Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T 0 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -4 3 6 -5 -4 2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 57 0 0 15 1.08 1.20 2 R -3 5 -4 -4 -2 0 -3 -4 -2 -3 -4 3 -2 -1 -3 -3 -2 -3 6 -2 1 32 0 1 1 3 0 0 0 1 1 19 1 1 1 1 2 0 33 2 1.07 1.42 3 Y 0 3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 0 -2 -3 3 -1 -3 -3 2 3 -5 1 -1 8 14 1 1 1 0 1 2 2 2 2 16 2 1 1 17 21 0 5 4 0.44 1.57 4 I -3 -4 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -1 6 3 -4 -1 -3 -3 -5 -2 -1 -3 2 1 1 0 0 0 0 1 0 2 49 25 1 1 0 2 0 2 1 1 14 1.07 1.58 5 P -2 -4 -3 -4 -6 -3 -4 -3 1 -6 -5 -4 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -4 3 1 1 0 0 1 0 2 4 0 1 0 0 0 83 2 1 0 0 1 2.35 1.63 6 D 0 -1 1 1 0 0 0 -3 -1 0 -3 -1 1 -3 -1 1 3 -3 -3 2 6 3 7 8 2 3 5 2 1 6 2 3 4 1 3 10 18 0 1 16 0.23 1.70 7 E -2 -1 0 0 -3 1 4 -1 3 -3 -3 -1 0 -1 -1 -1 -2 1 2 -1 3 3 4 4 1 7 33 4 7 1 2 4 2 2 4 3 2 2 7 5 0.45 1.69 8 A 5 -3 -2 -3 -1 -3 -3 -2 -4 -3 -4 1 -2 -4 0 3 0 -6 -5 -3 44 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 10 1 1 4 26 5 0 0 1 0.77 1.64 9 D -2 -4 1 8 -6 -3 0 -3 0 -6 -6 -2 -6 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -6 4 0 5 83 0 0 2 1 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.96 1.65 10 F -3 -4 -6 -6 -1 -3 -6 -6 -5 3 -1 -5 4 7 -6 -3 -1 -3 1 2 1 1 0 0 2 1 0 0 0 14 4 0 12 44 0 1 3 0 4 11 1.17 1.76 11 L -3 -6 -6 -7 -1 -5 -6 -7 -1 3 5 -6 1 2 -6 -4 -3 -5 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 2 14 61 0 3 9 0 1 1 0 3 4 1.11 1.81 12 L -1 -3 -5 -4 2 0 -2 -5 0 4 1 -3 3 1 -4 -3 -1 3 2 2 4 1 0 1 5 4 3 1 2 24 10 1 8 6 1 1 4 4 6 15 0.50 1.88 13 G 3 -3 -4 -5 4 -3 -4 1 -1 1 -1 -4 1 2 -3 2 -2 -5 -2 1 23 1 0 0 9 1 1 11 1 7 5 0 4 8 1 15 2 0 1 9 0.42 1.83 14 M -4 -2 -2 -4 3 -1 -3 -6 4 -1 -2 -1 4 3 -6 -3 -4 1 7 -3 1 2 2 1 7 3 1 0 11 3 3 3 11 11 0 1 1 2 37 1 1.09 1.84 15 A 4 -4 -1 -4 3 -4 -4 -2 0 -5 -4 -4 -4 -3 0 5 -1 -6 -5 -2 33 0 2 0 6 0 0 2 2 0 1 0 0 1 4 43 2 0 0 2 0.96 1.83 16 T -1 -4 -2 -3 2 -4 -3 -3 -1 -4 -3 -1 0 -5 -4 2 6 -6 -2 -1 3 0 1 1 4 0 