Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 78 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0.83 0.46 2 R -3 7 0 -1 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 81 4 3 0 2 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.62 3 K -2 2 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 7 -1 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 2 0 0 0 1 0 0 0 1.28 0.63 4 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 3 -1 -5 -3 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 6 0 0 2 0 0 0 0 1.13 0.63 5 E -1 -2 -2 -1 -4 2 6 -4 -2 -2 -4 -1 -3 -5 -3 -1 2 -4 -4 -3 5 0 0 0 0 7 70 0 0 3 0 0 0 0 0 2 13 0 0 0 0.96 0.63 6 L -3 -3 -4 -5 -3 0 -4 -5 -4 -1 5 1 1 3 -4 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 67 11 1 16 0 0 0 0 0 0 0.80 0.67 7 T -2 -3 4 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -3 -4 -3 3 5 -5 -3 -2 0 0 23 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 24 50 0 0 0 0.85 0.67 8 K -2 4 -2 -3 -5 1 -1 1 -2 -5 -3 5 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 29 0 0 0 4 0 10 0 0 3 51 0 0 0 3 1 0 0 0 0.90 0.72 9 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -3 0 -3 -4 -4 -2 -3 -4 0 3 -1 -5 -4 -2 70 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 4 20 0 0 0 0 0.91 0.72 10 E -2 -2 -2 -1 -5 1 6 -4 -2 -5 -5 2 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 3 75 0 0 0 0 10 0 0 0 10 0 0 0 2 1.20 0.78 11 D -3 -3 1 7 -5 -2 2 -3 -3 -5 -4 0 -5 -5 -1 1 -3 -6 -5 -5 0 0 6 67 0 0 10 0 0 0 1 4 0 0 3 9 0 0 0 0 1.23 0.81 12 T -1 -4 1 -3 -3 -3 -3 -1 -4 4 -2 -3 -2 -4 1 1 4 -5 -4 0 2 0 7 0 0 0 0 5 0 30 0 0 0 0 8 12 32 0 0 4 0.55 0.82 13 Q -3 0 -1 -2 -5 7 2 -4 2 -5 -4 3 -3 -5 -2 -2 -2 -4 -3 -4 0 2 2 0 0 58 13 0 4 0 0 16 0 0 1 1 1 0 0 0 1.11 0.82 14 L -3 -2 -4 -5 2 -4 -4 -5 3 2 4 -3 -1 0 -5 -4 -3 -3 4 1 0 2 0 0 4 0 0 0 8 11 49 1 0 2 0 0 0 0 14 8 0.70 0.82 15 T 2 -3 1 1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -4 -1 -1 -4 -3 2 5 -4 -1 -3 16 0 7 7 1 1 0 3 0 1 0 2 1 0 0 12 48 0 2 0 0.66 0.86 16 K -3 2 2 -3 -5 2 -1 -4 2 -3 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -4 0 7 8 0 0 8 0 0 5 2 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.86 