Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -2 6 -1 -2 -5 4 0 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 67 0 0 0 28 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.44 2 K -3 2 1 -2 -5 1 0 -4 -2 -4 -3 6 -1 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 0 7 6 0 0 5 2 0 0 0 3 71 2 0 0 0 4 0 0 0 1.05 0.80 3 G 0 -3 0 5 -5 1 3 0 -3 -5 -5 -2 -4 -5 1 1 -1 -5 -4 -4 7 0 4 34 0 6 23 6 0 0 0 0 0 0 6 9 4 0 0 1 0.68 0.88 4 W -4 -5 -5 -6 1 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -4 -1 -6 -1 -4 12 0 -5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 90 0 0 3.39 0.94 5 H -3 4 0 -3 -5 2 -2 -4 9 -5 -4 1 -3 -4 -4 -3 -2 -4 0 -5 0 25 3 0 0 8 0 0 53 0 0 6 0 0 0 0 1 0 2 0 1.42 0.96 6 E 2 1 -1 -1 -4 3 3 -2 0 -2 -2 1 0 -4 -3 -1 0 2 -3 -2 16 9 2 2 0 13 21 3 2 2 4 8 3 0 0 3 6 3 0 2 0.32 0.96 7 H 0 -3 0 2 -4 1 2 0 2 -3 -3 0 -3 0 -1 2 1 -4 -2 -4 8 0 3 11 0 7 13 8 5 1 1 5 0 4 2 18 11 0 1 0 0.29 0.97 8 V -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 4 1 -5 0 2 -2 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 9 0 1 8 2 0 2 0 0 59 1.00 0.96 9 T -2 -2 1 0 -3 -1 -1 -3 -3 -3 -4 1 -3 -4 1 1 5 -4 -4 -1 2 0 7 5 0 2 2 0 0 0 1 11 0 0 8 11 47 0 0 3 0.66 0.90 10 Q -2 1 1 -1 -4 3 1 -2 -3 -2 -2 1 2 1 4 0 0 -4 -3 -3 2 7 7 3 0 13 10 3 0 2 3 7 6 8 18 5 5 0 0 0 0.33 0.91 11 D -3 1 2 5 -4 1 2 -2 -3 -3 -4 -1 -4 -5 1 1 0 -5 -4 -3 0 7 9 37 0 5 12 2 0 1 1 3 0 0 6 9 6 0 0 1 0.63 0.91 12 L -3 -3 -4 -1 -4 1 1 -5 1 2 4 -2 3 -2 -4 -4 -3 -4 0 -1 0 0 0 3 0 6 9 0 4 13 50 2 7 0 0 0 0 0 3 0 0.61 0.95 13 R -3 7 0 -3 -5 -1 -2 -4 1 -5 -4 0 -3 -5 0 -3 -3 0 -3 -4 0 82 5 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 0 1.53 0.95 14 S -2 0 5 0 -4 -1 -1 -3 4 -1 -3 0 -3 -4 -4 3 -1 -5 -1 -1 1 5 30 5 0 1 2 0 9 5 2 5 0 0 0 23 3 0 2 4 0.54 0.95 15 H -1 1 0 0 -4 -1 -1 -4 8 0 -1 0 -3 -3 -4 -3 0 -4 2 -3 4 9 5 4 0 1 3 0 43 5 7 5 0 0 0 0 5 0 6 0 0.84 0.95 16 L -3 -4 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 3 1 -5 -2 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 4 0 0 0 0 8 55 0 9 7 0 3 0 0 0 12 0.82 0.95 17 V 0 1 0 -4 -3 -4 -4 -5 -4 4 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -5 -3 5 6 9 6 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0.86 0.95 18 H -3 2 1 -1 1 3 1 1 6 -1 -3 -1 -1 -4 -4 0 -2 -5 -1 -3 0 11 8 3 3 15 7 13 19 4 3 2 2 0 0 6 1 0 2 1 0.45 0.98 19 K -3 3 0 0 -5 1 0 -4 -3 -5 -5 6 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 13 3 6 0 6 2 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 