Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -3 -4 5 -4 8 -4 -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -6 -5 3 4 -6 -5 -4 0 0 23 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 30 0 0 0 1.36 1.49 2 L 0 -4 -5 -3 -5 -5 -3 -6 -1 1 3 -1 3 0 1 -3 0 -4 3 2 7 1 0 2 0 0 1 0 2 8 30 4 6 4 7 1 6 0 10 12 0.43 1.60 3 N -5 -4 9 -2 -6 -3 -4 -4 -3 -7 -5 -2 -6 -7 -6 -3 -4 -8 -6 -7 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.58 1.90 4 G 2 0 -2 0 -4 5 2 -4 0 -4 -4 3 -3 -3 -2 1 -1 -4 -3 -4 15 5 2 6 0 21 11 1 3 1 2 16 1 1 2 9 3 0 1 1 0.49 1.98 5 G 0 0 -1 3 -3 1 4 0 3 -3 -3 0 -4 -4 0 0 -2 -3 -4 -2 8 5 3 15 0 5 22 6 7 2 3 6 0 1 5 6 2 0 0 3 0.36 1.96 6 I -3 -6 -3 -7 -3 -6 -6 -7 -6 6 3 -6 -1 3 -6 -5 0 1 -2 3 2 0 2 0 1 0 0 0 0 36 25 0 1 11 0 0 5 2 1 15 0.98 1.96 7 T 4 -6 -4 -5 2 -4 -4 -4 -6 4 -3 -5 -2 -3 -5 0 3 -6 -4 3 29 0 0 0 4 0 1 1 0 21 2 0 1 1 0 5 19 0 0 16 0.76 1.98 8 D 0 1 0 5 -4 1 3 -1 -2 -4 -5 1 -5 -5 -4 -1 -3 -2 -6 -4 9 8 4 30 0 5 21 4 1 1 1 7 0 1 1 5 2 1 0 1 0.66 1.98 9 M 3 -2 -3 -5 -2 1 -2 -5 -2 3 1 0 1 2 -2 -3 -2 0 -3 1 22 2 1 0 1 7 3 0 1 14 12 7 4 9 2 1 3 1 0 8 0.34 2.00 10 L -5 -6 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -6 -1 6 -6 0 5 -7 -6 -5 -4 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 69 0 1 25 0 0 0 0 1 1 1.57 2.00 11 T -1 1 0 1 -6 2 4 -3 -1 0 -4 1 -2 -3 -5 0 0 -2 -1 -2 6 8 4 8 0 9 29 2 1 5 2 7 1 1 0 6 5 1 2 4 0.41 2.03 12 E -3 0 -2 1 -4 3 5 -4 -2 0 -1 2 0 -5 -3 -3 0 -6 -4 0 2 5 2 7 0 10 35 1 1 5 5 10 2 0 1 1 5 0 0 6 0.55 2.06 13 L -3 -6 -4 -7 -3 -4 -5 -6 -2 4 4 -6 5 0 -6 -5 -2 -1 1 0 2 0 1 0 1 1 1 1 1 21 42 0 12 3 0 0 3 1 4 4 0.89 2.06 14 A 5 0 -4 -4 0 -2 -2 0 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -4 0 -3 -6 -3 -2 51 5 0 1 2 2 2 8 2 4 3 3 1 1 0 5 1 0 1 3 0.64 2.03 15 N -2 0 2 4 -6 1 4 -3 -1 -3 -3 2 -4 -2 -5 -2 -1 -6 -3 -3 4 5 8 24 0 5 21 2 1 1 4 10 0 2 0 2 3 0 1 2 0.49 2.05 16 F 0 -2 0 -4 -1 -2 -2 -4 1 1 3 -3 1 2 -6 -2 -2 -1 4 -3 