 -3 0 -5 11 0 0 1 1 0 0 54 1 0 1 1 0 7 1 14 4 0 4 1 1.06 1.99 8 H -4 5 -2 -2 -6 0 -1 -5 5 0 -4 4 -3 -4 -3 -3 -3 -6 -5 0 0 31 2 2 0 3 3 0 11 7 1 28 0 1 1 1 1 0 0 8 0.90 1.99 9 H -4 -1 6 0 -5 2 -2 0 7 -6 -6 1 -5 -6 -5 -3 -3 -6 -3 -6 0 3 35 5 0 9 1 6 29 0 0 7 0 0 0 1 1 0 1 0 1.29 1.98 10 I -3 -5 -4 -5 0 -5 -5 -5 -4 4 2 -4 3 4 -6 -4 -1 -5 -1 3 2 0 1 1 2 0 1 1 0 25 16 1 8 17 0 1 4 0 1 20 0.80 1.99 11 D -2 -2 1 5 -5 0 5 -3 -1 -5 -6 0 -4 -7 -1 0 1 -4 -6 -3 2 1 6 27 0 3 31 1 2 0 0 5 0 0 3 7 9 0 0 2 0.80 2.00 12 L 1 -4 -4 -6 -5 -4 -4 -4 -1 4 2 -4 -1 -4 -1 -3 -1 -4 -4 4 12 1 1 0 0 1 1 2 2 22 18 1 1 0 4 1 3 0 0 32 0.71 2.00 13 T -3 -3 -1 0 -5 -3 -3 0 -2 -5 -5 -1 -5 -5 1 3 6 -3 -4 -4 1 1 2 6 0 0 1 8 1 0 0 3 0 0 7 19 47 0 0 0 0.92 2.01 14 D -1 -3 -1 5 -7 1 4 -2 -3 -5 -6 -2 -4 -5 3 -2 -3 -7 -6 -5 5 1 2 34 0 6 26 3 0 0 0 2 0 0 15 3 1 0 0 1 0.95 2.01 15 S 5 1 -1 -1 -5 -2 -1 0 2 -4 -5 1 -5 -5 -1 1 -2 -3 -4 -4 43 9 3 3 0 1 4 6 4 1 0 10 0 0 4 9 2 0 1 0 0.62 2.01 16 M -4 -6 -5 -7 -3 -3 -5 -7 -4 4 5 -5 2 3 -5 -5 -2 -3 -1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 22 46 0 5 11 0 1 2 0 1 7 1.00 2.01 17 Q -4 6 -1 -2 -7 2 1 -5 0 -3 -4 4 -3 -5 -4 -3 -3 -6 -4 -3 1 41 2 2 0 8 9 0 2 1 1 23 0 0 0 2 1 0 0 2 1.01 2.02 18 D 1 -2 1 4 -6 1 4 -3 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -5 0 0 -7 -4 -3 10 2 6 20 0 7 28 2 1 1 1 3 0 0 0 7 6 0 0 2 0.60 2.02 19 Y -2 1 -3 -4 -3 -1 -3 -5 6 -3 -2 -1 -2 3 -6 -3 -3 -2 7 -3 3 8 1 1 1 3 1 0 20 1 3 4 1 11 0 1 2 0 37 1 1.16 2.02 20 V 1 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -6 -6 5 -1 -6 -1 -3 -6 -3 -1 0 -5 5 11 0 0 0 1 0 0 0 0 27 5 0 1 1 0 1 4 1 0 42 1.00 2.03 21 H -1 1 1 0 -4 2 5 -3 0 -3 -3 0 -2 -4 -5 -1 0 -3 -4 -3 5 7 6 5 0 8 35 1 2 2 2 5 1 1 0 4 6 0 0 2 0.50 2.01 22 S -1 1 0 2 -4 1 4 -3 -2 -5 -5 4 -2 -4 -5 0 0 -6 -4 -5 4 6 3 10 0 5 22 2 1 0 1 23 1 1 0 8 6 0 0 1 0.52 2.06 23 K -2 4 -3 -4 -4 -1 -1 -3 0 -6 -5 7 -3 -5 -5 -2 -3 -2 -4 -5 2 19 1 0 0 2 3 2 2 0 1 58 0 0 0 2 1 1 0 1 1.23 2.06 