17 R -3 6 -2 -2 -5 3 3 -4 -1 -5 -2 1 -3 -5 0 -3 -3 -5 -4 -4 0 50 1 0 0 13 22 0 1 0 3 5 0 0 4 0 0 0 0 0 0.99 0.87 18 V -3 -1 -4 -4 -3 -3 -4 -5 3 2 2 0 3 -2 -4 0 0 -4 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 9 11 23 7 10 0 0 8 5 0 3 22 0.43 0.86 19 K 0 2 -3 -3 -5 0 1 -4 -3 -5 -4 6 -4 -5 1 -2 -3 4 -3 -4 8 10 0 0 0 2 10 0 0 0 0 55 0 0 8 0 0 7 0 0 0.93 0.86 20 N -2 1 4 -2 0 2 1 -3 5 -1 -4 1 -3 -4 -4 1 0 -5 -2 -3 2 8 25 1 2 8 7 0 17 5 0 8 0 0 0 8 6 0 1 2 0.54 0.86 21 A 5 -3 1 -3 -1 -3 -1 0 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -3 2 -1 -4 2 -3 51 0 8 0 1 0 4 4 0 0 5 0 0 0 0 16 2 0 9 0 0.61 0.86 22 A 5 -4 0 -4 4 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 1 -3 1 1 -4 -3 -2 62 0 5 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 10 8 0 0 0 0.82 0.86 23 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -3 2 -2 -5 -4 1 66 0 0 0 0 0 0 8 0 0 6 0 0 0 0 12 0 0 0 8 0.83 0.86 24 N -2 4 6 0 1 -2 -2 -3 3 -4 -3 -1 -3 -4 0 0 -1 -4 -3 -4 1 25 42 4 3 0 0 1 6 0 2 1 0 0 4 6 3 0 0 0 0.80 0.80 25 V -2 -3 -3 -4 2 -3 -3 0 3 1 -1 1 -2 -3 2 -3 -2 -4 -3 5 1 0 0 0 4 0 0 9 8 4 2 9 0 0 9 1 0 0 0 51 0.58 0.80 26 L -3 -3 1 -4 -3 1 -3 0 -3 1 4 -3 1 -2 -4 -3 -3 -4 -3 1 1 0 9 0 0 8 0 9 0 6 54 0 2 0 0 1 0 0 0 8 0.56 0.80 27 R -1 5 -3 -3 -5 4 0 -3 -2 0 0 2 -2 -4 -4 -3 -3 -5 -4 -3 5 41 0 0 0 24 4 1 0 7 8 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.86 28 E 0 -2 1 2 -5 3 5 -4 3 -4 -3 -2 -3 -5 -3 0 -2 -5 -3 0 6 0 5 11 0 12 39 0 8 0 2 0 0 0 0 8 1 0 0 8 0.63 0.86 29 T 2 2 1 0 3 -2 -3 0 -3 -1 -4 -2 -3 -4 0 1 4 -5 -4 -3 16 13 8 4 6 0 0 6 0 5 0 0 0 0 4 7 30 0 0 0 0.43 0.86 30 W -1 -1 -5 -5 -4 -4 -4 -2 2 -4 -3 -4 0 4 -5 -4 -4 10 3 -4 8 4 0 0 0 0 0 4 6 0 0 0 3 16 0 0 0 51 7 0 1.80 0.86 31 L 0 2 -4 -5 -4 -3 -4 -5 2 1 3 -1 4 2 -4 -3 0 -4 -2 -2 7 13 0 0 0 0 0 0 5 8 36 3 12 10 0 0 7 0 0 0 0.48 0.83 32 I -1 -4 -1 -4 1 -3 -4 -4 -3 4 2 -4 -1 4 -4 0 1 -3 1 1 4 0 3 0 3 0 0 1 0 26 21 0 0 17 0 6 8 0 4 6 0.43 0.78 33 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 5 -2 1 -3 -2 1 -4 0 -3 4 6 0 1 0 0 0 0 0 0 1 18 0 18 0 0 4 0 9 0 5 34 8 0.79 0.78 34 K 0 2 -3 -3 -4 -1 -2 -4 -3 -3 2 5 -2 2 -3 -2 -3 -4 -2 -3 7 12 0 0 0 0 0 0 0 0 21 47 0 10 