8 2 5 1 2 2 2 1 3 8 27 1 3 8 0 2 2 1 15 1 0.39 2.04 17 E 0 -1 -1 -3 -1 -2 2 -4 0 -3 2 -2 3 -1 -6 -3 -3 -4 6 -3 8 4 3 1 2 2 13 2 2 1 22 3 7 2 0 2 1 0 22 1 0.48 2.04 18 K -2 2 -2 1 -6 1 5 -1 -1 -4 -3 2 0 -1 -5 -1 -1 -3 -3 -4 3 11 2 7 0 4 35 4 1 1 3 10 2 3 0 3 3 0 1 1 0.51 2.01 19 N 1 1 2 -1 -3 -2 -1 -4 0 2 2 -1 0 3 -4 -2 -2 -2 -2 -1 11 7 9 4 0 2 4 1 2 9 16 3 2 12 1 3 3 1 1 5 0.16 2.01 20 V -1 2 -2 -1 -3 2 0 -3 2 -2 0 3 0 -5 -3 -1 0 -3 0 1 4 10 2 3 1 8 7 3 5 2 10 16 2 0 1 4 7 0 3 9 0.17 1.98 21 S -2 -1 2 0 -3 -2 1 5 -1 -4 -3 -1 -1 -5 -2 -1 -1 -2 -3 -4 2 3 8 5 1 2 8 42 2 1 4 3 2 0 2 5 4 1 1 1 0.56 1.86 22 Q 0 1 0 4 -6 0 4 0 0 -4 -3 -1 -3 -4 -3 0 -2 -6 -2 -3 7 7 5 18 0 3 24 9 2 1 2 3 1 1 2 6 2 0 2 2 0.39 1.93 23 A -1 -3 5 4 -5 0 2 -2 1 -4 -5 0 -2 -5 -3 -1 -2 -1 -3 -2 6 1 26 18 0 4 12 3 3 1 1 5 1 0 2 4 3 1 1 3 0.53 1.91 24 I 0 0 -1 -1 -4 -1 1 1 0 1 -3 0 1 -2 3 0 1 0 -1 -1 7 5 3 3 0 3 9 9 2 9 2 6 3 1 13 6 7 1 2 4 0.12 1.76 25 H -4 1 -2 -2 -2 0 -3 -1 3 -2 -3 -1 -1 6 -3 -2 -3 5 3 -2 1 8 2 3 1 4 1 6 8 2 2 3 1 28 1 3 1 8 10 3 0.62 1.82 26 K -2 5 -2 -4 -2 1 -2 -2 0 -5 -4 5 -2 -5 -3 0 -3 -5 -2 -3 3 33 1 0 1 4 2 3 2 0 2 31 1 0 1 7 1 0 1 1 0.83 1.83 27 Y 2 -3 -3 -3 3 -2 -2 0 -2 2 -1 -4 -1 -1 -1 0 -1 1 0 2 20 2 1 1 5 2 3 9 1 13 5 0 1 3 4 7 4 2 3 13 0.22 1.86 28 N -2 4 0 -3 -5 -1 -2 -1 -1 0 1 2 0 -1 -3 0 -1 0 0 -1 4 19 4 2 0 3 2 5 1 5 16 11 2 3 1 6 4 1 4 4 0.20 1.77 29 A 4 -2 -1 -4 0 -1 -2 -1 0 -2 -3 -4 0 -5 -2 3 0 -5 -5 -2 35 2 3 0 2 2 3 5 2 2 2 0 2 0 2 24 6 0 0 3 0.50 1.66 30 Y -4 0 -5 -6 2 -4 -5 -6 2 0 -1 -4 1 4 -5 -1 -4 3 7 -1 0 6 0 0 4 0 0 0 5 5 5 0 4 13 0 4 0 4 38 4 0.93 1.66 31 R -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -6 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.08 2.11 32 K -3 4 3 -3 -6 -1 -2 -4 -1 -3 -3 5 -2 -4 -3 0 0 -6 -5 -3 1 23 12 1 0 2 1 1 1 1 2 31 1 1 1 6 7 0 0 2 0.69 1.96 33 A 6 -4 -5 -5 -1 -5 -5 -1 -5 -2 -4 -4 -2 -4 -5 0 -2 -6 -5 -1 73 1 0 0 1 0 0 3 0 2 1 0 1 1 0 7 1 0 