Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 4 1 -3 4 -1 -3 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0 0 18 0 0 0 0 0 0 40 0.49 0.15 2 E -2 -1 1 2 -4 3 5 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -4 0 0 7 8 0 11 64 0 0 0 0 7 0 0 0 2 0 0 0 0 0.82 0.33 3 K 0 1 -1 -2 -3 2 -1 -3 -2 -1 -3 4 -2 -4 -2 1 3 -4 -3 -2 9 4 0 0 0 10 0 0 0 6 0 33 0 0 0 11 29 0 0 0 0.45 0.44 4 L -3 -2 -3 -4 -3 4 -2 -4 -2 -1 4 -2 3 -1 -2 -3 -3 2 3 -1 0 0 0 0 0 27 0 0 0 1 46 1 8 0 2 0 0 3 12 0 0.59 0.54 5 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 0 -4 -1 2 -4 -3 -2 -3 2 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 8 3 0 0 10 0 0 0 0 7 66 0.83 0.65 6 Q -3 6 -2 -3 1 2 -1 -4 -1 -3 -4 3 -3 -5 -3 -2 0 -4 -3 -4 0 60 0 0 3 8 0 0 1 1 0 19 0 0 0 0 7 0 0 0 1.03 0.65 7 P -2 -4 -4 -3 -4 -1 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 1 -5 -5 -1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 10 0 0 6 2.03 0.72 8 T -3 2 2 -2 -4 3 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -2 3 -5 -4 -4 0 10 8 0 0 12 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 19 0 0 0 0.85 0.76 9 P 0 -1 -3 2 -4 -2 -1 -4 -4 -3 0 -2 -3 -4 6 -2 -1 3 -4 0 10 3 0 13 0 1 4 0 0 0 13 2 0 0 37 0 4 5 0 8 0.71 0.76 10 L 1 -3 -3 -3 -4 0 3 1 -4 -3 2 0 -2 -4 4 -2 -2 -1 -4 -3 12 0 0 0 0 3 20 11 0 0 23 4 0 0 23 1 1 1 0 0 0.51 0.85 11 L 1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 -1 5 -4 -1 5 -5 0 -3 -3 -1 -2 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0 0 24 0 8 0 0 0 0 0.84 0.85 12 L -3 -3 -5 -6 -1 -4 -5 -4 0 -1 5 -3 3 -2 -5 -4 -3 0 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 2 0 66 1 8 0 0 0 0 1 6 11 0.87 0.87 13 S -1 2 1 -1 -4 2 -1 -3 -1 -4 -1 5 -3 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 4 11 7 2 0 9 1 0 1 0 7 41 0 0 0 10 5 0 0 0 0.58 0.86 14 L -3 -5 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 4 3 -4 -1 3 -5 -4 1 -4 -2 2 0 0 0 0 3 0 0 0 0 30 29 0 0 11 0 0 11 0 0 16 0.72 0.86 15 L -1 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 -1 5 -4 0 0 -5 0 -3 -4 -3 1 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 75 0 0 3 0 7 0 0 0 7 0.93 0.86 16 K -2 3 -2 -2 -5 6 2 -4 2 -5 -5 3 -3 -5 1 -2 -3 -5 -4 -4 3 15 0 0 0 43 10 0 5 0 0 17 0 0 7 0 0 0 0 0 0.94 0.89 17 S 2 -3 -3 0 -4 -1 -2 0 -1 1 0 1 0 -1 1 2 -1 -5 -4 -1 22 0 0 4 0 3 1 6 2 10 7 10 2 2 6 18 3 0 0 2 0.22 0.91 18 A 4 -4 -3 -4 -3 -3 0 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 2 -1 1 -4 2 2 42 0 0 0 0 0 6 9 0 0 0 0 0 0 11 1 8 0 8 16 0.52 0.85 19 G 1 -4 1 -3 -4 -4 -4 6 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 0 11 0 6 