24 F -2 -6 -6 -7 -2 -4 -5 -7 -6 3 4 -5 3 2 -6 -3 -2 -5 -3 2 3 0 0 0 1 1 1 0 0 17 41 1 6 9 0 2 2 0 1 13 0.81 2.07 25 D 1 -2 0 2 -3 0 3 2 0 -4 -5 0 -3 -4 -4 1 -1 -6 -3 -4 13 2 4 12 0 5 18 14 2 1 1 6 1 1 1 11 3 0 1 1 0.35 2.03 26 K -2 4 -1 -3 -6 -1 -1 -3 0 -4 -4 6 -3 -4 -3 -1 -1 -6 -4 -4 4 19 3 1 0 1 3 2 2 1 2 47 1 1 1 4 3 0 1 1 0.90 2.03 27 L -1 -6 -6 -6 -5 -5 -4 -6 -6 3 5 -6 1 0 -6 -3 -3 -5 -2 2 5 0 0 0 0 0 1 0 0 15 49 0 3 3 0 2 1 0 1 12 0.87 2.09 28 E -1 -2 -1 3 -3 1 4 -1 -1 -3 -3 0 -1 -3 -2 0 0 -6 -3 -1 6 1 3 13 1 6 28 4 2 1 3 5 2 1 2 6 6 0 1 4 0.34 2.09 29 R -3 4 0 -2 -3 0 -2 -3 1 -4 -4 6 -3 -3 -3 -2 -1 -1 -2 -4 2 22 4 2 1 4 2 2 3 1 2 41 1 1 1 2 3 1 1 1 0.82 2.22 30 F -3 -2 -2 -4 -2 -3 -5 -4 5 -1 0 -2 -1 4 -6 -3 -3 3 7 -2 2 3 2 1 1 1 0 1 13 3 8 3 2 14 0 2 1 4 33 3 0.93 2.19 31 F -1 -2 -1 0 0 0 -2 -3 0 -1 0 -3 -1 6 -3 -1 -3 0 2 -2 6 2 3 6 2 4 2 2 2 3 10 2 1 33 1 4 2 1 7 2 0.52 2.22 32 D -2 -2 1 5 -6 0 2 -1 2 -3 -3 -1 -2 -3 1 0 -1 -7 -2 -2 3 2 5 31 0 4 11 5 4 2 3 3 1 1 7 5 4 0 1 3 0.46 2.22 33 H -2 2 1 3 -6 1 0 0 3 -3 -2 1 -1 -2 0 -1 -1 0 -1 -3 3 12 7 15 0 6 6 7 6 1 4 8 2 2 5 4 4 1 2 2 0.21 2.22 34 I -1 -3 -1 1 -1 -3 -1 -2 -1 4 0 -3 0 -1 1 -2 -1 -6 -3 2 5 1 3 7 1 1 5 4 2 24 9 1 2 3 6 2 3 0 1 15 0.27 2.22 35 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 36 H -2 1 1 3 -1 -1 2 -2 0 -3 -3 -1 -2 -2 -1 2 -1 0 -2 -2 3 9 7 16 1 3 14 3 2 1 3 4 1 2 3 14 3 1 2 2 0.23 2.16 37 V 3 -3 -3 -6 3 -3 -5 0 -1 1 -1 -3 0 1 -2 -1 -2 0 -2 3 24 1 1 0 5 1 0 7 1 8 5 1 2 6 2 4 3 1 1 20 0.33 2.15 38 Q -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.05 1.89 39 V 0 -1 -5 -6 2 -5 -5 -6 -5 2 -1 -5 2 1 -5 -1 0 3 -4 5 7 4 0 0 5 0 0 0 0 9 5 0 4 5 0 4 5 4 0 41 0.62 1.61 40 I -2 -1 1 -2 -1 -2 1 -4 0 1 -1 -1 0 0 -5 0 3 0 0 2 3 4 7 2 2 2 9 1 2 8 6 3 2 4 0 6 17 1 3 14 0.17 2.07 41 L -2 -2 -6 -6 2 -5 -6 -2 0 2 4 -5 2 2 -6 -3 -2 1 0 2 2 3 0 0 4 0 0 4 2 9 33 0 4 10 0 2 2 2 3 13 0.50 2.02 42 R -2 1 -1 0 -1 -1 1 -2 1 -3 -3 2 -1 -2 -1 3 1 1 1 -3 3 8 