0 4 1.24 1.97 34 A 5 -4 -4 -6 -1 -4 -3 -3 -4 4 -2 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -6 -3 0 50 1 0 0 1 0 1 1 0 20 3 1 1 1 2 3 1 0 1 7 0.79 1.97 35 S 1 3 1 1 -2 2 0 -2 -1 -3 -3 -1 -2 0 -3 2 0 -3 -2 -4 12 16 6 7 1 8 6 3 1 1 3 4 1 5 1 13 4 0 1 1 0.20 1.92 36 V 3 -3 0 -5 -2 -2 -2 -3 -2 0 -3 -2 -2 -2 -4 2 2 -6 -1 2 25 1 4 0 1 2 2 1 1 5 1 3 1 1 1 15 13 0 2 15 0.35 1.92 37 I -4 -5 -6 -6 0 -5 -4 -6 -6 5 5 -5 0 -2 -3 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 2 0 1 0 0 27 44 0 2 1 1 0 1 0 0 13 0.95 1.91 38 A 1 3 -2 1 -3 -1 4 -2 -2 -4 -4 2 -2 -4 -5 -1 -3 -6 -3 -4 11 17 2 9 1 2 26 3 1 1 2 13 1 1 0 4 1 0 1 1 0.49 1.93 39 K 2 1 1 1 -1 0 0 0 0 -3 -3 2 -2 -3 -3 1 -1 -6 -3 -3 16 8 7 7 1 3 5 7 2 1 3 14 1 1 1 12 4 0 1 1 0.20 2.05 40 Y -3 -3 -3 1 0 1 -2 -4 3 -2 3 -3 0 1 -6 -2 -2 0 4 -2 2 1 1 8 2 7 2 1 6 2 29 2 2 6 0 3 3 1 14 3 0.41 2.03 41 P -2 -2 -1 2 -6 -1 1 -1 0 -4 -4 0 -5 -6 6 0 0 -6 -3 -4 3 2 3 10 0 2 10 4 2 1 1 7 0 0 33 7 6 0 1 1 0.63 2.01 42 H -1 3 -2 1 -2 -1 3 -2 3 -2 -3 1 -2 1 -4 -1 0 0 1 -1 4 13 1 7 1 3 16 3 6 2 3 7 1 7 1 4 6 1 5 4 0.19 2.04 43 K -1 1 -1 2 -6 1 1 -3 -1 -3 -3 2 -1 -2 3 0 -1 -6 -2 -2 6 8 2 10 0 6 10 2 2 2 3 11 2 2 13 7 4 0 2 3 0.19 1.94 44 I -2 -2 -2 -2 -5 -1 -2 -6 -5 5 2 -5 1 0 -5 -5 -1 -5 -1 3 3 3 3 3 0 3 3 0 0 33 17 0 3 3 0 0 3 0 3 16 0.57 1.91 45 K -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 46 S 0 0 0 1 0 0 1 -2 1 -3 -4 0 -5 -2 -2 3 2 -6 -5 -3 7 5 4 9 2 3 10 3 3 2 2 4 0 2 2 24 13 0 0 2 0.29 2.13 47 G 0 0 -1 -2 0 -1 -1 1 1 1 1 -1 2 -1 0 -2 -1 2 1 -1 6 6 3 3 2 3 4 12 3 7 11 3 4 3 5 3 3 2 6 5 0.02 2.16 48 A -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 0.05 2.01 49 E -1 2 -1 3 1 2 2 -1 0 -5 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 -6 -1 -2 4 10 3 15 3 10 14 5 3 0 3 6 3 3 3 4 3 0 3 3 0.22 2.09 50 A 1 -2 -2 -2 1 -1 -2 -3 -5 0 3 -2 1 0 -1 -2 0 2 -1 0 12 3 3 3 2 3 3 3 0 4 29 3 3 4 4 3 6 3 3 6 0.20 2.11 51 K -1 3 -2 -2 0 2 1 0 0 -3 -2 3 1 -3 -2 0 1 -6 -2 -2 5 12 2 3 2 8 9 7 2 2 4 16 3 1 2 8 10 0 1 3 0.25 1.96 52 K 0 1 0 1 -2 1 2 0 1 -3 -4 4 -2 -6 -2 0 -1 -7 -5 -3 8 7 5 7 1 5 11 8 4 2 1 26 1 0 2 8 3 0 0 2 0.39 1.98 53 L -3 -6 -6 -4 -5 -2 -4 -4 -6 5 5 -4 1 -1 -3 -5 -3 -5 -2 1 2 0 0 1 0 3 1 1 0 27 47 1 3 2 1 0 1 0 2 6 0.94 1.95 54 P -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 55 G -2 -2 0 -2 3 -2 -3 5 3 -5 -2 -2 0 -2 -2 -2 -2 4 0 -3 2 3 4 2 6 2 2 45 6 0 5 2 2 2 2 2 2 5 3 2 0.70 1.70 56 V -1 -6 -6 -1 2 -6 -6 -6 -6 5 1 -6 2 1 -6 -5 -1 -5 0 4 5 0 0 4 4 0 0 0 0 33 10 0 4 6 0 0 4 0 3 26 0.83 1.74 57 G -2 0 0 -1 -5 -4 -2 7 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -2 -1 -6 -6 -6 2 5 3 4 0 0 3 72 0 0 0 4 0 0 0 3 3 0 0 0 1.38 1.53 58 T -1 0 -1 2 -6 0 2 1 0 -3 -4 3 -5 -3 3 -1 -1 -6 -5 -2 6 4 2 12 0 4 14 11 3 1 2 15 0 1 13 4 5 0 0 3 0.35 1.58 59 K 1 2 -1 -1 -5 -1 -2 1 3 -2 -4 4 -2 -3 -3 2 0 -6 -2 -3 12 10 2 4 0 2 1 12 7 2 1 23 1 1 1 13 5 0 1 1 0.40 1.56 60 I -2 -5 -3 -6 -1 -5 -6 -3 -6 5 2 -5 4 0 -6 0 1 -5 -4 1 3 0 1 0 1 0 0 2 0 38 17 0 9 4 0 7 10 0 0 8 0.74 1.56 61 A 5 0 -3 -5 1 0 -2 -1 -2 -1 -3 0 -2 -3 -5 0 -1 -6 -2 -2 53 6 1 0 2 4 2 4 1 3 3 6 1 1 0 6 3 0 1 2 0.67 1.63 62 E 2 1 0 2 1 2 2 -1 -2 -4 -3 2 -2 -3 -2 1 -1 -6 -3 -3 16 8 5 9 3 8 11 5 1 1 3 10 1 1 2 9 4 0 1 2 0.24 1.63 63 K -2 0 -3 -3 -3 0 -2 -5 2 0 1 5 0 -3 -5 -3 -3 -2 -1 2 4 4 1 1 1 3 2 0 5 4 12 41 2 1 0 1 1 1 2 15 0.63 1.61 64 I -3 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -7 -6 7 0 -6 0 1 -6 -4 -3 2 0 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 62 7 0 2 5 0 1 1 3 3 15 1.30 1.61 65 D 0 2 0 2 -3 3 3 -3 0 -2 -2 0 -1 -4 -5 -1 0 -1 -1 0 7 9 4 10 1 12 18 2 3 2 4 6 2 1 0 3 5 1 2 8 0.26 1.64 66 E -2 -3 -2 0 -6 1 7 -3 -2 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -2 -2 -6 -5 -3 2 1 1 3 0 6 75 2 1 1 1 1 1 1 0 2 2 0 0 2 1.45 1.64 67 F -3 -4 -6 -6 -5 -3 -6 -6 -4 5 2 -4 1 4 -6 -5 -4 4 4 -1 2 1 0 0 0 1 0 0 0 35 18 1 3 16 0 0 1 6 15 2 0.99 