0 0 0 0 0 0 0.65 0.79 35 N -2 -4 1 -4 4 -1 -3 -4 8 -2 -2 -4 -3 2 -1 -2 -1 -3 4 -1 3 0 6 0 9 2 0 0 35 2 4 0 0 7 4 2 4 0 16 4 0.97 1.28 36 T -2 2 -1 -3 -4 0 -3 -4 2 -3 0 1 -3 -4 -4 0 5 -5 -4 1 3 13 3 0 0 3 0 0 6 0 9 9 0 0 0 7 35 0 0 9 0.54 1.26 37 K -3 4 -1 -3 1 2 -2 -4 -3 -3 -2 4 -3 0 1 -1 1 -4 -3 -4 1 19 3 0 3 7 1 1 0 1 4 31 0 4 6 4 9 0 0 1 0.53 1.22 38 L 0 0 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -1 3 -2 3 -2 0 1 -1 -3 -1 -2 8 6 1 1 0 1 1 5 0 2 35 2 8 1 4 13 4 0 2 1 0.30 1.10 39 V 0 -1 -3 -2 3 -3 -3 1 0 -1 0 -1 3 0 -3 0 -1 -3 -3 3 8 4 1 3 6 1 1 11 3 2 8 3 6 4 1 8 3 0 1 20 0.16 1.33 40 K -1 2 1 0 0 0 0 -1 -1 -1 -1 3 -3 -1 1 -2 0 -4 -3 -3 4 10 6 5 2 4 7 5 2 3 6 19 0 3 7 2 6 0 0 1 0.15 1.38 41 K -2 3 -3 -3 -1 -2 -1 -1 1 -5 -5 5 -4 -5 2 0 -1 -5 -4 -4 2 17 0 0 1 0 3 5 4 0 1 39 0 0 9 6 4 0 0 0 0.69 1.51 42 I -1 3 -2 -4 -4 -3 -4 1 -4 0 -2 1 -1 1 2 -1 -1 -4 0 2 4 17 2 0 0 0 0 10 0 6 4 8 1 5 9 3 3 0 4 16 0.22 1.53 43 D -1 -1 4 5 -5 0 0 -4 1 -5 -3 -1 -4 -5 -1 1 -2 -6 -5 -5 4 4 19 34 0 3 5 0 3 0 3 3 0 0 3 9 2 0 0 0 0.68 1.55 44 H 0 -2 -1 0 2 0 1 -1 5 -4 -2 -2 -4 0 2 1 -1 -5 -1 -2 7 2 2 4 4 4 9 5 15 0 4 1 0 4 11 12 3 0 2 4 0.26 1.52 45 A 2 2 -2 -4 -4 -3 -2 2 1 -1 0 -2 1 -4 0 1 0 -5 -4 -4 17 13 2 0 0 0 2 17 3 3 9 2 3 0 5 10 6 0 0 0 0.24 1.53 46 K -1 6 -3 -4 -5 0 0 -3 -3 -4 -1 3 -1 -5 -2 0 -2 -5 -4 -2 5 38 0 0 0 4 6 2 0 0 7 16 1 0 1 6 2 0 0 3 0.63 1.52 47 V 1 -1 -2 -5 -4 -4 -4 -5 3 2 1 -4 0 -2 -4 0 -1 -5 -3 4 10 3 2 0 0 0 0 0 8 10 15 0 2 2 0 8 4 0 0 27 0.39 1.51 48 R -2 7 -3 -4 -5 -2 -1 -4 1 -4 0 -1 1 -4 0 -3 -3 -5 -4 -4 2 63 0 0 0 0 3 0 3 0 10 0 3 0 4 0 0 0 0 0 1.10 1.33 49 K -1 2 -3 -3 0 1 0 -1 1 0 0 3 1 2 -4 -1 0 -4 -3 -2 6 11 0 0 2 5 7 6 3 6 10 19 4 8 0 4 6 0 0 3 0.20 1.07 50 H -3 0 -2 -3 5 -2 0 -4 9 -4 -2 1 -3 -3 -4 -1 -3 -4 2 -4 1 3 0 0 12 0 6 1 50 0 5 9 0 0 0 4 0 0 6 1 1.24 1.07 51 Q 0 -1 -2 -3 -4 6 -1 0 3 -3 -3 -2 2 -4 -3 1 0 -4 -3 0 7 3 0 0 0 44 1 9 6 0 1 0 5 0 0 8 5 0 0 8 0.70 1.07 52 R -2 6 1 -3 2 1 -2 -3 1 -3 0 1 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 3 42 8 1 4 7 1 1 4 1 9 7 0 0 1 3 6 0 0 1 0.66 1.02 53 K -3 3 1 -3 4 -2 -2 -3 1 -2 -4 5 -3 -3 2 -1 0 -4 2 -3 1 14 6 1 8 0 1 1 4 3 1 35 0 0 10 2 6 0 7 1 0.59 