1 2 1 0 1 4 2 0 0 16 56 0 1 5 1.06 1.95 17 V 0 -3 -3 -5 -1 0 -3 -4 -1 1 -1 -3 1 0 0 0 3 0 1 4 8 1 1 0 1 4 1 1 2 7 5 1 4 3 5 6 16 1 6 26 0.37 2.04 18 N -1 -2 -1 1 -1 0 2 -3 -1 -3 -3 0 -2 -2 6 -2 -1 0 -2 -3 5 2 3 7 1 3 16 2 2 1 3 5 1 2 36 3 4 1 1 2 0.71 2.02 19 N -2 -2 0 2 0 -1 1 5 2 -5 -3 -2 -5 -2 -5 -1 -2 1 -1 -2 3 2 4 11 2 2 8 41 5 0 2 2 0 2 0 4 2 2 3 4 0.63 1.92 20 C -2 -1 1 -1 2 -1 -2 -5 3 -1 -2 -1 1 4 -1 -1 0 -3 5 -2 3 3 7 3 4 3 3 0 6 3 3 4 3 14 3 5 6 0 23 3 0.50 1.95 21 V -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 0 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.05 2.01 22 S 3 -4 -1 -1 2 -3 -3 -2 -4 -1 -1 -1 -4 -1 0 4 0 -5 -4 -4 28 0 3 4 4 0 0 3 0 3 6 3 0 3 4 32 5 0 0 0 0.56 1.76 23 Y -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 24 R -2 6 -1 -1 2 0 -1 -2 1 -2 -2 0 0 -5 -5 -2 -2 2 0 -2 3 45 3 3 4 4 4 4 3 3 3 4 3 0 0 3 3 3 3 3 0.74 2.02 25 N -3 -1 4 3 -1 -2 0 0 5 -2 -2 -1 -1 -2 -3 1 -2 0 0 -3 2 3 22 15 2 2 5 6 12 2 4 3 2 2 1 9 2 1 3 2 0.49 2.03 26 P -1 0 -1 1 0 -1 2 -2 -1 0 -2 0 -1 -2 3 0 2 0 -4 0 4 5 3 7 2 3 11 4 2 5 3 5 2 2 15 6 13 2 0 7 0.22 1.96 27 A -1 0 -1 0 -2 0 2 -1 0 0 -1 2 0 -2 -3 0 2 -1 -1 0 5 6 3 6 1 4 15 4 2 5 5 11 3 1 1 6 12 1 2 7 0.14 2.12 28 E -1 1 2 1 -2 2 1 -1 1 -3 -2 2 -2 -2 -3 1 1 -1 0 -3 5 9 9 8 1 8 9 6 4 1 4 11 1 2 1 9 7 1 3 2 0.19 1.84 29 G -2 -3 -1 -4 0 -4 -2 7 -1 -4 -4 -4 -5 -6 -2 -1 -4 -5 -3 -5 2 1 3 0 2 0 3 75 1 1 2 0 0 0 2 5 0 0 1 0 1.54 1.86 30 T 1 -3 2 -3 4 -3 -3 1 -3 -3 -3 1 -3 -4 2 1 1 5 -3 1 10 0 9 0 9 0 1 10 0 0 1 10 0 0 10 10 10 9 0 10 0.40 1.01 31 W -2 -2 -1 0 1 -1 -2 -2 0 2 -2 -2 0 1 0 0 -1 8 1 -1 3 3 3 5 3 3 3 3 2 11 4 3 2 5 4 7 3 22 5 5 0.52 1.62 32 Y -4 -4 -1 -5 -4 -4 -4 -5 1 -1 0 -4 1 7 -5 -2 -4 2 5 -1 1 0 3 0 0 0 1 1 3 3 7 0 4 45 0 3 0 3 23 3 1.16 1.22 33 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 1 2 -4 -4 0 -4 -3 2 4 0 0 0 0 0 1 1 0 53 10 0 4 7 0 1 5 0 0 12 0.95 1.22 34 Q -2 0 -1 -1 1 6 2 -2 1 -2 -3 1 -1 -5 -3 -1 0 -4 -2 -3 2 4 2 2 3 42 11 2 3 3 2 7 1 0 1 5 6 0 1 2 0.71 1.38 35 S 3 -1 0 0 1 0 0 -3 0 -2 -1 0 0 -2 -4 1 1 -4 0 -1 25 4 4 5 3 