Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 -1 -5 2 -3 -5 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 6 0 0 0 0 0 0 13 1.52 1.06 2 M -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 2 4 -5 -5 -4 -3 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 11 56 0 4 17 0 0 0 0 3 6 0.96 1.06 3 P -3 -4 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 2.72 1.06 4 P 0 -2 -4 -2 -5 -3 -3 -4 -3 -2 -5 -1 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -2 8 1 0 2 0 0 0 0 1 3 0 5 0 0 77 1 1 0 0 2 1.94 1.06 5 E -2 0 4 1 -5 -1 -1 4 4 -6 -5 2 -4 -4 -4 -1 -3 -5 -1 -5 2 5 25 6 0 1 3 29 11 0 0 12 0 0 0 3 0 0 3 0 0.72 1.06 6 A 3 -5 -4 -5 9 -4 -4 -4 -5 1 -3 -4 -3 -4 -4 -2 2 -5 -4 -1 32 0 0 0 46 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 12 0 0 3 1.38 1.06 7 E -2 3 -3 -1 -5 2 4 -4 -3 -2 -4 4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 0 2 14 0 3 0 8 35 0 0 3 0 26 0 0 0 2 0 0 0 7 0.75 1.06 8 I -2 -1 -3 -4 -4 1 2 -5 -2 4 1 -2 1 -1 -5 -4 -2 -4 2 1 2 2 0 0 0 7 15 0 0 30 15 1 3 2 0 0 1 0 7 9 0.43 1.06 9 V -1 -2 -4 1 -2 -3 1 -5 -5 4 -1 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -5 -4 4 3 2 0 9 0 1 9 0 0 28 1 3 0 0 0 0 1 0 0 38 0.63 1.06 10 P -2 -2 -1 2 -5 -1 3 -1 -3 -5 -5 1 -4 -5 4 3 -1 -5 -5 -5 2 2 2 11 0 1 18 5 0 0 0 7 0 0 21 23 3 0 0 0 0.59 1.06 11 L -3 3 -2 0 -4 -2 0 -4 0 -1 4 0 1 -3 0 -4 -3 -5 -4 1 0 15 1 5 0 1 5 1 2 1 38 7 2 0 5 0 0 0 0 12 0.39 1.06 12 P -2 1 -3 -2 -5 -2 0 -4 -1 -1 0 3 0 -1 4 0 -2 -5 -1 -2 3 6 0 1 0 1 5 0 2 4 11 22 2 3 22 9 2 0 2 2 0.39 1.06 13 K -2 0 -1 1 -5 0 4 -4 2 -3 -2 3 -1 -5 -1 -2 -2 -5 -3 -2 1 5 2 9 0 2 32 0 5 1 5 22 2 0 3 1 2 0 1 3 0.51 1.06 14 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 1 1 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 68 0 1 4 0 0 0 0 0 3 1.07 1.07 15 P -1 0 -1 -3 -5 -1 -1 -4 -1 -3 -3 3 -3 -2 6 1 -1 -5 -2 -2 4 4 2 1 0 3 4 0 2 1 1 17 1 2 37 10 4 0 2 2 0.71 1.08 16 M 0 -1 -4 -3 -5 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -3 2 -3 7 -2 -3 0 -1 -2 9 3 0 0 0 3 5 1 1 3 1 0 6 1 54 2 0 1 2 3 1.11 1.08 17 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -6 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.98 1.08 18 A 2 -2 -2 0 -4 4 3 -2 -3 -5 -4 -1 1 -5 -3 3 -1 -5 -4 -4 14 0 1 4 0 24 18 2 0 0 0 2 3 0 0 24 2 0 0 0 0.59 1.08 19 L -2 0 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -5 6 3 -4 4 -3 -5 -4 -3 -5 -4 1 4 5 0 0 0 0 0 0 0 47 23 0 10 0 0 0 0 0 0 7 0.88 1.08 20 V -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 