2 5 2 2 8 3 3 2 2 12 2 2 4 18 8 2 4 2 0.16 2.02 43 V -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 44 E -2 -1 0 2 -6 1 5 -3 1 -2 -3 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -6 2 -2 4 4 4 11 0 5 32 2 3 2 2 4 2 2 3 5 3 0 6 4 0.40 2.06 45 K -1 1 2 -1 -6 0 -1 1 3 -5 -3 4 0 -5 0 -1 -1 -6 0 -2 4 8 8 4 0 3 3 9 6 0 3 26 3 0 6 4 3 0 3 3 0.36 1.94 46 L -2 0 3 2 -5 0 1 0 3 -2 -2 0 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -2 3 5 14 12 0 4 9 7 6 3 4 5 3 3 3 5 5 3 3 3 0.21 1.92 47 R -1 3 1 0 1 0 0 -1 2 -2 -2 1 1 -1 0 -1 -1 2 0 -1 5 13 6 5 3 5 7 6 5 3 4 9 3 3 5 6 3 2 3 4 0.13 2.09 48 Q -2 0 -1 -1 1 4 -1 -2 5 -1 -2 1 0 3 -1 -1 -1 -5 2 -2 3 4 3 3 3 18 4 3 11 3 3 7 3 10 3 4 4 0 7 3 0.35 2.08 49 I -2 3 -1 -2 1 0 -1 -3 1 2 -2 3 0 -2 -5 -1 2 1 -1 1 3 14 3 2 3 3 3 2 3 10 3 18 2 2 0 4 10 2 2 9 0.29 2.08 50 A 4 -5 -4 -6 4 -3 -5 -3 -6 1 -2 -2 -1 -2 -4 -2 -1 -1 -3 4 30 0 1 0 10 1 0 1 0 8 3 2 1 2 1 1 4 1 1 33 0.76 1.83 51 E -3 0 -1 2 -1 1 6 -2 -1 -4 -5 -1 -3 -6 -5 -1 -2 -6 -5 -2 1 5 2 12 2 4 56 3 1 1 1 3 1 0 0 3 2 0 0 3 1.04 1.82 52 A 2 -6 -3 -6 3 -5 -6 -3 -6 5 0 -5 1 -1 -3 -3 -2 -1 -5 4 15 0 2 0 5 0 0 2 0 30 8 0 3 2 1 1 2 1 0 27 0.77 1.83 53 T -2 1 0 0 -2 -1 -2 -4 0 -1 -3 0 -1 -3 -2 0 5 -2 -3 0 2 7 4 6 1 2 3 1 2 4 2 6 2 1 2 6 42 1 1 6 0.57 1.83 54 L 0 -6 -6 -6 2 -5 -6 -3 -6 5 2 -5 1 -1 -6 -3 0 1 -1 4 7 0 0 0 4 0 0 3 0 27 18 0 4 2 0 2 5 2 2 23 0.70 1.90 55 H -3 1 2 -2 -1 -1 -2 -2 6 -2 -2 0 -1 0 3 -1 0 0 0 -2 2 9 9 2 1 3 2 4 20 2 3 7 2 4 14 4 5 1 3 3 0.44 1.92 56 V 1 -2 -1 -2 1 -1 -2 -1 0 1 0 -2 2 1 -2 -1 0 -5 2 3 11 3 3 3 3 3 3 5 3 6 10 3 5 5 3 4 5 0 6 18 0.15 2.06 57 N -1 1 2 0 1 0 0 0 1 -2 -3 3 0 -1 2 -1 -1 -6 -1 -2 4 7 10 6 3 4 5 7 3 3 3 16 3 3 10 5 4 0 3 3 0.20 2.06 58 Q -2 -1 1 -2 -6 -1 -3 6 3 -4 -5 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -1 -2 -4 2 3 7 2 0 3 1 57 6 1 1 4 1 1 1 4 1 1 2 1 1.02 2.02 59 A 0 -1 0 -1 -1 -1 -2 2 2 0 0 0 1 -1 1 -1 0 1 -1 -1 6 3 5 3 2 3 3 16 6 5 10 6 4 3 6 4 6 2 3 5 0.09 