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1.32 0.85 20 A 5 -3 1 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 2 -4 -3 1 -2 -5 -4 0 67 0 8 0 0 0 0 2 0 0 0 0 8 0 0 9 0 0 0 7 0.84 0.85 21 Q -3 1 2 0 1 4 2 -3 4 -2 -4 0 -3 -4 1 0 0 -4 -3 -4 1 6 9 4 3 24 14 0 12 3 1 3 0 0 8 5 6 0 0 0 0.49 0.80 22 K -2 1 3 -2 2 2 0 4 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 -2 -3 1 -4 -3 1 6 19 0 5 11 5 29 0 0 1 18 0 0 0 0 0 2 0 2 0.57 0.80 23 E -3 -2 1 4 -4 1 5 -3 -2 -4 -3 1 3 -4 -3 -2 -1 -4 -4 -4 1 0 7 25 0 6 37 0 0 0 1 7 11 0 0 0 2 0 0 0 0.77 0.80 24 T -2 -2 -3 -3 4 -3 0 -4 -4 2 -1 -3 1 -1 1 -2 4 -4 0 3 1 1 0 0 8 0 6 0 0 10 3 0 4 3 8 0 27 0 3 23 0.43 0.80 25 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 -2 2 -4 -2 6 -4 -4 -3 7 3 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 16 0 0 43 0 1 0 16 10 9 1.10 0.80 26 T -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -2 -2 -2 -2 -2 2 6 -3 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 7 2 1 0 1 1 13 53 0 6 8 0.67 0.71 27 M 1 0 -3 1 -3 -3 -3 -3 -3 1 0 -1 3 3 0 -1 -1 -3 2 0 14 5 1 10 0 1 1 1 0 8 9 3 8 11 5 5 3 0 6 8 0.18 0.90 28 K -3 2 -2 0 -4 2 -2 0 -3 -3 -2 4 -3 -4 0 -2 0 5 -3 -1 1 12 0 5 0 11 1 6 0 1 5 31 0 0 4 1 8 9 0 4 0.53 0.97 29 E 1 -2 -2 2 -3 3 2 -3 -2 -2 -2 -2 4 -3 -2 -2 -2 -3 -3 2 15 1 1 15 0 15 15 1 0 1 1 1 15 1 1 1 1 0 0 15 0.36 0.57 30 V -2 -4 -4 -4 3 -3 -4 -4 -4 4 1 -4 3 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 1 0 0 0 6 0 1 1 0 28 10 1 7 0 0 1 1 0 0 42 0.73 0.67 31 L -2 2 -3 -4 4 -2 -3 1 -3 2 1 1 3 -3 -3 1 -2 -4 -3 1 1 11 0 1 10 0 1 11 0 11 11 11 10 0 1 11 1 0 0 11 0.32 0.90 32 Y -3 1 0 -3 -4 2 1 0 5 -1 -1 -2 -3 3 -4 0 -3 -3 1 -1 1 9 5 0 0 9 10 8 14 5 7 1 0 13 0 8 1 0 5 5 0.32 1.06 33 H -3 -3 -3 -4 0 -2 -3 -4 3 -2 0 -3 -2 2 2 -3 -3 0 8 -2 1 1 1 1 3 1 1 1 8 1 8 1 0 5 9 1 1 0 58 1 1.05 0.62 34 L -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 1 5 -3 0 -1 2 -3 -2 -3 -2 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 5 68 1 0 0 11 1 1 0 0 7 0.75 0.62 35 G -1 0 -2 -2 -3 1 -2 5 -3 0 -3 2 -3 -4 -3 1 -2 -3 -3 -3 1 6 1 1 0 7 1 48 0 8 1 13 0 0 1 9 1 0 0 1 0.62 0.62 36 Q -2 0 -1 1 -4 5 2 -3 4 -4 -3 2 -2 -4 -2 2 -2 -3 -2 -3 1 3 1 6 0 32 15 1 10 1 1 11 0 0 1 15 1 0 0 1 0.59 0.62 37 Y -2 -2 -2 -3 5 -2 -3 -3 3 -2 -2 -2 -2 1 -3 -2 -2 0 8 -2 2 1 1 1 12 1 1 2 6 1 2 1 0 1 1 2 1 0 63 1 1.16 0.56 38 I -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 1 -3 2 -1 -3 -3 -2 -3 -2 2 2 1 1 1 0 1 1 2 0 60 12 1 4 1 1 2 1 0 1 8 0.72 0.56 39 M -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 -4 1 0 0 7 2 -4 -1 0 -4 -3 0 5 0 0 0 0 5 5 7 0 8 7 5 31 8 0 5 6 0 0 6 0.55 1.28 