Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 -1 0 -4 10 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.59 1.31 2 Q -4 2 -2 -1 -5 3 1 -5 -1 3 0 2 -1 1 -5 -4 -3 0 2 -1 0 11 1 4 0 15 10 0 2 18 7 14 1 6 0 0 1 1 6 3 0.42 1.36 3 I -2 -3 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -4 1 -1 -4 -4 -1 -5 -2 1 2 2 0 0 0 0 0 0 0 47 31 1 3 2 1 1 3 0 1 7 1.00 1.35 4 G 4 -4 -3 -5 3 -3 -4 4 0 -4 -2 -4 2 -2 -4 -2 -3 -1 -2 -3 42 1 1 0 6 0 0 33 2 0 4 0 7 1 0 1 0 1 1 1 0.89 1.35 5 R -4 5 -3 -4 -3 3 0 -5 -2 -2 -4 5 -3 -5 -4 -3 0 -5 -3 -3 0 28 0 0 1 14 6 0 1 2 1 39 0 0 0 0 6 0 1 2 0.98 1.35 6 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 2 0 -5 -2 -3 -5 -4 -2 -6 -4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 4 0 0 0 0 0 2 0 0 86 1.60 1.35 7 R -3 1 -3 -2 -1 -2 0 -6 -5 4 -1 0 0 -4 -5 -4 1 -5 -2 4 1 7 1 3 1 2 7 0 0 30 5 6 2 0 0 0 11 0 1 25 0.57 1.35 8 G -2 -2 -2 0 -5 -2 -4 7 -2 -7 -6 0 -5 -6 -5 -2 -3 -6 -6 -6 1 3 1 5 0 2 0 79 1 0 0 7 0 0 0 2 1 0 0 0 1.58 1.40 9 T -2 1 3 -1 -5 1 -1 -4 3 -5 -5 1 -4 -4 0 3 4 -6 -3 -4 2 6 16 2 0 7 2 0 6 0 0 8 0 1 4 19 25 0 0 0 0.60 1.40 10 V -1 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 3 3 -5 0 -3 -5 -5 -2 -5 -4 6 5 0 0 0 1 0 0 0 0 14 24 0 1 0 0 0 1 0 0 54 1.10 1.42 11 V -3 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -6 1 -3 -5 -3 -2 -5 -3 2 8 -3 6 0 1 1 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1 0 1 12 23 0 57 1.47 1.46 12 S 4 -4 -4 -4 5 -4 -4 -3 -5 -4 0 -4 -2 -3 -4 4 -1 -5 -5 -2 35 0 0 0 11 0 0 1 0 0 10 0 1 1 0 35 3 0 0 2 0.88 1.49 13 S -3 -4 -1 -2 -4 -4 -3 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -5 -3 2 7 -6 -5 -2 0 0 2 1 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 1 13 79 0 0 2 1.56 1.52 14 Q -2 5 1 -4 -2 3 -3 -5 1 1 -3 1 -4 -3 -4 0 0 -5 -2 0 2 33 6 0 1 15 0 0 4 7 2 8 0 1 1 7 5 0 1 8 0.60 1.52 15 K -2 5 -3 -4 0 -1 -3 -5 -1 -3 -4 6 -2 -6 -4 -3 -4 -6 -2 -4 2 29 0 0 2 1 0 0 2 2 1 58 1 0 0 1 0 0 1 1 1.34 1.56 16 E -1 -4 0 3 0 -3 1 -5 5 2 0 -3 -2 -3 -4 0 -2 -6 -1 2 5 0 4 19 2 1 9 0 14 10 9 1 0 0 0 7 2 0 2 13 0.44 1.56 17 P 0 -1 -2 3 -6 0 4 -3 -1 -6 -5 0 -5 -4 5 -2 -3 -6 -5 -4 7 