Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -3 -2 5 -6 -1 6 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 32 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 0.98 2 T -3 5 -1 -2 -5 -1 -2 -3 1 -5 -4 4 -1 -5 -3 1 2 0 -4 -3 1 33 2 2 0 1 1 2 4 0 0 23 2 0 1 10 16 1 0 1 0.71 1.11 3 S 0 -4 1 -2 -2 -2 -2 -4 -2 -1 0 -2 -2 2 -5 1 1 -3 5 2 6 0 8 2 1 2 2 1 1 2 9 2 1 7 0 10 11 0 23 13 0.40 1.14 4 S -1 2 -1 -2 -5 5 -1 -3 -2 -1 -4 2 -2 -5 0 1 0 -5 -4 1 3 11 2 1 0 31 2 1 1 3 0 12 1 0 4 13 4 0 0 10 0.53 1.16 5 S 4 -4 -2 -4 0 -2 -3 -3 -4 0 -3 -3 -3 -4 -4 2 4 -5 -4 2 33 0 1 0 1 1 1 0 0 5 1 1 0 0 0 17 24 0 0 15 0.63 1.17 6 I -3 -4 -6 -6 -2 -4 -5 -6 -5 4 4 -5 4 1 -5 -3 -2 -4 -3 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 27 44 0 10 5 0 2 1 0 0 7 0.91 1.22 7 N -2 2 2 -2 -5 3 1 -3 0 -4 -2 4 -3 -5 -4 1 -1 2 -4 -3 3 9 11 1 0 15 7 1 2 1 4 29 0 0 0 11 3 3 0 1 0.56 1.21 8 F -1 -3 -3 -3 -4 2 1 -4 -3 0 5 -2 0 -1 -5 -3 -1 -5 -4 -1 5 0 1 2 0 9 9 1 0 4 56 2 2 2 0 1 4 0 0 3 0.64 1.21 9 L -5 -2 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -1 2 -5 2 8 -6 -5 -4 -2 0 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 21 0 5 68 0 0 0 0 1 0 1.61 1.22 10 T -1 -2 -1 -4 0 0 -2 -2 -2 -3 0 -2 3 -2 -4 2 4 1 2 -2 4 1 3 0 2 5 2 3 1 0 11 2 7 1 0 15 32 2 9 1 0.44 1.22 11 R -2 2 3 0 -5 2 0 3 -2 -6 -5 2 -4 -6 -4 1 -2 -6 -5 -5 3 13 15 4 0 11 5 21 1 0 0 14 0 0 0 12 1 0 0 0 0.56 1.22 12 V -3 -1 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 0 -5 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 4 0 0 0 0 0 0 0 51 3 0 1 0 0 0 0 0 0 41 1.30 1.22 13 S -4 -3 -5 -5 -5 -4 -5 -4 4 -2 -3 -2 -2 4 -2 -1 -2 9 6 -3 0 1 0 0 0 0 0 1 9 2 1 3 1 18 2 5 3 26 27 1 1.36 1.25 14 G -3 -5 -2 -2 -5 -3 -5 7 -2 -6 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -4 -1 -3 -6 0 0 1 2 0 1 0 91 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1.89 1.25 15 I 0 -5 -5 -6 1 -5 -5 -5 -6 4 -2 -5 -2 0 -5 -3 -2 -5 -4 6 9 0 0 0 3 0 0 0 0 23 0 0 0 3 0 1 2 0 0 60 1.14 1.25 16 G 0 -5 -2 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 6 0 2 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.92 1.25 17 P 1 -2 -2 -1 -5 -1 0 -4 -2 -2 0 -3 -2 -2 6 -1 -1 -5 -2 0 15 3 2 3 0 2 6 0 1 2 10 1 1 2 35 3 4 0 1 8 0.62 1.35 18 S 2 2 1 -3 -5 0 -1 -3 1 -3 -5 4 -4 -4 -2 1 1 -6 -4 0 18 8 7 1 0 3 3 1 3 1 0 29 0 1 1 10 8 0 0 7 0.48 1.35 19 A 0 -2 -2 -4 -2 1 -3 -4 -2 -2 -3 2 -3 -4 -4 -1 6 -5 -3 0 7 1 1 0 1 6 0 1 1 2 2 12 0 1 0 2 58 0 1 5 0.90 1.30 20 A 6 -4 -1 -4 -3 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 