Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -6 -3 -5 -6 -4 7 -1 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 1.87 1.45 2 N -3 -2 9 -1 -6 -2 -3 -4 -2 -6 -7 -3 -5 -5 -5 -1 -3 -7 -3 -6 1 2 91 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 1 0 1 0 2.17 1.56 3 M 4 -4 4 -2 -1 -2 0 2 -3 -4 -4 -4 -1 -4 -5 1 -2 -1 -3 -2 32 0 20 1 1 2 6 17 0 1 1 0 2 0 0 10 1 1 1 2 0.63 1.61 4 W -4 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -5 -5 1 0 -6 -1 2 -7 -5 -4 12 1 -1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 10 9 0 2 8 0 0 1 61 3 4 2.43 1.60 5 V 5 -5 -4 -5 -3 -4 -4 -1 -5 0 -1 -4 -2 -5 -5 -2 -2 -6 -4 4 52 0 0 0 0 0 0 4 0 3 6 0 1 0 0 1 1 0 0 30 0.97 1.61 6 I -1 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 -1 1 -6 -4 -2 -2 -2 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 28 13 0 1 6 0 1 1 1 1 43 1.04 1.60 7 G 3 -3 0 -1 0 -3 -3 4 1 -4 -5 -3 -3 -5 -2 3 -1 -6 -5 -4 25 1 4 3 2 1 1 26 3 1 0 1 0 0 2 25 3 0 0 0 0.69 1.62 8 K 0 -1 -3 -3 -5 -3 -4 5 -2 -5 -5 0 -5 -6 5 0 -2 -6 -5 -4 6 4 1 1 0 1 1 45 1 1 1 5 0 0 25 7 2 0 0 1 1.03 1.63 9 S 1 0 2 2 -5 3 3 -2 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 2 0 -3 -5 -4 11 4 10 9 0 11 17 3 1 1 1 10 0 1 2 15 4 0 0 1 0.40 1.65 10 K -1 5 -1 -2 -6 -2 -2 -3 4 -3 0 4 -1 -2 -5 -3 -3 -1 -1 -2 4 36 3 2 0 1 1 1 10 1 10 20 1 2 0 1 1 1 2 3 0.74 1.62 11 A -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -3 -4 -4 -1 -5 -3 4 6 -5 -5 -2 2 0 1 1 0 0 0 2 0 1 1 0 1 0 1 29 58 0 0 2 1.24 1.59 12 Q 4 2 -2 0 -4 0 1 -1 -2 -3 -4 1 -3 -3 -2 1 1 -3 -4 -1 29 10 1 5 0 3 9 5 1 1 1 10 0 1 1 8 9 0 0 5 0.35 1.61 13 D -2 -3 3 2 -5 -2 -2 -1 -1 -4 -5 -3 -4 -5 -3 4 4 -6 -4 -4 3 1 12 12 0 1 2 4 2 1 1 1 0 0 1 34 25 0 1 1 0.75 1.60 14 A -2 -3 -1 -1 -6 -3 -3 7 -2 -7 -7 -2 -6 -6 -4 -2 -3 -6 -6 -5 2 2 2 4 0 1 1 81 1 0 0 3 0 0 1 1 1 0 0 1 1.66 1.60 15 K 0 3 3 -2 -5 0 -1 -1 3 -4 -3 4 -2 -3 -3 1 -1 -6 -1 -3 7 17 13 2 0 3 3 5 6 1 3 22 1 1 1 9 3 0 2 1 0.45 1.60 16 A 2 -4 -3 -4 -4 -4 -4 0 -2 -1 -5 -4 -4 -5 6 1 1 -5 -5 0 18 0 1 0 0 0 0 8 1 3 0 0 0 0 34 12 8 0 0 6 0.73 1.54 17 I -3 -2 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -2 4 4 -4 4 -1 -5 -5 -2 -1 -1 1 1 2 0 0 0 0 0 1 1 24 35 1 11 2 0 0 2 1 2 9 0.73 1.60 18 M 0 -5 -3 -6 -4 -3 -5 -6 2 0 5 -5 2 1 -5 -4 -4 -5 -4 1 7 0 1 0 0 1 0 0 5 4 55 0 5 5 0 1 0 0 0 8 0.77 1.62 19 V 5 -5 -3 -4 1 -3 -3 0 -3 -2 0 -4 0 -1 -4 -1 -3 -1 -1 1 44 0 1 1 3 1 1 6 1 1 10 0 3 3 0 5 1 1 2 11 0.50 1.62 20 N 0 -3 4 0 1 -1 -2 3 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -5 2 -2 -1 -2 -2 8 1 22 4 3 2 2 19 0 5 2 0 1 3 0 14 1 1 1 3 0.37 1.65 21 G -2 -4 4 6 -6 -3 -1 1 0 -6 -6 -4 -5 -3 -4 0 -4 -6 -5 -6 3 0 17 49 0 0 2 11 2 0 0 0 0 2 0 5 0 0 0 0 1.07 1.63 22 P -2 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -5 -1 -1 -4 2 -5 7 0 0 -6 -5 -2 2 0 0 0 0 0 0 2 0 4 7 0 6 0 54 9 6 0 0 2 1.24 1.68 23 Q -2 -1 -1 -2 -5 2 -2 -5 10 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -2 -4 -5 0 -3 3 3 2 2 0 7 2 0 64 0 2 0 0 0 0 3 0 0 2 2 1.75 1.67 24 F -2 2 -3 -2 -4 2 -3 -2 -1 0 3 -4 1 1 -5 -3 1 1 -1 -1 4 11 1 2 0 8 1 3 1 4 30 0 3 5 0 2 9 2 2 3 0.27 1.66 25 G 1 -2 -2 -2 -5 0 0 2 -1 -3 -3 -2 0 -1 4 1 -1 -1 -1 -3 13 2 2 2 0 3 5 17 1 1 2 2 2 3 19 10 4 1 2 2 0.30 1.66 26 W -2 -3 -2 -3 -4 -2 -4 -4 0 2 3 -3 1 2 1 -3 -2 7 2 -1 4 1 2 1 0 2 0 2 2 9 23 2 3 9 7 2 3 13 5 4 0.44 1.63 27 Y 0 0 1 -2 -3 2 1 -1 -1 -4 -3 -3 -1 2 -4 2 1 -1 2 -2 7 5 6 2 1 8 11 6 1 1 2 1 1 9 1 16 10 1 8 3 0.24 2.09 28 A 2 -4 0 0 -5 -1 -3 3 -3 0 1 -4 1 1 -4 -1 0 -5 -3 0 15 1 5 5 0 2 2 20 1 5 13 1 4 7 1 4 5 0 1 7 0.24 2.09 29 P -3 1 -1 -4 -6 -2 -2 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -2 8 -2 -1 -6 -6 -4 2 8 3 1 0 1 3 5 1 1 1 1 1 2 62 2 3 0 0 1 1.51 2.08 30 A 0 -2 1 -2 -1 1 -2 2 -3 -3 -2 -3 1 -1 1 4 -2 -2 -1 -2 8 2 8 2 1 5 2 16 1 1 4 1 3 3 6 26 2 1 2 3 0.30 2.09 31 Y -1 3 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -3 3 2 -3 -1 0 -2 -3 -1 -2 0 1 5 17 1 1 1 2 5 1 1 16 18 1 1 4 3 2 4 1 4 8 0.28 2.03 32 T -4 1 -4 -4 -3 -3 -5 -6 -5 -3 0 -5 0 4 -6 -4 -2 10 3 -1 1 7 1 1 1 1 0 0 0 1 8 0 2 17 0 1 3 37 7 5 1.48 2.04 33 Y -3 -5 -2 -5 -3 1 -4 -4 3 -2 -2 -4 2 1 -6 -2 -2 6 8 -3 2 0 2 0 1 5 1 1 7 2 3 1 4 5 0 3 2 9 44 1 1.21 2.05 34 G -2 0 -3 -3 -6 5 4 -2 -2 -2 0 -3 2 -1 -1 -3 -3 -1 -1 -1 3 5 1 1 0 22 26 4 1 2 10 1 4 3 4 1 1 1 2 4 0.49 2.12 35 