2 -4 0 -3 -5 -3 3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 21 0 1 0 0 0 22 0 0 47 0.83 1.08 21 P -4 -4 1 -4 -5 -1 -4 -5 3 -4 -3 -3 -3 6 5 -3 -1 -3 3 -4 0 0 8 0 0 4 0 0 8 0 0 1 0 32 28 0 4 0 11 0 1.00 1.08 22 T 0 -5 -4 -5 8 -4 -5 -4 -5 0 -1 -4 -2 -4 -4 -2 4 -5 -4 1 7 0 0 0 39 0 0 0 0 6 5 0 0 0 0 2 26 0 0 10 1.10 1.08 23 A 3 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -5 1 -2 -4 -2 -4 -1 -3 -2 -5 -4 6 24 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 4 0 0 0 0 66 1.02 1.08 24 Y -4 -4 -5 -5 -4 -3 -1 -5 -3 0 3 -4 7 -1 -5 -4 -3 -2 6 -1 0 0 0 0 0 0 4 0 0 3 25 0 31 0 0 0 0 0 30 3 1.05 1.08 25 G 5 -4 -3 -3 -3 -3 -3 2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 4 -1 -5 -4 -3 47 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 31 1 0 0 0 0.89 1.08 26 Y -2 6 -2 -3 0 0 0 -4 2 -5 -4 2 -4 -3 -4 1 -2 -4 2 -3 2 43 1 0 2 3 6 0 5 0 1 10 0 1 0 11 2 0 8 1 0.70 1.08 27 I 1 -3 4 -3 0 0 -2 -4 -2 4 0 0 2 -2 -4 -2 -2 -5 -2 0 11 0 22 0 2 4 2 0 1 25 7 5 5 1 0 2 1 0 2 5 0.37 1.05 28 I 0 0 -3 0 0 1 2 -4 2 0 -3 -3 -2 -4 -4 2 3 -5 -1 1 6 4 0 5 2 5 12 0 5 6 0 0 0 0 0 19 17 0 2 12 0.29 1.08 29 S 0 -3 -2 -3 1 -1 -3 1 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -3 5 4 -5 -4 -1 3 0 0 0 2 2 0 8 0 1 0 0 0 0 0 57 23 0 0 4 0.92 1.10 30 D 1 -1 5 3 1 -1 0 -1 -1 -5 -5 0 -3 -5 -4 0 -1 -5 -2 -4 12 3 34 20 3 1 5 4 1 0 0 4 1 0 0 7 3 0 1 0 0.64 1.06 31 V -2 0 1 -1 -1 1 5 1 -3 -2 -4 0 -4 -5 -4 -2 1 -5 -4 0 1 4 7 1 1 4 48 12 0 2 0 4 0 0 0 1 8 0 0 7 0.69 1.09 32 P 0 -2 -4 -3 -5 -2 1 -3 -2 -4 -2 1 -3 -4 7 -1 -3 -5 -3 -2 6 1 0 0 0 1 10 1 1 0 5 8 0 1 56 5 0 0 1 4 1.22 1.08 33 G -2 -2 3 -1 -5 -2 -2 6 3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -5 0 2 15 2 0 2 2 64 7 0 0 1 0 0 0 3 0 0 1 0 1.20 1.05 34 E -1 5 -2 2 -5 1 4 -4 -2 -3 -4 1 -1 -4 -3 -2 -2 -4 -4 -3 4 33 0 11 0 4 28 1 0 1 1 7 2 0 0 1 2 0 0 1 0.74 1.01 35 T -3 3 -2 -4 -4 -2 -2 -5 -3 1 3 -1 3 -2 -4 -2 2 -1 -3 1 0 15 2 0 0 1 3 0 1 6 32 4 7 1 0 1 15 1 0 11 0.45 1.08 36 I -1 -5 -5 -5 -1 -5 -5 -5 -5 7 1 -5 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 3 5 0 0 0 1 0 0 0 0 68 8 0 1 0 0 0 0 0 0 15 1.23 1.08 37 S 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 0 -2 -4 -4 -3 -3 0 -3 5 2 -4 -1 -2 28 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 0 0 5 0 46 10 0 2 2 0.76 1.08 38 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 2 -1 -5 -4 -2 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 2 0 0 1 1.30 1.10 39 A 4 -4 -3 -4 3 -3 -3 1 -4 -3 -4 -1 -4 -3 -4 4 -2 -5 -4 -2 45 0 0 0 7 0 0 10 0 1 0 2 0 1 0 32 0 0 0 2 0.84 1.10 40 I -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 6 0 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 50 6 0 0 0 0 0 0 0 0 43 1.27 1.10 41 S 4 -4 -3 -4 0 -4 -4 6 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -4 0 -3 -5 -5 -4 34 0 0 0 2 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.27 1.10 42 V 0 -5 -3 -5 3 -4 -5 -4 -3 2 1 -5 0 -1 -5 -3 -1 4 3 5 7 0 1 0 6 0 0 1 1 9 12 0 2 2 0 1 2 5 9 43 0.69 1.10 43 A 5 -4 -2 -4 -3 -3 -4 4 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -2 62 0 1 0 0 0 0 30 0 1 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1.10 1.10 44 I -4 1 -5 -5 -4 1 -4 -6 -4 5 0 -2 0 2 -5 -4 0 -4 1 1 0 10 0 0 0 7 0 0 0 45 8 3 2 9 0 0 5 0 5 7 0.68 1.09 45 P -2 1 -3 -4 -5 -3 -3 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 7 2 -2 -1 -5 -4 2 7 1 0 0 0 0 5 0 0 3 1 1 0 59 19 1 1 0 0 1.42 1.10 46 K 1 -1 -1 1 -4 0 3 -4 -3 -4 -4 3 -4 -3 0 0 0 -5 -4 0 14 3 2 9 0 2 24 0 0 0 0 19 0 1 4 8 6 0 0 9 0.43 1.08 47 D -3 -1 2 7 -5 -1 2 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 2 4 10 61 0 1 11 3 1 0 1 1 0 0 1 3 0 0 0 0 1.18 1.03 48 K -2 1 1 1 -3 -1 1 2 0 -2 -4 2 -3 -4 3 0 0 -4 -4 -3 2 9 6 9 1 2 9 14 2 3 1 11 0 0 16 7 5 0 0 2 0.32 0.97 49 S -2 -1 3 1 -3 -1 2 0 3 -3 -3 0 -3 -3 -3 2 1 -3 -2 -3 2 2 12 8 0 2 16 8 8 1 2 5 0 1 1 19 8 0 1 2 0.35 0.89 50 L -1 1 0 -2 -3 2 -1 1 3 -2 0 1 1 -2 0 0 0 -3 0 -2 5 7 5 2 0 11 4 10 6 1 10 10 3 1 4 7 7 0 4 3 0.13 0.82 51 C -1 -4 0 -4 1 -4 -4 1 4 -2 -1 -4 -1 4 1 -2 -4 3 6 -4 5 0 6 0 3 0 0 11 10 2 5 0 1 16 8 2 0 3 27 0 0.68 1.08 52 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 4 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.04 1.10 53 L -4 -5 -5 -6 4 -4 -5 -6 -2 0 2 -5 0 0 -1 -4 -3 -2 7 1 0 0 0 0 9 0 0 0 0 5 17 0 2 0 4 0 1 0 50 12 1.16 1.10 54 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 -1 2 -5 -5 -3 -4 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 43 27 0 0 7 0 0 0 0 0 20 1.02 1.10 55 M 0 -4 -3 -4 1 -3 -4 -4 -4 1 -2 -3 6 -3 -4 4 0 -4 1 1 8 0 0 0 3 0 0 0 0 7 0 0 24 0 0 37 5 0 6 11 0.72 1.10 56 E -3 -2 -3 -1 -6 0 7 -5 -3 -6 -5 -1 -5 -6 0 -3 -3 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 0 1.82 1.10 57 Y -3 -1 -1 -4 -1 -3 -4 -1 7 -4 -3 -4 -3 3 -5 -3 0 -2 6 -1 1 2 3 0 1 0 0 5 34 0 1 0 0 13 0 0 7 0 27 5 1.09 1.10 58 E 0 -3 -2 -1 -4 -1 1 -3 8 -5 -5 -2 -3 -4 -4 3 0 -5 -2 -5 8 0 0 2 0 1 8 1 45 0 0 1 1 0 0 28 5 0 0 0 1.17 