0 -2 -5 -5 -1 87 0 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 2 1.39 1.29 21 R -1 4 -1 1 -3 2 2 -4 1 -4 -2 2 -2 -3 -4 1 -2 -2 -2 -3 5 27 3 8 0 9 14 1 3 0 3 10 1 1 0 10 2 0 1 1 0.49 1.29 22 K -2 3 0 2 -6 1 2 -3 1 -4 -4 4 0 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -4 3 17 3 10 0 5 13 1 3 1 1 32 3 0 0 5 2 0 1 1 0.63 1.29 23 F -4 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -6 -1 -3 2 -6 -2 5 -6 -5 -5 11 0 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 24 0 0 24 0 0 0 47 2 0 2.08 1.29 24 V -2 -5 -5 -6 2 -5 -5 -6 0 2 -2 -5 0 3 -6 -5 -4 2 8 2 2 0 0 0 4 0 0 0 1 10 3 0 2 12 0 0 0 3 48 15 1.25 1.32 25 D 1 3 0 3 -2 3 1 -3 1 -5 -4 0 -2 -2 -4 0 -2 -5 1 -3 14 19 5 18 1 12 7 2 3 0 1 4 1 2 0 5 1 0 5 1 0.44 1.32 26 E 0 2 -1 0 -5 3 3 -2 1 -3 -2 3 3 -4 -4 -2 -2 -1 -1 -3 8 11 3 4 0 14 17 3 3 1 3 15 9 0 0 2 2 1 3 1 0.39 1.26 27 G -2 -2 0 -3 -5 -1 -2 7 -1 -6 -5 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -2 -5 0 2 3 0 0 2 2 81 2 0 0 2 0 0 0 2 0 0 2 0 1.53 1.17 28 I -2 -2 -5 -5 2 -4 -5 -5 3 3 2 -4 1 3 -5 -4 -4 6 2 0 3 2 0 0 5 0 0 0 8 20 20 0 3 11 0 0 0 11 8 5 0.67 1.17 29 K -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -4 1 -4 -2 2 -1 -2 -4 -2 0 2 -1 -3 1 55 1 0 1 2 2 0 3 0 3 13 1 1 0 2 7 3 2 1 0.97 1.18 30 T -1 -4 0 2 1 -3 -2 -2 -4 -4 -4 -3 -4 0 -4 3 5 -5 -4 -3 2 0 4 11 3 0 2 2 0 0 0 0 0 4 0 26 46 0 0 0 0.88 1.22 31 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 3 5 -5 1 2 -1 -5 -4 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 61 0 3 7 3 0 0 0 0 9 1.05 1.22 32 E 0 -2 -1 5 -5 0 4 -3 -1 -5 -4 -1 -1 -6 -2 1 -1 -6 -5 -4 6 1 2 31 0 4 32 1 2 0 1 3 2 0 1 8 4 0 0 1 0.77 1.22 33 D 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 0 -1 0 3 -5 -5 0 0 -6 -4 0 7 7 7 7 0 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 7 7 0 0 7 0.17 1.56 34 L -1 -4 -5 -6 3 -4 -5 -5 -5 3 3 0 3 2 -5 -4 -3 -4 -3 2 6 0 0 0 6 0 0 0 0 18 33 7 6 7 0 0 0 0 0 16 0.65 1.17 35 R -1 5 -2 -2 2 1 -1 -3 0 -1 -1 2 2 -2 -4 -2 -2 0 -1 -1 5 32 2 2 4 6 3 2 2 4 6 13 5 2 0 2 3 1 2 5 0.46 1.41 36 K 0 2 0 0 2 1 2 -2 0 -4 -2 4 0 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 9 10 4 4 5 5 13 3 3 0 5 23 2 0 0 7 4 0 0 2 0.34 1.42 37 N -3 2 3 3 -2 2 -2 -2 4 -2 -3 0 -4 -1 1 0 -1 -5 2 -3 2 9 12 15 1 8 2 3 11 2 2 6 0 2 7 6 4 0 7 1 0.38 1.63 38 E -1 -1 -1 -1 -5 2 1 2 -1 -3 -3 3 -2 -3 2 0 -1 -1 1 -2 5 3 2 3 0 9 9 14 1 1 2 19 1 1 11 6 4 1 6 3 0.31 1.65 39 D 1 -2 1 4 -5 2 0 -1 3 1 -3 -2 -4 -2 -3 1 0 0 0 -2 12 2 5 21 0 8 6 5 7 8 2 2 0 1 1 8 6 1 3 3 0.30 1.68 40 K -2 2 -1 -3 -2 1 0 -1 1 -2 -1 4 -1 -3 -2 2 1 -5 -4 -3 2 12 3 1 1 5 5 5 3 3 7 26 1 1 2 14 8 0 0 2 0.36 1.54 41 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -3 -5 0 6 -5 -1 2 -5 -3 -4 0 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 2 0 3 79 0 0 8 0 2 0 1 0 2 1.34 1.63 42 N -2 0 4 -1 -4 -2 -2 -3 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -2 2 6 -5 -5 -3 2 5 17 3 0 2 2 1 1 0 0 2 0 0 2 16 46 0 0 1 0.92 1.63 43 H 0 4 0 -1 -5 2 1 -4 4 -4 -4 2 -2 -5 2 -1 -1 1 -1 -3 7 22 4 3 0 7 7 1 11 1 1 10 1 0 9 5 3 2 2 2 0.48 1.65 44 H 1 -1 2 -1 -2 4 -1 -3 3 -2 -1 -3 4 -5 -3 -1 -1 0 -4 1 11 3 10 4 1 17 3 2 8 1 5 0 11 0 1 5 3 2 0 12 0.38 1.65 45 Q -3 -1 -3 -2 -6 8 -1 -5 0 -2 -2 -2 0 -5 -4 -3 -4 -5 -1 -3 1 2 0 1 0 78 1 0 2 2 4 0 3 0 0 0 0 0 3 2 1.71 1.62 46 R -1 4 -3 -3 -5 4 0 -5 1 -1 -3 4 0 -1 -4 -2 -2 -2 -4 -2 4 23 1 1 0 20 6 0 3 3 3 23 2 3 0 2 2 1 0 4 0.67 1.62 47 I 2 -5 -3 -5 -2 -5 -5 -5 -5 6 1 -3 0 -1 -5 -3 -2 -5 0 2 17 0 2 0 1 0 0 0 0 44 10 1 2 2 0 2 2 0 4 12 0.81 1.52 48 G -2 -5 -3 -4 0 -4 -3 7 -5 -2 -6 -4 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -5 2 0 0 0 2 0 2 86 0 4 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.84 1.52 49 L -3 -5 -6 -6 2 -5 -6 -6 -6 2 5 -5 0 3 -4 -4 -1 -5 -3 2 1 0 0 0 4 0 0 0 0 10 53 0 2 10 1 1 5 0 0 15 0.95 1.54 50 K 0 2 -2 0 -3 1 3 -1 -2 -4 0 5 -1 -3 -4 -2 -3 -6 -5 -5 6 9 1 4 1 7 17 4 1 1 9 36 1 1 0 1 1 0 0 0 0.61 1.51 51 Y -5 0 -3 -5 -2 -4 -4 -6 8 -4 -1 -4 -2 3 -6 -4 -5 -2 7 -5 0 5 1 0 1 0 0 0 32 0 6 0 1 10 0 0 0 0 45 0 1.69 1.51 52 F -5 -3 -3 -6 -3 -4 -5 -6 4 -3 -2 -5 -1 5 -6 -5 -5 0 8 -2 0 1 1 0 1 0 0 0 9 1 3 0 1 23 0 0 0 1 57 2 1.74 1.48 53 G -2 -2 0 5 -4 1 5 -2 1 -6 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -3 -6 3 1 4 32 0 5 41 2 3 0 0 1 0 0 1 2 1 0 1 0 1.04 1.49 54 D -5 -2 -1 8 -7 -2 3 -4 0 -6 -7 -2 -6 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 1 1 78 0 1 16 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1.86 1.45 55 F -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -5 3 4 -6 -2 7 -6 -5 -4 0 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 37 0 0 42 0 0 0 1 0 1 1.33 1.41 56 E -2 -1 5 -1 -5 3 4 -4 -3 -5 0 1 -1 -5 -4 0 -2 -6 -5 -5 2 2 26 2 0 15 25 0 0 0 9 9 1 0 0 7 2 0 0 0 0.68 1.30 57 K -3 3 -3 -2 -6 6 3 -4 -2 -6 -5 4 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 14 0 0 0 36 21 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 1.16 K Lambda Standard Ungapped 0.1366 0.3160 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1992 0.3168 PSI Gapped 0.0610 0.2670