40 A 0 1 1 0 -4 2 2 1 -3 -4 -1 0 2 -4 -4 1 1 -5 -4 -1 8 8 7 4 0 10 11 9 0 0 7 4 6 0 0 11 9 0 0 5 0.23 1.31 41 K -2 4 0 -2 -4 0 1 -3 -2 -4 -3 6 -3 -4 -2 -2 -2 -4 -3 -3 1 21 3 1 0 1 7 1 0 1 1 58 0 1 1 1 1 0 0 1 0.90 0.67 42 Q 0 3 -2 -2 -4 5 0 0 0 -3 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -3 -1 -3 7 16 1 1 0 37 4 9 2 1 1 12 2 1 1 1 1 0 3 1 0.58 0.67 43 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -3 0 5 -3 0 1 -3 -3 0 -3 -2 -1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 76 1 0 5 1 1 7 0 0 1 0.84 0.67 44 Y -3 -3 -3 -4 1 -3 -3 -4 -1 -2 -1 -3 2 3 -3 -3 -3 0 8 -2 1 1 1 1 4 1 1 1 0 1 4 1 7 10 1 1 1 0 63 1 1.23 0.67 45 D -3 -3 3 7 -4 -2 -1 -2 -2 0 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 1 1 18 62 0 1 1 1 0 8 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1.07 0.67 46 E -2 -2 -2 -2 3 2 3 -3 -2 -3 -1 2 -2 -4 4 -2 -2 -4 -3 -3 1 1 1 1 7 11 25 1 0 1 7 15 0 1 25 1 1 0 0 1 0.63 0.67 47 K -2 2 2 -2 -3 3 0 -3 1 -3 -1 4 -2 -3 -2 1 -1 -3 -3 -3 1 12 9 1 0 15 5 1 4 1 7 28 0 1 1 9 3 0 0 1 0.44 0.67 48 Q -2 2 3 3 -4 4 2 -3 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 2 10 12 16 0 27 15 1 2 1 1 1 0 1 1 9 1 0 0 1 0.58 0.71 49 Q 0 -1 -2 -2 2 6 0 0 -2 -3 -2 0 -2 -4 4 -2 -2 -3 -3 -3 6 1 1 1 4 43 3 9 0 1 3 5 0 1 19 1 1 0 0 1 0.73 0.71 50 H -3 2 -2 1 -4 -1 -2 -3 8 -3 0 0 -2 -3 1 -1 -2 -3 -1 -3 1 14 1 7 0 1 1 1 41 1 13 6 0 1 6 5 1 0 0 1 0.78 0.71 51 I -3 2 2 -3 -4 -2 1 -4 -3 2 1 -2 3 -2 -4 -3 -3 6 3 1 1 11 10 1 0 0 11 1 0 11 11 1 10 0 1 1 1 10 10 11 0.43 0.90 52 V -2 -3 -3 -3 -2 1 -3 -4 -3 3 0 -3 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -2 5 1 1 1 1 0 9 1 1 0 19 8 1 0 1 1 1 1 0 0 53 0.67 0.66 53 H -3 2 1 1 0 -2 -2 -3 6 -3 -2 -1 -2 1 -3 -2 -2 -2 5 -3 1 10 8 10 2 1 1 1 22 1 4 3 0 6 1 1 1 0 25 1 0.63 0.66 54 C 0 -4 -3 -4 10 -3 -4 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 8 1 1 1 78 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1.94 0.66 55 S 2 -2 -1 1 -3 0 -1 3 1 -3 -3 1 -3 -3 -2 2 -1 -3 -3 -3 18 1 1 8 0 5 3 24 4 1 1 10 0 1 1 18 3 0 0 1 0.37 0.66 56 N -1 -1 5 2 -3 0 0 3 1 -3 -3 0 2 -3 -3 0 -2 -4 -3 -3 3 2 30 11 0 3 5 20 3 1 1 4 8 1 1 5 1 0 0 1 0.48 0.66 57 D -3 -3 1 7 -4 -2 1 0 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 0 -4 1 1 4 65 0 1 9 7 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 4 1 1.04 0.66 58 P -1 -2 -3 -2 -3 1 0 -3 -1 -1 2 0 -1 -2 5 -2 -2 -3 -3 0 4 1 1 1 0 7 8 1 2 1 28 5 0 1 28 1 1 0 1 8 0.49 0.62 59 L -3 -3 -4 -4 3 -3 -4 -4 -4 0 5 -4 0 1 -4 -3 -3 -3 -2 -1 1 1 0 1 8 0 1 1 0 1 76 1 0 6 1 1 1 0 0 1 0.92 0.68 60 G 0 -2 -2 -2 -4 -3 -1 6 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -2 -1 -4 -4 -4 5 2 0 1 0 0 6 75 0 1 1 1 0 0 1 1 4 0 0 1 1.19 0.68 61 E -2 2 2 3 -4 2 3 -1 -1 -4 -4 3 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -4 2 13 9 14 0 7 24 4 1 1 1 17 0 0 1 1 4 0 0 1 0.50 0.68 62 L 0 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 0 4 -3 0 -2 -3 -3 0 -3 -3 3 6 1 0 1 0 0 1 1 0 1 50 1 0 0 1 1 7 0 0 29 0.63 0.68 63 F -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -1 3 -4 0 6 -1 -3 0 -2 0 -2 1 1 0 1 0 0 1 1 0 2 30 1 2 48 4 1 7 0 0 1 0.84 0.68 64 G -2 -1 1 -2 -4 -2 -1 6 -3 -4 -4 0 -4 -4 1 -1 -2 -4 -4 -4 1 4 6 1 0 0 4 62 0 1 1 5 0 0 8 4 1 0 0 1 0.92 0.68 65 V -1 0 -3 -4 5 0 -2 -4 -3 0 1 -3 -1 -2 -3 -3 -1 -4 -3 4 2 7 0 1 15 5 2 1 0 2 16 1 0 0 1 1 3 0 0 41 0.54 0.68 66 Q -3 -2 -1 3 -5 4 1 -3 0 -2 -3 -1 -3 -1 4 0 0 -5 -3 -1 0 0 2 15 0 28 8 1 2 3 2 2 0 4 20 5 5 0 0 4 0.56 0.77 67 E -2 -2 2 0 -4 4 1 -1 0 -5 -5 2 -3 -5 -3 4 -1 -5 -4 -4 0 0 11 4 0 21 5 4 2 0 0 11 0 0 0 39 2 0 0 0 0.64 0.77 68 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 0 0 -5 -1 8 -6 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 8 0 0 88 0 0 0 0 0 0 1.74 0.77 69 S 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 0 1 5 3 -4 -3 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 4 7 64 17 0 0 0 0.82 0.77 70 V -1 -4 -2 -2 -3 -4 -4 -5 -4 3 1 -4 5 -1 -4 -3 -2 -4 -3 5 3 0 3 3 0 0 0 0 0 13 6 0 16 2 0 0 0 0 0 54 0.79 0.77 71 K -1 2 -2 -1 -5 -1 0 -3 -3 -4 -4 6 -1 -4 -3 0 1 3 -1 -4 3 10 0 2 0 0 4 0 0 0 0 60 2 0 0 6 8 5 2 0 0.84 0.77 72 E -1 -3 3 5 -5 -1 5 -3 -2 -4 -2 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -3 5 0 13 38 0 0 39 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0.95 0.75 73 H 0 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 6 -3 -1 -3 -3 0 6 -2 -3 -4 -2 0 10 1 0 0 1 1 0 1 22 0 6 0 0 5 41 1 0 0 0 8 0.95 0.69 74 R -1 5 -1 -2 -3 1 -1 -3 -2 -4 -2 2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -3 2 38 2 1 0 6 1 1 0 1 3 11 0 0 1 28 2 0 0 1 0.62 0.67 75 R -2 2 -1 0 -4 0 -1 -2 -3 -2 -3 3 -3 -4 5 -1 -1 -4 -3 -1 2 11 3 5 0 4 3 3 0 3 2 26 0 0 29 3 2 0 0 4 0.61 0.71 76 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 4 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 47 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0.85 0.74 77 Y -3 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 0 -1 -1 -4 0 4 -4 -2 -3 5 7 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 4 5 0 3 16 0 2 0 7 54 4 1.19 0.73 78 A 2 -3 -1 5 -3 -2 1 -3 0 -2 -3 0 -2 -4 -3 1 2 -5 -4 -3 17 0 0 34 0 0 10 0 2 2 1 5 1 0 0 9 16 0 0 0 0.54 0.72 79 M -2 -1 -4 -4 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