I 3 -5 -2 -6 -1 0 -4 -4 -3 2 -1 -4 4 -1 -4 -1 -2 -2 -3 3 26 0 3 0 1 5 1 1 1 9 4 1 11 3 1 5 2 1 1 21 0.48 2.12 36 G -2 1 -1 -2 -2 4 0 1 8 -4 -4 -2 -5 -4 -5 -1 -3 -1 -2 -3 3 8 2 2 1 19 6 9 32 1 2 1 0 1 0 4 1 1 1 2 0.90 2.05 37 L -3 -5 -6 -6 -2 -2 -4 -5 -4 2 5 -4 3 -2 -6 -5 -3 0 -3 0 2 0 0 0 1 2 1 1 0 11 62 1 6 1 0 1 1 1 1 6 1.04 1.88 38 H -2 1 1 -1 -3 2 2 -2 4 -2 -5 1 -2 -4 -4 1 2 -6 -3 -1 3 7 7 2 0 10 12 2 9 2 1 8 1 1 0 11 13 0 1 6 0.34 1.91 39 G 2 -4 -3 -3 5 -4 -2 1 -3 1 -1 -3 -2 -2 -3 1 2 0 2 0 15 0 1 1 10 0 2 12 0 7 6 1 1 1 1 10 11 1 7 5 0.27 1.89 40 A -1 -3 -2 0 1 -2 1 0 -5 -6 -6 -2 -3 -6 7 -1 -3 -6 -6 -4 4 1 1 4 3 2 8 9 0 0 0 2 1 0 52 4 2 0 0 1 1.18 1.89 41 G -1 -1 0 2 -6 -1 1 5 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -2 0 0 -6 -4 -5 4 4 5 11 0 3 8 39 1 0 1 3 0 0 2 6 5 0 1 0 0.59 1.91 42 Y -4 0 -3 -4 -5 -1 -3 -1 1 0 2 -3 2 4 -6 -3 -3 3 4 -1 1 6 1 1 0 3 2 6 3 6 21 1 4 14 0 2 1 3 12 5 0.36 1.88 43 D -3 0 4 5 -3 1 1 -3 2 -4 -4 -2 -1 -3 -3 0 -2 -2 -2 -4 2 5 19 27 1 6 9 2 4 1 1 2 2 1 1 6 2 1 2 1 0.54 1.81 44 V 2 -3 -3 -5 -1 -3 -5 -3 -2 1 1 -3 0 0 -5 -1 -1 -1 -2 5 16 1 1 0 1 1 0 2 1 5 11 1 2 4 0 4 3 1 1 37 0.47 1.74 45 T 0 -1 -2 -4 -1 0 -2 -3 0 1 -2 -2 2 -1 -4 1 0 -3 5 1 9 4 1 0 1 5 2 2 2 7 3 2 5 2 0 9 6 0 21 11 0.31 1.66 46 G -1 -1 -3 -1 -5 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 4 3 0 3 0 0 0 77 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.56 1.66 47 N 3 -5 -1 -3 -1 -4 -5 0 1 -1 -1 -4 0 3 -3 -2 -2 0 2 2 23 0 3 2 2 0 0 8 3 3 5 0 2 13 1 2 1 1 7 13 0.30 1.72 48 T 0 -3 -1 -1 -1 -2 -1 0 2 -2 -3 -4 0 1 -3 2 3 -1 -1 0 7 1 2 4 1 1 4 7 6 2 2 0 3 5 1 17 20 1 2 6 0.20 1.72 49 P -2 -2 -3 -4 -5 -1 -2 -4 -2 1 3 -4 1 4 0 -3 -2 0 -1 1 3 3 1 1 0 3 3 1 1 8 29 0 2 16 5 1 3 1 1 9 0.33 1.72 50 F 2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -3 -2 -2 -1 -2 0 0 6 -2 -3 4 -2 -1 17 1 2 0 0 1 0 2 1 2 6 2 3 4 35 3 1 6 1 5 0.70 1.69 51 A 0 -5 -2 -4 -1 -3 -3 6 -5 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -2 -2 0 -5 -3 6 0 1 0 1 1 2 61 0 2 5 0 1 2 2 2 3 1 0 2 1.00 1.65 52 Y -1 -4 0 -3 -1 1 -3 -3 -1 2 2 -4 3 1 -5 0 0 0 0 2 6 0 4 1 1 7 1 2 1 9 16 0 7 5 0 6 6 1 3 14 