1.23 0.98 20 L -3 -4 0 -5 -4 -1 -5 -6 -5 3 4 -4 4 0 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 6 0 0 3 0 0 0 20 49 0 10 4 0 0 0 0 0 9 0.80 0.98 21 V 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -4 3 0 -4 2 -2 -4 -2 1 -3 2 4 8 0 0 0 0 0 1 5 0 18 7 0 6 0 0 3 7 0 8 34 0.52 1.00 22 Q -1 1 -1 1 -4 4 2 -2 0 -2 0 3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -2 5 6 2 7 0 21 13 2 2 2 10 18 0 0 0 7 2 0 0 2 0.39 1.00 23 A 4 0 -1 -3 -3 -3 -1 0 -3 0 -1 -1 1 -1 -3 -1 0 -3 2 0 41 5 2 0 0 0 3 5 0 5 7 2 4 2 0 2 7 0 7 5 0.35 0.91 24 I -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 4 2 -4 -4 -3 -3 -2 2 1 0 0 0 0 0 1 1 0 41 22 0 10 9 0 1 1 0 0 12 0.80 0.91 25 F -1 1 -3 -4 3 -3 -3 -4 -3 1 1 -3 2 4 -4 1 -2 3 1 1 4 9 1 1 6 1 1 1 0 8 11 1 5 22 1 12 1 4 4 9 0.39 0.88 26 P -2 -3 -3 -3 -4 2 -2 -1 -3 -4 -4 0 -3 -4 7 1 0 -4 -4 -3 1 1 1 1 0 10 1 5 0 1 1 5 0 0 55 11 6 0 0 1 1.23 0.88 27 T 0 -1 3 -1 3 -1 0 -1 -3 -1 -4 -3 -3 -2 -1 0 4 -4 -1 -1 7 4 14 2 7 3 6 5 0 5 1 0 0 2 3 6 31 0 2 3 0.41 1.23 28 P -2 -4 -1 -2 2 0 -2 -2 -4 -1 -3 -3 -4 -1 7 0 -1 -5 -2 0 2 0 3 2 4 4 3 3 0 4 2 0 0 3 51 6 4 0 1 6 1.04 1.23 29 D -3 -3 3 6 -5 -3 -1 -2 -3 -4 -5 0 -4 -5 0 1 -3 -5 -1 -2 1 0 16 49 0 0 2 2 0 0 1 6 0 0 4 11 0 0 2 3 0.97 1.24 30 P -2 0 -4 -1 -5 -1 -1 -4 -4 -2 -2 -2 -4 -4 7 -2 -3 -5 -1 0 2 6 0 4 0 2 4 0 0 3 4 2 0 0 58 3 0 0 3 6 1.29 1.27 31 A 2 -2 2 -1 -4 1 2 -1 0 -1 -3 -2 0 -1 -2 2 -1 -5 -1 -3 18 2 10 3 0 7 13 3 3 5 3 1 2 3 2 17 4 0 3 1 0.26 1.29 32 A 5 -3 -3 -1 -3 -1 0 -3 -4 -2 -3 -3 1 -1 1 1 1 -4 -2 -3 50 0 0 4 0 2 7 1 0 2 1 0 4 2 6 7 10 0 1 1 0.64 1.24 33 L -1 -3 -1 -4 -3 1 -3 -1 -1 0 2 -1 6 0 -4 -1 -2 0 2 0 6 1 3 1 0 7 1 6 1 5 23 4 22 3 1 4 2 1 7 4 0.43 1.19 34 K -2 -1 3 1 0 1 -1 -2 2 -3 0 3 2 -2 -4 0 0 -4 0 -3 3 3 15 7 2 5 4 2 5 1 10 17 5 1 1 8 7 0 4 1 0.27 1.21 35 D -3 -3 1 7 -5 2 2 -1 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -5 0 -4 1 0 6 57 0 11 11 4 0 0 3 1 0 0 0 1 1 0 3 1 1.13 1.23 36 R 1 2 2 0 -1 1 2 -2 -1 -2 -2 2 -3 -4 2 0 -2 -5 -4 -1 10 10 9 5 1 6 14 3 2 2 3 12 0 0 11 6 1 0 0 5 0.26 1.23 37 R -3 7 -3 -3 -4 2 1 -3 -2 -4 -1 0 -3 -4 0 -3 -2 -4 -3 -4 1 60 1 1 0 9 8 2 0 1 5 4 0 0 4 1 2 0 0 1 1.09 1.16 38 M -3 -1 -4 -4 -3 0 -2 -4 0 2 1 -1 8 0 -1 -3 -1 -4 -3 0 1 4 1 1 0 4 3 1 3 12 12 4 40 3 3 1 4 0 0 4 0.80 1.17 39 E -2 -1 2 1 -1 1 2 -2 4 -1 -2 3 1 -4 -4 -3 -2 -4 -1 0 2 3 10 7 2 5 14 2 9 4 4 21 4 0 0 1 2 0 2 7 0.35 1.22 40 N -2 1 4 2 -4 0 1 -1 -3 -2 -4 1 2 -4 -4 1 1 -5 -1 -4 3 7 24 13 0 3 7 4 0 3 1 7 5 0 0 10 9 