1.61 68 L -1 -2 -3 -6 -3 -2 -4 -5 -1 3 5 -1 0 -1 -6 -3 -3 -2 -1 2 5 2 1 0 1 2 1 1 2 12 45 4 2 2 0 1 1 0 2 15 0.64 1.63 69 A 0 1 0 1 -2 3 4 -4 0 -4 -3 0 -3 -4 -5 0 2 -2 -4 -4 9 7 4 7 1 10 30 1 2 1 2 5 1 1 0 5 11 1 0 1 0.50 1.66 70 T -2 -1 -1 0 -2 -2 -1 -2 2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 7 -6 -3 -3 2 3 2 5 1 2 4 2 5 1 1 3 0 1 1 8 59 0 1 1 0.99 1.68 71 G -2 -3 -1 -1 -6 -4 -4 7 -2 -7 -7 -4 -6 -6 -4 -3 -4 -6 -6 -5 1 2 3 3 0 1 1 85 1 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1.83 1.66 72 K -3 4 -1 -2 -3 1 1 -3 2 -4 -4 3 -2 -3 -5 1 3 -6 -1 -1 2 18 2 2 1 5 10 1 6 1 1 18 1 1 0 9 17 0 2 4 0.48 1.69 73 L -3 -5 -5 -5 4 -4 -5 -5 -1 3 4 -5 2 2 -2 2 -3 -1 -3 0 1 0 0 0 8 1 0 1 2 15 35 0 4 7 2 14 1 1 1 7 0.63 1.69 74 R 1 3 -2 0 -3 2 2 -2 -1 -5 -4 1 -3 -4 2 2 -1 -6 -4 -4 10 15 1 4 0 8 15 3 2 1 1 9 0 1 10 14 4 0 0 1 0.40 1.72 75 K -1 2 -3 -2 -6 1 4 -3 -2 -4 -1 3 -3 -2 -3 -3 -1 -5 2 -2 6 12 0 2 0 5 28 2 1 1 7 18 0 2 1 1 3 0 8 3 0.51 1.73 76 L 0 -3 -5 -5 -3 -4 -6 -6 -1 0 5 -5 0 -1 -6 -3 -3 -2 2 2 9 2 0 0 0 1 0 0 2 3 55 0 1 2 0 2 1 0 7 14 0.84 1.72 77 E -3 -1 0 4 -7 2 6 -5 -3 -5 -5 0 -4 -5 -4 -2 -2 -6 -4 -3 2 2 3 19 0 8 51 0 0 1 1 6 0 0 1 2 2 0 0 2 1.06 1.72 78 K 0 2 1 2 -4 1 4 -4 2 -4 -5 2 -3 -4 -5 -1 -1 -6 0 -4 7 10 6 9 0 6 30 1 5 1 0 10 1 1 0 5 4 0 4 1 0.54 1.73 79 I 0 -4 -6 -3 -5 -4 -4 -6 -6 3 5 -2 -1 1 -4 -4 -1 -5 0 1 8 0 0 2 0 0 1 0 0 13 51 3 1 5 1 1 3 0 3 9 0.75 1.71 80 R -3 5 -1 -1 -1 2 2 -4 -1 -4 -1 4 -2 -6 -5 -2 -3 -6 -5 -5 1 30 2 3 1 9 14 1 1 1 7 23 1 0 0 3 1 0 0 0 0.75 1.66 81 Q 2 2 2 0 -3 2 2 -2 -2 -6 -4 2 -2 -6 -5 1 1 -6 -4 -4 17 10 8 4 0 10 14 3 1 0 1 11 1 0 0 10 9 0 0 1 0.41 1.65 82 D -4 -4 2 6 -7 -2 6 -5 -4 -7 -7 -3 -6 -7 -5 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 8 46 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 1.52 K Lambda Standard Ungapped 0.1304 0.3126 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1756 0.3172 PSI Gapped 0.0537 0.2670