1.93 60 E -2 0 0 2 -5 -1 1 -3 1 2 -1 -1 0 -1 -2 0 2 1 -1 1 2 5 4 11 0 3 9 2 4 10 5 3 3 2 2 7 12 2 2 12 0.17 1.93 61 I -1 -6 -6 -2 1 -2 -3 -6 0 3 4 -5 2 2 -2 -3 -2 -5 1 1 5 0 0 2 3 2 2 0 2 17 35 0 4 8 2 2 2 0 4 9 0.57 1.96 62 H -3 5 -2 -3 -1 0 -2 -4 3 0 -3 0 -1 3 -6 -1 -2 -5 1 1 2 28 2 2 1 5 2 1 6 6 2 5 2 14 0 4 2 0 4 12 0.52 1.95 63 A 5 -3 -3 -3 0 -2 -3 0 -2 0 -2 -3 -1 -5 -5 0 -2 -6 -2 2 51 1 1 1 2 1 1 6 1 5 3 1 1 0 0 5 2 0 1 15 0.74 1.93 64 H -2 0 0 0 -2 0 5 -4 2 -4 -4 3 -2 -4 -5 1 0 -1 -2 -2 3 4 5 5 1 4 34 1 4 1 1 16 1 1 0 9 6 1 1 3 0.58 1.98 65 A 2 -1 -2 0 -1 1 4 1 1 -4 -5 1 -2 -4 -3 1 -1 -6 -3 -2 19 2 1 5 2 5 23 10 3 1 1 9 1 1 1 8 4 0 1 4 0.38 1.96 66 D 0 0 0 0 0 1 3 -3 1 -2 -4 2 -2 -3 -3 1 2 -2 -2 -1 8 5 4 4 2 7 16 2 4 2 2 11 1 1 1 11 15 1 1 5 0.27 1.98 67 D -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 -1 6 6 5 6 5 5 6 6 5 0 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.11 1.89 68 E -1 -1 0 2 -5 0 3 -1 1 -2 -3 1 0 -1 1 0 0 2 0 -2 5 3 4 13 0 5 16 4 3 3 3 10 3 3 7 6 5 3 3 3 0.20 1.95 69 N -2 -2 1 6 -5 -1 1 -2 0 -2 -3 -1 -5 -5 -4 0 1 -6 -1 -2 3 2 7 44 0 2 7 3 2 2 3 3 0 0 0 7 8 0 2 3 0.77 1.82 70 M -1 0 -4 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 71 Y -2 -1 -1 -1 -5 0 1 -2 3 -1 -1 -2 1 1 -1 -2 -2 2 6 -1 3 4 3 3 0 4 9 3 6 4 5 3 3 5 3 3 3 3 29 4 0.54 2.03 72 A 3 -2 -2 -1 0 -1 0 -1 1 -1 -2 0 0 -2 0 1 1 -6 -1 0 25 2 2 3 2 3 6 5 3 3 4 5 2 2 6 8 8 0 2 7 0.18 2.07 73 A 5 -5 -2 -2 1 -2 -2 -1 -5 -2 -2 -4 0 -6 -2 2 -1 -6 -5 -2 55 0 2 2 3 2 2 4 0 2 3 0 3 0 2 15 2 0 0 3 0.84 1.92 74 I -2 -6 -6 -7 0 -6 -6 -7 -6 5 2 -6 2 4 -6 -3 -1 -5 -1 2 3 0 0 0 2 0 0 0 0 34 21 0 4 14 0 2 3 0 2 14 0.89 1.73 75 D -2 0 1 7 -2 -2 1 -2 0 -4 -5 1 -2 -4 -5 -2 -3 -7 -2 -4 3 6 4 55 1 1 7 3 2 1 1 7 1 1 0 3 1 0 1 1 1.05 1.76 76 S 1 -1 0 2 -2 1 1 -2 -1 -1 2 0 1 -2 -4 0 -2 -2 -3 -1 11 3 5 11 1 7 10 3 1 4 19 5 3 1 1 6 3 1 1 4 0.16 1.81 77 L 4 -5 -2 -3 4 -3 -5 -3 -5 -1 0 -4 1 -5 -5 -1 0 -6 -5 3 40 0 2 1 7 1 0 2 0 2 10 0 3 0 0 5 5 0 