0 2 0 0.43 1.24 41 L -4 -4 -5 -5 1 -4 -1 -5 -5 2 4 -4 -1 2 -5 -4 -3 3 -3 2 0 0 0 0 4 0 6 0 0 13 49 0 0 8 0 0 0 4 0 13 0.80 1.26 42 V -3 -1 -2 -4 0 -4 -2 -2 -4 5 1 -1 2 1 -4 -4 -1 -4 -3 3 0 4 2 0 2 0 3 4 0 32 11 3 6 5 0 0 4 0 0 23 0.55 1.08 43 A 3 1 0 -1 -4 3 3 0 0 -4 -2 0 -3 -5 -4 1 0 -5 -4 -4 28 6 3 2 0 13 18 5 2 0 4 5 0 0 0 8 5 0 0 0 0.42 1.11 44 Y -4 -1 0 -1 1 -3 -4 -5 1 -1 -3 -1 -3 2 -4 -3 -3 -1 8 -2 0 3 4 5 3 0 0 0 2 3 1 5 0 7 0 0 0 0 64 2 1.36 1.07 45 A 6 -4 -4 -4 2 -3 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 0 69 0 0 0 3 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 12 0 0 0 7 0.98 1.10 46 K -2 6 -1 -3 -5 0 1 -4 1 -4 -4 3 -1 -5 -4 -3 -1 0 -4 -2 3 53 2 0 0 4 9 0 3 0 0 16 2 0 0 0 3 2 0 4 0.99 1.10 47 K -3 1 1 -1 -5 0 0 -4 -3 -1 -4 6 -1 -5 -4 1 -1 -5 0 -4 0 6 7 3 0 2 6 0 0 5 0 53 1 0 0 11 3 0 3 0 0.82 1.14 48 V -1 -4 -5 -5 1 -4 -2 -5 -4 3 0 -4 2 2 -4 -4 -2 -4 -3 5 5 0 0 0 3 0 4 0 0 18 6 0 5 9 0 0 2 0 0 45 0.73 1.07 49 E -3 -2 -2 -1 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.78 1.07 50 G -1 3 0 0 -2 0 -1 3 -3 -2 0 1 -2 -4 -4 1 -1 -4 -4 -2 5 15 4 5 1 4 3 23 0 2 9 10 1 0 0 14 2 0 0 3 0.30 1.07 51 D -1 0 0 4 -4 3 3 0 -2 -4 -3 0 0 -4 -3 -1 0 -4 0 -3 6 4 4 22 0 12 20 6 0 1 3 5 3 0 1 3 6 0 3 1 0.42 0.94 52 M 1 -1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 0 -3 6 0 -3 -1 2 -3 -2 2 10 4 1 1 0 1 1 1 0 13 6 1 26 4 1 5 14 0 0 13 0.47 0.81 53 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -2 0 1 -2 5 -4 -3 -3 -1 7 -2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 10 10 0 30 1 1 1 0 41 1 1.06 0.81 54 E -2 0 0 1 -4 1 4 -1 1 0 -3 1 -3 -4 -3 1 -1 -4 -3 -1 1 5 4 6 0 4 34 4 4 7 1 7 0 0 1 13 3 0 0 4 0.40 0.81 55 S 0 0 0 -3 -3 1 1 -1 -3 -1 -1 1 4 -3 1 0 2 -4 -3 -1 6 6 4 1 0 5 11 5 0 4 4 8 12 0 7 7 15 0 0 4 0.22 0.96 56 A 5 -3 -3 -3 3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 2 0 -4 -3 -1 61 1 0 1 6 0 1 1 0 1 1 1 0 0 1 18 4 0 0 4 0.85 0.96 57 N -2 0 5 2 2 2 -1 -2 -2 -1 -3 1 -3 -4 -1 0 1 -4 -3 -3 2 4 29 12 5 8 3 3 0 5 3 8 0 0 3 4 7 0 0 1 0.44 0.95 58 S -2 -1 1 4 2 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -3 4 1 -4 -4 0 1 2 6 21 4 0 1 1 0 1 1 3 0 0 1 42 9 0 0 6 0.63 0.94 59 R -3 6 -2 -3 1 3 -2 -4 -2 -2 0 2 2 -4 -1 -1 -1 -4 -3 -3 1 42 0 1 4 13 1 1 0 3 9 11 5 0 3 3 3 0 0 1 0.69 0.94 60 D -1 -2 4 3 -4 0 3 -1 -2 -4 -4 0 0 -1 -1 1 -1 -5 -4 -4 5 0 22 16 0 3 25 4 0 0 0 4 3 3 3 8 3 0 0 0 0.51 0.74 61 E -1 0 1 1 -5 5 5 -4 2 -4 -4 0 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -2 