Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -1 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.12 0.07 2 L -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 5 2 -3 1 -1 -3 -3 -1 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.61 0.15 3 H -2 -1 0 3 -4 0 0 -2 8 -4 -4 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 1 -4 0 0 0 23 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.15 4 A 3 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -2 1 -2 -1 -1 -2 -2 4 0 -3 -2 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0.37 0.18 5 Y -2 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -1 0 -3 8 4 3 -3 -2 -2 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 20 16 0 0 0 4 0 0.90 0.43 6 F -3 -4 -2 -4 -3 -4 -4 -3 -3 2 3 -4 0 5 -4 -2 -3 4 2 0 0 0 3 0 0 0 0 2 0 11 39 0 0 29 0 3 0 6 5 2 0.61 0.49 7 K -1 0 -1 -1 -4 -1 1 -3 -3 -1 -3 3 -1 -4 6 -1 -1 -5 -4 -3 3 5 3 3 0 0 8 0 0 5 0 20 2 0 44 3 4 0 0 0 0.87 0.51 8 L 0 -4 -3 -4 -3 -3 -1 -4 -4 3 1 -3 -1 -3 -3 -2 4 -4 -3 3 7 0 0 0 0 0 4 0 0 19 12 0 0 0 0 0 31 0 0 27 0.53 0.63 9 P -2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 97 0 0 0 0 0 2.51 0.63 10 N -2 1 3 0 -4 -1 -1 -3 -2 -4 -2 5 -3 -4 -3 0 2 -5 -3 -3 0 6 18 3 0 0 1 0 0 0 4 46 0 0 0 6 16 0 0 0 0.64 0.63 11 T -1 3 -2 -3 -4 0 -1 -4 0 -1 -3 5 -3 -3 -3 -1 2 -4 1 -2 3 14 0 0 0 1 2 0 2 4 2 45 0 0 0 1 18 0 6 1 0.60 0.68 12 V -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 0 3 0 -4 -1 4 -5 -4 -3 -2 5 3 4 0 0 0 0 0 0 0 2 24 3 0 0 22 0 0 0 0 23 21 0.76 0.67 13 S 0 0 -3 -2 0 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -1 -2 7 -4 1 0 -2 1 -3 7 6 0 2 2 3 0 0 0 3 0 5 0 51 0 13 7 0 2 0 0.69 0.67 14 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 3 -4 1 3 -5 -4 -3 -3 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 36 0 3 16 0 0 0 0 1 24 0.73 0.67 15 V 0 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -4 0 -1 -2 -1 -3 -3 1 5 -4 -3 4 4 0 0 0 0 0 0 2 0 1 2 1 1 0 0 8 43 0 0 38 0.68 0.67 16 A 3 0 -2 -3 -3 -2 -2 -1 -1 -3 -3 2 -3 -1 -3 3 0 3 -3 -1 32 5 1 0 0 0 0 2 1 0 0 13 0 2 0 31 5 5 0 3 0.48 0.67 17 G 2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -5 -4 22 0 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.34 0.67 18 S 2 0 0 -2 1 -2 -1 -3 0 0 -3 2 -2 -4 -3 2 2 -4 -2 1 20 4 3 1 3 0 3 0 2 6 0 14 0 0 0 19 13 0 1 11 0.27 0.67 19 S 3 -3 -2 -2 0 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 2 -2 -4 -4 -3 32 0 0 1 2 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0.93 0.67 20 E -2 0 -1 1 -4 -1 5 -3 -1 -2 -3 0 0 -4 -3 1 1 -5 -4 -1 0 6 2 7 0 0 48 1 1 2 2 2 4 0 0 9 9 0 0 5 0.57 0.67 21 G 0 -3 -1 -1 -4 -3 -3 6 5 -5 -5 -2 -4 -4 -4 1 -2 -4 -3 -4 6 0 2 4 0 0 0 60 15 0 0 1 0 0 0 10 1 0 0 0 1.02 0.67 22 E -1 0 2 0 -4 -1 1 -1 0 -1 -3 3 -3 -1 4 0 -2 -4 0 -3 3 5 9 5 0 1 9 4 2 4 2 21 0 3 20 7 1 0 4 0 0.37 0.67 23 T -2 -2 1 0 -3 0 2 -3 0 -1 -3 -1 -1 -4 -3 3 5 -4 -3 -2 0 0 5 3 0 2 13 0 2 3 0 2 1 0 0 22 47 0 0 0 0.64 0.67 24 P -1 