0.18 1.65 53 P -2 -5 -2 -4 -1 -4 -4 -2 -5 -3 -3 -4 -1 -1 8 -1 -2 -5 -2 -3 3 0 2 0 2 0 0 3 0 2 3 0 1 3 63 4 2 0 2 2 1.48 1.65 54 G -1 -1 -1 -5 1 -4 -4 1 1 0 0 -2 3 4 -1 -2 -1 2 1 0 6 3 3 0 3 0 0 10 3 5 7 3 8 18 3 4 4 3 4 7 0.21 1.56 55 L 0 -5 -5 -5 2 -4 -5 -1 1 4 0 -4 2 0 1 -4 0 -5 -4 3 7 0 0 0 4 0 0 4 4 22 8 0 5 5 8 0 5 0 0 20 0.40 1.56 56 V 0 -1 -1 -5 -1 -1 -3 -2 0 2 2 -4 2 1 0 -1 -2 0 0 1 7 3 3 0 1 3 2 3 3 11 22 0 4 7 4 4 2 1 3 10 0.14 1.53 57 F -2 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -3 0 4 2 -4 1 3 -5 -1 -2 -4 -1 1 4 0 1 1 1 4 1 2 2 28 17 0 4 12 0 5 2 0 1 7 0.39 1.53 58 G 1 -3 2 -2 5 -2 -3 2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 1 -2 -3 -3 1 13 1 13 1 13 1 1 13 0 1 1 1 0 0 1 13 1 0 0 13 0.25 0.68 59 H -2 1 -1 -4 1 0 -2 -2 6 -1 -3 -1 0 5 -5 -2 -1 2 1 -2 3 7 3 0 3 4 3 3 18 3 0 3 3 28 0 3 3 3 3 3 0.59 1.35 60 N -2 -3 7 -1 -4 -3 -3 0 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 1 2 -5 -4 -4 3 0 51 3 0 0 0 8 0 0 1 0 0 0 0 11 12 0 0 0 0.99 1.42 61 G -1 2 -1 2 -5 1 2 2 -1 -4 -4 0 -2 -3 0 -1 -2 -5 -3 -3 6 12 3 10 0 7 14 15 1 1 2 6 1 1 4 3 2 0 1 2 0.20 1.42 62 V -2 1 2 3 -5 1 0 -3 5 -3 -4 1 -2 -2 -3 -1 0 -1 2 -3 2 6 9 15 0 5 5 2 12 1 1 10 1 2 1 5 5 1 8 1 0.30 1.42 63 I -1 -2 -2 -4 0 -4 -4 -1 2 3 2 -3 2 1 -4 -2 -1 -4 1 2 5 2 2 0 2 0 0 6 5 17 16 2 4 5 0 2 4 0 5 14 0.21 1.32 64 S 5 -4 -3 -4 0 -3 -3 3 0 -4 -4 -3 -4 -4 -4 1 -1 -4 0 -1 46 0 0 0 2 0 0 18 2 0 1 0 0 0 0 9 3 0 4 3 0.63 1.32 65 W -4 -5 -2 -5 -4 -4 -5 -5 -4 -1 -1 -5 0 2 -5 -4 -4 12 1 -2 1 0 2 0 0 0 0 1 0 3 7 0 2 7 0 1 0 60 3 3 2.15 1.32 66 G 0 -4 -3 0 2 -4 -4 4 -5 -1 -2 -4 2 -5 -4 1 1 -5 -5 -1 8 0 0 4 4 0 0 34 0 4 5 0 5 0 0 12 9 0 0 5 0.47 1.58 67 S -1 -1 -1 -4 1 -1 -2 -2 6 0 1 -4 1 1 0 -2 -1 2 0 1 4 3 4 0 3 3 3 3 16 6 13 0 3 5 5 3 4 3 3 9 0.21 1.56 68 T -2 -2 0 -4 -4 -1 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -5 -2 0 7 -5 -4 -1 3 2 4 0 0 2 0 0 0 2 2 0 0 0 2 4 70 0 0 4 1.21 1.56 69 A -1 -2 5 -1 -4 -2 -2 -2 1 0 -3 -3 1 -1 0 2 1 0 -1 2 5 2 24 3 0 2 2 2 3 6 2 0 4 2 4 13 9 1 2 14 0.36 1.56 70 G 2 -4 2 -2 -1 -4 -4 1 -1 -1 0 -4 0 2 -2 1 0 0 -1 1 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