0.97 54 F -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -1 3 -4 1 5 -4 -3 -1 -3 -1 2 6 0 0 1 0 0 1 1 0 0 35 1 3 32 0 1 5 0 0 13 0.75 0.97 55 L -3 -4 -4 -4 5 -3 -1 -4 -4 -1 4 -3 2 -2 -4 -1 1 -4 -3 1 1 1 0 1 12 0 5 1 0 1 53 1 4 0 1 4 8 0 0 8 0.69 0.95 56 Q 0 0 -1 0 3 3 0 -4 1 0 -1 -1 -1 -4 5 0 -1 -4 -4 -2 6 5 2 4 6 13 4 1 3 6 6 2 2 0 26 8 3 0 0 3 0.43 1.04 57 A 4 -3 -3 -4 3 -3 -3 -3 -4 -3 1 -3 -2 1 1 2 -2 -4 -3 -2 45 0 0 0 7 0 1 1 0 0 12 1 0 7 8 14 1 0 0 1 0.62 1.04 58 I -3 -4 -4 -4 3 -4 -4 -4 -4 5 0 -4 -1 1 1 0 1 -4 -3 2 1 1 0 1 7 0 1 1 0 37 7 1 0 6 6 7 9 0 0 15 0.56 0.95 59 H -1 0 2 -3 -4 0 -2 -3 5 -4 -1 1 -3 -3 1 2 2 -4 1 -3 5 5 12 0 0 5 0 1 13 0 7 7 0 0 6 15 16 0 6 1 0.38 0.97 60 Q 0 1 1 -3 -4 1 1 0 3 1 -3 1 3 -4 -4 0 1 -5 -4 0 8 8 7 0 0 7 8 8 7 8 1 8 7 0 0 8 8 0 0 8 0.23 1.34 61 L -3 -3 2 -3 -4 2 -3 -4 4 2 1 -3 3 2 2 -3 -3 -3 -2 1 1 1 10 1 0 10 1 1 10 11 11 1 10 10 11 1 1 0 0 11 0.39 0.90 62 R -3 6 -2 -3 -5 2 -2 -4 4 -3 -3 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 0 52 0 0 0 11 0 0 10 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 16 0.88 0.67 63 S -1 2 1 0 -4 1 0 -2 4 2 -1 3 -3 -4 -4 1 -1 -5 -1 -3 3 11 6 4 0 7 4 2 10 13 5 19 0 0 0 11 3 0 3 0 0.30 0.89 64 V 0 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -4 2 1 -4 4 0 -4 0 -1 -4 0 4 8 0 0 0 3 0 0 0 0 13 14 0 14 3 0 8 3 0 3 30 0.53 0.92 65 K -3 5 -2 -3 -5 2 -1 -4 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 30 0 0 0 10 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.82 66 M -1 0 2 -1 -4 -1 -3 -4 -3 2 1 -3 5 3 -4 0 -3 4 -2 0 4 5 10 4 0 2 0 0 0 15 10 0 16 13 0 10 0 6 0 4 0.39 0.89 67 E -1 1 0 3 -5 0 4 -2 -3 -5 -5 3 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 4 6 4 15 0 2 34 2 0 0 0 21 0 0 0 11 0 0 0 0 0.68 0.89 68 Q -3 0 -2 -3 -5 6 1 -4 5 -1 -1 2 3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -3 0 4 0 0 0 43 6 0 17 4 6 13 8 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.89 69 R -3 7 -2 -1 -5 -1 -2 -1 -3 -4 -4 2 0 -5 -4 0 -3 -5 -4 -2 0 68 0 3 0 0 0 5 0 0 0 9 3 0 0 7 0 0 0 4 1.15 0.89 70 K -3 3 0 -3 -5 2 1 -4 -3 0 -3 5 3 -4 -4 -2 0 -5 -4 -1 0 13 5 0 0 7 6 0 0 6 0 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