Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -3 -4 5 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 4 5 -6 -5 -4 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 38 0 0 0 1.29 1.56 2 V -3 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 5 0 -6 -1 -3 -5 -5 -3 -6 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 34 7 0 1 1 0 0 0 0 1 56 1.46 1.78 3 T -3 -2 -3 -3 -3 -2 1 -5 -4 2 -2 1 -1 -4 -5 -2 5 -3 -3 3 1 2 0 1 0 1 11 0 0 12 3 8 1 1 0 2 35 0 0 19 0.65 1.82 4 V -4 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -7 -6 5 2 -4 4 -1 -6 -5 -4 -5 -3 4 1 0 0 1 0 0 0 0 0 29 21 1 10 2 0 0 0 0 1 35 1.14 1.82 5 Y -5 -4 -6 -6 -6 -5 -5 -6 -1 -3 -3 -5 -2 5 -6 -5 -5 1 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 22 0 0 0 1 72 0 2.31 1.86 6 T -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 1 -3 -2 -4 -3 -2 -4 -5 4 5 2 -3 -2 4 1 0 0 1 1 1 9 1 2 1 1 1 0 0 27 44 3 1 3 0.93 1.89 7 K -1 2 -2 -3 -4 0 -3 -3 -3 -2 -2 5 -2 -4 -3 1 3 2 -2 -3 4 9 1 1 0 4 0 2 0 2 4 34 1 1 1 10 21 3 1 1 0.65 1.88 8 P -1 -1 1 1 -5 0 0 -3 -2 -4 -5 0 -3 -5 6 2 1 -4 -4 -4 5 3 5 7 0 5 5 1 1 1 1 4 1 0 35 13 10 0 0 1 0.76 1.87 9 A -1 -2 2 0 -5 -2 -3 2 0 -3 -3 -2 -1 0 -4 0 2 6 2 -2 4 2 11 6 0 1 1 18 2 1 2 2 2 3 0 8 15 12 6 3 0.50 1.86 10 C -3 -6 -4 -6 11 -6 -7 -6 -3 -4 -5 -5 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -4 -4 1 0 1 0 94 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 3.42 1.84 11 V -2 -2 -3 -3 -2 -1 -3 2 -1 -2 -4 -2 -1 -4 7 -1 -2 -3 -4 0 2 2 1 1 1 3 1 15 1 2 1 2 2 1 51 5 2 0 0 7 1.16 1.91 12 Q -3 -3 0 0 -6 2 -3 -4 3 -4 -3 -1 -2 4 1 -2 -3 2 6 -4 2 1 4 6 0 10 1 1 6 1 1 4 1 15 6 3 1 3 34 1 0.92 1.91 13 C -4 -7 -6 -7 11 -6 -7 -5 -6 -3 -4 -6 -5 -4 -6 -2 -3 -6 -6 -3 0 0 0 0 93 0 0 1 0 1 1 0 0 1 0 2 1 0 0 1 3.40 1.91 14 S 0 3 1 0 -5 0 0 -3 2 0 -3 3 0 -3 -3 -1 1 -2 -3 1 6 14 6 5 0 4 6 2 5 7 2 16 3 1 1 3 9 1 1 9 0.28 1.96 15 A 2 4 -1 -3 -3 1 -1 -3 -1 -2 -2 3 4 -2 -4 -1 -2 -1 -3 -3 19 26 2 1 0 5 3 1 1 2 3 15 10 1 0 3 2 1 0 1 0.56 1.96 16 T 5 -5 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -5 -1 1 -4 -1 -3 -5 -2 3 -6 -2 2 45 0 0 1 1 1 1 1 0 2 12 0 1 1 0 2 18 0 1 13 0.81 1.95 17 S -3 2 -4 -3 -2 -1 -1 -4 -1 -2 -3 7 -1 -4 -4 -3 -2 -2 -1 -2 2 8 0 1 1 2 4 1 2 3 3 64 1 1 0 1 2 0 2 3 1.17 1.99 18 K 1 4 1 0 -3 2 2 -3 -1 -3 -3 2 0 -2 -3 0 -1 -1 -3 -4 10 19 6 5 0 9 11 2 1 1 2 13 2 2 1 8 3 1 1 1 0.37 1.99 19 A 0 -2 -4 -3 -3 0 -3 -4 -2 -1 3 0 1 3 -4 -3 -1 4 2 0 9 2 1 1 1 5 2 1 1 3 31 5 3 12 1 1 3 5 8 5 0.42 1.98 20 L -3 -6 -7 -7 -1 -6 -6 -7 -6 -1 6 -6 2 3 -6 -4 -5 -5 -1 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2 76 0 4 12 0 1 0 0 1 2 1.47 1.96 21 D 0 1 1 3 -3 1 2 -2 -1 -3 -4 2 -2 -4 -5 0 0 0 -3 -4 7 7 7 19 1 5 13 3 1 1 1 15 1 1 0 7 7 1 1 1 0.40 1.93 22 K 0 2 -1 1 -6 2 3 -1 -1 -4 -4 2 -2 -3 -5 2 -2 0 -3 -3 7 11 3 8 0 9 19 4 1 1 1 13 1 1 0 14 2 1 1 2 0.41 2.06 23 Q -1 2 1 -3 -1 0 0 -4 3 -2 1 4 0 -3 -3 -2 -2 -1 0 -3 6 9 8 1 1 4 5 1 8 3 14 26 2 1 1 2 2 1 3 2 0.42 2.04 24 G -2 -2 3 -1 -2 0 -1 6 0 -6 -5 -1 -3 -4 -3 -1 -3 -6 -3 -4 2 2 12 4 1 3 3 57 2 0 1 4 1 1 1 3 1 0 1 1 1.07 2.04 25 I 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -1 5 0 -2 0 0 -3 -3 -2 0 -1 4 7 2 1 2 1 2 2 1 1 32 8 2 2 3 1 1 2 1 2 25 0.61 2.05 26 A 1 -1 0 2 -5 0 3 -2 1 -2 -3 1 -1 -2 2 0 1 -6 -2 -2 10 3 4 9 0 3 17 3 3 2 2 7 1 1 12 8 9 0 1 3 0.28 2.03 27 Y -2 -2 -1 -2 1 -5 -5 -2 1 0 -1 -2 1 4 0 -2 -2 3 5 0 3 3 3 3 3 0 0 3 3 6 4 3 3 19 5 3 3 3 23 7 0.59 2.06 28 Q -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 29 K -1 -2 -1 0 0 -1 5 -2 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 -1 0 1 0 1 5 2 2 5 2 2 34 3 2 4 5 3 2 2 2 4 6 2 4 9 0.38 2.11 30 V -1 0 0 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.15 2.01 31 D -2 0 3 4 1 0 0 -2 1 -1 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 3 0 -1 3 4 12 23 3 4 7 3 3 3 4 3 3 3 3 4 3 5 3 4 0.33 2.08 32 I -1 0 0 0 3 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 0 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.08 1.89 33 S -1 1 0 2 -5 1 0 0 1 -1 -2 0 1 0 -1 0 0 2 0 0 4 7 4 11 0 6 7 6 3 4 4 6 3 4 3 8 7 3 3 7 0.10 