Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 5 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 80 0 1.93 0.80 2 S -1 -3 0 -2 -3 -2 -2 0 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 6 -1 -5 -4 -4 0 0 3 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 1.28 0.85 3 S -1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 3 -3 -4 -5 -2 -4 -5 -1 6 1 -5 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 3 68 7 0 0 1 0.99 0.85 4 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 9 -6 -4 -4 -1 3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 7 3 1.93 0.85 5 L -1 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -4 0 5 0 1 -1 -5 -3 -3 -4 -2 0 5 2 0 0 0 0 1 0 0 3 73 7 1 1 0 2 0 0 1 4 0.84 0.85 6 L -3 4 0 -4 -4 -2 -3 -4 2 -2 3 2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -1 -2 1 29 5 0 0 1 0 1 5 1 35 14 0 1 4 0 0 0 2 1 0.54 0.85 7 H -3 -1 -2 -4 -5 -1 -3 -4 10 -5 -4 -3 -4 2 2 -3 -4 -4 0 -5 1 2 0 0 0 1 0 0 71 0 1 1 0 11 12 0 0 0 1 0 1.75 0.90 8 A 6 -4 -4 -4 -1 -3 -3 -1 -4 -1 -3 -3 -3 -4 -3 0 0 -5 -4 2 68 0 0 0 1 0 0 3 0 3 0 0 0 0 0 3 5 0 0 16 0.89 0.90 9 E -1 1 -2 1 -5 2 5 -3 1 -3 -1 2 -3 -3 -4 -2 -3 -5 -1 -3 4 6 1 5 0 7 44 2 3 1 6 16 0 1 0 0 0 0 2 1 0.64 0.90 10 R 1 6 0 0 -5 1 -1 -3 0 -2 -4 1 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -1 13 51 3 4 0 5 2 1 2 2 0 5 0 0 0 4 3 0 0 4 0.74 0.90 11 A 6 -4 -1 -4 0 0 -3 -1 0 -1 -2 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -2 -4 -1 74 0 3 0 2 3 0 3 2 4 3 0 0 0 0 1 1 0 0 3 0.88 0.90 12 A 6 -1 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 -3 71 3 0 0 0 1 7 6 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0.89 0.83 13 E 2 1 -2 -1 -3 2 4 -2 -2 -3 -3 2 -3 -5 0 0 -1 -5 -4 -3 22 8 1 2 0 11 27 2 0 2 2 12 0 0 3 4 2 0 0 1 0.44 0.84 14 R -3 6 -2 0 -5 2 1 -4 0 -4 -4 4 -2 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -2 1 44 1 5 0 8 10 0 1 1 0 22 1 0 0 1 3 0 0 3 0.83 0.84 15 Y -2 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -5 1 -3 -2 -4 -3 4 -5 -4 -3 3 8 -3 3 0 1 1 0 0 2 0 3 0 2 0 0 18 0 0 0 3 66 1 1.52 0.84 16 G -2 -1 1 0 -5 -2 -3 6 -1 -6 -5 0 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 1 4 6 5 0 2 0 75 2 0 0 5 1 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.85 17 V -2 -5 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 3 2 -4 0 -2 -3 -2 -2 -5 -3 5 1 0 0 0 2 0 0 0 0 14 23 0 1 0 1 3 0 0 0 56 0.89 0.85 18 P -2 -1 1 6 -5 -1 0 -2 -1 -5 -5 0 -5 -5 4 1 -3 -6 -5 -5 1 3 4 48 0 1 2 3 1 0 0 7 0 0 20 10 0 0 0 0 0.96 0.85 19 A 4 -4 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -4 -2 -3 -3 -3 -4 4 0 3 -5 -4 0 38 0 0 0 0 0 4 3 0 1 1 0 0 0 21 6 19 0 0 8 0.67 0.85 20 H -1 6 -3 -3 -5 -1 -2 -4 4 -3 -3 0 -2 0 -4 -2 -3 2 -2 0 5 61 0 0 0 1 0 0 9 1 1 1 0 5 0 1 0 3 1 9 0.96 0.85 21 E 1 -1 -1 6 -5 0 3 -3 -3 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -1 0 -6 -5 -4 11 3 0 50 0 2 23 0 0 0 1 2 0 0 0 3 6 0 0 0 0.95 0.85 22 I -3 -5 -4 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 0 -2 -5 -2 -3 -5 -3 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 67 17 0 1 0 0 3 0 0 0 11 1.11 0.85 23 L -2 -4 -5 -6 2 -4 -5 -6 -4 1 5 -5 0 3 -5 -4 -3 -3 1 0 3 0 0 0 4 0 0 0 0 5 70 0 1 10 0 0 0 0 4 3 0.95 0.85 24 Q -2 1 -4 -4 -4 0 -1 -5 -2 2 1 -1 2 2 -3 -3 -1 -4 -1 4 2 8 0 0 0 4 5 0 1 8 12 3 4 8 1 0 3 0 2 37 0.40 0.85 25 R -1 3 -2 -1 -5 0 6 -2 -2 -4 -5 0 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -1 5 14 1 1 0 1 70 2 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 5 1.08 0.85 26 V 1 -4 -5 -5 3 -4 -5 -5 -5 1 5 -4 2 -2 -5 -3 -3 -4 -3 2 13 0 0 0 6 0 0 0 0 3 58 0 4 0 0 0 0 0 0 16 0.79 0.85 27 G 1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -3 8 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 1.66 0.85 28 E -2 6 0 -2 -5 1 3 -4 0 -5 -5 3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 3 51 5 1 0 3 19 0 2 0 0 16 0 0 0 1 0 0 0 0 1.01 0.85 29 A -2 7 -3 -4 -2 0 -2 -4 -2 -5 -3 1 0 -4 -4 -3 -3 2 -3 -4 2 84 0 0 1 1 1 0 1 0 2 2 2 0 0 0 0 3 1 0 1.47 0.85 30 G -2 4 0 -3 -5 1 -1 4 -1 -5 -5 4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 1 23 3 0 0 7 1 30 1 0 0 32 0 0 0 1 0 0 0 0 0.83 0.85 31 Y 1 -4 -4 -5 2 -3 -4 -5 -3 0 2 -4 6 -1 -4 -3 0 -3 3 2 12 0 0 0 4 0 0 0 0 3 23 0 28 1 0 0 4 0 12 13 0.65 0.85 32 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -5 -4 0 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 1 0 0 0 0 0 5 0 0 80 1.22 0.85 33 G 2 -4 -3 -1 0 -3 -1 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -4 22 0 0 3 2 0 4 68 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.24 0.85 34 G -1 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -5 2 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1.83 0.85 35 Q -3 -1 -2 -2 -5 8 0 -4 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 0.85 36 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.76 0.85 37 D -4 -4 0 8 -6 -2 0 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 2 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.90 0.85 38 M -3 -4 -4 -5 -4 1 -4 -5 -4 0 2 -3 8 -2 -5 -4 -2 2 -2 1 0 0 0 0 0 6 0 0 0 3 20 0 60 1 0 0 1 3 1 6 1.21 0.85 39 I -3 -5 -5 -5 2 -5 -5 -6 -5 7 1 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 82 10 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.33 0.85 40 I -2 -2 -4 -3 -3 -2 0 -5 -4 5 0 -4 0 -3 -1 -3 0 -2 -1 4 1 2 0 1 0 1 9 0 0 38 5 0 1 0 3 0 4 1 2 33 0.67 0.85 41 D -3 -3 -1 7 -6 -1 3 -3 -3 -4 -5 -2 -5 -6 -3 -1 -3 -6 -5 -4 1 1 0 75 0 1 19 1 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 1.48 0.85 42 I -1 -4 -5 -4 1 -4 0 -5 -5 4 0 -4 -1 -3 -4 -3 0 -5 -3 5 3 0 0 0 3 0 6 0 0 27 3 0 1 0 0 0 6 0 0 51 0.82 0.84 43 A 6 -4 -3 -2 -1 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -1 92 0 0 3 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 3 1.22 0.84 44 V 0 0 -3 -5 -2 0 -3 -4 -1 1 4 -2 2 -1 -4 -1 -2 -4 2 0 10 4 1 0 0 4 0 0 2 9 45 1 4 1 1 4 1 0 7 4 0.44 0.87 45 Q 0 1 -1 5 -5 2 4 -2 -1 -5 -5 -1 -2 -4 -3 -1 1 -5 -4 -4 6 7 2 32 0 8 25 2 1 0 0 3 1 0 0 2 11 0 0 0 0.66 0.88 46 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -2 2 5 -4 5 -1 -5 -4 -3 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 7 72 1 17 1 0 0 0 0 1 1 1.12 0.88 47 A 5 -2 -3 -4 -2 0 -3 -2 -2 -2 0 1 -2 -4 -3 2 0 -5 -4 0 51 2 0 0 0 4 0 0 1 1 9 8 0 0 0 13 5 0 0 5 0.56 0.89 48 E 2 4 0 -1 -4 2 1 -2 -1 -5 -4 3 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 20 24 3 2 0 11 9 2 1 0 0 22 0 0 0 4 1 0 0 0 0.57 0.88 49 E 2 3 -1 -1 -4 3 3 -2 -2 -4 -4 2 -1 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -3 23 14 2 2 0 12 23 2 1 0 0 14 1 0 1 1 1 0 0 1 0.52 0.87 50 R -2 5 0 -2 -5 4 0 -2 -1 -5 -4 4 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 1 39 3 1 0 17 2 3 1 0 0 30 0 0 1 1 1 0 0 0 0.93 0.81 51 H 2 -2 0 -1 -4 2 2 3 0 -4 -4 0 -3 -5 -3 -1 2 -5 -4 -3 20 1 4 1 0 8 16 26 3 0 0 6 0 0 0 1 15 0 0 0 0.47 0.75 52 G -1 -3 3 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -5 0 0 15 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.43 K Lambda Standard Ungapped 0.1375 0.3187 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2044 0.3184 PSI Gapped 0.0626 0.2670