<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Jalview 2.4 fails to run from the following command line on win32:<br><br>C:\temp&gt;java -Djava.ext.dirs=&quot;C:/Program Files/Jalview/lib&quot; -cp &quot;C:/Program File<br>
s/Jalview/jalview.jar&quot; jalview.bin.Jalview -open y.msf&nbsp; (The sequence file y.msf is attached.)<br>
<br>The error message:<br>Java version: 1.6.0_05<br>x86 Windows XP 5.1<br>Jalview Version: 2.4<br># INFO: Setting default net timeout to 30 seconds.<br>Opening file: y.msf<br>Exception in thread &quot;Thread-7&quot; java.lang.VerifyError: (class: jalview/datamodel/<br>

Sequence, method: parseId signature: ()V) Incompatible object argument for funct<br>ion call<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at jalview.io.AlignFile.parseId(AlignFile.java:250)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at jalview.io.MSFfile.parse(MSFfile.java:155)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at jalview.io.AlignFile.&lt;init&gt;(AlignFile.java:80)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at jalview.io.MSFfile.&lt;init&gt;(MSFfile.java:56)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at jalview.io.AppletFormatAdapter.readFile(AppletFormatAdapter.java:179)<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at jalview.io.FileLoader.run(FileLoader.java:279)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at java.lang.Thread.run(Unknown Source)<br>

error<br><br>The same command line works for Jailview 2.3.<br><br> Thanks,<br><br>Yi-Shiou<br><br><br></div>
<br></div><br></div>