3 7 1 2 2 5 6 2 2 0 12 9 0 4 3 0.22 1.38 36 L -2 -4 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -5 1 5 -4 3 1 -1 -4 -2 -4 -3 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 6 64 0 5 6 3 0 2 0 0 6 0.97 1.39 37 C -1 0 1 0 3 -3 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -4 1 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 0.13 1.78 38 Q -1 0 1 1 1 1 3 -2 1 -2 -2 1 0 -5 -1 0 0 2 0 -2 5 5 7 8 3 5 20 3 3 3 3 9 3 0 3 7 5 3 3 3 0.23 1.92 39 S -1 -2 -1 -4 2 -1 0 -3 3 1 -1 -1 2 -1 -2 -2 -1 1 0 4 6 2 3 0 4 3 7 2 6 7 5 3 5 2 2 3 4 2 3 33 0.38 1.69 40 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 2 4 -5 2 5 -2 -5 -1 2 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 12 42 0 5 21 3 0 4 3 0 6 0.91 1.73 41 R -1 3 2 0 -1 2 1 -2 0 -2 -2 3 0 -1 -3 0 0 -1 -2 -2 5 13 9 4 2 9 10 3 2 3 3 15 2 3 1 6 5 1 1 2 0.25 1.78 42 E -1 0 1 0 -1 2 4 -3 0 -3 -1 3 -1 -3 -1 0 0 -1 -2 -3 4 4 5 6 1 8 25 1 2 1 6 15 1 1 2 5 6 1 2 2 0.36 1.81 43 R -2 1 2 -2 -2 0 -1 -2 5 -2 0 0 0 1 -2 -2 -3 1 5 -3 3 8 9 2 1 4 3 3 15 2 8 6 3 6 2 3 1 2 18 1 0.47 1.86 44 C 3 -2 -2 -2 4 -2 -1 1 0 -2 -3 -2 -2 -1 -2 0 -2 3 3 0 28 2 2 3 8 2 4 9 2 2 2 3 1 2 2 8 2 4 9 6 0.38 1.80 45 P 0 -2 -1 0 1 -1 -1 2 5 -3 -3 0 -2 -3 2 0 -1 4 -1 -3 8 2 2 5 3 2 4 18 12 1 2 5 1 1 12 8 4 5 2 2 0.37 1.84 46 R -3 4 0 0 -1 1 -1 -3 3 -4 -3 3 -2 -3 0 1 -1 -4 -2 -3 2 25 4 6 2 6 3 2 7 1 3 17 1 1 4 9 4 0 1 1 0.49 1.78 47 G -2 0 0 0 3 -1 1 1 1 -3 -3 1 -1 -3 -2 1 2 1 1 -2 2 4 5 6 6 2 7 12 3 2 3 8 2 1 2 11 12 2 4 3 0.19 1.81 48 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 49 D -3 -2 0 5 -1 -1 2 -3 5 -5 -1 -2 -4 -2 0 0 -2 -5 -1 -5 2 2 3 31 2 2 12 2 12 0 6 2 0 2 5 5 2 0 2 0 0.56 1.80 50 I -4 -5 -2 -5 -4 -5 -5 -5 -5 4 4 -2 1 2 -5 -2 -1 -4 0 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 24 34 2 3 9 0 3 3 0 3 8 0.66 1.84 51 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 52 T -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.06 2.12 53 I -4 -4 0 -4 -4 0 -1 -2 1 3 3 -4 4 0 -5 -1 -1 3 -3 0 1 0 4 0 0 4 4 4 4 19 27 0 9 4 0 4 4 4 0 5 0.47 1.68 54 L -1 -5 -1 -5 