1.98 34 L 0 0 1 1 -1 1 3 -1 1 -2 -2 1 1 -1 -1 0 0 1 -1 -2 7 6 6 8 2 6 18 4 3 2 4 8 3 2 3 6 6 2 2 3 0.17 2.05 35 D -2 -1 3 6 -1 0 0 -2 1 -3 -3 -2 -2 -2 -2 0 -1 -6 -2 -3 3 3 12 40 1 4 6 4 3 1 2 3 1 2 2 6 3 0 2 2 0.70 2.05 36 S 0 -1 -1 0 -1 0 1 0 0 -3 -3 -1 0 -3 5 0 -1 -6 -2 -3 8 3 2 6 1 4 10 8 2 2 2 4 2 1 30 6 4 0 1 2 0.50 2.06 37 E 1 -1 0 2 -2 2 4 -1 -1 -2 -2 0 -2 -3 -1 0 0 -1 -2 -2 12 3 3 12 1 8 24 4 1 2 4 4 1 1 3 7 5 1 1 2 0.33 2.07 38 A 3 0 -2 -1 -2 -1 0 0 -1 0 0 0 -1 -1 -3 -1 0 -1 1 -2 30 5 2 3 1 2 5 8 2 5 9 5 1 3 1 4 5 1 5 3 0.23 2.09 39 R 0 4 -1 -2 1 0 0 -2 0 -1 1 0 2 0 -1 -2 -1 2 0 -1 7 21 3 3 2 4 5 3 3 4 12 6 4 4 3 3 3 3 3 4 0.20 2.08 40 D 0 0 1 2 1 1 3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -1 0 -1 -5 0 -2 8 4 7 12 3 7 17 3 3 3 3 6 3 3 3 6 4 0 3 3 0.20 2.07 41 Y -1 0 -2 -1 -1 0 3 -3 0 0 1 0 2 0 -3 -2 -2 2 1 0 6 6 2 3 1 4 18 2 3 5 16 5 6 4 1 2 2 2 5 6 0.21 2.08 42 V -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 1 0 6 6 5 0 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 5 5 6 0.17 1.89 43 M 0 2 -1 -1 0 1 1 -2 0 -1 -1 2 1 -1 -1 -1 -1 2 -1 -1 9 12 3 4 2 6 8 3 3 4 5 11 4 2 3 4 4 2 3 4 0.10 2.07 44 A 2 1 0 -1 -5 0 1 -1 0 0 -2 1 1 -2 -2 0 -1 1 -1 -1 15 8 4 4 0 4 9 5 2 5 4 8 3 2 2 8 3 2 2 5 0.07 2.06 45 L -1 0 1 -2 -1 -1 -1 -3 0 0 2 0 1 -1 -3 1 2 0 0 -1 5 4 6 2 1 3 3 2 2 5 19 5 3 3 2 10 13 1 4 4 0.10 2.09 46 G -2 -2 0 -1 -5 -2 -2 6 0 -6 -4 -1 -2 -5 -2 -2 -2 -5 -1 -3 2 3 5 3 0 2 2 64 2 0 2 4 1 0 2 2 2 0 2 2 1.18 2.04 47 Y -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 48 L -2 3 0 -1 1 1 -1 -1 1 -1 -1 0 3 0 -1 0 0 2 0 -1 4 19 4 4 3 5 4 4 3 3 6 6 7 3 4 6 7 2 3 4 0.19 2.13 49 Q -1 -1 -1 -2 0 2 -1 1 0 -1 -3 -2 0 -2 -2 2 4 -5 -1 -1 6 3 2 2 2 9 3 9 2 3 2 2 3 2 2 16 26 0 2 4 0.36 2.10 50 A 2 -2 -3 -5 0 -4 -4 -5 -1 1 0 -3 0 1 -2 -2 0 0 -1 5 16 2 2 0 2 0 0 0 1 7 8 2 2 6 2 2 7 1 2 38 0.56 1.69 51 P -1 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -1 -5 -5 -5 -4 -5 -6 8 -1 -1 -6 -5 -2 4 0 0 0 0 0 0 5 0 0 1 0 0 0 78 3 3 0 0 3 2.14 1.70 52 V -2 -2 -1 -4 0 4 -2 -4 -2 