Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -5 -4 7 4 -6 -3 -2 -4 6 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -3 -3 -7 -4 -6 0 0 56 25 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 1.44 2 H -5 -4 1 6 -1 -2 -2 -5 9 -6 -6 -3 -5 -4 -5 -2 -4 -3 -3 -6 0 0 5 44 2 1 1 0 45 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.81 1.54 3 E 1 3 -2 -1 -4 1 3 -3 0 -3 -2 1 -3 -2 3 -1 -1 -1 -2 -2 11 14 1 3 0 7 17 1 2 1 4 7 1 2 16 5 3 1 2 3 0.36 1.57 4 E 0 -1 1 2 -4 0 3 -3 -1 -3 -4 1 -3 -4 4 -1 -1 -3 -3 -3 9 3 5 12 0 4 22 1 1 1 1 10 1 1 18 3 3 0 1 2 0.48 1.54 5 T 0 -4 -2 -3 -2 -4 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -2 -5 -3 3 7 -6 -5 -1 7 0 0 1 1 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 23 62 0 0 3 1.24 1.52 6 R 2 4 -3 -2 -3 0 1 -2 1 -4 -2 -1 0 1 -5 1 1 3 1 -3 15 22 1 2 1 4 10 2 4 0 3 2 3 6 0 9 8 4 5 1 0.35 1.53 7 L 0 0 -3 2 1 0 -2 -5 -2 2 3 -2 0 -1 -5 -3 0 1 -1 1 9 5 1 10 3 5 2 0 1 14 25 2 1 2 0 1 5 2 2 8 0.27 1.51 8 A 2 4 -4 -3 7 0 2 -4 -3 -1 -2 -2 -1 -4 -4 -2 0 -3 -4 -2 21 20 0 1 23 4 12 1 0 3 3 1 1 0 0 1 5 0 0 2 0.72 1.48 9 I 1 -5 -4 -6 5 -4 -5 -4 -5 1 -1 -5 -1 -3 -5 -2 1 -5 -1 5 13 0 1 0 10 0 0 1 0 7 4 0 1 0 0 3 10 0 2 47 0.83 1.44 10 S -1 0 -1 -1 4 0 1 -3 -1 0 0 1 1 -3 -5 0 3 0 -1 -1 6 6 3 3 8 5 9 2 2 6 11 8 3 1 0 5 17 1 2 4 0.19 1.45 11 C 6 -5 -4 -5 2 -3 -3 -2 -5 0 -3 -4 0 -3 -3 -1 -1 -5 -5 -1 71 0 0 0 4 1 1 1 0 7 1 0 2 1 1 3 3 0 0 4 1.07 1.41 12 E -4 -3 -3 -1 -7 0 8 -5 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -3 -2 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 2 95 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 1.99 1.41 13 R -4 8 -3 -5 -7 -2 -3 -5 -1 -6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -4 0 -5 -6 0 93 0 0 0 0 0 0 1 0 0 3 1 0 0 0 0 1 0 0 2.15 1.48 14 A 5 -3 -2 -1 -3 -1 -1 -1 -3 -3 -3 -2 -1 -4 -4 2 1 0 -3 -2 44 1 1 3 0 2 4 3 0 1 2 2 1 1 0 16 8 1 1 1 0.52 1.56 15 F -2 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -5 0 2 -5 3 7 -6 -4 -3 -3 0 2 3 0 0 0 1 0 0 0 0 3 15 0 8 45 0 1 1 0 1 16 1.04 1.51 16 L -2 -5 1 -5 -2 -3 -5 -4 -5 2 5 -5 4 -2 -5 -1 -2 -5 -4 0 3 0 7 0 1 1 0 1 0 9 51 0 9 1 0 5 2 0 0 5 0.72 1.55 17 E 1 4 -1 -1 -3 1 1 -2 1 -4 -4 2 -2 -4 -4 -1 -1 0 -1 -3 14 26 2 3 1 5 8 2 3 1 1 13 1 1 0 5 3 2 2 1 0.40 1.52 18 T 2 2 -2 -3 -1 0 2 -1 2 -2 -2 -1 -1 -2 -4 0 1 -2 -1 -1 19 9 1 1 1 5 14 5 6 2 3 3 1 1 0 5 9 1 2 5 0.16 1.45 19 L -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -5 1 5 -5 3 1 -5 -4 -3 -4 -1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 4 62 0 8 6 0 1 1 0 1 5 0.91 1.38 20 D -2 -2 2 2 -5 0 3 4 -1 -5 -4 -1 -2 -3 -4 -1 -3 -5 -4 -5 2 2 11 9 0 5 19 32 1 0 1 3 1 1 0 5 0 0 0 0 0.54 1.36 21 G 2 -4 -3 -1 -1 -4 -4 6 -4 -3 -3 -3 0 -5 -4 0 -2 -5 -5 -1 14 0 0 3 1 0 0 52 0 2 2 1 3 0 0 7 2 0 0 4 0.79 1.34 22 S -2 -4 0 2 -4 -3 -2 5 0 -3 -5 -3 -4 -5 -2 2 -2 -5 -2 -5 2 0 3 13 0 0 2 46 3 2 1 0 0 0 2 15 2 0 2 0 0.75 1.35 23 C -1 -2 -5 -2 11 -5 -5 -5 -5 -4 -2 -5 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -1 -3 4 3 0 3 75 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2.24 1.36 24 R 0 0 1 -2 -4 3 -1 0 6 -3 -3 0 -1 -1 -4 2 0 -4 -1 -3 7 5 7 2 0 13 2 6 18 1 2 5 1 3 0 13 5 0 1 2 0.35 1.36 25 T 2 -4 -1 -4 2 -2 -3 -3 1 0 -2 -3 -1 -2 -4 2 2 -1 -1 2 18 0 2 0 4 1 1 1 4 6 3 1 2 2 0 16 11 1 2 16 0.24 1.39 26 P 0 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -1 -3 2 -4 7 0 0 -4 -4 0 7 1 1 1 0 1 1 1 0 1 7 1 6 0 47 7 6 0 0 6 0.94 1.13 27 I -1 -4 -4 -4 1 -1 -2 -5 1 5 0 -4 3 0 0 -2 -1 -4 0 1 4 0 0 0 3 3 3 0 3 33 6 0 7 3 5 3 3 0 3 7 0.35 1.22 28 A 2 -4 -3 -4 2 -4 -4 5 -4 -4 -4 -4 -4 1 -4 -1 -3 -4 0 0 16 0 0 0 5 0 0 44 0 0 1 0 0 6 0 4 0 0 4 7 0.62 1.08 29 G 4 -4 -4 -4 2 -4 -4 1 -4 0 -2 -3 0 -4 -4 -1 -1 -5 -4 2 39 0 0 0 4 0 0 11 0 4 3 0 2 0 0 4 3 0 0 19 0.45 1.09 30 Y 0 -2 -1 -3 -1 -2 -2 -3 4 -2 1 -3 -1 3 -5 -2 -2 1 5 0 7 2 3 1 1 1 2 1 11 2 12 1 1 9 0 2 1 2 24 5 0.42 1.32 31 A 4 -2 0 -3 5 -2 -2 -1 2 -4 -3 -3 -2 -3 -4 2 0 -5 -4 -2 39 1 4 1 10 1 2 3 5 0 1 1 1 1 