3 1 19 0 3 25 1 2 0 0 4 0 1 31 2 1 0 0 1 0.94 1.56 18 S 0 0 0 1 -3 -2 1 3 -1 -4 -5 1 -1 -4 -3 3 0 -1 -3 -3 6 4 5 6 1 1 8 25 1 0 1 9 1 0 1 23 4 1 1 1 0.44 1.53 19 M -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 0 1 6 -5 4 1 -5 -5 -4 -4 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 69 0 10 6 0 0 0 0 3 3 1.21 1.48 20 V -2 2 2 0 -3 1 1 1 -1 -1 -3 1 -2 -3 1 0 0 -5 -3 1 3 10 8 4 1 7 11 11 1 3 2 9 1 1 7 5 6 0 1 9 0.18 1.48 21 G -1 -3 1 -4 -5 -2 -3 6 5 -6 -5 -3 0 -5 -3 -1 -3 -6 -3 -4 5 1 5 0 0 2 1 60 16 0 1 1 3 0 1 3 1 0 1 1 1.25 1.52 22 V 0 0 -1 0 1 0 -3 0 1 -1 2 1 1 0 -5 0 0 3 0 -1 8 5 3 5 3 4 1 7 4 2 19 9 3 3 0 6 5 4 3 5 0.13 1.52 23 K -1 2 0 -2 -5 -1 -2 -4 1 -5 -5 6 -2 -5 0 0 0 -5 -2 -4 5 9 3 1 0 2 0 0 3 0 0 56 1 0 5 7 5 0 1 0 0.95 1.40 24 F -4 -5 -3 -5 -1 -2 -5 -5 -5 0 5 -5 1 4 -5 -4 -2 2 -1 0 0 0 1 0 1 2 0 0 0 4 57 0 2 19 0 0 2 2 1 4 0.98 1.40 25 L -2 1 -5 -5 -1 -1 -4 -5 -4 -1 5 -2 5 -1 -3 -3 -4 -4 -1 -1 3 7 0 0 1 4 0 0 0 2 52 3 16 2 1 2 0 0 2 4 0.83 1.47 26 L -3 -3 -5 -5 -1 -2 -2 -5 -5 4 3 -3 2 0 -5 -4 -1 0 -3 4 2 2 0 0 2 2 3 0 0 22 24 1 4 4 0 0 3 1 0 28 0.69 1.47 27 L 0 -5 -5 -6 1 -5 -5 -5 1 2 1 -5 2 -4 -5 -4 0 -5 -4 6 7 0 0 0 3 0 0 0 3 10 12 0 5 0 0 0 5 0 0 54 0.97 1.54 28 Q -2 2 -1 -1 0 5 3 -4 0 -2 -1 2 -1 -5 -4 -2 -1 0 -4 -2 2 13 2 3 2 28 17 0 2 2 5 11 2 0 0 2 4 2 0 2 0.58 1.49 29 L -1 0 -4 -1 1 0 0 -5 1 0 1 0 1 0 4 -2 0 -5 0 0 5 6 0 4 3 4 7 0 3 5 12 5 3 5 19 3 6 0 3 7 0.25 1.73 30 I -1 -4 -4 -1 2 0 0 -5 1 3 2 -1 1 0 -5 -2 -1 2 0 2 5 0 0 3 4 4 6 1 3 18 18 4 4 3 0 4 4 3 3 11 0.30 1.70 31 D -1 0 3 4 0 -1 1 -1 1 -4 -2 -1 0 -4 -4 0 0 -4 1 -2 5 5 12 25 2 3 8 5 3 1 5 3 3 0 1 7 5 0 5 3 0.36 1.60 32 E 1 0 -1 0 -2 0 2 -1 0 -2 0 0 0 -1 2 0 -1 0 0 -1 12 5 3 6 1 4 13 5 3 2 9 4 2 2 9 6 4 1 3 4 0.09 1.71 33 A -2 -1 2 3 -2 1 2 0 1 -5 -4 1 1 -2 -2 -1 -1 -5 0 -4 3 4 8 19 1 6 14 8 4 1 2 10 3 1 2 5 3 0 3 1 0.32 1.80 34 G -2 -1 0 0 -2 0 -1 5 1 -5 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -5 0 -3 2 3 4 5 1 4 5 40 3 0 6 4 1 2 2 5 4 0 3 1 0.48 1.82 35 Q -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 36 P 0 0 0 1 -5 -1 1 -2 -2 -2 -1 1 -2 -1 4 0 -1 -1 -1 -2 8 5 5 