Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 2 -5 5 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 18 0 15 0 0 0 0 0 0 46 1.13 1.23 2 S 1 -1 2 2 -4 1 0 -3 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -2 5 2 -6 -5 -3 9 3 9 10 0 5 4 1 1 0 0 3 0 0 1 41 10 0 0 2 0.64 1.43 3 N -3 0 6 2 -6 -1 -1 -2 7 -6 -6 0 -5 -5 -4 -1 -2 -6 0 -5 1 4 39 10 0 2 3 3 24 0 0 5 0 0 1 3 2 0 4 1 1.12 1.59 4 L -1 -1 -4 -4 -5 -1 -3 -3 -1 0 0 -3 1 -2 7 0 -2 -6 -2 -2 4 4 0 1 0 2 1 2 2 6 9 1 3 2 50 8 2 0 1 2 1.04 1.66 5 S 0 1 1 3 -4 2 2 -1 1 -5 -4 2 -3 -6 -4 2 -1 -6 -3 -4 7 9 5 15 0 8 13 4 4 1 2 13 0 0 0 15 3 0 1 0 0.41 1.68 6 M -4 -4 -5 -6 -3 -3 -5 -6 -2 -2 1 -4 8 2 -6 -4 -2 -2 6 -2 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 10 1 46 9 0 1 2 0 27 1 1.54 1.74 7 Q 2 1 0 -1 0 2 0 -2 1 -3 -4 1 0 0 -3 2 0 -5 2 -2 15 7 4 3 2 8 7 3 4 1 1 7 2 5 1 13 6 0 8 3 0.20 1.74 8 T -2 -2 1 0 -1 -2 0 -4 -2 -1 -3 -2 -2 1 -3 4 4 -4 -2 -2 2 2 6 5 1 1 7 0 1 5 2 2 1 5 1 32 24 0 1 2 0.55 1.73 9 H -2 -2 -4 -2 -4 -1 4 -5 2 -2 0 -2 -1 3 -4 -2 -4 -2 5 0 3 1 0 2 0 2 28 0 4 2 10 2 1 11 1 2 0 0 24 6 0.70 1.73 10 A 1 -2 -2 1 -3 1 5 -2 -1 -4 -3 1 -3 -5 -3 1 0 -6 -2 -2 13 2 1 7 0 6 37 3 1 1 2 7 0 0 1 9 5 0 1 3 0.56 1.73 11 A 3 -1 2 2 -3 -1 0 -2 0 -3 -1 0 0 -3 -4 2 -1 -6 -2 -2 28 3 11 10 1 2 5 2 2 1 6 5 3 1 0 13 3 0 1 2 0.35 1.72 12 R -5 8 -3 -5 -1 -1 -3 -6 -3 -6 -5 -1 -5 -6 -3 -4 -4 -2 -5 -4 0 93 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 2.23 1.74 13 M -2 1 -4 -6 -5 -3 -2 -6 -3 2 5 0 1 -1 -6 -4 -4 -5 -3 1 3 8 0 0 0 1 3 0 0 9 57 6 2 2 0 1 0 0 1 7 0.84 1.77 14 R 2 2 0 0 -4 2 1 -1 0 -3 -2 3 -2 -4 -1 0 -2 -2 -4 -4 17 9 4 5 0 8 10 4 2 1 4 20 1 1 3 7 2 1 0 1 0.34 1.77 15 T -2 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -5 -3 -5 -2 -4 -3 -4 4 6 -6 -5 -4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 1 0 37 58 0 0 0 1.46 1.77 16 F -4 -6 -6 -7 -6 -6 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -2 9 -7 -4 -4 -2 4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 80 0 1 1 0 14 1 2.24 1.77 17 M 0 1 0 1 -1 1 3 -2 2 -1 -2 3 -1 -3 -4 0 -1 -4 -2 -1 6 7 3 7 2 7 16 4 5 3 4 17 2 1 1 7 4 0 2 4 0.25 1.75 18 Y -2 -1 4 2 -4 -1 -1 1 0 -3 -2 2 -2 -4 -4 2 1 -1 -1 -4 2 3 23 10 0 3 3 10 2 1 5 11 1 1 0 13 9 1 2 1 0.42 1.82 19 W -4 -4 -4 -5 -1 -4 -5 -5 1 -4 -4 -6 -4 2 -6 -4 -4 12 1 -4 2 1 1 1 1 0 0 1 3 1 1 0 0 7 0 1 1 76 3 1 3.17 1.79 20 P -3 -3 -2 -2 -3 -1 -2 -4 -5 -3 -2 -1 -3 -4 8 -1 -1 -3 -4 -4 1 1 2 2 1 3 2 1 0 1 4 4 1 1 68 3 3 0 1 1 1.68 1.77 21 S -1 0 -1 -2 -3 -1 2 -2 5 -1 -1 2 -2 1 0 0 0 0 1 -2 5 5 3 2 0 2 12 3 15 4 5 11 1 6 4 8 5 1 6 2 0.29 1.76 22 S -1 0 2 2 -2 -1 0 0 1 -3 -4 0 -1 -2 -1 2 1 -2 2 -3 6 5 8 12 1 3 7 7 4 2 1 6 2 1 2 16 7 1 8 2 0.24 1.76 23 V 1 0 -1 -1 5 -2 -2 -2 1 1 0 -1 0 1 -5 2 -1 0 1 -1 10 4 3 3 11 1 2 2 4 7 11 3 3 7 0 13 4 1 5 5 0.22 1.69 24 P -1 0 0 -2 1 0 -1 -1 0 -1 -3 2 -2 -3 3 2 0 2 -2 -2 6 5 4 2 3 5 4 4 3 3 2 14 1 1 16 16 5 3 1 3 0.28 1.66 25 V 0 -3 -3 -3 6 3 -3 -3 1 1 1 -2 -1 -3 0 -2 -1 -2 -1 2 7 1 1 2 17 13 2 2 4 8 11 3 2 1 4 2 3 1 2 16 0.45 1.63 26 Q -2 0 3 1 -2 -1 -2 -3 0 -2 -2 0 -2 -2 -2 2 4 -2 -3 -3 2 6 12 7 1 2 1 1 2 2 4 7 1 2 2 18 26 0 1 1 0.43 1.61 27 P 0 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 -3 1 -3 -4 7 0 -1 -6 -3 0 7 1 1 1 1 2 1 1 1 5 1 10 1 1 50 6 3 0 1 7 1.09 1.62 28 E -1 0 0 1 -3 0 5 -4 0 -2 -1 1 -1 -2 -3 0 -2 -2 1 -2 4 6 4 6 1 4 36 1 2 2 6 9 1 1 1 5 2 1 6 2 0.46 1.54 29 Q -1 2 0 2 -2 2 1 -3 -1 0 -2 2 -2 -2 -2 -1 0 1 -3 -1 5 11 4 10 1 11 10 1 1 6 4 12 1 2 2 5 7 2 1 3 0.21 1.41 30 L -3 -3 -5 -3 -4 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 6 0 -2 -3 -3 -4 -2 -1 2 1 0 2 0 0 0 0 0 3 59 0 20 4 2 2 0 0 1 2 1.05 1.33 31 A 6 -4 0 -4 1 -3 -3 -3 -4 -2 -4 -3 -1 -4 -3 1 -1 -5 -4 -1 69 0 4 0 2 0 0 0 0 2 1 0 2 0 0 11 2 0 0 4 1.05 1.36 32 S 1 1 -1 -1 -2 0 3 -2 1 0 -2 1 -2 -3 -3 1 -1 2 -1 -1 11 8 3 3 1 4 23 2 3 5 4 10 1 1 1 11 2 3 2 3 0.27 1.46 33 A 5 -4 -2 -3 3 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 3 -2 -4 1 -1 -4 0 -1 56 0 2 2 6 1 0 2 1 1 2 0 7 1 0 9 2 0 3 3 0.81 1.46 34 G -2 -1 0 -1 2 -4 -1 7 -4 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 0 4 4 4 5 0 4 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.48 1.27 35 F -2 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -5 1 -3 1 -4 1 7 -5 -2 -4 5 2 -3 4 0 0 0 0 4 0 0 3 0 14 0 4 53 0 4 0 7 4 0 1.24 1.46 36 Y -2 -1 -4 -5 1 -1 -2 -5 0 1 -2 0 0 4 -5 -2 -2 -2 6 0 3 3 0 0 4 2 3 0 2 8 3 7 3 19 0 3 3 0 30 6 0.73 1.45 37 Y -1 0 0 0 3 1 -4 -5 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 4 1 0 6 6 5 6 5 5 0 0 5 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.18 1.89 38 V -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 39 G -2 -3 -1 -2 1 -3 -3 6 -2 -5 -4 -2 -2 -5 4 -1 -3 -5 -3 -4 2 1 3 2 3 1 1 54 1 0 2 2 1 0 18 4 2 0 1 1 1.08 1.79 40 R -3 0 2 -1 0 0 1 -2 2 -1 -2 1 -1 -1 0 1 1 1 0 0 1 6 9 3 2 3 9 3 4 4 5 10 2 3 4 11 10 2 3 6 0.12 1.77 41 N 0 0 1 1 -1 0 2 2 -1 -3 -4 2 -2 -2 1 -1 -1 -5 -3 -2 7 4 8 9 1 4 14 15 1 1 2 12 1 2 7 5 3 0 1 4 0.25 1.70 42 D -2 -2 0 7 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -4 0 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -3 -3 4 2 4 64 1 1 2 3 1 1 2 5 1 1 0 3 2 0 1 2 1.21 1.64 43 D 0 2 1 0 1 2 2 1 0 -1 -2 0 0 -2 -4 -1 0 0 -1 0 7 10 7 5 3 8 11 9 2 4 3 6 2 2 0 4 6 1 2 6 0.12 1.60 44 V 1 -4 -4 -4 2 -4 0 -2 -4 0 -2 -2 0 0 -1 -2 2 -4 -1 5 11 0 0 0 5 0 5 2 0 4 3 2 2 3 3 3 11 0 2 41 0.54 1.47 45 K -2 2 -2 -4 1 3 -1 -4 -1 1 -2 2 1 -2 -2 0 1 0 2 -1 3 10 2 0 3 15 4 1 2 8 4 13 3 2 2 7 10 1 6 5 0.27 1.50 46 C -3 -1 -5 -5 10 -5 -5 -2 -5 0 -4 -5 -4 -4 -5 -1 -3 4 0 -3 1 4 0 0 71 0 0 4 0 5 1 0 0 0 0 4 0 5 4 0 2.23 1.50 47 F 0 -4 -2 -3 0 -2 -3 -3 0 -1 -2 -2 -1 6 1 -2 -2 1 3 -1 10 0 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 2 41 7 2 2 2 10 4 0.77 1.52 48 C -1 -3 -2 -3 4 -1 -1 -3 2 -2 -1 -2 0 5 -5 0 -2 1 4 -1 5 1 1 2 10 3 5 1 5 2 5 2 2 23 0 8 2 2 17 4 0.58 1.64 49 C -3 -2 -2 0 11 -5 -3 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -2 -5 -2 -4 2 -1 -4 0 2 2 5 76 0 2 0 0 0 0 0 0 2 0 3 0 3 2 0 2.41 1.53 50 D -2 -1 3 2 -2 -1 -1 4 0 -5 -2 0 -2 2 -3 -1 -2 -5 -2 -4 3 4 12 13 1 2 3 28 3 0 5 5 1 9 1 5 2 0 1 1 0.44 1.61 51 G -1 0 0 -2 3 0 -1 2 0 1 0 2 1 0 -5 -2 -1 -5 1 1 4 5 4 2 6 3 5 15 2 7 8 11 4 4 0 3 3 0 4 9 0.13 1.89 52 G 0 0 -1 0 2 1 1 1 1 -1 -1 0 -1 -2 -2 1 0 3 -1 0 7 5 3 5 4 6 10 11 3 4 5 5 2 2 2 9 5 3 2 7 0.08 1.83 53 L -2 -4 -1 -2 -4 -4 -4 -5 0 2 4 -1 2 0 -5 -2 -2 2 1 1 4 0 3 3 0 0 0 1 3 10 41 4 6 4 0 3 3 2 4 8 0.55 1.82 54 R -2 2 -1 2 0 0 1 0 2 -3 -3 2 0 0 -5 1 -1 2 1 -2 3 10 3 13 2 4 9 6 4 2 2 10 2 4 0 10 3 3 5 4 0.23 1.89 55 C -2 -2 4 3 2 -1 0 3 0 -2 -4 0 0 -2 -3 0 -2 -5 -1 -5 3 2 20 17 4 3 5 19 2 3 2 6 3 2 1 6 2 0 2 0 0.48 1.91 56 W -3 -5 -6 -6 -1 -2 -5 -5 -5 -3 -2 -3 -4 1 -6 -4 -3 12 1 -3 2 0 0 0 1 2 0 0 0 2 5 1 0 5 0 2 2 74 3 1 3.02 1.89 57 E -2 0 1 1 -2 1 5 -3 -1 -2 -2 1 -1 -3 -3 0 -1 -1 -2 -2 3 6 5 7 1 6 36 2 1 3 4 8 2 1 1 5 4 1 1 3 0.48 1.88 58 S 0 1 -1 0 -1 0 1 -3 0 -2 -2 0 -2 0 4 0 -1 -5 -2 -1 9 7 2 4 2 3 11 1 3 3 5 6 1 4 24 6 4 0 2 4 0.35 1.92 59 G -2 -1 2 3 0 -1 0 3 1 -4 -4 0 -3 -2 -2 0 1 -6 -2 -4 3 4 11 16 2 2 7 25 4 1 2 4 1 2 2 5 8 0 1 1 0.43 1.93 60 D -3 -1 -1 7 -3 -2 1 -4 -1 -6 -4 -2 -2 -2 -5 -2 -3 -1 -4 -4 2 3 2 67 1 1 10 1 1 0 2 1 1 2 0 2 1 1 1 1 1.43 1.92 61 D -4 -2 3 6 -1 -2 1 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -4 -2 -1 -2 -6 -5 -2 1 2 11 51 2 1 8 1 1 4 3 2 1 1 2 4 2 0 0 3 0.99 1.92 62 P 0 -5 -5 -4 -1 -4 -4 -5 -5 -1 -2 -4 -4 -5 8 -1 -1 -6 -5 0 9 0 0 0 2 0 0 0 0 3 3 0 0 0 67 5 3 0 0 6 1.72 1.80 63 W -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 64 V -1 0 0 0 1 1 2 -2 2 0 -2 1 0 -1 -2 0 0 3 0 0 5 5 5 5 2 5 11 3 4 6 4 9 3 3 3 7 6 4 4 6 0.09 2.15 65 E -2 0 -2 -1 0 1 6 -3 0 0 -3 -1 0 -2 -5 -2 -2 1 -1 -1 2 4 2 3 2 5 49 2 2 5 3 2 2 2 0 2 3 2 2 4 0.74 2.11 66 H -2 -3 -1 0 -5 -1 -3 -5 10 -2 -5 -2 -4 -4 -2 -2 -4 -5 1 -5 3 0 3 6 0 3 0 0 69 3 0 3 0 0 3 3 0 0 3 0 2.00 1.82 67 A 2 2 -1 -1 1 -1 -1 -3 -1 -1 -1 2 -1 -1 -4 -1 0 -5 1 -1 21 13 3 4 4 3 4 2 2 3 6 14 2 2 0 4 5 0 5 5 0.24 1.83 68 K -2 4 -1 -2 1 -1 -1 -4 -1 0 -2 5 -1 -3 -3 -1 -2 0 -2 -2 3 24 2 2 3 2 3 1 1 5 5 31 2 1 1 4 3 1 1 3 0.58 1.90 69 W -1 2 -2 -5 2 -2 -3 -4 7 -3 -1 -2 0 2 -3 -3 -3 8 1 -3 4 9 2 0 4 2 2 1 26 1 8 2 2 7 2 2 1 19 4 1 1.03 1.92 70 F -1 -1 1 -3 0 0 -2 -2 1 -4 -3 -1 -1 4 -1 4 -2 -4 1 -3 5 3 8 1 2 4 2 2 4 0 3 4 2 20 4 30 2 0 4 2 0.52 1.92 71 P -2 -2 0 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -4 0 -2 -6 7 2 -2 -6 -5 -4 3 2 4 4 1 2 3 2 1 2 1 6 1 0 50 13 2 0 0 1 1.14 1.90 72 R -2 2 3 2 -1 1 0 -1 2 -3 -4 2 -2 -3 -3 1 -1 -1 -2 -3 3 11 16 10 1 5 7 6 4 1 2 13 1 1 1 9 4 1 2 1 0.34 1.97 73 C -4 -4 -5 -3 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -2 -5 -6 -2 -4 0 -2 -4 0 1 0 2 88 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 1 2 0 3.14 1.85 74 E 1 -1 -2 -1 0 0 2 0 0 -2 -2 0 -2 0 3 0 -1 -5 1 -2 12 4 1 3 2 4 13 8 2 3 3 5 1 5 16 7 3 0 5 3 0.22 1.87 75 F -5 -3 -3 -6 -1 -5 -3 -6 1 -1 0 -5 1 7 -6 -5 -5 5 5 -3 0 1 1 0 1 0 2 0 3 3 7 0 3 52 0 0 0 8 17 1 1.52 1.81 76 L 0 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -6 3 3 -2 2 2 -6 -4 -4 -5 -2 4 9 0 1 0 0 0 0 0 0 13 32 3 4 9 0 1 0 0 1 26 0.77 1.77 77 I -2 1 1 -4 -3 1 -2 -5 -1 2 3 1 -1 -3 -5 0 -1 -5 1 0 3 8 6 1 0 7 2 1 1 10 30 10 1 0 0 6 3 0 5 6 0.34 1.76 78 R -2 1 1 -1 1 1 -1 -3 1 0 3 0 2 -3 -4 -1 -1 0 -1 -1 3 6 8 3 2 7 4 2 3 5 27 7 6 1 1 5 3 1 2 4 0.24 1.76 79 M -3 2 1 -3 -1 1 -1 -1 -1 0 0 2 4 -3 -3 0 -1 -5 -3 1 1 12 6 1 1 6 4 5 2 6 8 13 11 1 1 7 4 0 1 10 0.25 1.76 80 K -3 1 -1 -2 3 -1 1 -2 -3 -4 -3 6 -1 -5 -2 -2 -3 -6 -3 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