0 12 6 0 0 2 0.51 1.40 32 S 0 1 -2 -2 -2 2 3 -3 0 -1 -3 0 -1 -3 -4 0 3 0 -2 -1 8 8 2 2 1 8 16 1 2 3 2 4 1 1 0 7 19 1 2 5 0.21 1.49 33 K -1 -1 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -2 3 2 0 0 0 -3 -3 -1 3 1 1 5 4 1 1 1 2 4 2 1 15 22 5 2 3 1 1 3 4 4 10 0.19 1.60 34 D -2 -2 1 3 -2 0 2 -2 1 1 -1 -1 -1 -2 -3 -1 0 0 -2 0 4 2 6 16 1 5 14 3 3 7 6 3 1 2 1 5 7 1 1 8 0.16 1.60 35 E 0 -1 -1 2 -3 0 3 3 0 -4 -4 1 -3 -5 -1 -1 -2 -2 -5 -3 8 3 3 11 1 4 18 23 2 1 1 9 1 0 3 5 2 1 0 2 0.36 1.67 36 E -2 -2 2 6 -3 0 2 0 -1 -4 -5 -1 -2 -6 -3 -1 -2 -6 -4 -4 4 1 10 40 1 3 12 9 1 1 1 3 1 0 1 4 2 0 1 1 0.74 1.71 37 G -1 -1 1 1 1 -1 -1 3 0 -1 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -2 6 4 6 7 3 3 4 22 3 3 4 4 3 3 3 5 4 2 3 4 0.13 2.00 38 N -2 1 0 1 0 2 1 -2 2 -1 -2 1 1 -1 -2 -1 0 2 0 -1 4 7 4 7 2 9 10 4 4 3 5 8 3 3 3 5 7 2 3 4 0.06 2.21 39 C -2 -2 -1 -5 1 -1 -2 -2 0 3 3 -2 2 0 -5 -2 -2 2 0 1 3 3 3 0 3 3 3 3 3 13 29 3 4 4 0 3 3 3 3 7 0.29 2.07 40 I -2 1 -1 -2 1 0 0 -2 4 0 -1 0 0 0 -5 -1 1 2 2 1 3 8 3 3 3 4 6 4 9 6 5 6 3 4 0 5 8 3 6 9 0.12 2.10 41 F -2 -2 -6 -2 0 -5 -2 -6 -5 1 4 -5 2 4 -6 -5 -1 3 0 0 3 2 0 2 2 0 3 0 0 6 40 0 5 16 0 0 3 4 2 6 0.66 1.90 42 R -2 4 -1 0 -1 -1 0 -3 3 -1 -2 1 -1 -2 -4 0 3 0 0 -2 3 19 3 4 1 3 7 2 6 3 4 7 2 2 0 6 17 1 3 3 0.28 1.89 43 G 3 -2 -4 -3 0 -4 -5 5 -5 -2 -2 -4 0 -2 -5 -1 -2 -5 -2 0 26 3 0 2 2 0 0 39 0 2 3 0 3 2 0 3 2 0 2 6 0.70 1.84 44 L 0 -1 -2 -3 0 1 0 0 -2 1 1 -2 4 2 -5 -1 -2 0 -1 0 7 4 2 1 2 5 6 7 1 8 15 2 10 8 0 5 3 1 2 7 0.15 1.88 45 V -1 -5 -6 -4 -2 -5 -5 -4 -3 3 1 -4 0 -1 -3 -4 -3 0 1 6 4 0 0 1 1 0 0 2 1 12 10 1 2 2 1 1 1 1 4 52 0.87 1.93 46 A 3 -5 -3 -4 -1 -3 -4 2 -2 -1 1 -4 1 2 -5 -1 -2 1 0 0 22 0 1 1 2 1 1 18 1 4 13 1 3 9 0 5 3 2 3 6 0.31 1.93 47 S 0 0 1 3 -3 -2 -1 -2 0 -3 -3 -2 -1 -3 -3 5 1 -2 -2 -3 8 5 5 15 1 1 4 2 2 1 2 1 2 1 1 37 9 1 2 1 0.56 1.97 48 P 0 -1 -3 -2 -3 -2 0 -3 -2 0 2 -3 -2 -3 5 -2 -1 -1 -2 1 7 3 1 2 1 2 8 2 1 5 22 1 1 1 29 3 3 1 1 8 0.53 1.97 49 D -2 -2 0 7 -3 -2 1 -3 0 -5 -5 -1 -4 -4 -4 -2 -3 -7 -4 -5 3 2 4 68 1 1 6 1 2 1 1 3 1 1 1 2 1 0 1 1 1.47 1.97 50 G -1 -3 -2 -2 -2 -3 -3 7 -2 -6 -5 -3 -2 -6 -4 -2 -1 -6 -6 -4 5 1 2 2 1 1 1 74 1 0 1 1 1 0 1 3 3 0 0 2 1.49 1.95 51 T 0 1 -1 -1 -2 0 0 1 -2 -3 -4 2 -2 -4 -3 3 2 -6 -4 -2 6 6 3 3 1 4 5 11 1 1 1 13 1 1 1 23 15 0 1 4 0.36 1.97 52 K -2 3 0 0 -3 2 3 -4 0 -1 -2 3 -2 -3 -1 -1 1 -3 -2 -1 2 18 3 5 1 9 17 1 2 3 3 15 1 1 3 4 7 0 2 4 0.38 1.99 53 V 0 -1 -3 -4 0 -1 -1 -4 -1 3 1 0 2 1 -3 0 0 1 1 2 6 4 1 1 2 2 4 1 2 13 13 5 5 5 1 6 5 2 6 14 0.21 2.00 54 L -2 -2 -3 -5 -1 -3 -3 -5 0 4 3 -2 0 2 -5 -4 -4 1 1 3 4 2 1 1 1 1 1 1 2 21 23 3 2 7 0 1 1 2 5 20 0.56 2.01 55 E -2 5 -2 -1 -3 1 2 -4 1 -3 -4 3 -2 -1 -3 -1 0 -3 -1 -2 4 31 1 3 1 5 12 1 3 2 2 15 1 3 1 5 6 0 3 3 0.57 2.00 56 T 3 0 -2 1 -2 -1 1 1 1 0 -2 1 -2 -4 -5 -1 0 -3 -3 1 20 5 1 9 1 2 8 10 3 6 3 7 1 1 0 4 5 0 1 10 0.21 2.03 57 S -1 1 -2 0 -1 1 4 -4 1 -4 -4 0 -3 -4 -3 3 2 -4 -3 -2 4 7 2 5 1 5 28 1 3 1 1 5 1 1 1 19 13 0 1 2 0.51 2.05 58 R 1 3 -3 -3 -2 -1 0 -2 -1 3 0 0 1 -2 -5 -3 -1 -2 -3 2 13 13 1 1 1 3 5 3 2 15 10 6 4 1 0 2 4 1 1 13 0.27 2.03 59 K -1 2 -2 -1 -3 1 2 -4 -1 -2 -3 0 -2 -3 -4 3 3 0 -2 0 4 12 1 3 1 5 14 1 1 2 3 4 1 1 0 18 19 2 1 6 0.38 2.01 60 G 1 -3 -2 -3 -1 -3 -2 6 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -2 12 2 1 1 1 1 3 57 1 2 4 2 1 2 1 3 2 0 1 3 0.96 1.88 61 P -1 -1 1 1 -1 -1 0 -2 1 -1 -3 1 -2 -3 5 1 0 -2 -3 -1 5 3 6 8 1 3 7 3 3 3 3 7 1 1 23 10 7 1 1 6 0.34 1.71 62 Y 1 0 -2 -1 0 -2 -1 -1 -2 1 0 0 -1 0 0 -1 -1 0 -1 3 13 5 2 4 2 2 4 5 1 7 9 5 1 4 5 5 4 1 2 18 0.10 1.53 63 V 2 -1 0 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -1 1 3 -2 -1 0 18 3 5 7 1 2 4 5 2 3 7 2 1 2 3 10 15 1 2 6 0.16 1.58 64 Y 2 1 -1 -1 -2 -1 0 -2 1 1 0 0 -1 -1 1 -1 0 -2 0 0 15 7 2 4 1 3 5 3 3 8 9 5 1 2 8 5 5 0 3 8 0.08 1.67 65 E 1 0 0 3 -2 1 4 -1 0 -3 -3 0 -4 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3 12 5 5 14 1 5 25 4 2 1 3 6 0 1 2 8 3 0 1 2 0.39 1.77 66 D -1 -1 1 6 -4 2 4 -3 -2 -4 -4 -1 -4 -3 -4 -2 -2 -6 -4 -4 5 3 6 38 0 8 23 2 1 1 2 3 0 1 1 3 2 0 0 1 0.87 1.95 67 M 6 -4 -3 -3 -1 -4 -4 0 -2 -3 -3 -4 -1 -3 3 -1 -2 -1 -1 -3 57 1 1 1 1 0 0 6 1 1 2 1 2 1 16 3 1 1 2 2 0.99 2.05 68 V 1 1 -3 0 -4 0 5 -3 0 0 -2 0 -1 -4 -3 -2 -2 -2 -3 0 13 8 1 4 0 4 36 2 2 5 4 4 1 1 1 2 2 1 1 8 0.50 2.04 69 K 3 0 0 0 -4 3 3 -2 -1 -3 -3 1 -3 -5 -4 -1 -1 -4 -4 -3 23 5 5 6 0 10 21 3 2 1 2 9 1 0 0 5 4 0 0 2 0.44 2.04 70 M -2 -2 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -6 2 5 -4 3 1 -5 -4 -3 -3 -3 1 4 2 1 0 1 1 1 0 0 11 59 1 6 5 0 1 1 0 0 7 1.01 2.06 71 G 1 -5 -4 -4 -4 -5 -5 7 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -5 -3 -5 -6 -6 -5 10 0 0 0 0 0 0 84 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1.95 2.06 72 K 0 3 -2 -1 -3 1 2 -5 -1 1 -1 2 -1 -2 -5 -3 0 -2 -2 1 6 17 2 3 1 7 11 0 2 9 5 14 2 2 0 2 6 0 2 9 0.32 2.08 73 D 1 2 -1 2 -4 2 3 -4 -2 -4 -3 1 -2 -5 -4 0 0 -4 -4 -4 13 12 3 11 0 10 22 1 1 1 2 9 1 0 0 8 5 0 0 1 0.46 2.09 74 A 2 -5 -6 -7 1 -5 -6 -3 -5 0 5 -6 1 -1 -6 -4 -3 -4 -4 4 14 0 0 0 3 0 0 2 0 4 45 0 3 2 0 1 1 0 0 23 0.89 2.08 75 G 7 -4 -5 -5 -2 -4 -5 2 -5 -4 -4 -4 -5 -5 -5 -1 -3 -4 -4 -2 79 0 0 0 1 0 0 13 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 1 2 1.52 2.07 76 Q 1 2 0 2 -5 3 4 -3 0 -4 -3 2 -1 -5 -5 -2 -2 -5 -5 -4 12 10 4 10 0 11 26 2 2 1 3 13 2 0 0 2 2 0 0 1 0.55 2.06 77 E 0 2 -2 2 -5 2 4 -3 -1 -3 -2 2 -1 -5 -5 -1 -2 -4 -3 -3 8 10 2 11 0 8 27 1 1 2 4 14 2 0 0 4 2 0 1 1 0.52 2.05 78 L -4 -6 -7 -7 -3 -6 -7 -7 -6 3 6 -6 3 -1 -7 -6 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 72 0 7 2 0 0 0 0 0 6 1.48 2.01 79 L -4 0 -6 -7 -4 -3 -6 -7 -6 4 5 0 -1 -2 -6 -6 -4 -6 -4 -1 1 5 0 0 0 1 0 0 0 19 63 6 1 1 0 0 1 0 0 2 1.18 1.94 80 S 6 -4 3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -5 -4 -5 -6 -4 3 -3 -6 -5 -4 62 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 1.31 1.77 K Lambda Standard Ungapped 0.1333 0.3139 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1708 0.3178 PSI Gapped 0.0523 0.2670