0 -2 -5 -3 0 0 4 -4 4 1 -2 -1 -2 -4 -1 0 5 0 3 0 2 2 0 2 3 4 42 0 12 7 2 5 3 0 2 5 0.59 1.69 55 T -2 1 -2 -2 -1 0 -1 -1 -1 0 -1 0 0 -2 -2 -2 5 -5 -2 -1 2 8 2 2 1 3 5 4 2 5 6 5 2 2 2 2 42 0 2 3 0.54 1.75 56 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 57 V 1 -3 -3 -4 4 -3 -3 -3 -3 2 1 -3 4 -2 -3 -2 1 -3 3 2 12 1 0 1 11 0 1 1 0 12 12 1 11 0 1 1 12 0 11 12 0.42 0.79 58 N 0 -1 4 -1 4 0 -1 -2 1 0 -2 0 0 0 -1 1 -1 -4 -3 -1 6 4 20 3 9 4 3 3 4 5 4 5 3 4 3 12 4 0 0 3 0.25 1.33 59 Y -1 5 0 -1 0 1 -1 -2 2 -5 -3 1 0 -1 -2 0 -2 1 0 -3 4 31 5 3 2 7 4 4 5 0 2 8 3 2 2 7 2 2 3 2 0.43 1.66 60 E -1 3 0 1 -1 1 1 -1 0 -2 -2 4 0 -2 -5 -2 -1 0 -1 -2 4 13 4 6 2 5 10 6 2 2 4 25 3 1 0 3 3 1 2 3 0.33 1.76 61 V -3 -5 -2 -5 0 -4 -1 -3 -5 2 0 -5 3 0 -5 -2 -1 -5 -1 6 0 0 2 0 2 0 4 2 0 7 6 0 6 4 0 3 3 0 2 59 0.97 1.66 62 S 3 1 -1 -2 1 1 -1 -1 -1 -3 -3 0 0 -4 -4 3 -1 -1 0 -2 25 9 2 1 3 7 4 4 1 2 2 6 2 0 0 21 2 1 4 3 0.36 1.66 63 N 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-3 6 -1 -3 -3 -2 -1 -5 -3 -2 5 5 1 1 1 7 1 1 1 2 2 59 2 1 1 3 4 0 1 3 1.03 1.91 73 Q -2 -2 -3 -4 -6 8 0 -4 -2 -4 -4 -2 0 -6 -4 -3 -2 -5 -2 -1 3 1 0 0 0 75 5 1 1 1 1 1 2 0 1 1 2 0 1 4 1.74 2.00 74 M -2 -4 -1 -6 2 -3 -4 -5 -3 4 -1 -4 8 -3 -4 -2 0 -5 -2 2 2 1 3 0 4 1 1 1 1 22 4 0 39 1 1 2 5 0 1 11 1.11 1.99 75 P -2 -5 -3 -5 -1 -3 -3 -3 -5 -2 -1 -4 -5 -6 8 0 -2 -6 -6 -3 4 0 1 0 2 1 1 2 0 2 6 0 0 0 71 7 2 0 0 1 1.88 1.95 76 Q -2 -4 -1 -2 7 2 3 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -4 -5 1 2 0 -2 0 3 0 2 1 19 8 19 4 2 3 4 2 1 0 0 10 11 1 2 6 0.55 1.97 77 P -4 -4 -3 -1 0 -2 -2 -6 -2 4 0 -2 1 4 2 -3 0 -5 0 2 1 1 1 4 2 1 2 0 1 23 6 2 4 16 11 2 7 0 3 12 0.52 1.98 78 T 0 3 -1 -3 -1 1 0 -5 0 -1 -2 0 0 0 -5 -1 2 -2 -1 2 7 18 4 1 1 7 6 0 2 3 4 5 3 4 0 5 13 1 2 14 0.29 1.98 79 F -2 -3 2 -2 1 -2 -3 -3 3 -4 -3 -3 -3 2 -4 5 1 -5 1 -1 2 1 8 2 2 1 0 1 7 0 3 1 1 8 1 46 7 0 4 4 0.73 2.00 80 T -3 -1 -2 -5 -2 -1 -4 -2 -3 -2 -2 -2 5 0 -5 1 6 -5 -3 -4 1 4 1 0 1 2 1 3 1 1 3 2 15 4 0 12 48 0 1 0 0.97 1.98 81 L -4 -5 -6 -7 -5 -5 -6 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