4 4 6 6 0 26 40 0 4 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 4 0.77 0.74 62 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 4 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 82 0 1.89 0.74 63 Y -1 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 2 -3 -1 -4 -2 4 -5 -3 0 -1 8 -1 5 0 0 0 4 0 0 0 4 0 6 0 0 14 0 0 6 0 57 4 1.19 0.84 64 H 0 2 0 -1 0 2 -1 -4 8 -4 -1 0 -3 -3 -4 -1 -1 -4 1 -4 8 13 3 2 2 10 3 0 40 0 6 4 0 0 0 2 3 0 4 0 0.80 0.84 65 L -3 0 -4 -5 -4 -4 -4 -1 -4 0 5 -2 3 -1 -5 -2 -1 -4 -3 -1 0 6 0 0 0 0 0 5 0 2 69 2 7 2 0 2 4 0 0 1 0.81 0.87 66 L -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 2 1 5 -4 3 -1 -4 -4 -3 -4 -3 0 5 0 0 0 0 0 0 0 6 7 64 0 8 2 0 0 0 0 0 5 0.85 0.84 67 A 5 -1 -3 -3 -3 1 -2 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -2 -3 2 -1 -5 -4 -1 68 3 0 0 0 8 0 2 0 0 0 0 0 2 0 12 2 0 0 3 0.86 0.87 68 E -3 0 -1 0 -5 2 5 -2 -3 -2 -1 2 -3 -4 -4 -2 0 -5 -1 -1 0 4 2 4 0 7 45 3 0 2 8 10 0 0 0 0 5 0 2 6 0.56 0.87 69 K -3 2 0 -3 -5 -1 0 -4 2 -1 -4 6 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 0 11 4 0 0 0 3 0 5 4 0 67 0 0 0 0 6 0 0 0 1.02 0.87 70 I 0 -5 -5 -5 3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 2 -1 -5 -4 -1 -4 0 1 7 0 0 0 6 0 0 0 0 63 6 0 5 2 0 0 2 0 3 5 0.95 0.88 71 Y -3 -3 1 0 2 -1 0 -5 2 -3 -2 -3 2 1 -5 -2 -3 -1 7 -2 0 0 8 5 5 3 5 0 3 0 2 0 6 4 0 2 0 0 55 3 1.02 0.88 72 K -1 3 1 -3 -1 2 1 -4 -2 -5 -4 5 -3 0 -3 -2 -1 -5 -3 -4 6 16 7 0 2 8 7 0 0 0 0 45 0 5 0 1 3 0 0 0 0.72 0.88 73 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -4 6 2 -5 3 0 -5 -4 -3 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 13 0 9 2 0 0 0 0 11 4 1.05 0.88 74 Q -2 3 0 -3 -5 6 -1 -2 3 -4 -2 1 -3 0 -4 -1 -2 -4 0 -4 2 20 3 0 0 43 0 3 7 0 5 5 0 4 0 3 2 0 3 0 0.76 0.90 75 K -3 3 -2 -3 -5 1 -1 -4 -3 -4 -4 6 0 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 11 0 0 0 4 0 0 0 0 0 72 3 0 0 4 6 0 0 0 1.14 0.86 76 E -3 0 -2 3 -6 2 6 -3 1 -5 -5 2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 4 0 17 0 9 56 1 3 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.85 77 C -3 -4 -5 -5 -1 -2 -5 -6 -5 3 5 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 14 73 0 7 0 0 0 0 0 0 4 1.00 0.75 78 E -2 -2 -1 4 -5 3 6 -3 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 25 0 16 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.53 K Lambda Standard Ungapped 0.1323 0.3173 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1729 0.3179 PSI Gapped 0.0529 0.2670