1.10 59 G 2 -3 -2 -1 1 -4 -4 5 -4 -3 -2 -3 -2 -5 -1 2 -1 -5 -5 -4 18 1 1 4 3 0 0 45 0 1 4 0 1 0 3 17 2 0 0 0 0.74 1.10 60 K -2 -2 1 -4 -5 -2 0 -2 4 -2 -3 0 -3 5 -2 -2 0 -2 5 -1 2 2 6 0 0 1 8 2 10 2 0 6 0 25 2 2 6 0 22 5 0.63 1.10 61 C -1 -1 0 0 6 -4 -3 5 -1 -5 -5 -2 -1 -3 -5 -3 -1 1 -1 -3 3 4 5 7 18 0 1 45 1 0 0 2 2 1 0 0 4 2 3 2 0.84 1.10 62 S -1 0 0 2 -4 1 1 -1 1 -4 -4 -1 -4 -5 -2 4 3 -5 -4 -3 3 4 3 11 0 7 11 5 4 0 1 2 0 0 1 29 18 0 0 1 0.47 1.09 63 K 1 1 -2 0 -5 1 0 2 -3 -4 -3 4 -4 -5 0 -2 1 -5 0 -2 11 8 1 5 0 5 7 14 0 0 3 25 0 0 5 1 9 0 3 2 0.35 1.09 64 K -1 -1 -2 2 -5 2 5 -3 -1 -5 -5 2 -2 -5 0 -1 -1 -5 -4 -4 4 2 1 12 0 8 46 1 1 0 0 13 1 0 4 2 4 0 0 0 0.81 1.08 65 E -2 -3 -2 3 -2 0 5 -3 -1 -1 -5 1 -4 -4 -4 -1 -1 -4 3 -3 1 0 1 19 1 4 39 1 1 4 0 10 0 0 0 4 3 0 11 1 0.71 1.10 66 A 5 -4 -3 -3 1 -4 -4 -3 -4 1 1 -4 -2 -4 -4 -1 -1 -5 -4 2 53 0 1 1 3 0 0 0 0 6 15 0 0 0 0 2 3 0 0 17 0.73 1.09 67 E -1 2 -3 -1 -6 0 6 2 -1 -2 -4 1 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -3 -4 3 10 0 1 0 1 52 15 1 3 1 10 0 0 0 1 2 0 0 0 0.85 1.12 68 K 1 2 -1 4 -5 0 4 -2 -3 -5 -4 2 -4 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 11 10 1 26 0 2 30 2 0 0 1 12 0 0 0 3 1 0 0 0 0.74 1.12 69 T -2 2 -2 -4 -5 -1 1 -5 3 1 2 0 3 1 -5 -3 0 -4 3 -2 3 10 1 0 0 1 11 0 7 8 20 6 8 6 0 1 6 0 11 1 0.34 1.12 70 V 5 -4 -5 -5 0 -4 -4 -3 -5 2 0 -4 -1 -4 -4 -2 -3 -5 -4 3 54 0 0 0 2 0 0 0 0 11 7 0 1 0 0 1 0 0 0 23 0.85 1.12 71 R 2 4 -2 -3 -5 -2 4 -1 -2 -2 -3 2 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -1 22 24 1 0 0 0 26 3 1 2 1 10 0 0 0 3 3 0 0 4 0.58 1.12 72 E -1 1 0 2 -5 1 4 -3 -3 -5 -4 2 -4 -2 -4 1 0 3 -1 -4 5 9 4 12 0 6 25 1 0 0 1 12 0 2 0 11 6 4 2 0 0.47 1.12 73 M -3 -1 -3 -2 -4 0 -4 -2 -4 -1 2 0 9 -3 -5 -3 -2 -4 -2 -2 0 4 1 2 0 3 0 4 0 2 14 6 62 0 0 1 1 0 1 0 1.26 1.12 74 A 4 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -4 -5 0 3 -4 3 -3 -4 -3 -2 1 -3 3 33 0 0 0 1 0 0 0 0 2 31 0 6 0 0 0 1 2 1 23 0.72 1.12 75 K 2 2 -1 1 -5 1 4 -2 -3 -4 -5 3 -3 -5 -4 -1 -3 -5 0 -3 21 12 2 6 0 4 27 2 0 1 0 15 0 0 0 3 0 0 4 2 0.53 1.11 76 I -1 -2 0 0 -5 0 5 -4 -3 -3 -3 0 -4 -3 -4 1 2 0 3 -4 4 1 3 4 0 2 37 1 0 2 1 4 0 0 0 12 14 1 13 0 0.61 1.11 77 G 2 -3 -4 -4 -4 -3 -3 2 -4 1 -1 -4 7 -3 -4 -1 1 -4 -4 -1 20 1 0 0 0 0 1 16 0 8 1 0 39 0 0 3 8 0 0 2 0.82 1.10 78 F 0 -2 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -4 -1 2 -4 5 5 -5 -2 -2 0 2 0 8 2 0 0 0 4 0 0 0 1 22 0 15 31 0 2 2 1 5 6 0.72 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