7 0 3 9 3 1 3 6 8 1 3 22 6 4 1 2 4 0.29 2.00 37 L 0 -1 0 0 -1 0 0 -1 -1 1 0 1 0 -3 -2 0 2 -5 -2 0 8 3 4 6 1 5 7 5 1 7 11 8 2 1 2 8 12 0 2 6 0.08 1.98 38 P -1 0 -1 0 -5 -1 -1 5 -1 -2 -4 0 -5 -3 2 0 -1 -5 -5 -3 5 6 2 6 0 3 4 41 1 2 2 5 0 1 9 6 4 0 0 2 0.60 1.99 39 Q -1 2 2 1 -1 0 2 0 0 -3 -4 2 -2 -3 0 1 -1 -1 -2 -4 6 10 9 8 1 4 14 7 2 1 1 12 1 1 4 10 4 1 1 1 0.26 2.02 40 Y -2 1 -1 -2 0 1 0 -3 -1 -1 0 -2 0 0 3 0 1 -5 3 -2 4 9 3 3 2 7 7 2 2 4 8 2 2 4 12 7 9 0 10 3 0.21 2.03 41 E 1 -3 -3 -3 -2 1 1 -5 0 2 2 -3 2 2 -3 -1 0 -1 0 1 10 1 1 1 1 6 11 0 2 14 17 1 5 8 1 5 5 1 2 9 0.22 1.17 42 V 0 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 4 0 -5 -2 -3 -5 -4 -1 -5 -1 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 25 6 0 0 0 0 0 3 0 2 58 1.11 1.18 43 A 5 -4 -4 -4 2 -3 -4 1 -4 -1 -3 -3 0 -4 -4 -1 -1 -5 -4 2 59 0 0 0 4 0 0 9 0 3 0 0 2 0 0 3 2 0 0 17 0.84 1.10 44 A 2 -4 1 -5 1 -4 -4 -2 -4 2 -1 -4 0 0 -5 -2 -1 2 3 3 20 0 9 0 3 0 0 2 0 12 5 0 2 4 0 1 3 3 10 27 0.46 1.13 45 D -4 1 -1 8 -6 -2 2 -4 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -3 -4 -7 -5 -6 0 8 0 83 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.82 1.14 46 G 1 2 1 -2 0 -1 -2 -2 1 -1 -2 -2 0 -2 2 1 2 0 -1 0 12 12 7 1 2 2 2 3 3 4 4 2 3 1 10 10 15 1 2 5 0.20 1.14 47 V -1 0 -5 -5 0 -2 -4 -5 -1 3 2 -2 0 0 -5 -2 -1 -5 -3 5 4 5 0 0 2 2 0 0 2 15 18 3 2 3 0 2 4 0 0 39 0.59 1.14 48 G -3 0 0 -1 1 1 -4 6 2 -6 -6 -3 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -1 -5 0 5 5 3 3 6 0 67 4 0 0 0 0 0 0 5 0 0 3 0 1.19 1.14 49 A 6 -4 -4 -4 4 -3 -4 -1 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -4 0 1 -5 -4 0 71 0 0 0 8 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 4 7 0 0 7 1.09 1.14 50 G 0 -1 -2 -3 -4 -3 -4 6 -1 -3 -5 -1 -4 -5 0 -1 -2 -5 -5 -3 7 4 1 0 0 0 0 68 1 2 0 3 0 0 4 3 2 0 0 2 1.15 1.08 51 L 0 -1 -2 -2 -2 -1 2 -5 -2 3 -1 -2 0 -1 3 -2 0 -5 -2 2 8 4 2 1 1 1 18 0 1 16 4 1 2 3 17 1 5 0 1 14 0.36 1.14 52 D -2 -3 -1 0 -5 -1 -3 7 1 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -3 -5 -5 -6 1 1 2 5 0 2 1 80 4 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1.53 1.14 53 E -2 -3 1 5 -1 3 5 -4 -3 -5 -4 -1 -4 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 2 0 6 35 2 12 36 0 0 0 1 3 0 0 0 3 2 0 0 0 1.02 1.14 54 W -1 0 1 0 -5 1 0 -5 3 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.21 1.78 55 V -3 -5 -5 -5 4 1 -4 -6 -5 3 -2 -4 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 0 0 0 0 8 8 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 1.20 1.06 56 L -1 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -1 1 3 3 -5 2 4 -5 -4 -3 -3 2 1 4 0 0 0 0 0 0 6 3 15 34 0 4 16 0 0 0 0 6 11 0.62 1.06 57 F -2 1 -4 -5 2 -4 -4 -5 -4 2 1 -4 3 1 -5 -4 0 3 2 3 3 9 0 0 5 0 0 0 0 12 11 0 9 7 0 0 6 5 8 26 0.50 1.03 58 S 2 -2 -2 -2 2 -3 -1 -2 -4 0 -2 -2 -3 -4 -4 1 4 -5 -4 3 17 1 1 2 4 0 4 2 0 4 2 1 0 0 0 12 25 0 0 23 0.49 1.27 59 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 60 G 0 0 1 0 -4 -3 -3 5 -4 -5 -5 0 -4 -4 -4 1 0 -4 1 -5 6 5 6 6 0 0 0 47 0 0 1 6 0 0 0 9 5 0 5 0 0.79 1.49 61 S 1 0 0 -1 -4 -2 -1 1 -1 -5 -5 -2 -2 -3 -2 5 0 -5 -2 -4 10 4 5 3 0 1 4 9 2 0 0 2 1 1 1 51 4 0 1 1 0.76 1.79 62 A 4 -4 -1 -2 -2 -2 1 -1 -2 -3 -3 -4 -1 -5 0 3 0 -2 -2 -1 32 0 2 1 1 1 10 4 1 1 3 0 1 0 4 25 5 1 2 5 0.52 1.79 63 A 6 -4 -4 -5 -1 -2 -3 -2 -5 -2 -3 -4 -1 -5 -4 0 0 0 -5 -1 73 0 0 0 1 1 1 2 0 2 2 0 1 0 0 5 4 1 0 5 1.21 1.79 64 R 0 7 -2 -4 -2 1 -3 -3 -1 -5 -4 -1 0 -5 -1 -1 0 0 0 -3 8 57 1 0 1 5 0 1 2 0 1 1 3 0 3 5 5 1 3 1 1.08 1.79 65 Q -1 1 -1 -1 -3 3 1 -4 3 0 0 0 1 2 -5 -2 -1 0 2 -1 4 7 3 4 1 16 8 1 6 6 8 5 3 7 0 3 3 1 8 5 0.25 1.83 66 V 3 -3 -3 -3 -5 -2 -1 -1 -1 1 -2 -4 2 0 1 0 1 1 -2 1 28 1 1 2 0 1 5 5 1 8 3 0 6 4 7 7 8 2 1 12 0.32 1.84 67 A 2 -3 -2 -1 1 0 -1 -4 -2 -1 2 -4 2 4 -1 -1 0 -5 -2 0 14 1 2 4 3 4 5 1 1 2 21 1 4 16 4 3 7 0 1 6 0.29 1.85 68 G -1 0 1 1 -3 -1 0 4 0 -3 -1 0 -2 -3 1 -1 0 -5 -1 -3 5 5 6 7 1 3 6 31 2 1 7 5 1 1 6 4 6 0 2 2 0.33 1.77 69 S -1 1 3 3 0 -2 0 0 2 -4 -3 1 0 -1 0 0 1 -6 -2 -3 5 6 15 15 2 1 5 8 5 1 3 8 2 3 4 6 8 0 1 2 0.28 1.81 70 E -2 1 0 2 -6 0 3 -2 -1 -4 -4 4 -2 -3 2 0 -1 0 -3 -4 3 6 4 12 0 4 16 3 1 1 1 22 1 1 12 6 3 1 1 1 0.47 1.84 71 K -2 1 3 3 -3 1 1 -1 0 -5 -3 0 -1 0 0 0 0 -6 -2 -2 4 6 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