0 0 -3 0 -1 1 -2 2 -1 -2 4 2 2 2 0 2 19 1 1 1 4 7 1 2 3 6 2 14 1 1 28 0.47 1.76 53 V -3 -3 -3 -6 -1 -5 -5 -4 -6 4 1 -5 0 -1 -5 -3 1 -5 -2 5 1 1 1 0 1 0 0 1 0 27 11 0 2 2 0 1 8 0 1 42 0.95 1.77 54 V -3 -3 1 -2 -2 -2 0 -5 -2 2 1 -2 -1 5 -6 -3 -1 1 1 2 1 1 7 3 1 2 8 1 1 10 12 2 1 21 0 1 4 2 5 16 0.44 1.82 55 A -1 -3 -2 -2 -2 -4 -1 -1 -2 5 -1 -3 -1 0 -4 -3 1 -1 0 3 5 1 3 2 1 1 4 5 1 38 4 1 1 4 1 2 7 1 3 17 0.59 1.86 56 G -2 -2 3 4 -3 -3 -1 4 -2 -4 -5 -1 -3 -4 -1 -1 -3 -1 -4 -4 3 2 12 23 1 1 4 38 1 1 1 3 1 1 3 4 1 1 1 1 0.81 1.89 57 N -3 -2 2 4 -6 0 1 4 -1 -5 -5 0 -3 -4 -4 -1 0 -6 -4 -4 2 2 11 22 0 4 10 30 1 1 1 6 1 1 1 4 5 0 1 1 0.69 1.88 58 D -2 0 -1 3 -4 4 3 -2 0 -4 -4 3 -2 -4 -2 -2 1 -2 -3 -2 2 5 3 15 0 16 18 4 3 1 1 15 1 1 2 2 8 1 1 2 0.51 1.90 59 H -1 -1 -2 -3 -1 -1 -1 -4 7 -1 -1 -1 -1 1 -1 0 1 3 1 1 5 3 1 1 1 2 5 1 25 3 5 4 2 6 3 7 8 4 4 9 0.48 1.90 60 W -3 -5 -6 -6 -3 -4 -4 -4 -3 5 0 -4 0 2 -4 -4 -3 7 0 4 1 1 0 0 0 1 1 1 1 32 7 1 2 7 1 1 1 14 2 25 1.03 1.89 61 S -1 0 -1 -3 0 -2 -3 4 -1 0 -1 -1 -2 -2 0 1 -1 -5 -1 1 5 6 3 1 2 2 1 28 2 7 5 3 1 2 4 13 4 0 2 10 0.31 1.89 62 G -2 -4 -2 -1 -5 -3 -4 7 -3 -6 -5 -4 -3 -4 -3 -2 -1 -5 -4 -4 2 1 1 4 0 1 1 77 1 0 1 1 1 1 1 2 5 0 1 1 1.57 1.88 63 F -3 -4 -4 -4 1 -4 -5 -5 -1 -2 0 -4 -1 7 -2 -4 -2 2 4 0 2 1 1 1 3 1 0 1 1 1 8 1 1 50 2 1 3 2 14 6 1.21 1.80 64 R -2 4 3 3 -3 1 -1 -2 -1 -4 -3 0 -4 -2 -3 0 -2 -3 -3 -4 3 27 13 19 1 6 4 3 1 1 3 5 0 2 1 7 2 0 1 1 0.59 1.73 65 P 0 0 -3 -1 -3 -1 0 -2 -2 -2 -2 1 -1 1 5 0 -2 -5 -3 -1 6 4 1 4 0 3 6 2 1 2 5 8 2 5 34 7 2 0 1 5 0.57 1.77 66 D 0 -2 0 6 -6 0 2 0 -2 -5 -5 -1 -4 -6 0 0 -1 -6 -4 -4 9 1 5 41 0 4 14 6 1 0 1 4 0 0 4 6 3 0 0 1 0.79 1.91 67 R -1 2 -1 2 -4 1 3 -3 -1 -3 -1 4 0 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -2 5 12 2 10 0 6 17 1 1 1 5 26 2 0 0 3 2 0 1 3 0.51 1.91 68 I -4 -3 -5 -5 -5 -4 -5 -2 -4 5 4 -4 0 -2 -5 -5 -3 2 -1 1 1 2 0 0 0 0 1 4 0 33 42 1 2 1 0 0 1 3 2 6 0.95 1.92 69 K 0 2 2 2 -4 0 2 -3 0 -4 -3 4 0 -5 -2 0 -1 -4 -3 -4 7 9 8 12 0 4 11 2 2 1 2 22 3 0 2 7 4 0 1 1 0.41 1.94 70 A 4 0 -2 -2 -5 2 3 -2 -1 -4 -4 2 -4 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -3 35 5 2 2 0 10 16 3 2 1 1 14 0 0 1 3 2 0 0 2 0.61 1.94 71 L -1 -4 -5 -6 -5 -4 -4 -6 -4 1 5 -4 1 0 -6 -4 -4 2 0 -1 5 1 0 0 0 1 1 0 0 8 64 1 3 4 0 1 1 3 3 4 1.07 1.93 72 A 3 -3 -4 -2 -2 -3 -1 -5 -4 0 4 -2 -1 -2 -4 -1 0 -2 -3 2 21 1 0 2 1 1 5 0 0 5 35 2 1 1 0 4 7 1 0 12 0.48 1.94 73 G 2 0 3 -1 -5 1 1 3 -2 -4 -5 2 -4 -6 -2 0 -2 -6 -5 -3 21 4 15 3 0 6 8 20 1 1 0 11 0 0 1 5 1 0 0 2 0.49 1.91 74 A 5 -2 -3 -2 -4 2 -1 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -5 2 -1 -1 -6 -3 -1 52 2 0 2 0 9 3 2 0 3 5 3 0 0 9 3 2 0 1 3 0.70 1.80 75 A 5 -4 -3 -3 -4 -2 -1 -1 -1 -4 -2 -2 -3 -2 -1 3 0 -2 -5 -2 52 0 1 1 0 2 3 3 1 0 4 2 0 2 2 20 4 1 0 3 0.80 1.77 76 L 3 -3 -3 -3 -4 0 -1 -3 -5 1 2 0 3 -4 -4 -2 1 -5 -2 1 25 1 1 1 0 3 5 1 0 7 21 6 7 0 1 2 9 0 1 9 0.38 1.67 77 T 2 -1 -1 -1 -3 -1 1 -2 -3 -2 -3 -1 -4 -5 2 3 3 -6 -5 -1 14 3 2 3 0 2 8 2 0 2 2 2 0 0 10 23 20 0 0 3 0.46 1.67 78 A 5 -2 -3 -2 -3 3 0 -1 -4 -5 -5 -1 -4 -6 -3 0 -3 -6 -5 -3 61 2 1 2 0 14 5 3 0 0 0 3 0 0 1 6 0 0 0 1 1.00 1.61 79 H 1 1 2 0 -5 3 -1 -3 3 -2 -3 2 -4 -5 -2 -1 -3 -6 -4 2 14 8 10 5 0 14 3 1 8 1 1 11 0 0 1 4 0 0 0 19 0.42 1.50 80 H -2 2 2 1 -5 -1 1 -2 1 -4 -4 3 -4 -3 -3 -2 0 -4 4 0 2 13 10 7 0 2 11 2 3 0 1 18 0 0 1 2 5 0 15 7 0.44 1.36 81 H -1 2 -2 -1 -5 3 4 -3 6 -5 -5 2 -4 -5 -2 -1 -3 -5 -3 -5 5 9 0 3 0 14 33 2 20 0 0 11 0 0 1 3 0 0 0 0 0.87 1.15 82 H -3 5 -2 0 -5 2 1 -4 7 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -2 -5 0 41 0 4 0 9 10 0 33 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.13 0.81 83 H 3 2 -2 -3 -3 -1 -2 -2 7 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -1 -3 40 14 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.99 0.55 84 H -2 0 0 -1 -4 4 0 -3 8 -4 -3 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 1 -3 0 0 0 0 0 29 0 0 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.01 0.19 K Lambda Standard Ungapped 0.1305 0.3201 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1561 0.3184 PSI Gapped 0.0478 0.2670