2 -2 0 -4 1 2 -1 0 -4 -3 3 0 -5 3 0 -2 -5 -4 -4 5 12 0 4 0 5 17 4 2 0 2 21 3 0 17 6 1 0 0 0 0.46 0.67 25 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 2 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 3 0 0 0 0 0 0 3 1.12 0.67 26 N 1 -2 6 -1 -3 0 -1 -1 -2 -4 -4 -2 0 -4 -3 0 3 -5 -4 -2 13 0 51 0 0 2 2 3 0 0 0 0 3 0 0 4 21 0 0 1 0.79 0.67 27 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 3 -1 -4 -3 -2 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 1 0 0 0 1.01 0.67 28 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 3 0 1.87 0.67 29 D -3 -3 1 7 -5 -1 3 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 3 78 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 0.67 30 G 1 0 5 -2 -4 -1 -3 1 -2 -2 0 -1 3 -1 -4 -2 -2 -4 -2 -1 17 5 36 0 0 1 0 8 0 0 12 3 12 2 0 0 0 0 1 4 0.45 0.67 31 A 6 -3 -3 -3 0 -2 -3 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -2 96 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.20 0.67 32 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.67 33 L -1 3 -4 -5 1 -3 -3 -5 -1 1 4 -2 0 -2 -4 -3 -1 -4 0 -1 5 24 0 0 3 0 0 0 2 6 53 0 0 0 0 0 3 0 3 2 0.60 0.67 34 N 0 -1 2 5 -5 1 3 -3 -2 -5 -4 2 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 8 2 7 38 0 4 17 0 0 0 1 15 0 0 0 7 0 0 0 0 0.70 0.67 35 A 6 -3 -3 -3 0 -3 -3 0 -3 -3 -1 -2 -1 -4 -3 1 -2 -4 -4 -2 79 0 0 0 2 0 0 4 0 0 5 0 2 0 0 8 0 0 0 0 0.91 0.67 36 G -2 1 -2 -1 -4 -2 -2 6 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -5 -5 0 7 0 3 0 1 2 82 0 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 0 1.36 0.67 37 I -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 72 1 0 3 0 0 0 0 0 0 23 1.12 0.67 38 G 2 -3 -2 -3 -1 -2 1 6 2 -5 -5 -3 -4 -5 -3 0 -3 -4 -4 -4 17 0 0 0 1 0 9 61 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0.99 0.67 39 N -1 -1 6 2 -1 1 2 -2 -2 -5 -5 0 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 5 1 53 12 2 7 12 2 0 0 0 5 0 0 1 1 0 0 0 0 0.88 0.67 40 V -1 -3 -4 -4 2 2 -3 -4 -3 0 1 -3 1 3 -4 -3 1 -2 3 3 3 0 0 0 4 11 0 0 0 4 12 0 3 13 0 0 12 0 13 24 0.41 0.67 41 N -3 -2 8 0 -4 -2 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -6 -4 -5 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.72 0.67 42 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.23 0.67 43 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 1 -4 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 12 0 3 0 0 0 0 0 0 59 0.95 0.67 44 R 0 5 -1 -2 -4 -1 1 -2 -2 -4 -4 4 -3 -5 0 0 0 -5 -4 -4 6 37 2 0 0 0 9 2 0 0 0 26 0 0 4 7 6 0 0 0 0.67 0.67 45 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 3 -2 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 16 0 7 0 0 0 0 0 0 66 0.94 0.67 46 S 0 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 1 -5 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 5 0 0 0 1.23 0.67 K Lambda Standard Ungapped 0.1362 0.3153 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1904 0.3174 PSI Gapped 0.0583 0.2670