0 21 0.70 1.74 78 V 1 -3 -3 -4 -1 -3 -1 -3 -3 3 0 -3 1 2 -5 -1 0 -1 -1 3 12 1 1 1 1 1 5 2 1 18 10 1 3 8 0 5 6 1 2 21 0.37 1.77 79 D -1 -3 1 6 -3 0 3 -1 2 -5 -5 0 -5 -4 -2 0 -1 -6 -3 -4 6 1 5 38 1 4 18 4 4 1 1 4 0 1 2 5 3 0 1 1 0.76 1.81 80 K 1 2 -2 -1 -3 -1 -1 -3 1 -1 -4 6 -2 -4 -3 -1 -2 -6 -3 -1 10 9 1 3 1 2 2 2 3 5 1 46 1 1 1 5 2 0 1 5 0.73 1.83 81 L -1 -6 -3 -7 -2 -5 -6 -7 -6 4 5 -6 4 -1 -6 -4 -3 -5 -4 1 5 0 2 0 1 0 0 0 0 19 53 0 10 2 0 1 1 0 0 7 1.06 1.78 82 V -1 0 -2 2 -3 0 5 -3 -1 -1 -3 2 -2 -3 -5 -2 -1 -6 -3 -2 5 5 1 12 1 4 39 2 1 4 3 10 1 1 0 3 3 0 1 3 0.61 1.78 83 R -1 6 -1 -2 -4 0 0 -2 -1 -3 -4 3 -3 -6 -4 -2 -1 -6 -4 -3 5 49 2 2 0 3 5 3 1 1 1 17 1 0 0 3 4 0 1 2 0.96 1.78 84 Q -2 3 -3 -4 -4 8 -1 -4 -2 -4 -3 1 0 -4 -5 -2 -2 -5 -4 -4 3 13 0 0 0 63 2 1 1 1 2 5 2 1 0 2 2 0 0 1 1.39 1.77 85 L -3 -6 -6 -3 -1 -6 -6 -7 -6 4 5 -6 1 -2 -6 -5 -3 -2 -3 2 2 0 0 2 1 0 0 0 0 22 58 0 2 1 0 0 1 1 1 11 1.15 1.73 86 N -3 6 -1 -2 -3 0 0 -4 1 0 -2 3 -2 -4 -5 -2 -1 -6 -4 -1 1 41 2 2 0 4 6 1 3 6 5 16 1 0 0 2 4 0 0 5 0.74 1.74 87 K -4 5 -2 -2 -4 -1 -1 -5 0 -5 -6 7 -5 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -6 1 28 1 2 1 1 2 0 2 1 0 60 0 0 0 1 1 0 0 0 1.48 1.70 88 H -1 2 1 -3 -3 -1 -2 -4 6 -1 -2 -2 -1 1 -6 -3 -3 -1 6 -1 6 13 6 1 0 3 2 1 18 3 4 2 2 5 0 2 2 1 26 4 0.74 1.71 89 K -1 2 -1 -4 -6 -1 -2 -4 2 -4 -3 7 -2 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -3 4 8 2 0 0 2 0 1 4 1 2 71 1 0 0 1 1 0 0 2 1.36 1.69 90 E -2 1 -1 3 -4 0 4 0 1 -5 -5 -2 -3 -6 -5 0 3 -6 -5 -4 3 6 2 18 0 4 32 7 3 0 0 2 1 0 0 6 16 0 0 1 0.68 1.66 91 K -4 5 -3 -4 -6 0 -2 -5 -2 -6 -5 7 -3 -4 -5 -3 -4 -6 -3 -5 0 30 0 0 0 3 1 0 0 0 0 62 0 1 0 0 0 0 1 0 1.55 1.62 92 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 5 -5 4 -3 -6 -5 -4 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 57 0 11 0 0 0 0 0 0 17 1.20 1.45 K Lambda Standard Ungapped 0.1345 0.3221 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1737 0.3173 PSI Gapped 0.0532 0.2670